H. pylori is known to cause severe gastric diseases, including peptic ulcers and gastric cancers, and a link has also been suggested with iron-deficiency anemia (IDA). However, little is known about the pathogenesis of H. pylori-associated IDA. In the present study, to determine whether H. pylori strains are correlated with the prevalence of IDA, we analyzed and compared the sequences of the napA genes encoding a bacterioferritin-like protein in H. pylori strains. A total of 20 H. pylori strains were isolated from antral biopsies of patients with and without IDA, and the napA genes amplified from the genomic DNA were sequenced. A comparison of the deduced amino acid sequences for NapA revealed two sites with major variations. At residue 70, five out of the 12 non-IDA strains ($41.7\%$) contained serine, while only one of the 8 IDA strains ($12.5\%$) contained serine, indicating a significantly higher frequency of serine in the non-IDA strains. In addition, the NapA proteins from all 17 Western strains available on Web sites were found to contain serine residues at this position. Meanwhile, the other major variation was located at residue 73, where all eight IDA strains ($100\%$) contained leucine, while this was only true for eight of the 12 non-IDA strains ($66.7\%$). Therefore, these results indicated that the strains within each group were more genetically related to each other than to strains in the other group. When the expression level of the napA genes in the H. pylori strains was measured using RT-PCR, no significant difference was observed between the two groups, suggesting a similar intensity for the inflammatory responses induced by the NapA protein among the strains. Consequently, when taken together, the present data suggest that the occurrence of H. pylori-associated IDA may be partly determined by the infecting H. pylori strain, and the non-IDA strains are more closely related to Western strains than the IDA strains.
KIM IL-SUP;YUN HAE SUN;SHIMISU HISAYO;KITAGAWA EMIKO;IWAHASHI HITOSHI;JIN INGNYOL
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.15
no.6
/
pp.1240-1249
/
2005
Saccharomyces cerevisiae KNU5377 has potential as an industrial strain that can ferment wasted paper for fuel ethanol at $40^{\circ}C$ [15, 16]. To understand the characteristics of the strain, genome-wide expression was performed using DNA microarray technology. We compared the homology of the DNA microarray between genomic DNAs of S. cerevisiae KNU5377 and a control strain, S. cerevisiae S288C. Approximately $97\%$ of the genes in S. cerevisiae KNU5377 were identified with those of the reference strain. YHR053c (CUP1), YLR155c (ASP3), and YDR038c (ENA5) showed lower homology than those of S. cerevisiae S288C. In particular, the differences in the regions of YHR053c and YLR155c were confirmed by Southern hybridization, but did not with that of the region of YDR038c. The expression level of mRNA in S. cerevisiae KNU5377 and S288C was also compared: the 550 ORFs of S. cerevisiae KNU5377 showed more than two-fold higher intensity than those of S. cerevisiae S288C. Among the 550 ORFs, 59 ORFs belonged to the groups of ribosomal proteins and mitochondrial ribosomal proteins, and 200 ORFs belonged to the group of cellular organization. DIP5 and GAP1 were the most highly expressed genes. These results suggest that upregulated DIP5 and GAP 1 might take the place of ASP3 and, additionally, the sensitivity against copper might be contributable to the lowest expression level of copper-binding metallothioneins encoded by CUP 1a (YHR053c) and CUP1b (YHR055c) in S. cerevisiae KNU5377.
Kim Jin-Woo;Kim Eun-Ha;Kang Yong-Sung;Choi Ok-Hee;Park Chang-Seuk;Hwang In-Gyu
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.16
no.3
/
pp.450-456
/
2006
Pseudomonas fluorescens MC07 is a growth-promoting rhizobacterium that suppresses mycelial growth in fungi such as Rhizoctonia solani, Pythium ultimum, Fusarium oxysporum, and Phytophthora capsici. To determine the role of the bacterium's antifungal activity in disease suppression, we screened 2,500 colonies generated by Tn5lacZ insertions, and isolated a mutant 157 that had lost antifungal activity. The EcoRI fragment carrying Tn5lacZ was cloned into pBluescript II SK(+) and used as a probe to isolate wild-type clones from a genomic library of the parent strain, MC07. Two overlapping cosmid clones, pEH4 and pEH5, that had hybridized with the mutant clone were isolated. pEH4 conferred antifungal activity to the heterologous host P.fluorescens strain 1855.344, whereas pEH5 did not. Through transposon mutagenesis of pEH4 and complementation analyses, we delineated the 14.7-kb DNA region that is responsible for the biosynthesis of an antifungal compound. DNA sequence analysis of the region identified 11 possible open reading frames (ORF), ORF1 through ORF11. A BLAST search of each putative protein implied that the proteins may be involved in an antifungal activity similar to polyketides.
Herbicide-tolerant Zoysia grass has been previously developed through Agrobacterium-mediated transformation. We investigated the effects of genetically modified (GM) Zoysia grass and the associated herbicide application on bacterial community structure by using culture-independent approaches. To assess the possible horizontal gene transfer (HGT) of transgenic DNA to soil microorganisms, total soil DNAs were amplified by PCR with two primer sets for the bar and hpt genes, which were introduced into the GM Zoysia grass by a callus-type transformation. The transgenic genes were not detected from the total genomic DNAs extracted from 1.5 g of each rhizosphere soils of GM and non-GM Zoysia grasses. The structures and diversities of the bacterial communities in rhizosphere soils of GM and non-GM Zoysia grasses were investigated by constructing 16S rDNA clone libraries. Classifier, provided in the RDP II, assigned 100 clones in the 16S rRNA gene sequences library into 11 bacterial phyla. The most abundant phyla in both clone libraries were Acidobacteria and Proteobacteria. The bacterial diversity of the GM clone library was lower than that of the non- GM library. The former contained four phyla, whereas the latter had seven phyla. Phylogenetic trees were constructed to confirm these results. Phylogenetic analyses of the two clone libraries revealed considerable difference from each other. The significance of difference between clone libraries was examined with LIBSHUFF statistics. LIBSHUFF analysis revealed that the two clone libraries differed significantly (P<0.025), suggesting alterations in the composition of the microbial community associated with GM Zoysia grass.
A Gram-negative, strictly aerobic, motile bacterial strain, designated Gsoil $124^T$, was isolated from a soil sample taken from a ginseng field in Pocheon Province (South Korea). The isolate contained Q-10 as the predominant lipoquinone, plus $C_{18:1}\;{\omega}7c$ and summed feature 4 ($C_{16:1}\;{\omega}6c$ and/or iso-$C_{15:0}$ 2-OH) as the major fatty acids. The G+C content of the genomic DNA was 68.1 mol%, and the major polar lipids consisted of sphingoglycolipid, phosphatidylglycerol, phosphatidylcholine, and phosphatidylethanolamine. A comparative 16S rRNA gene sequence analysis showed that strain Gsoil $124^T$ was most closely related to Sphingopyxis chilensis (98.7%), Sphingopyxis alaskensis (98.2%), Sphingopyxis witflariensis (98.2%), Sphingopyxis taejonensis (98.0%), and Sphingopyxis macrogoltabida (97.6%). However, the DNA-DNA relatedness between strain Gsoil $124^T$ and its phylogenetically closest neighbors was less than 22%. Thus, on the basis of its phenotypic properties and phylogenetic distinctiveness, strain Gsoil $124^T$ should be classified as representing a novel species in the genus Sphingopyxis, for which the name Sphingopyxis panaciterrae sp. nov. is proposed. The type strain is Gsoil $124^T$ (=KCTC $12580^T$=LMG $24003^T$).
In this study, the effects of five extraction methods for raw and processed corns were compared with respect to the integrity, yields and quality of DNA extracted from them and the results were assessed by PCR analysis. From the comparison of five extraction methods, DNA integrity showed a similar pattern. Amounts of genomic DNA obtained from the five extraction methods varies from $0.25{\mu}g\;to\;234{\mu}g$ per 1 g sample. The DNA yield extracted with CTAB method and DNeasy Plant Maxi kit is greater than that obtained from other extraction methods. These results would be applicable for the selection of an adequate extraction method for specific samples.
Ali, Asjad;Yang, Eun Mi;Bang, Sun Woong;Chung, Sang-Min;Staub, Jack E.
Horticultural Science & Technology
/
v.32
no.2
/
pp.227-234
/
2014
The responses to chilling temperature of 12 Korean cucumber varieties was compared to those of two U.S.A. (previously determined cold tolerant NC76 and 'Chipper'), and Chinese and Japanese germplasms. Seedlings of each entry were exposed to $4^{\circ}C$ (Experiment 1) and $1^{\circ}C$ (Experiments 2 and 3) at the first-true leaf stage for eight and nine hours, respectively, under 80% relative humidity (RH) and $149{\mu}moles{\cdot}m^{-2}{\cdot}s^{-1}$ photosynthetic photon flux (PPF). The chilling response [damage rating (DR)] of each accession was based on visual ratings (1 to 5) after treatment, where 1 = no damage, 2 = slight, 3 = moderate, 4 = advanced, and 5 = severe damage. Predictably the cumulative average DR of chilling tolerant line NC76 and 'Chipper' after chilling w as 1 and 1.1, respectively. Korean 'Nacdongchungjang' was most sensitive to chilling temperatures [DR = 2.3] when compared to the other entries examined. The sensitivity to chilling of 'Nacdongchungjang' was followed by Chinese 'Dongguan' [DR = 1.7]. In contrast, 'Saeronchungjang' (DR = 1) and 'Janghyungnachap' (DR = 1) were the most chilling tolerant of the Korean accessions examined and equivalent to the response of line NC76 and 'Chipper'. Nevertheless, chloroplast type genotyping of these accessions with known chilling-linked sdCAPS genomic markers revealed genotypic differences between chilling tolerant lines (NC76 and 'Chipper') and all Korean lines examined.
Lee, Hyuk;Park, Jung-In;Kim, Sun Young;Moon, Kyeung Hee;Yi, Ho Keun;Hwang, Pyeong Han
Clinical and Experimental Pediatrics
/
v.48
no.5
/
pp.551-556
/
2005
Wiskott-Aldrich syndrome(WAS) is an X-linked recessive immunodeficiency characterized by thrombocytopenia with small platelet volume, eczema, and recurrent infections, and is also characterized by increased incidence of auto immune diseases and malignancies. The phenotype observed in this syndrome is caused by mutation in the Wiskott-Aldrich syndrome protein(WASP) gene localized to the proximal short arm of the X chromosome and recently isolated through positional cloning. The gene encodes a 502 amino acid protein, which contains 12 exons and spans 9 kb of genomic DNA. The function of the encoded protein is not well understood. The clinical diagnosis of WAS can be difficult and is usually confirmed by the detection of WASP gene mutations and the expression of WSAP in patient blood sample using genetic analysis. We reported a case of a 13-month old boy with WAS who was identified with the novel mutation in exon 2 of WASP gene by direct sequencing and the complete absence of WASP expression by immunoblotting.
Photosynthetic dinoflagellates contain a water-soluble, light-harvesting antenna called the peridinin-chlorophyll-protein (PCP) complex, which has an apoprotein with no sequence similarity to other known proteins. There are two forms of PCP apoproteins; the 15-kDa short form and the 32- to 35kDa long form. The present study describes the PCP protein and its cDNA from Alexandrium tamarense. A cDNA library was constructed from mRNA isolated from A. tamarense. The complete PCP cDNA was generated by reverse-transcription coupled to polymerase chain reaction (RT-PCR), together with rapid-amplification of cDNA ends (RACE). The A. tamarense PCP cDNA encoded a 55-amino acid signal peptide and a 313-amino acid mature protein with a calculated mass of 32 kDa, which corresponded to that of the long form of PCP. Phylogenetic analysis indicated that the sequence of A. tamarense PCP did not cluster with the short-form PCPs, to which it was only about $55\%$ identical, but which were $79-83\%$ identical to other long-form PCPs. The deduced amino acid sequence of A. tamarense PCP contains an internal duplication, which suggests the possibility that long-form PCPs arose by gene duplication or by the fusion of genes encoding the short form. The abundance of PCP mRNA changed substantially in response to different light conditions, indicating the possible existence of a photo-acclimation response in A. tamarense.
Harmful algal blooms (HABs or red tides), caused by uncontrolled proliferation of marine phytoplankton, impose a severe environmental problem and occasionally threaten even public health. We sequenced the genome of an EPS-producing marine bacterium Hahella chejuensis that produces a red pigment with the lytic activity against red-tide dinoflagellates at parts per billion level. H. chejuensis is the first sequenced species among algicidal bacteria as well as in the order Oceanospirillales. Sequence analysis indicated a distant relationship to the Pseudomonas group. Its 7.2-megabase genome encodes basic metabolic functions and a large number of proteins involved in regulation or transport. One of the prominent features of the H. chejuensis genome is a multitude of genes of functional equivalence or of possible foreign origin. A significant proportion (${\sim}23%$) of the genome appears to be of foreign origin, i.e. genomic islands, which encode genes for biosynthesis of exopolysaccharides, toxins, polyketides or non-ribosomal peptides, iron utilization, motility, type III protein secretion and pigment production. Molecular structure of the algicidal pigment was determined to be prodigiosin by LC-ESI-MS/MS and NMR analyses. The genomics-based research on H. chejuensis opens a new possibility for controlling algal blooms by exploiting biotic interactions in the natural environment and provides a model in marine bioprospecting through genome research.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.