NF1 proteins are a family of DNA binding proteins which consist of two separate domains, N-terminal DNA binding domain and C-terminal transcription activation domain. The N-terminal 220 amino acids are highly conserved and are also known to mediate dimerization of NF1 proteins. The C-terminal regions of different type of NF1 proteins are heterogeneous and responsible for transcriptional activation. In this study, we tested the interaction between different domains of rat NF1-A protein by yeast two hybrid analysis and observed the interaction between C-terminal regions of NF1-A which do not contain the N-terminal dimerization domain. Our results showed that the C-terminal region of rat NF1-A between residues 231 and 509 strongly interacted not only with itself, but also with human NF1/CTF1 which is a different type of NF1. When the C-terminal region was divided into two fragments, one from residue 231 to 447 and the other from 448 to 509, the two fragments were able to interact with the C-terminal region of NF1-A significantly. This indicates that both fragments contain independent interaction domains. Analysis of the interactions with alanine substituted fragments showed that substitutions of the heptasequence, SPTSPTY of NF1-A, affected interaction between NF1 proteins. Our results strongly suggest that C-terminal regions may also be important for the formation of homo- and heterodimers in addition to the N-terminal dimerization domain. Also, the heptasequence motif may play some roles in dimer formation.
Objectives: Central obesity plays a major role in the development of many chronic diseases, including cardiovascular disease and cancer. Chronic stress may be involved in the pathophysiology of central obesity. Although several large-scale genome-wide association studies have reported susceptibility genes for central adiposity, the effects of interactions between genes and psychosocial stress on central adiposity have rarely been examined. A recent study focusing on Caucasians discovered the novel gene early B-cell factor 1 (EBF1), which was associated with central obesity-related traits via interactions with stress levels. We aimed to evaluate EBF1 gene-by-stress interaction effects on central adiposity traits, including visceral adipose tissue (VAT), in Korean adults. Methods: A total of 1467 Korean adults were included in this study. We selected 22 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the EBF1 gene and analyzed their interactions with stress on central adiposity using additive, dominant, and recessive genetic modeling. Results: The four SNPs that had strong linkage disequilibrium relationships (rs10061900, rs10070743, rs4704967, and rs10056564) demonstrated significant interactions with the waist-hip ratio in the dominant model ($p_{int}$<0.007). In addition, two other SNPs (rs6556377 and rs13180086) were associated with VAT by interactions with stress levels, especially in the recessive genetic model ($p_{int}$<0.007). As stress levels increased, the mean values of central adiposity traits according to SNP genotypes exhibited gradual but significant changes (p<0.05). Conclusions: These results suggest that the common genetic variants for EBF1 are associated with central adiposity through interactions with stress levels, emphasizing the importance of managing stress in the prevention of central obesity.
In the present manufacturing environment, the appropriate decision making strategy has a significance and it should count on the fast-changing demand of customers. This research derives the optimal levels of the decision variables affecting the inventory related performance in multi-stage supply chain by using simulation and genetic algorithm. Simulation model helps analyze the customer service level of the supply chain computationally and the genetic algorithm searches the optimal solutions by interaction with the simulation model. Our experiments show that the integration approach of the genetic algorithm with a simulation model is effective in finding the solutions that achieve predefined target service levels.
Cho, Sang Hyun;Chung, Jae Kyung;Bang, Yang Weon;Joo, Eun-Jeong
Korean Journal of Biological Psychiatry
/
v.25
no.1
/
pp.16-20
/
2018
Objectives Psychological resilience is the ability to cope with stress. The genetic background behind psychological resilience is not much known. The serotonin transporter and dopamine transporter are implicated in stress related psychology and emotional processing. The aim of this study is to investigate a possible genetic role of functional polymorphisms of serotonin and dopamine transporters for psychological resilience. Methods A total of 951 healthy adult subjects were included. Psychological resilience was measured using Connor-Davidson Resilience Scale (CD-RISC). Genotyping was performed for serotonin transporter gene(SERT) promoter variable number tandem repeat (VNTR) and dopamine transporter gene(DAT1) 3'-untranslated region (UTR) VNTR. Genetic association analysis was conducted between genotypes and the CD-RISC score. Results No genetic association was observed for SERT promoter VNTR or DAT1 3'-UTR VNTR with CD-RISC score. No genetic interaction between SERT promoter VNTR and DAT1 3'-UTR VNTR with CD-RISC score was detected. Conclusions Either serotonin or dopamine transporter did not seem to play a significant role for psychological resilience in this sample.
In the era of personal genomics, predicting the individual response to drug-treatment is a challenge of biomedical research. The aim of this study was to validate whether interaction information between genetic and transcriptional signatures are promising features to predict a drug response. Because drug resistance/susceptibilities result from the complex associations of genetic and transcriptional activities, we predicted the inter-relationships between genetic and transcriptional signatures. With this concept, captured genetic polymorphisms and transcriptional profiles were prepared in cancer samples. By splitting ninety-nine samples into a trial set (n = 30) and a test set (n = 69), the outperformance of relationship-focused model (0.84 of area under the curve in trial set, P = $2.90{\times}10^{-4}$) was presented in the trial set and validated in the test set, respectively. The prediction results of modeling show that considering the relationships between genetic and transcriptional features is an effective approach to determine outcome predictions of drug-treatment.
This study was carried out to obtain the basic information for breeding cold-tolerant rice varieties with high yield-productivity through wide crosses between indica and japonica rice. Genetic analysis was conducted using 55 F$_1$s obtained from half-diallel crosses among eleven cultivars of various origin including indica and japonica rice. Screening for cold tolerance was done with cold-water irrigation after transplanting until ripening stage. Both general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA) effects were highly significant in all characters associated with dry matter accumulation at 30 and 50days after cold-water irrigation (DAC). The variance of GCA was much larger than that of SCA in plant height, shoot dry weight per plant (DWP), crop growth rate (CGR) and cold-water response index (CRI) of these characters except CRI of shoot dry weight per plant. The DWP, CGR and CRI of these characters of Gaochan 102, Tong88-7 and TR22183 were markedly higher than those of the others. GCA effects of these varieties on DWP, CGR and their CRI were also higher than those of the others, indicating that they are useful as promising parents for breeding cold-tolerant varieties. Analysis of genetic parameters for 11$\times$11 half-diallel F$_1$s revealed that inter-locus gene interaction were concerned in the expression of plant height at 50 DAC, CRI of DWP at 50 DAC, and CRI of CGR, and that intra-locus gene interaction for plant height and the other characters were partial dominance and over-dominance, respectively. Narrow-sense heritability (h$^2$$_{N}$) was the highest in plant height as 0.729, and the lowest in CRI of DWP at 30 DAC as 0.048, suggesting that selection for cold tolerance will be quite effective in case that the selection criterion is the performance itself.f.
As the game industry is blooming, the generation of contents is far behind the consumption of contents. With this reason, it is necessary to afford the game contents considering level of game player's skill. In order to effectively solve this problem, Procedural Content Generation(PCG) using Artificial Intelligence(AI) is one of the plausible options. This paper proposes the procedural method to generate various monsters considering level of player's skill using genetic algorithm. One gene consists of the properties of a monster and one genome consists of genes for various monsters. A generated monster is evaluated by battle simulation with a player and then goes through selection and crossover steps. Using our proposed scheme, players adaptive monsters are generated procedurally based on genetic algorithm and the variety of monsters which are generated with different number of genome is compared.
Zuo, Jie;Ma, Haijie;Cai, Hao;Wu, Yanhua;Jiang, Wei;Yu, Long
BMB Reports
/
v.48
no.8
/
pp.473-478
/
2015
The NEK6 (NIMA-related kinases 6) is reported to play po-tential roles in tumorigenesis. Although it is suggested to function in several cellular pathways, the underlying mechanism in tumorigenesis is still largely unknown. In the present study, we discovered interaction of NEK6 with Smad4, a key member of transforming growth factor beta (TGFβ) pathway. Over-expression of NEK6 in hepatocellular carcinoma (HCC) cell lines suppresses TGFβ-mediated transcription activity in a kinase activity-dependent manner. In addition, NEK6 suppresses the cell growth arrest induced by TGFβ. Mechanically, NEK6 blocks nuclear translocation of Smad4, which is essential for TGFβ function. Moreover, we identified that NEK6 could be regulated by TGFβ and hypoxia. Our study sheds new light on the roles of NEK6 in canonical TGFβ/Smad pathway and tum-origenesis. [BMB Reports 2015; 48(8): 473-478]
Fatehi, Mohammad Reza;Ghanbarzadeh, Afshin;Moradi, Shapour;Hajnayeb, Ali
Structural Engineering and Mechanics
/
v.68
no.5
/
pp.549-561
/
2018
Sobol method is applied as a powerful variance decomposition technique in the field of global sensitivity analysis (GSA). The paper is devoted to increase convergence speed of the extracted Sobol indices using a new proposed sampling technique called genetic based Latine hypercube sampling (GBLHS). This technique is indeed an improved version of restricted Latine hypercube sampling (LHS) and the optimization algorithm is inspired from genetic algorithm in a new approach. The new approach is based on the optimization of minimax value of LHS arrays using manipulation of array indices as chromosomes in genetic algorithm. The improved Sobol method is implemented to perform factor prioritization and fixing of an uncertain comprehensive high speed rotor-bearing system. The finite element method is employed for rotor-bearing modeling by considering Eshleman-Eubanks assumption and interaction of axial force on the rotor whirling behavior. The performance of the GBLHS technique are compared with the Monte Carlo Simulation (MCS), LHS and Optimized LHS (Minimax. criteria). Comparison of the GBLHS with other techniques demonstrates its capability for increasing convergence speed of the sensitivity indices and improving computational time of the GSA.
The myogenic regulatory factors is a family of transcription factors that play a key role in the development of skeletal muscle fibers, which are the main factors to affect the meat taste and texture. In the present study, we performed candidate gene analysis to identify single-nucleotide polymorphisms in the MyoD, Myf5, MyoG, and Mrf4 genes using polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism in 360 Erlang Mountain Chickens from three different housing systems (cage, pen, and free-range). The general linear model procedure was used to estimate the statistical significance of association between combined genotypes and muscle fiber traits of chickens. Two polymorphisms (g.39928301T>G and g.11579368C>T) were detected in the Mrf4 and MyoD gene, respectively. The diameters of thigh and pectoralis muscle fibers were higher in birds with the combined genotypes of GG-TT and TTCT (p<0.05). Moreover, the interaction between housing system and combined genotypes has no significant effect on the traits of muscle fiber (p>0.05). Our findings suggest that the combined genotypes of TT-CT and GG-TT might be advantageous for muscle fiber traits, and could be the potential genetic markers for breeding program in Erlang Mountain Chickens.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.