• 제목/요약/키워드: Genetic diversity study

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각종 작물로부터 분리한 Fusarium속 균의 RAPD 기법을 이용한 유전분석 (RAPD Analysis for the Evaluation of Genetic Diversity Among the Fusarium Species from Various Sources)

  • 최혜선;김경수;김명조;심재욱;김병섭;이민웅;이윤수
    • 한국균학회지
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    • 제25권3호통권82호
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    • pp.202-208
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    • 1997
  • Fusarium을 간단한 방법으로 DNA를 추출한 후, 유전적 다형성을 검출하는 방법인 RAPD(Randomly Amplified Polymorphic DNA)를 이용하여 Fusarium균의 유전적 다형성과 계통분류학적 분석을 실시하였다. 20개의 분리균을 배양하여 얻어진 균사체로부터 genomic DNA를 추출하여 PCR을 실시 15개의 primer에서 $0.2{\sim}3\;Kb$ 크기의 band를 총 180개 얻었다. 180개의 band 중 다형화 현상을 보이는 band는 126개로 이를 이용하여 bionominal matrix code(0,1)을 작성한 후 UPGMA법을 이용하여 각 균주간의 관계를 분석하였다. Fusarium oxysporum 균주중 355번(F. oxysporum)과 358번(F. oxysporum)은 0.9603의 높은 상동성을 보인 반면, F. roseum (87번)과 F. oxyspoyum (358번), 69번 (F. o. f. sp. lycopersici)과 68번(F. o. f. sp. melongena)은 0.3809의 낮은 상동성을 보였다. 361번 (F. oxysporum)과 218번 (F. o. f. sp. ruphani)은 0.8730의 유사도를 354번(F. oxysporum), 228번(Fusarium sp.)은 0.7936의 유사도, 87번(F. roseum)과 57번(F. o. f. sp. raphani)은 0.5873 유사도를 가진다.

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Saccharomyces cerevisiae 표면 발현을 이용한 붉바리 신경괴사 바이러스 외피단백질의 생산 (Production of Red-spotted Grouper Nervous Necrosis Virus (RGNNV) Capsid Protein Using Saccharomyces cerevisiae Surface Display)

  • 박미례;서승석;황진익;김동균;박종범;정영재;이택견
    • 생명과학회지
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    • 제24권9호
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    • pp.995-1000
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    • 2014
  • 바이러스 분리 및 검출 측면에서의 해양바이러스 연구는 높은 빈도의 돌연변이와 유전적 다양성 때문에 한계가 있어 왔다. 현재 해양바이러스를 검출하기 위해 사용되고 있는 방법 중 ELISA를 기반으로 하는 혈청학적 방법이 가장 보편적이다. 혈청학적 방법은 항체의 질과 고도로 정제된 정확한 항원을 요구한다. 최근에 바이러스 외피단백질을 항원으로 이용하고자하는 새로운 실험시스템이 yeast surface display (YSD)를 사용하여 개발되었다. 이 연구에서는 붉바리 신경괴사 바이러스(RGNNV)의 외피단백질 유전자를 YSD와 HA-tagging 시스템을 이용하여 발현시키고 정제하였다. 2개의 RGNNV 외피단백질 유전자 조각(RGNNV1 및 RGNNV2)을 염기서열 데이터베이스에 기초하여 합성하였고, 효모 발현 벡터인 pCTCON로 클로닝하였다. 효모 strain EBY100에서의 RGNNV 외피단백질의 발현은 발현벡터에 의해 코드되는 C-말단의 c-myc tags를 인지하는 형광표지된 항체를 이용하여 flow cytometry로 검출되었다. 발현된 RGNNV 외피단백질은 ${\beta}$-mercaptoethanol 처리 후 Aga1과 Aga2 사이의 이황화결합 절단에 의해 효모표면으로부터 분리되었다. Anti-HA 항체를 사용한 Western blots을 수행하였을 때 각 RGNNV 외피단백질이 정해진 크기에서 검출되는 것이 확인되었다. 이러한 결과는 YSD와 HA-tagging 시스템이 재조합 RGNNV 외피단백질의 발현과 정제에 적용가능함을 나타낸다.

희귀종인 동강할미꽃(Pulsatilla tongkangensis Y.N. Lee et T.C. Lee)의 지리적 분포와 미소생육지의 생태 (Geographical Distribution and Ecology in Microhabitats of the Rare Species, Pulsatilla tongkangensis Y.N. Lee et T.C. Lee)

  • 오현경;이경은;이용학;정연숙
    • 생태와환경
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    • 제47권spc호
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    • pp.74-82
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    • 2014
  • 동강할미꽃은 미나리아재비과의 다년생 초본식물로 우리나라에서는 석회암지대에서만 발견되는 희귀식물이다. 희귀성과 화훼자원으로 가치가 높아 최근 남획과 생육지 교란이 심각하다. 동강할미꽃의 보전과 자원 개발을 위해 세 가지 목적으로 연구를 수행하였다. 첫째, 밝혀지지 않은 새로운 분포지를 조사하며, 둘째, 기존 생육지의 입지환경과 식생을 분석하며, 셋째 동강할미꽃 미소생육지 별 형태와 개체군의 특징을 비교하는 것이다. 삼척시, 정선군, 평창군 및 영월군에서 동강할미꽃이 자생하는 것을 재확인하였고, 충청북도 단양군에서 새로운 분포지를 발견하였다. 이로써 남한에서 지리적 분포지는 강원도에서 확대되어 충북까지, 우리나라 석회암분포지와 거의 정확하게 일치함으로써 이 종이 호석회성 식물일 가능성을 제시한다. 분포하는 미소생육지의 87%가 바위틈이었다. 바위틈에서는 능선이나 사면에 비해 개체수는 적었으나, 유의하게 크기가 크고 꽃 수도 많으며 개화율이 높았다. 개체수가 적은 것은 바위지역에 잠재적 미소생육지 자체가 적기 때문일 것이다. 바위틈은 빛 조건이 좋고, 배수도 용이하며, 다른 종과의 경쟁도 피할 수 있으므로, 이 종이 안정적으로 정착하고 생장하는 적지로 판단된다. 호석회성 식물 여부, 입지조건에 따른 발아와 정착에 대한 포장 실험 및 분포지와 미분포지의 교차이식실험 등의 연구가 더 필요하다. 또한 분포지가 석회암지역에 국한되므로 종 보전을 위해 개체군 보전의 위협요인과 유전적 다양성에 대한 연구도 필요하다.

Creeping bentgrass(Agrostis palustrics Huds.) 품종별 SCAR markers 개발 (Development of SCAR markers in Creeping bentgrass(Agrostis palustrics Huds.) cultivars)

  • 장덕환;정승호
    • 아시안잔디학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.307-316
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    • 2009
  • 크리핑벤트그래스는 골프코스의 퍼팅그린에서 주로 사용하고 있는 한지형잔디 초종이다. 크리핑벤트그래스 품종들은 형태적인 특성이나 유전적인 다양성이 협소하여 품종간 구분이 매우 어렵다. 따라서 이들 품종간 유전적인 다양성이나 골프코스 그린의 인터씨딩율에 대한 조사를 위해 SCAR marker를 개발하고자 본 연구를 수행하였다. penncross, penn A-4, crenshaw, L-93, CY-2, T-1 공시품종들에 대한 SCAR marker 개발을 위해 5개 RAPD primer에 대한 품종 간 구분이 가능한 특이적 band를 선발하였다. 선발한 특이적 band의 염기서열을 분석하여 품종별 SCAR primer를 제작하였다. 각 품종의 SCAR primer별로 특이적 band가 나타나는지에 대한 여부를 검정한 결과, penncross, penn A-4, crenshaw 품종의 SCAR primer는 6개 공시품종에서 동일한 크기의 band가 나타나 SCAR marker로써 활용이 어려웠다. 하지만 CY-2의 CY850F/R primer는 850bp, T-1의 T700F/R primer는 700bp, L-93의 L2900F/R는 2.9kb에서 특이적 band가 나타나 3개 품종별 SCAR marker로서 활용이 가능하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 3개 품종별 SCAR marker를 활용하여 크리핑벤트그래스의 품종별 유전적 다양 및 골프코스 그린의 인터씨딩율 조사에 활용이 가능할 것으로 기대된다.

표고 A 교배형 구분을 위한 CAPS 마커의 개발 및 적용 (Development and Application of a Cleaved Amplified Polymorphic Sequence Marker for Discriminating A Mating Type Alleles of Lentinula edodes)

  • 박미정;유림;장영선;가강현
    • 한국균학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.389-396
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    • 2020
  • 표고는 한국에서 가장 많이 소비되는 식용버섯 중 하나이다. 표고는 사극성의 교배계를 따르며, 표고의 교배형은 자웅이주성의 다른 담자균류와 마찬가지로 서로 독립적인 두 유전자좌, A와 B에 의해 결정된다. 표고의 A 유전자좌에는 한 쌍의 homeodomain (HD) 전사인자가 암호화되어 있으며 이들의 N말단에서 나타나는 높은 변이가 A 교배형의 다양성에 중요한 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 표고 품종과 야생종에서 많이 발견되는 11종의 A 교배형을 구분할 수 있는 CAPS 마커를 개발하고자 하였다. A 유전자좌에서 변이가 큰 부분을 PCR을 통해 증폭한 뒤 두 가지 제한효소 HaeIII와 EcoRI로 절단하여 DNA 단편의 크기 및 양상을 살펴봄으로써 11종의 A 교배형을 서로 구별할 수 있었다. 또한 해당 방법이 이핵균주의 교배형을 확인하는 데 활용할 수 있는지도 살펴보았다.

극동산 뱀장어(Anguilla japonica)의 친자확인을 위한 유전자 마커 개발 (Development of Microsatellite Markers for Parentage Analysis in the Japanese Eel Anguilla japonica)

  • 노은수;신은하;박경현;김은미;김영옥;유용운;김신권;남보혜
    • 한국수산과학회지
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    • 제55권5호
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    • pp.557-566
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    • 2022
  • The Japanese eel Anguilla japonica is a highly valued research object that is important for aquaculture in Asia, including the Republic of Korea. However, few studies have been conducted analyzing parentage using microsatellite markers derived from the Japanese eel. We acquired Japanese eel genome data using next generation sequencing technology, and constructed a draft genome comprising 1,087 Mbp. Using the Simple Sequence Repeat Identification Tool program, 444,724 microsatellites were identified. Of these, 1,842 microsatellites located in the 3' untranslated region, which are stably inherited, were finally selected. Ninety-six primers were selected to validate polymorphism at these microsatellites, and 9 primers were finally identified for multiplex analysis. Using multiplex polymerase chain reaction with three different fluorescence chemistries, we performed parentage analysis of an artificial Japanese eel population. CERVUS software was used to calculate the logarithm of the odds (LOD) scores and the confidence of the parentage assignments. The results presented here show that 83 out of 85 paternity cases were assigned at 95% confidence to a candidate father and mother with LOD scores ranging from 4.79 to 28.2. This study provided a microsatellite marker-based assay for parentage analysis of Japanese eels, which will be useful for selective breeding and genetic diversity studies.

Glycine max와 Glycine tomentella간 종간교잡 친화성과 정역교잡 효과 (Variation of Cross Affinity and Reciprocal Effect in Interspecific Hybridization between Glycine max and Glycine tomentella)

  • 김용철;장권열
    • 한국작물학회지
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    • 제41권5호
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    • pp.608-618
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    • 1996
  • Glycine속의 야생 다년생종인 G. tomentella가 가지고 있는 내병성, 고단백 및 다년생 유전자등 유용형질들을 재배콩(G. max)에 도입하기 위한 종간교잡시 염색체수가 다른 4개의 G. tomentella (2n=38, 40, 78, 80) 계통들과 재배콩과의 교잡친화성 검정, 정역간 교잡효과, 교잡엽의 발육비교, 종간 교배적기 등에 대해 시험한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. G. tomentella의 염색체수가 2n=38, 40, 78, 80인 4개 계통과 재배콩인 울산콩, 뱀콩, 단엽콩과의 종간 교잡에서 G. tomentella의 염색체수가 2n=38인 계통과 교배된 것이 교배율 및 교배후 경과일수에 따른 협생존률이 가장 양호하여 2n=38계통이 재배콩과의 교잡친화성이 가장 높은 것으로 나타났다. 2. G. max(cv. Baemkong)와 G. tomentella(2n=38)와 종간교잡에서 정역교잡 효과는 G. max를 모본으로 했을 때가 G. tomentella를모본으로 했을 때보다 교배율이 더 높았고, 엽생존기간도 더 길어 정역교잡의 효과가 인정되었다. 3. G. max(cv. Baemkong)와 G. tomentella(2n=38)와의 종간교잡에서 교잡협의 발육상태를 자가수정된 모본의 협과 비교했을 때 G. max를 모본으로 한 것이 G. tomentella를 모본으로 한 것보다 협당 배주수의 감소율이 적었으나, 교배후 경과일수에 따른 협의 장, 폭 및 무게는 G. max를 모본으로 한 경우가 생육이 저조하였다. 4. 자연조건에서 G. max와 G. tomentella(2n=38)와의 종간 교잡을 할 경우 6월 이나 7월에 하는 것보다 대체로 온도와 습도가 높고 단일조건인 8월 중하구에 하는 것이 교배율이 높았다.

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J. 로크와 W. v. 훔볼트의 언어개념 비교연구 - 언어와 사고의 관계 문제를 중심으로 (A Comparative Study on Locke and Humboldt's Concept of Language - Centered on the Relationship of Language and Thought)

  • 배상식
    • 철학연구
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    • 제119권
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    • pp.141-172
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    • 2011
  • 본 논문은 로크와 훔볼트의 언어개념을 '언어와 사고'의 관계 문제를 중심으로 상호 비교해 보는 것을 근본 목적으로 삼고 있다. 먼저, 로크는 인간에게 있어서 '언어'는 사회 속에서 의사소통의 수단이나 도구로 이용되는 것이 가장 본질적인 특성이며, 이러한 특성은 자연적인 것이 아니라 사회적인 약정에 의한 것이라고 주장한다. 특히 로크는 낱말(언어)을 그것을 사용하는 사람의 마음속에 있는 관념의 기호라고 주장한다. 이에 반해, 훔볼트는 인간의 사고활동이 언어와 함께 수행되기 때문에, 언어의 본질은 인간의 정신활동(사고)과 불가분적인 어떤 것이라고 주장한다. 물론 훔볼트 역시 로크가 강조하는 의사소통의 수단으로서의 언어적 기능을 인정하기는 하지만, 본질적인 의미에서의 언어는 동적인 정신활동이며, 언어를 통해 비로소 정신이 형성된다고 주장한다. 따라서 이렇게 본다면, 양자 간의 언어개념에는 본질적으로 명확한 차이가 존재한다고 할 수 있다. 그런데 이들 양자의 언어개념에서 나타나는 차이성은 이뿐만이 아니다. 예를 들어, 위에서 언급한 언어의 본질적인 기능 문제이외에도, 인간 언어의 역사적 기원 문제나 말(Rede) 개념의 사용 문제, 그리고 언어를 사용하기 위한 인간의 조건 여부 문제 등에서도 명확한 차이가 나타난다. 본 연구에서는 바로 이러한 문제를 염두에 두면서, 첫째로 로크의 언어사상을 그의 마음과 관념 및 낱말(언어) 개념을 중심으로 살펴보았다. 그런 다음, 이와 대비되는 훔볼트의 사상을 '언어와 사고의 관계' 문제를 중심으로 검토하였으며, 끝으로 이들 양자의 언어개념을 유비적으로 비교해 보면서 그 본질적인 차이성을 밝혀보고자 하였다.

초장립종 벼를 이용한 입형 관련 QTL 분석 및 국내 벼 품종 입형 개선 연구 (QTL Analysis to Improve and Diversify the Grain Shape of Rice Cultivars in Korea, Using the Long Grain japonica Cultivar, Langi)

  • 김석만;박현수;이창민;백만기;조영찬;서정필;정오영
    • 한국작물학회지
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    • 제65권4호
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    • pp.303-313
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    • 2020
  • 본 연구는 단조로운 국내 벼 품종의 입형을 다양화하기 위하여 초장립종 자포니카 품종을 활용해 그 특성을 국내 벼 품종에 도입함으로써 입형이 다양한 새 품종을 개발하려는 기초 육종연구의 일환으로 수행되었다. 입형 다양화를 위하여 세장형 자포니카 벼 품종인 Langi와 입형이 극단적으로 원형에 가까운 자포니카형 조생자도를 교배하여 유전분석 및 QTL 탐색을 위한 mapping 집단을 육성하였고, 이를 이용하여 입형 관련 형질의 상관분석, QTL 분석, validation test 및 탐색된 QTL 효과를 검정한 결과는 다음과 같다. 1. 조생자도와 Langi 조합의 교배립을 생산하여 F2 집단을 육성하였고 출수 일수를 고려하여 최종 265 개체를 선발·수확하여 주요 형질에 대한 조사와 QTL 분석에 이용하였다. 2. 육성된 mapping집단의 입형 관련 형질들은 종자 길이에 대해 종자 장폭비(0.89)와 천립중(0.69)이 상대적으로 높은 상관계수를 나타냈고, 종자폭에 대해서는 종자 길이(-0.47)와 장폭비(-0.82)가 음의 상관을 나타냈으며 종자두께(0.43)는 정상관을 보였다. 3. QTL 분석 결과 종자 길이와 관련하여 벼 5번 염색체에서 PVE 값이 20.31%인 qGL5와 7번 염색체에서 PVE 값이 각각 36.07%와 26.11%인 qGW5와 qGW7을 탐색하였다. qGL5는 세장형인 Langi로부터 유래하였으며, 두 QTL(qGW5, qGW7)은 원형인 조생자도로부터 유래하였다. 4. Validation test결과 Langi는 자포니카형 벼(qsw5_N)에서는 매우 드문 qSW5형 대립유전자를 가지고 있으며 이것은 qGL5와 함께 작용하여 집단내에서 종자 길이신장에 관여했을 것으로 추정된다. 5. 탐색 QTL의 효과는 qGL5 (+)와 qGW5:qGW7 조합에서 중원형, 장원형, 세장형 등 입형의 변이가 다양하게 나타났는데 Langi가 자포니카 생태형이란 점과 QTL의 효과가 증명되어 MAS활용이 가능하다는 점 등 입형 다양화를 위한 육종사업에서의 효과 및 활용도가 다양할 것으로 생각된다.

부산지역 집단 식중독 발생에서 검출된 노로바이러스의 유행양상 (Prevalence of Noroviruses Detected from Outbreaks of Acute Gastroenteritis in Busan, Korea)

  • 구희수;구평태;이미옥;백형석
    • 생명과학회지
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    • 제26권8호
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    • pp.911-920
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    • 2016
  • 최근 4년 동안 부산지역에서 2인 이상 발생된 식중독 사례를 대상으로 급성 위장관염 증상을 보인 환자 472건와 조리종사자 109건을 대상으로 유전자 분석을 한 결과 총 581건 중 71건(12.2%)에서 노로바이러스를 확인하였다. 연도별 검출현황은 2012년 18.3%(30/164건), 2013년 5.6%(6/107건), 2014년 8.0%(6/75건), 2015년 12.3%(29/235)으로 2012년과 2015년이 Norovirus 식중독에 의한 유병률이 가장 높았다. 월별 발생양상은 2월에 20건(28.2%)으로 가장 많이 발생했으며, 11월 18건(25.4%), 12월 12건(16.9%) 순이었고, 5월~8월에는 노로바이러스 환자 발생이 없어, 비교적 추운 계절에 높은 검출율을 보이는 계절적인 특징을 나타내었다. 연령별 분포는 11세~20세의 검체가 269건으로 10대의 초, 중, 고등학생의 검체가 전체의 46.3%를 차지하였다. ANOVA Scheffe 검정 결과를 통해, Norovirus의 예방 및 확산 방지를 위해 10대를 위한 위생 교육 및 식중독 예방교육을 더욱 철저히 실시해야 할 시사점을 얻었다. Norovirus genotype 분석 결과, GI genogroup은 GI-1형, GI-2형, GI-3형, GI-5형, GII genogroup은 GII-1형, GII-4형, GII-5형, GII-6형, GII-17형으로 다양한 genotype이 분포되었다. 연도별 유행하는 유전형은 2012년 GII-6형(17건), 2013년 GII-6형(3건), 2014년 GII-4형(5건), 2015년 GII-6형(18건)이 가장 우세했다. 그러나 최근 국내 뿐 아니라 전 세계적으로 GII-4형이 매우 유행하고 있으나, 부산지역은 2014년을 제외하고는 GII-6형이 우세한 genotype이라는 매우 특징적 결과를 얻었다.