• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.590-595
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• 2003

The objective of this study was to assess of genetic variation within and between pumpkin species including Cucurbita maxima, C. moschata, C. pepo and C. maxima${\times}$C. moschata using RAPD markers. The 16 primers showed the amplification of 136 scorable fragments ranging from about 100 bp to 2300 bp. A total of 94 DNA fragments were polymorphic with an average 5.9 polymorphic bands per primer. A species $(C. maxima\timesC. moschata)$ has the highest number of polymorphic loci. Based on obtained data, UPGMA cluster analysis was conducted. Twenty pumpkin cultivars were classified into three large categories and identified genetic distance of cluster ranging from 0.38 and 1.00. Clustering was in accordance with the division of Curcurbitaceae into four species, C. maxima, C. moschata, C. pepo and C. $C. maxima\timesC. moschata$. Therefore, RAPD method may be essential tool for enabling discrimination of pumpkin cultivars.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제40권2호
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• pp.122-129
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• 2007

During the last decade, genomic cohort study has been developed in many countries by linking health data and genetic data in stored samples. Genomic cohort study is expected to find key genetic components that contribute to common diseases, thereby promising great advance in genome medicine. While many countries endeavor to build biobank systems, biobank-based genome research has raised important ethical concerns including genetic privacy, confidentiality, discrimination, and informed consent. Informed consent for biobank poses an important question: whether true informed consent is possible in population-based genomic cohort research where the nature of future studies is unforeseeable when consent is obtained. Due to the sensitive character of genetic information, protecting privacy and keeping confidentiality become important topics. To minimize ethical problems and achieve scientific goals to its maximum degree, each country strives to build population-based genomic cohort research project, by organizing public consultation, trying public and expert consensus in research, and providing safeguards to protect privacy and confidentiality.

• 한국약용작물학회지
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• 제9권3호
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• pp.205-210
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• 2001

50여개의 primer를 사용하여 잔대 Adenophora triphylla와 층층잔대 A. radiatifolia Nakai, 그리고 더덕 Codonopsis laceolata Trautv의 지역간, 속간의 차이점과 감별여부를 RAPD법으로 시행한 결과, 잔대와 층층잔대의 차이점은 거의 없었으며, 더덕의 지역차이는 0.889의 유전적거리를 나타내었다. 두 종(種)을 구별할 수 있는 특이 band로는 primer 357, 361, 363, 393 이었으며, 건조약재와 비교하였을 때 재현성이 확인되었고, 또한 잔대와 더덕의 건조약재를 각각 혼합시켰을 때 이를 구별할 수 있는 major band가 뚜렷이 나타나 혼용되어있는 건조약재에서의 감별이 가능함을 알 수 있었다..

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2021년도 춘계학술대회
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• pp.16-16
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• 2021

To distinguish manchurian clematis, Clematis terniflora var. mandshurica and three-leaf clematis, C. apiifolia, we collected 9 nuclear ITS sequences and two sequences of trnQ-trnH intergenic spacer and trnH region in GenBank database. Those sequences were aligned to find differences between those of C. terniflora var. mandshurica and C. apiifolia. Two primer pairs were newly designed base on the differences between two species and conducted multiplex PCR. The size of amplified fragments using generated primers were 380 base pairs (only three-leaf clematis) and 189 base pairs (both species). This genetic marker based on PCR is useful to discrimination of C. terniflora var. mandshurica and C. apiifolia

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제38권1호
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• pp.97-103
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• 2001

현재 HMM은 음성인식에서 가장 널리 쓰이는 방법이다. 대부분의 경우 HMM의 매개변수는 훈련데이터에 대해 최대유사도를 가지도록 훈련된다. 그러나 이러한 방법은 다른 단어들에 대한 변별력을 고려하지 않는 단점이 있다. 이 논문에서는 이러한 단점을 보완하기 위해, 유사단어에 대한 정보와 두 단어 사이에 변별력을 가지는 함수를 사용하여, 인식된 단어와 유사단어만을 대상으로 재인식하는 과정을 통해 단어를 검증하는 방법을 제안하였다. 유사단어는 각 단어의 HMM에 다른 단어의 훈련음성으로 확률값을 계산하여 가장 유사한 단어를 얻었으며, 단어간에 변별력을 가지는 인식기는 각 상태에 하중값을 가지는 인식기를 사용하여 구현하였다. 단어간에 변별력을 가지는 하중값은 유전자 알고리듬을 사용하여 얻었다. 실험에서 유사단어와 변별력을 가지는 검증기의 사용으로 오인식률이 약 22% 감소하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제26권3호
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• pp.316-322
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• 2013

In order to evaluate the genetic diversity and discrimination among five Korean native chicken lines, a total of 86 individuals were genotyped using 150 microsatellite (MS) markers, and 15 highly polymorphic MS markers were selected. Based on the highest value of the number of alleles, the expected heterozygosity (He) and polymorphic information content (PIC) for the selected markers ranged from 6 to 12, 0.466 to 0.852, 0.709 to 0.882 and 0.648 to 0.865, respectively. Using these markers, the calculated genetic distance (Fst), the heterozygote deficit among chicken lines (Fit) and the heterozygote deficit within chicken line (Fis) values ranged from 0.0309 to 0.2473, 0.0013 to 0.4513 and -0.1002 to 0.271, respectively. The expected probability of identity values in random individuals (PI), random half-sib ($PI_{half-sibs}$) and random sibs ($PI_{sibs}$) were estimated at $7.98{\times}10^{-29}$, $2.88{\times}10^{-20}$ and $1.25{\times}10^{-08}$, respectively, indicating that these markers can be used for traceability systems in Korean native chickens. The unrooted phylogenetic neighbor-joining (NJ) tree was constructed using 15 MS markers that clearly differentiated among the five native chicken lines. Also, the structure was estimated by the individual clustering with the K value of 5. The selected 15 MS markers were found to be useful for the conservation, breeding plan, and traceability system in Korean native chickens.

• 대한본초학회지
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• 제26권3호
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• pp.15-21
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• 2011

Objectives : The application of polymerase chain reaction (PCR) for the discrimination of the herbal medicine Leonuri Herba (Leonurus japonicus) was evaluated by the comparison of the DNA sequence with Lamiaceae herbal medicine. Method : Genetic analysis showed that phylogenetic tree and comparing sequences through the DNA analysis of rbcL (ribulose-1, 5-bisphosphatecarboxylase) region and trnL-F (tRNA-Leu, trnL-trnF intergeni cspacer, and tRNA-Phe) region of chloroplast DNA from six Lamiaceae sold in market. And we developed IMCF and IMCR primers in order to distinction Leonuri Herba in six Lamiaceae using rbcL and trnL-F sequences. Results : Genetic analysis showed that six Lamiaceae showed individual group on phylogenetic tree. PCR amplification product of Leonuri Herba and another five Lamiaceae were developed for amplification of a 281 bp sequence and the specific PCR amplification of a 460 bp sequence that was exclusive to Leonuri Herba was designed using IMCF and IMCR primers. Conclusion : PCR analysis based on the chloroplast DNA sequences allows the discrimination of Leonuri Herba-based medicine.

• 생명과학회지
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• 제20권7호
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• pp.1086-1092
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• 2010

본 연구는 토종닭 순계(적갈계통, 황갈계통), 토종닭 실용계와 오골계 및 외래품종(Hy-Line Brown: HB, White Leghorn: WL)을 대상으로 13종의 MS marker (ADL0309, ADL181, ADL190, ADL279, LEI0073, LEI0192, MCW083, MCW120, MCW153, MCW214, MCW217, MCW226, MCW322)을 활용하여 집단 및 품종간의 유전적 다양성을 분석 하였다. 13종의 MS marker 내에서 총 120개의 대립유전자를 확인 하였으며 평균 9.2개의 대립유전자를 보유한 것으로 나타났다. 관측된 이형질성, 기대되는 이형질성 및 PIC의 평균값은 각각 0.63, 0.72 그리고 0.678로 확인되었다. 가장 많은 평균대립유전자를 보유한 집단은 토종닭 실용계집단이 5.9로 확인 되었으며 기대되는 이형질성이 0.629로 비교적 높게 나타났다. 이는 토종닭 순계 집단을 이용한 3원 교잡을 통해 실용계집단을 생산하는 과정에서 기인한 것으로 추정된다. 집단 및 품종간의 유전적 유연관계를 분석한 결과 토종닭 순계집단 (R, Y)과 실용계집단(C)은 서로간에 가까운 유전적 거리를 유지하고 있는 것으로 확인되었다. 각 MS marker별 품종간의 이형접합률을 이용하여 각 개체들의 집단 내에서 품종을 식별 할 수 있는 확률인 누적품종식별력(CPD) 값을 계산한 결과 13종의 MS marker를 이용하여 개체의 품종을 구분할 수 있는 확률이 99.461%로 나타났다.

• 한국산림과학회지
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• 제105권4호
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• pp.422-428
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• 2016

은행나무는 이식성이 좋고 열악한 환경에서도 잘 자라기 때문에 도심 가로수나 조경수로 매우 적합한 수종이다. 은행나무는 암수딴그루 식물로 수나무와 암나무의 생식기관(수꽃과 암꽃)의 비교를 통하여 성을 식별할 수 있으나, 꽃이 달리기까지 약 20년 이상이 필요하다. 가로수용 은행나무는 주로 꽃이 생성되기 이전에 식재되기 때문에 암나무와 수나무 구분 없이 가로수로 식재되어왔다. 가로수로 식재된 암나무에서 열리는 은행나무 열매는 악취를 발산하고 거리 오염을 야기하고 있다. 따라서 본 연구에서는 유시에 수나무를 선별하기 위하여 기존에 보고된 수나무 특이 RAPD 변이체의 염기서열을 기반으로 수나무에서만 675 bp의 PCR 산물을 증폭하는 SCAR 마커(SCAR-GBM)를 개발하였다. SCAR-GBM 마커의 우성 마커 특성에 기인한 위음성(false-negative)문제를 해결하고 식별 효율을 향상시키기 위하여 SCAR-GBM 마커와 mtDNA의 atp1 영역을 증폭하는 범용 프라이머를 동시에 적용하는 multiplex PCR을 이용하였다. 그 결과 암나무와 수나무에서 공히 atp1 영역에 해당하는 1,039 bp의 PCR 산물이 증폭되었으며, 수나무에서만 특이적으로 SCAR-GBM 마커가 증폭되었다. 전국 8개 지역에서 채취된 암나무와 수나무 각 80개체에 대한 분석을 통하여 SCAR-GBM 마커와 multiplex PCR 방법의 재현성이 확인되었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제29권4호
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• pp.302-313
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• 2023

Y chromosomal short tandem repeat (Y-STR) markers have been developed continuously to complement forensic DNA analyses and population genetic studies. Initially, we collected data from previously reported Korean population Y-STR haplotype studies on 1133 individuals. We then conducted a marker expansion analysis using a dataset from the Y-STR Haplotype Reference Database (YHRD), covering up to 29 Y-STRs, referred to as Ymax. Additionally, we examined the impact of rapidly mutating (RM) Y-STRs included in this expanded marker set on the discrimination capacity. We observed that marker expansions both with (0.9896), and without (0.9510), RM Y-STR improved the discrimination capacity. Subsequently, we focused on 16 individuals belonging to seven distinct groups sharing identical haplotypes. These particular haplotypes had been previously identified among 476 unrelated males using 23 Y-STR markers from the PowerPlex^® Y23 System. We expanded the marker panel up to Ymax to explore how discrimination improved with an expansion of Y-STR markers for these 16 individuals. Among the expanded markers, DYS627, which had high discriminatory power, had a high mutation rate (1.10 × 10^-2) and high gene diversity (0.83). In contrast, DYF387S1 displayed high gene diversity (0.95) but a relatively low mutation rate (2.80 × 10^-3). We propose that these findings will be valuable in the selection of suitable Y-STR markers, depending on the objectives of forensic analyses. Additionally, the presence of frequently observed Y-haplotypes in Korean population will facilitate statistical interpretation in Y-STR DNA profiling.