• 대한본초학회지
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• 제28권5호
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• pp.69-77
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• 2013

Objectives : The purpose of this study was to characterize the effect of the Ethanolic extract of Stachys sieboldii and Lycopus lucidus on the learning and memory impairments induced by scopolamine. Methods : The genetic difference of Stachys sieboldii and Lycopus lucidus were observed with RAPD analysis. The cognition-enhancing effect of Stachys sieboldii and Lycopus lucidus was investigated using a passive avoidance test, Y-maze test and the Morris water maze test in mice. Drug-induced amnesia was induced by treating animals with scopolamine (1 mg/kg, i.p.). Results : As a result of RAPD analysis, Stachys sieboldii and Lycopus lucidus Radix was found to be genetically different and The results of learning memory analysis showed that Stachys sieboldii extract-treated group (500 mg/kg, p.o.) and the tacrine-treated group (10 mg/kg, p.o.) significantly ameliorated scopolamine-induced amnesia based on the Passive avoidance Y-maze test and Water maze test. And these results are same manner in DPPH radical scavenger effect and Acetylcholineseterase inhibition effect. These results suggest that Stachys sieboldii extract maybe a useful cognitive impairment treatment, and its beneficial effects are depending on the origin plants. Conclusions : Commercially available Stachys sieboldii Radix consists of two original plant, one of them people misuse. To clarify the origin of the plant Memory tests were performed. These results suggest that 80% Ethanol extract of Stachys sieboldii showed significant anti-amnestic and cognitive-enhancing activities related to the memory processes, and these activities were parallel to treatment duration and dependent of the learning models.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권6호
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• pp.84.1-84.10
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• 2021

Background: Enteritis of an infectious origin is a major cause of productivity and economic losses to cattle producers worldwide. Several pathogens are believed to cause or contribute to the development of calf diarrhea. Astroviruses (AstVs) are neglected enteric pathogens in ruminants, but they have recently gained attention because of their possible association with encephalitis in humans and various animal species, including cattle. Objectives: This paper describes a large outbreak of neonatal diarrhea in buffalo calves (Bubalus bubalis), characterized by high mortality, which was associated with an AstV infection. Methods: Following an enteritis outbreak characterized by high morbidity (100%) and mortality (46.2%) in a herd of Mediterranean buffaloes (B. bubalis) in Italy, 16 samples from buffalo calves were tested with the molecular tools for common and uncommon enteric pathogens, including AstV, kobuvirus, and torovirus. Results: The samples tested negative for common enteric viral agents, including Rotavirus A, coronavirus, calicivirus, pestivirus, kobuvirus, and torovirus, while they tested positive for AstV. Overall, 62.5% (10/16) of the samples were positive in a single round reverse transcription polymerase chain reaction (PCR) assay for AstV, and 100% (16/16) were positive when nested PCR was performed. The strains identified in the outbreak showed a clonal origin and shared the closest genetic relationship with bovine AstVs (up to 85% amino acid identity in the capsid). Conclusions: This report indicates that AstVs should be included in a differential diagnosis of infectious diarrhea in buffalo calves.

• 미생물학회지
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• 제54권3호
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• pp.254-265
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• 2018

최근 양계업에 막대한 피해를 끼치는 조류독감은 한국에서 수천억원의 거대한 경제적 손실을 초래하였다. 병원균의 전염경로를 파악할 수 있다면 막대한 손해를 끼치는 생물학적 피해의 확산을 막고 일부 지역으로 제한하는데 큰 도움이 될 것이다. 병원균 DNA 서열의 계통학적인 분석을 통하여 감염된 숙주들을 방향성이 있는 연결선으로 연관짓는 전염 계통수를 얻을 수 있다. 지난 10여년간 유전적 데이터뿐만 아니라 역학 데이터를 이용한 전염 계통수 추론의 방법론적 발전이 이루어졌다. 이에, 본 연구에서는 전염 계통수 추론 방법을 이용하여 지난 2014년 한국에 발병한 고병원성 조류독감 H5N8에서 유래한 DNA 서열을 재분석하였다. 당시, H5N8 바이러스는 전라북도에서 시작하여 지역적으로 접해있는 4개의 지역으로 확산되어 나갔던 것으로 알려져 있다. 전염 계통수를 추론하는 베이지언 통계 방법인 Markov chain Monte Carlo를 반복적으로 시행하고 이를 종합하여 철새 외래종과 국내종 조류 숙주들의 전염 계통수를 추정하였다. 비록 연결선의 불확실성은 높았으나 추정된 전염 계통수를 통하여 당시 H5N8 바이러스는 전라북도에서 시작하고 충청남도를 거쳐 경기도로 퍼져나간 것을 확인할 수 있었다. 사육하는 오리와 같은 국내종 조류는 전염 계통수의 말단 노드에 위치하는 것으로 추정되었다. 이러한 결과를 통하여 야생 철새종이 2014년 한국의 H5N8 조류독감의 감염 매개자로 주된 역할을 하였다는 것을 재확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제19권5호
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• pp.684-687
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• 2009

핵과류 과수에 세균성구멍병을 일으키는 Xanthomonas arboricola pv. pruni는 집단의 다양성이 적은 것으로 알려지고 있다. 우리나라에서 분리된 X. arboricola pv. pruni의 유전적 특성을 조사하기 위하여 동일한 16S rDNA 염기서열을 갖는 X. arboricola pv. pruni의 type strain인 LMG852, 일본 균주 MAFF301420, 우리나라 균주 XWD1의 세 균주를 대상으로 세 개 유전자 부위의 DNA 염기서열과 RAPD 분석을 실시하였다. 그 결과 ITS와 glnA, atpD의 염기서열은 세 균주가 동일하였다. 그러나 756 염기로 구성된 atpD의 염기서열은 GenBank에 등록된 프랑스균주와 5곳에서 차이가 있었다. 40개의 random primer를 사용한 RAPD 결과는 우리나라와 일본균주는 동일한 밴드 패턴을 보이나 대표균주와는 다른 양상을 보였다. 이러한 사실은 우리나라와 일본의 X. arboricola pv. pruni의 개체군은 매우 가까워 유전적 다양성이 낮은 것으로 보이며 유럽균주와는 다른 기원과 전파 경로를 갖는 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제20권12호
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• pp.1764-1771
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• 2010

홍화(Carthamus tinctorius L.)는 세계 여러 나라에 분포하고 있는 초본류이다. 이 종은 경제적으로 중요한데 홍화는 약용, 적색소, 노랑 색소로 이용된다. RAPD 기법으로 홍화의 26 집단 간 유연관계와 유전적 다양성을 조사하였다. 모든 집단에서 123개 밴드를 얻었으며 시발체(primer) 당 평균 9.5개 밴드를 나타내었다. 홍화의 유전적 다양도는 집단 내에 대부분 귀속되며 높은 집단 간 분화를 나타내었다. OPC18-01 밴드는 시리아 그룹에 특이 밴드였으며 다른 나라 집단에서는 발견되지 않았다. 이런 7개 특이 마크(SCAR)를 발견하였다. 비록 홍화의 분석한 개체 수가 적고 각 나라의 대표성을 의미하지 않지만 본 연구 결과 지중해의 지역(모로코, 시리아, 터키)이 인도를 제외한 다른 지역보다 변이가 높았다. 단순히 RAPD만으로 단정하기 어렵지만 홍화의 기원 센터의 후보군으로 지중해 연안으로 추정된다. 인도 역시 홍화의 2차 센터의 후보군이다. RAPD 마커는 홍화의 자연 집단을 분류하는데 효과적이었다.

• BMB Reports
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• 제38권6호
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• pp.668-675
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• 2005

A full-length cDNA encoding taxadiene synthase (designated as TmTXS), which catalyzes the first committed step in the Taxol biosynthetic pathway, was isolated from young leaves of Taxus media by rapid amplification of cDNA ends (RACE). The full-length cDNA of TmTXS had a 2586 bp open reading frame (ORF) encoding a protein of 862 amino acid residues. The deduced protein had isoelectric point (pI) of 5.32 and a calculated molecular weight of about 98 kDa, similar to previously cloned diterpene cyclases from other Taxus species such as T. brevifolia and T. chinenisis. Sequence comparison analysis showed that TmTXS had high similarity with other members of terpene synthase family of plant origin. Tissue expression pattern analysis revealed that TmTXS expressed strongly in leaves, weak in stems and no expression could be detected in fruits. This is the first report on the mRNA expression profile of genes encoding key enzymes involved in Taxol biosynthetic pathway in different tissues of Taxus plants. Phylogenetic tree analysis showed that TmTXS had closest relationship with taxadiene synthase from T. baccata followed by those from T. chinenisis and T. brevifolia. Expression profiles revealed by RT-PCR under different chemical elicitor treatments such as methyl jasmonate (MJ), silver nitrate (SN) and ammonium ceric sulphate (ACS) were also compared for the first time, and the results revealed that expression of TmTXS was all induced by the tested three treatments and the induction effect by MJ was the strongest, implying that TmTXS was high elicitor responsive.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권3호
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• pp.257-266
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• 2016

지구 기후변화에 따라 아열대성 해충이 온대지역으로 이주를 통해 서식지를 넓히고 있다. 아열대성 해충인 콩명나방(Maruca vitrata)이 국내에서 팥을 비롯한 콩과작물에 경제적 피해를 일으키고 있다. 비교적 유전적 변이가 큰 곤충으로 알려진 콩명나방에 대해서 국내 집단의 기원에 대해서 의문을 갖게 되었다. 국내 콩명나방 집단의 유전적 특성을 이해하기 위해 cytochrome oxidase subunit 1 (cox 1) 유전자의 염기서열을 판독하였고, 이를 다른 지역 집단들과 분자계통학적으로 분석하였다. 전 세계에 분포하고 있는 콩명나방은 크게 3 그룹(아시아-아프리카, 아메리카, 오세아니아)으로 분류되었다. 이 가운데 국내 콩명나방은 아시아-아프리카 그룹에 속했다. 국내 집단의 살충제 감수성을 분석하기 위해 작용기작이 서로 다른 7 가지(4 종류의 신경독 약제, 1 종류의 곤충성장조절제, 2 종류의 생물농약)의 약제로 평가하였다. 콩명나방의 어린 유충은 분석된 모든 약제에 비교적 감수성이 높았다. 그러나 노숙 유충의 경우는 어린 유충에 비해 감수성이 현저하게 저하되었다. 처리 후 7 일간 분석된 살충력 조사에서 조사된 어느 약제도 콩명나방의 최종령 유충을 효과적(> 50% 방제가)으로 방제하지 못하였다.

• 헤리티지:역사와 과학
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• 제37권
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• pp.309-326
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• 2004

유적지의 발굴 현장에서 고대인의 삶과 동일시대에 존재했던 토양을 이용하여 유기 화학적 방법을 통한 잔존 지방산 분석과 현미경 관찰로 기생충 충란과 화분의 분석, 그리고 고대 미생물의 유전자 분석을 수행 할 수 있다. 지방산 분석은 인간과 동물의 부산물을 규명할 수 있어 고대 화장실 문화의 복원을 위해 유용하게 사용되어지고 있다. 유기 화학적으로 TLC와 GC-MS 방법을 이용하여 고대 식생활과 영양원을 확인 할 수 있다. 고대 토양의 현미경 관찰로는 기생충의 충란과 화분을 확인 할 수 있는데, 기생충의 확인을 통해 과거 인류의 질병을 유추 할 수 있으며, 화분은 고대 인류 거주지 주변의 환경을 간접적으로 확인 및 복원이 가능하다. 또한 유전자 분석을 통하여 유적지 토양에 존재하는 고대 생명체의 유전적 다양성과 변화 양상을 확인 할 수 있으며, 멸종된 생명체의 유전자 보존에도 중요한 역할을 수행할 것이다. 유기화학, 토양학, 미생물학, 분자 생물학, 유전학과 같은 자연과학적 방법을 이용하여 고고학적 발굴지의 토양을 분석한다면 기존에 해석하기 힘들었거나 간과하였던 부분을 재해석과 이해를 돕는데 상당한 도움이 될 것이다. 또한 생물 종 다양성과 고대 인류의 기원과 생활문화를 이해하는데도 중요한 역할을 수행하리라 생각된다.

• 한국해양생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.38-46
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• 2021

꼬막 종류 중 하나인 Tegillarca granosa는 해양 이매패류로서 한국, 중국, 일본 등의 중요한 수산 자원 중 하나이다. 꼬막의 염색체 수는 2n=38로 알려져 있지만, 유전체의 크기와 유전 정보에 대해서는 아직 명확하게 알려져 있지 않다. 꼬막의 유전체 크기 예측을 위하여 NGS Illumina HiSeq 플랫폼을 이용하여 얻은 짧은 DNA 서열 정보를 통하여 in silico 분석으로 유전체 크기를 분석하였다. 그 결과 꼬막의 유전체 크기는 770.61 Mb로 예측되었다. 이후 MaSuRCA assembler를 통하여 드래프트 게놈 조립 작업을 수행하고, QDD pipeline을 이용하여 SSR (simple sequence repeats) 분석을 수행하였다. 꼬막의 유전체로부터 43,944개의 SSR을 발굴하였으며, 다이-뉴클레오타이드(di-nucleotide) 69.51%, 트라이-뉴클레오타이드(tri-nucleotide) 16.68%, 테트라-뉴클레오타이드(tetra-nucleotide) 12.96%, 펜타-뉴클레오타이드(penta-nucleotide) 0.82% 그리고 헥사-뉴클레오타이드(hexa-nucleotide) 0.03%로 구성되었다. 이후 꼬막의 유전적 다양성 연구에 활용할 수 있는 100개의 마이크로새틀라이트 마커의 프라이머 세트를 선별하였다. 앞으로 이번 연구를 통해서, 꼬막의 집단유전학적 연구와 유전적 다양성을 규명하는데 도움이 될 것이며, 나아가 동종들 간의 원산지 분류를 알아낼 수 있을 것이다.

• 대한교통학회지
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• 제19권4호
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• pp.85-96
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• 2001

본 연구에서는 좌회전 금지 및 U-turn과 같이 회전제한이 있는 기하구조적 특성과 통행을 위한 시간창과 같이 특정 시간대에만 통행이 허용되는 가변적 특성이 부여된 도시도로망에서 기종점을 잇는 합리적인 최단경로를 탐색하는 문제를 다룬다. 본 연구의 동기는 지능형 교통시스템(ITS)의 응용분야인 첨단 여행자 정보시스템(ATIS)의 운영을 위해 필수적으로 요구되는 최단여행시간 경로를 탐색하고자 하는 문제에 의해서 유발되었다. 기하구조적 특성과 가변적 특성이 부여된 교통망은 도시도로망의 현실성을 보다 더 사실적으로 표현하지만 전통적인 알고리즘과 지금까지 개발된 알고리즘들은 가변적 특성이 반영된 최단경로를 탐색하는데 실패한다. 본 논문은 ATIS를 도시도로망에서 운영하는데 필요한 합리적인 최단경로 정보를 실시간으로 탐색할 수 있는 최단경로 알고리즘을 제안한다. 최단경로 알고리즘은 유전자 알고리즘 접근법을 이용하여 개발되었으며 모의실험에 의해 제안된 알고리즘의 우수성을 입증하였다.