• Genomics & Informatics
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• 제11권4호
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• pp.272-276
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• 2013

Sequence analysis of the 16S rRNA gene has been widely used for the classification of microorganisms. However, we have been unable to clearly identify five Flavobacterium species isolated from a freshwater by using the gene as a single marker, because the evolutionary history is incomplete and the pace of DNA substitutions is relatively rapid in the bacteria. In this study, we tried to classify Flavobacterium species through multilocus sequence analysis (MLSA), which is a practical and reliable technique for the identification or classification of bacteria. The five Flavobacterium species isolated from freshwater and 37 other strains were classified based on six housekeeping genes: gyrB, dnaK, tuf, murG, atpA, and glyA. The genes were amplified by PCR and subjected to DNA sequencing. Based on the combined DNA sequence (4,412 bp) of the six housekeeping genes, we analyzed the phylogenetic relationship among the Flavobacterium species. The results indicated that MLSA, based on the six housekeeping genes, is a trustworthy method for the identification of closely related Flavobacterium species.

• 한국수산과학회지
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• 제47권3호
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• pp.247-254
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• 2014

To investigate the acquisition of quinolone resistance, we examined mutations in the quinolone resistance-determining region (QRDR) of type II topoisomerase genes in ciprofloxacin (CIP)-resistant clinical isolates and in vitro mutants of Streptococcus parauberis. The CIP-resistant clinical isolates had one base change responsible for a Ser-79${\rightarrow}$Thr in the QRDR of parC. However, the CIP-resistant in vitro mutants had an altered QRDR of parC (Ser-79${\rightarrow}$Ile) that differed from that of the isolates. None of the CIP-resistant S. parauberis clinical isolates or in vitro mutants exhibited amino acid changes in gyrA or gyrB. However, even though involvement in the increased resistance was not clear, an Arg-449${\rightarrow}$Ser mutation outside of the QRDR of parE was detected in CIP-resistant mutant 2P1. These results suggest that the topoisomerase IV gene, parC (and possibly parE, as well), is the primary ciprofloxacin target in S. parauberis. Additionally we established a high-resolution melting (HRM) assay capable of detecting the dominant mutation in four type II topoisomerase genes conferring ciprofloxacin resistance. These rapid and reliable assays may provide a convenient method of surveillance for genetic mutations conferring antibiotic resistance.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권3호
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• pp.324-332
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• 2016

왕겨를 탄소원으로 사용하여 증균 배양을 실시함으로써 국내 사찰에서 제조된 된장으로부터 xylan 분해능 우수한 균주를 분리하였다. 분리균 YB-1301은 DNA gyrase subunit B 유전자(gyrB)의 염기서열에 근거하여 Bacillus safensis로 동정되었다. B. safensis YB-1301을 밀기울 또는 여러 종류의 xylan들이 첨가된 배지에서 배양하였을 때 xylanase의 생산성이 급격하게 증가되었다. 특히 birchwood xylan이 첨가된 LB 배지에서 플라스크 배양을 하였을 때 최대 340 U/ml 이상의 xylanase 생산성을 보였다. Xylan이 첨가되지 않은 LB 배지에서는 매우 소량의 xylanase가 균의 성장과 연계되어 항시적으로 생산되지만, xylan이 첨가된 배지에서는 정지기 생육단계에서 xylanase의 생산이 크게 유도되었다. 더구나 xylanase 생합성은 가수분해되지 않은 xylan 보다 xylan의 효소적 가수분해 산물에 의해 더 빠르게 유도되었다. 또한 B. safensis YB-1301의 배양상등액에 존재하는 xylanase는 55℃와 pH 6.5−7.0의 반응조건에서 최대활성을 나타냈다.

• 한국식품영양학회지
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• 제27권2호
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• pp.213-218
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• 2014

적리를 동반하는 돼지 분변에서 용혈성 균주를 분리 동정한 후, 장 독소 생성 유 무 및 항생제 감수성 시험을 수행하였다. 분리된 용혈성 균주 B. cereus BY06의 gyrB 유전자 염기서열을 분석한 결과, B. cereus와 99% 유사성을 나타내었다. PCR법에 의한 장 독소 유전자 검출 시험에서 B. cereus BY06는 장 독소 분비 양성으로 판정됨에 따라 설사형 식중독 균임이 확인되었다. B. cereus BY06를 이용한 항균제의 감수성 시험 결과, penicillin G에는 내성을 나타낸 반면 cephalothin, vancomycin, clindamycin, fusidic acid, gentamicin, ciprofloxacin, tetracycline 및 rifampin에 대하여 감수성을 나타냈다. 본 연구를 통해 돼지 분변에서 분리된 B. cereus 균주는 설사를 유발하는 장 독소를 분비하며, penicillin G에 대한 내성을 확인하였다.

• Journal of Microbiology
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• 제45권6호
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• pp.590-592
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• 2007

We report the isolation of Salmonella enterica serotype Typhimurium phage type DT104 (CCARM 8104) from swine in Korea. The CCARM 8104 isolate was resistant to nalidixic acid and showed reduced susceptibility to quinolones. The CCARM 8104 isolate had a missense mutation, Asp87Asn, in the quinolone resistance-determining region in gyrA and produced PSE-1. The CCARM 8104 isolate carried two different class 1 integrons, and the PSE-1 ${\beta}$-lactamase gene was inserted into a 1,200 bp class 1 integron. The presence of DT104 with pse-1 in an integron located in a plasmid and reduced susceptibility to quinolone in swine pose a significant threat of possible horizontal spread between swine and humans.

• 한국균학회지
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• 제46권1호
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• pp.83-90
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• 2018

Podosphaera fusca에 의한 멜론 흰가루병은 우리나라에서 멜론의 심각한 식물병 중의 하나이다. 본 연구에서는 선발한 길항세균의 다양한 식물병원균에 대한 균사 생육 억제 및 메론 흰가루병 방제에 대한 효과를 평가하였다. 16S rDNA 및 gyrA 유전자의 염기서열을 바탕으로 선발한 길항세균 Bacillus sp. M09, M70 및 M99-1을 동정한 결과 B. velezensis로 동정되었다. B. velezensis M09, M70 및 M99-1는 다양한 식물병원균에 47~69%의 균사생육 억제 효과를 보였을뿐만 아니라 흰가루병균의 발생을 현저히 감소시켰다. 본 연구에서 선발한 3균주는 멜론 흰가루병뿐만 아니라 다양한 식물병에 대한 잠재적인 생물방제제로 활용될 수 있을 것으로 생각되었다.

• 생명과학회지
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• 제15권5호
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• pp.679-684
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• 2005

원유 분해능이 강력한 균주를 얻고자 덕유산의 토양으로부터 crude oil을 탄소원으로 이용하는 수십 종을 분리하였다. 분리된 균주 중 원유분해능 및 biosurfactant 생성능이 우수한 균주를 선별하여, 형태학적 특성을 관찰하고 165 rDNA sequence와 』gyrA gene sequence를 통하여 Bacillus atrophaeus DYL-130으로 동정하였다. 동정된 균주 배양액의 표면장력은 최저 28 mN/m까지 감소되었다. 또한 Bacillus atrophaeus DYL-130이 생산하는 biosur-factant가 column chromatography에 의하여 분리 되었으며, 분리된 biosurfactant의 toluene 유화능 및 crude biosurfactant의 유화활성과 안정성이 시험 되었다. Crude biosurfactant의 유화활성은 kerosene에서 최대였으며, soybean oil에서도 높은 편이였으나 유화안정성의 경우 soybean oil을 기질로 하였을 경우가 kerosene을 기질로 하였을 때 보다 우수하였다. 또한 crude biosurfactant의 유화안정성을 합성계면활성제와 비교 한 결과 DYL-130이 생산하는 biosurfactant의 유화안정성이 합성계면활성제와 유사하거나 뛰어남을 확인하였다. Column chroma-tography에 의하여 분리된 biosurfactant는 drop-collapsing method에 의하여 surface-activity가 확인 되었으며 또한 toluene에 대한 유화력이 매우 뛰어난 것을 확인 하였다. 따라서 DYL-130에서 추출한 biosurfactant는 합성계면활성제를 대체할 수 있는 환경친화적인 생물 계면활성제로 사용될 수 있는 가능성을 보여주고 있다. 산업적으로 이 물질을 이용하기 위해서 Bacillus atrephaeus DYL-130이 생산하는 biosurfactant에 대한 구조분석과 물리 화학적 특성, 생분해도 및 환경독성 등의 조사를 수행하여야 할 것으로 생각된다.

• 한국균학회지
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• 제41권4호
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• pp.261-267
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• 2013

Pseudoperonospora cubensis에 의한 오이 노균병의 생물적 방제를 위하여 오이 재배단지의 오이 식물체 126균주를 분리하였다. 그 중에서 잎 절편 생물검정 통하여 5균주를 선발하였다. CC110균주는 오이노균병 예방과 치료효과 검정에서 전혀 병이 발생하지 않았지만 무처리는 15.0~18% 노균병이 발생하였다. CC110균주는 gyrB gene sequence 분석에 의하여 Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum로 동정하였다. CC110균주를 TSB배지에서 배양한 배양액은 LB, NB와 KB 배지에서 배양한 배양액보다 오이 노균병 발생이 적어 효과적이었다. CC110균주를 TSB배지에서 배양한 배양액의 원액, 2배와 5배 희석한 처리구에서 0%, 3.0%와 8.0% 그리고 배양여액을 원액, 2배와 5배 희석한 처리구에서 0%, 4.0%와 7.0% 노균병이 발생하였고, 무처리는 21.0% 발생하였다. 오이 유묘검정에서 CC110균주를 TSB배지에서 배양한 배양액은 오이 노균병이 35.0% 발생하였고 무처리는 82.0% 발생하였다. 비닐하우스 포장에서 오이 노균병에 대하여 B. amyloliquefaciens CC110균주를 5일 간격 4회 처리가 7일 간격 3회 처리보다 방제효과가 높았다.

• 한국축산식품학회지
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• 제37권5호
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• pp.670-681
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• 2017

The aim of this study was to isolate enterococci in Sucuk, a traditional Turkish dry-fermented sausage and to analyze isolates for their biodiversity, antibiotic resistance patterns and the presence of some antibiotic resistance genes. A total of 60 enterococci strains were isolated from 20 sucuk samples manufactured without using a starter culture and they were identified as E. faecium (73.3%), E. faecalis (11.7%), E. hirae (8.3%), E. durans (3.3%), E. mundtii (1.7%) and E. thailandicus (1.7%). Most of the strains were found resistant to rifampin (51.67%) followed by ciprofloxacin (38.33%), nitrofurantoin (33.33%) and erythromycin (21.67%). All strains were found susceptible to ampicillin. Only E. faecium FYE4 and FYE60 strains displayed susceptibility to all antibiotics. Other strains showed different resistance patterns to antibiotics. E. faecalis was found more resistant to antibiotics than other species. Most of the strains (61.7%) displayed resistance from between two and eight antibiotics. The ermB, ermC, gyrA, tetM, tetL and vanA genes were detected in some strains. A lack of correlation between genotypic and phenotypic analysis for some strains was detected. The results of this study indicated that Sucuk manufactured without using a starter culture is a reservoir of multiple antibiotic resistant enterococci. Consequently, Sucuk is a potential reservoir for the transmission of antibiotic resistance genes from animals to humans.

• 식물병연구
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• 제24권2호
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• pp.138-144
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• 2018

In December 2016, stem rot symptoms were observed on Persian buttercup (Ranunculus asiaticus) plants in Chilgok, Gyeongbuk, Korea. In the early stage of the disease, several black spots appeared on the stem of infected plants. As the disease progressed, the infected stem cleaved and wilted. The causal agent was isolated from a lesion and incubated on Reasoner's 2A (R2A) agar at $25^{\circ}C$. Total genomic DNA was extracted for phylogenetic analysis. Based on the 16S rRNA gene analysis, the isolated strain was found to belong to the genus Pseudomonas. To identify the isolated bacterial strain at the species level, the nucleotide sequences of the gyrase B (gyrB) and RNA polymerase D (rpoD) genes were obtained and compared with the sequences in the GenBank database. As the result, the causal agent of the stem rot disease was identified as Pseudomonas marginalis. To determine the pathogenicity of the isolated bacterial strain, it was inoculated into the stem of healthy R. asiaticus plant, the inoculated plant showed a lesion with the same characteristics as the naturally infected plant. Based on these results, this is the first report of bacterial stem rot on R. asiaticus caused by P. marginalis in Korea.