There are lots of studies attempting to identify the expression changes in oral squamous cell carcinoma. Most studies include insufficient samples to apply statistical methods for detecting significant gene sets. This study combined two small microarray datasets from a public database and identified significant genes associated with the progress of oral squamous cell carcinoma. There were different expression scales between the two datasets, even though these datasets were generated under the same platforms - Affymetrix U133A gene chips. We discretized gene expressions of the two datasets by adjusting the differences between the datasets for detecting the more reliable information. From the combination of the two datasets, we detected 51 significant genes that were upregulated in oral squamous cell carcinoma. Most of them were published in previous studies as cancer-related genes. From these selected genes, significant genetic pathways associated with expression changes were identified. By combining several datasets from the public database, sufficient samples can be obtained for detecting reliable information. Most of the selected genes were known as cancer-related genes, including oral squamous cell carcinoma. Several unknown genes can be biologically evaluated in further studies.
Kim, Min Young;Lee, Ji Eun;Kim, Lark Kyun;Kim, TaeSoo
BMB Reports
/
제52권2호
/
pp.127-132
/
2019
Cells must fine-tune their gene expression programs for optimal cellular activities in their natural growth conditions. Transcriptional memory, a unique transcriptional response, plays a pivotal role in faster reactivation of genes upon environmental changes, and is facilitated if genes were previously in an active state. Hyper-activation of gene expression by transcriptional memory is critical for cellular differentiation, development, and adaptation. TREM (Transcriptional REpression Memory), a distinct type of transcriptional memory, promoting hyper-repression of unnecessary genes, upon environmental changes has been recently reported. These two transcriptional responses may optimize specific gene expression patterns, in rapidly changing environments. Emerging evidence suggests that they are also critical for immune responses. In addition to memory B and T cells, innate immune cells are transcriptionally hyperactivated by restimulation, with the same or different pathogens known as trained immunity. In this review, we briefly summarize recent progress in chromatin-based regulation of transcriptional memory, and its potential role in immune responses.
Yang, Moon Hee;Jung, Min-Suk;Lee, Min Joo;Yoo, Kyung Hyun;Yook, Yeon Joo;Park, Eun Young;Choi, Seo Hee;Suh, Young Ju;Kim, Kee-Won;Park, Jong Hoon
Molecules and Cells
/
제26권2호
/
pp.121-130
/
2008
Methamphetamine, a commonly used addictive drug, is a powerful addictive stimulant that dramatically affects the CNS. Repeated METH administration leads to a rewarding effect in a state of addiction that includes sensitization, dependence, and other phenomena. It is well known that susceptibility to the development of addiction is influenced by sources of reinforcement, variable neuroadaptive mechanisms, and neurochemical changes that together lead to altered homeostasis of the brain reward system. These behavioral abnormalities reflect neuroadaptive changes in signal transduction function and cellular gene expression produced by repeated drug exposure. To provide a better understanding of addiction and the mechanism of the rewarding effect, it is important to identify related genes. In the present study, we performed gene expression profiling using microarray analysis in a reward effect animal model. We also investigated gene expression in four important regions of the brain, the nucleus accumbens, striatum, hippocampus, and cingulated cortex, and analyzed the data by two clustering methods. Genes related to signaling pathways including G-protein-coupled receptor-related pathways predominated among the identified genes. The genes identified in our study may contribute to the development of a gene modeling network for methamphetamine addiction.
As the completion of genome sequencing, large collection of expression data and the great efforts in annotating plant genomes, the next challenge is to systematically assign functions to all predicted genes in the genome. Functional genome analysis of plants has entered the high-throughput stage. The generations and collections of mutants at the genome-wide level form technological platform of functional genomics. However, to identify the exact function of unknown genes it is necessary to understand each gene's role in the complex orchestration of all gene activities in the plant cell. Gene function analysis therefore necessitates the analysis of temporal and spatial gene expression patterns. The most conclusive information about changes in gene expression levels can be gained from analysis of the varying qualitative and quantitative changes of messenger RNAs, proteins and metabolites. New technologies have been developed to allow fast and highly parallel measurements of these constituents of the cell that make up gene activity. We have reviewed currently employed technologies to identify unknown functions of predicted genes including map-based cloning, insertional mutagenesis, reverse genetics, chemical mutagenesis, microarray analysis, FOX-hunting system, gene silencing mutagenesis, proteomics and chemical genomics. Recent improvements in technologies for functional genomics enable whole-genome functional analysis, and thus open new avenues for studies of the regulations and functions of unknown genes in plants.
Direct cell-cell communication through connexin (Cx) complexes is a way to achieve functional accordance of cells within a tissue or an organ. The initial segment (IS), a part of the epididymis, plays important roles in sperm maturation. Steroid hormones influence on expression of a number of genes in the IS of adult animals. However, developmental effect of sex hormones on the gene expression in the IS has not been examined. In this study, estradiol benzoate (EB, an estrogen agonist) or flutamide (Flu, an androgen antagonist) was exogenously administrated at 1 week of postnatal age, and expressional changes of Cx genes in the IS were determined at 4 months of age by a quantitative real-time PCR analysis. Treatment of EB at $0.015{\mu}g/kg$ body weight (BW) increased expression of Cx30.3, 31.1, and 43 genes. However, treatment of 1.5 mg EB/kg BW resulted in expressional decreases of Cx31, 32, and 45 genes and caused increases of Cx30.3 and 43 gene expression. Significant decreases of Cx31, 31.1, 32, 37, and 45 gene expression were detected with a treatment of $500{\mu}g\;Flu/kg$ BW, while expression of Cx43 gene was significantly increased with a treatment of $500{\mu}g\;Flu/kg$ BW. A treatment of $50{\mu}g\;Flu/kg$ BW led to significant increases of Cx30.3, 32, 37, 40, and 43 gene expression. These findings imply that exogenous exposure of steroidal hormones during the early developmental period would result in aberrant expression of Cx genes in the adult IS.
정량적역전사중합효소연쇄반응(quantitative reverse transcription PCR)은 정확하고 민감한 방법으로 유전자 발현분석에 사용된다. 사과 식물에서 유전자 발현 변화의 정량적 변화를 분석하기 위해, 사과 잎검은점 바이러스(Apple stem grooving virus, ASGV)에 의한 감염 동안 발현의 안정성에 대해 10개 참조유전자들(ACT, CKL, EF-1α, GAPDH, MDH, PDI, THF, UBC, UBC10 및 WD40)을 평가하였다. AGSV 감염 또는 저온 처리된 사과 식물에서의 10개 참조유전자 발현의 안정은 5가지 프로그램을 사용하여 분석하였다. ASGV 감염 사과식물의 잎 조직에서는 CKL>THFs>GAPDH>ACT 순서로 가장 안정한 유전자로 분석되었으며 WD40CKL>UBC10이고 가장 안정하지 않은 유전자는 ACT
Though hydrogen peroxide ($H_2O_2$) causes a deleterious effect to cells with its reactive oxygen species resulting in cell death, S-allyl cysteine (SAC, a bioactive organosulfur compound of aged garlic extract) has been known to have a cytoprotective effect. Few reported profiles of gene expression of $H_2O_2$ and SAC treated human cord blood derived mesenchymal stem cells (MSC). This study revealed changes in the profile of twenty-one genes grouped by oxidative stress, antioxidant, cell death, anti-apoptosis and anti-aging by quantitative real time PCR. A concentration of $100{\mu}M$ of SAC or $50{\mu}M$ of $H_2O_2$ was applied to MSC which show moderate growth and apoptosis pattern. $H_2O_2$ treatment enhanced expression of eleven genes out of twenty-one genes compared with that of control group, on the contrary SAC suppressed expression of eighteen genes out of twenty-one genes except C ros oncogene. SAC decreased expression of oxidative stress genes such as SOD1, CAT and GPX. These results seemed consistent with reports which elucidated over-expression of NF-${\kappa}$B by $H_2O_2$, and suppression of it by SAC. This study will confer basic information for further experiments regarding the effects of SAC on gene levels.
There are many synthetic chemicals, such as di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) and dibutyl phthalate (DBP), used in chemical reaction processes in industry. The establishment of toxicity and detection of synthetic chemicals that may pose a genetic hazard in our enviornment is subjects of great concern at present DEHP, a ubiquitous phthalate plasticizer, induces a wide range of developmental and reproductive toxicities in mammals. DEHP belongs to the large diverse class of peroxisome proliferator compounds, which include herbicides, hypolipidemic drugs. DBP is a plasticizer used to products containing nitrocellulose, polyvinyl acetate, and polyvinyl chloride such as food wraps and blood bags. DBP is also used in cosmetics as a solvent and fixative for perfumes, a suspension agent for solids, an antifoamer, a skin emollient, and hair spray The present study was performed to examine patterns of gene expression in MCF-7 cells following DEHP and DBP exposure. Changes in gene expression were determined by microarray analysis using KISTCHIP-400 including 401 endocrine related genes based on public database and research papers. Of the genes analysis, we determined that genes detected by array showed a 2-fold or greater change in their expression level(increase or decrease). The results of this study demonstrate that a number of genes were differentially expressed in MCF-7 cells but these changes were not significant. Therefore, we keep going this study using microarray analysis and future studies will examine changes of gene expression on time-course and does treatment in variable cell lines.
Objectives: This study investigated the effects of Paljeong-san on chronic nonbacterial prostatitis induced in rats by estradiol. Methods: Rats were divided into three groups. The normal group included rats with no intervention after sham castration. The control group included rats with prostatitis induced by 17β-estradiol after orchiectomy; these rats were orally administered normal saline. The sample group rats were administered Paljeong-san after prostatitis induction. Evaluations included changes in epithelial score, body weight, and prostate weight and volume, as well as histopathological changes in prostate tissue and gene expression of TNF-α, COX-2, and CD68. Results: Paljeong-san inhibited histopathological changes and monocyte/macrophage infiltration of the prostate. The epithelial score was higher for the sample group than for the control group (P<0.05). Paljeong-san administration decreased the gene expression of TNF-α and CD68. Conclusions: Paljeong-san shows prostate-protective effects by inhibiting infiltration by monocytes/macrophages and by reducing TNF-α gene expression. Conclusions: Paljeong-san shows prostate-protective effects by inhibiting infiltration by monocytes/macrophages and by reducing TNF-α gene expression.
Kwon, Jung Hyun;Kim, Kwan Chang;Cho, Min-Sun;Kim, Hae Soon;Sohn, Sejung;Hong, Young Mi
Clinical and Experimental Pediatrics
/
제56권3호
/
pp.116-124
/
2013
Purpose: Tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$ is thought to contribute to pulmonary hypertension. We aimed to investigate the effect of infliximab (TNF-${\alpha}$ antagonist) treatment on pathologic findings and gene expression in a monocrotaline-induced pulmonary hypertension rat model. Methods: Six-week-old male Sprague-Dawley rats were allocated to 3 groups: control (C), single subcutaneous injection of normal saline (0.1 mL/kg); monocrotaline (M), single subcutaneous injection of monocrotaline (60 mg/kg); and monocrotaline + infliximab (M+I), single subcutaneous injection of monocrotaline plus single subcutaneous injection of infliximab (5 mg/kg). The rats were sacrificed after 1, 5, 7, 14, or 28 days. We examined changes in pathology and gene expression levels of TNF-${\alpha}$, endothelin-1 (ET-1), endothelin receptor A (ERA), endothelial nitric oxide synthase (eNOS), matrix metalloproteinase (MMP) 2, and tissue inhibitor of matrix metalloproteinase (TIMP). Results: The increase in medial wall thickness of the pulmonary arteriole in the M+I group was significantly lower than that in the M group on day 7 after infliximab treatment (P<0.05). The number of intraacinar muscular arteries in the M+I group was lower than that in the M group on days 14 and 28 (P<0.05). Expression levels of TNF-${\alpha}$, ET-1, ERA, and MMP2 were significantly lower in the M+I group than in the M group on day 5, whereas eNOS and TIMP expressions were late in the M group (day 28). Conclusion: Infliximab administration induced early changes in pathological findings and expression levels of TNF-${\alpha}$, and MMP2 in a monocrotaline-induced pulmonary hypertension rat model.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.