• 생명과학회지
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• 제21권7호
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• pp.947-952
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• 2011

현재까지 다수의 역학연구를 통해 피부에 발생한 보통사마귀에서 제 1, 2, 3, 4, 7, 10, 27, 57 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 그러나 기존의 중합효소연쇄반응(conventional polymerase chain reaction, PCR)을 이용하는 경우 절차가 복잡하여 시간이 오래 걸리는 단점이 있었다. 이번 연구를 통해 저자들은 보통사마귀에서 가장 흔히 검출되는 6가지 유전자형의 인유두종바이러스를 한번에 확인 가능한 간편한 muliplex PCR의 개발을 목표로 하였다. 인유두종바이러스의 염기서열분석을 통해, L1에서 E6, 그리고 E2에서 L2 사이의 유전자간영역(intergenic region)으로 부터 6쌍의 primer를 고안하였으며, L1 유전자서열 분석을 통해 multiplex PCR의 특이성을 확인하였다. 총 129개의 조직표본 중 109개에서 제 1, 2, 3, 4, 27, 57형의 인유두종바이러스를 확인하였다. 이번 연구의 primer를 이용한 인유두종바이러스 검출의 민감도와 특이도는 각각 85%와 99.5%였다. 이러한 primer 세트로 인유두종바이러스가 검출되지 않은 20개의 조직표본의 경우, 또 다른 HPV primer를 사용한 추가적인 multiplex PCR을 시행하여 7개 표본에서 제 7형 및 65형의 인유두종바이러스가 검출되었다. 이상의 결과는 본 연구를 통해 새롭게 고안된 multiplex PCR 기법을 통해 보통사마귀에서의 인유두종바이러스를 보다 정확하고 빠르게 검출할 수 있다는 것을 보여 준다.

• KSBB Journal
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• 제14권4호
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• pp.460-464
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• 1999

Methicillin-resistant Staphlococcus aureus(MRSA)는 다양한 항생제에 저항성을 나타내며 제 3세대 cephalosporin계가 보급된 1980년대 이후 원내 감염의 중요 원인균으로 대두되고있다. 그러나 MRSA 동정의 오류나 실수로 인한 부적절한 치료에 문제가 있으며 항생제의 오용으로 인한 다제약제 내성획득이 임상에서 심각한 문제가 되거 있다. 따라서 MRSA 감염의 적절한 치료는 이 원인 균의 신속하고 믿을 수 있는 동정을 필요로 한다.본 연구에서는 분자 생물학적인 동정법을 확립하기 위하여 항생제의 내성 기구인 페니실린 결합 단백질 2‘(PBP2')를 암호화하는 mec A 유전자를 PCR 방법으로 증폭하여 MIC test 결과와 비교하여 MRSA를 동정하는데 PCR법이 유용한지를 판명하였다.각 환자의 다종 검체로부터 S. aureus 120균주를 분리하여 oxcillin으로 MIC test를 한 결과 MRSA의 비율로는 농에서는 MRSA가 61.9%로 가장 높게 판명되었다. 120균주 중 MRSA 40균주, MSSA 40균주를 성별하여 PCR 방법으로 동정하여 MIC test와 비교 한 결과, MRSA 1균주(2.5%), MSSA는 2균주(5%)의 차이만이 MIC test와 상이성을 나타내었다. 이러한 결과로 볼 때 PCR법으로 MRSA를 동정하는 것은 유용하며 일상검사 업무로서 활용성이 높을 것으로 판단되었다.

• Mycobiology
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• 제45권3호
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• pp.160-171
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• 2017

Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.

• 한국가금학회지
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• 제40권3호
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• pp.223-234
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• 2013

Poultry industry is abounding day by day as it engrosses less cost of investment per bird as compared to large animals. Poultry have the most copious genomic tool box amongst domestic animals for the detection of quantitative trait loci (QTL) and marker assisted selection (MAS). Use of multiple markers and least square techniques for mapping of QTL affecting quality and production traits in poultry is in vogue. Examples of genetic tests that are available to or used in industry programs are documented and classified into causative mutations (direct markers), linked markers in population-wide linkage disequilibrium (LD) with the QTL (LD markers), and linked markers in population wide equilibrium with the QTL (LE markers). Development of genome-wide SNP assays, role of 42 K, 60 K (Illumina) and 600 K (Affymetrix$^{(R)}$ Axim$^{(R)}$) SNP chip with next generation sequencing for identification of single nucleotide polymorphism (SNP) has been documented. Hybridization based, PCR based, DNA chip and sequencing based are the major segments of DNA markers which help in conducting of MAS in poultry. Economic index-marker assisted selection (EI-MAS) provides platform for simultaneous selection for production traits while giving due weightage to their marginal economic values by calculating predicted breeding value, using information on DNA markers which are normally associated with relevant QTL. Understanding of linkage equilibrium, linkage dis-equilibrium, relation between the markers and gene of interest are quite important for success of MAS. This kind of selection is the most useful tool in enhancing disease resistance by identifying candidate genes to improve the immune response. The application of marker assisted selection in selection procedures would help in improvement of economic traits in poultry.

• 한국균학회지
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• 제39권3호
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• pp.217-222
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• 2011

율무(Coix lacryma-jobi)는 동아시아에 자생하는 작물로, 종실은 주로 건강식품이나 의약용으로 사용되고 있다. 2006년부터 2008년까지 국내 율무 재배 지역에서 이삭마름 증상이 관찰되었다. 병징은 겉껍질이 변색되고, 내부의 속씨는 마르고 쭉정이가 되는 것이다. 159개의 Fusarium균을 분리하였고, 분리 빈도별로 F. graminearum(34%), F. proliferatum(14.5%), F. verticillioides(10.1%), F. equiseti(6.9%), F. fujikuroi(6.3%) 순으로 분리되었고, 그 밖에 F. subglutinans, F. semitectum, F. poae, F. sporodochioides가 분리되었다. 분리균주의 elongation factor 1 alpha 유전자의 염기서열 분석을 통한 계통분석을 수행한 결과, NCBI GenBank에 등록된 균주와 동일한 것을 확인하였다. 분리균주의 병원성 검정을 수행한 결과, F. graminearum, F. proliferatum, F. verticillioides가 병원성이 강하였다. 이 연구는 Fusarium균에 의해 발생한 율무 이삭마름 증상에 대한 첫 번째 보고이다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제42권4호
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• pp.354-360
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• 2014

본 연구에서는 토복령(S. china) 메탄올 추출물(SCME)의 항비만 활성을 pancreatic lipase 효소 활성 억제능과 세포 실험계를 이용하여 분석하였다. 그 결과 SCME는 농도 의존적으로 lipase 효소 활성을 유의적으로 억제시켰으며, 3T3-L1 preadipocyte에서 MDI로 유도한 지방세포 분화, 세포 내 지방 축적, TG 함량 등을 농도의존적으로 억제하였다. 이러한 토복령의 지방세포 분화 억제능은 핵심 작용 인자인 $C/EBP{\alpha}$, $C/EBP{\beta}$, 그리고 $PPAR{\gamma}$의 유전자 및 단백질 발현조절에서 기인함을 확인하였다. 또한 지방세포 내 중성지방 또한 토복령 추출물의 처리에 의해 유의적으로 분해되는 것으로 나타났다. 이러한 결과는 토복령이 보유한 pancreatic lipase 활성 저해능, 지방세포 분화 억제능, 지방세포 내 지방 분해능을 통한 항비만 활성을 처음으로 밝혀낸 것이며 추후 계속적인 연구를 통해 활성 물질의 규명이 필요할 것으로 판단된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제42권3호
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• pp.249-257
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• 2014

본 연구에서는 백두구(A. cardamomum L.) 메탄올 추출물(ACME)의 항산화 및 항비만 활성을 DPPH radical 소거능과 췌장 lipase 효소 활성 억제능, 그리고 세포실험계를 이용하여 분석하였다. 그 결과 ACME는 DPPH radical을 농도 의존적으로 소거하였으며 DPPH radical 소거능의 50% 저해농도($IC_{50}$)는 $25.15{\mu}g/ml$로 나타났다. 또한 ACME는 농도 의존적으로 lipase 효소 활성을 유의적으로 억제시켰으며, 3T3-L1 preadipocyte를 이용하여 지방세포 분화 및 지방생성, 생성된 지방의 분해에 미치는 영향을 분석한 결과 ACME는 지방세포 분화, 세포 내 지방 축적, TG 함량 등을 독성 없이 농도의존적으로 억제하였으며 지방세포 내 중성지방을 유의적으로 분해시키는 것으로 나타났다. 이러한 백두구의 지방세포 분화 억제능은 핵심 작용 인자인 $C/EBP{\alpha}$, $C/EBP{\beta}$, 그리고 $PPAR{\gamma}$의 유전자 및 단백질 발현조절에서 기인함을 확인하였다. 이러한 결과는 백두구가 보유한 항산화능과 췌장 lipase 활성 저해능, 지방세포 분화 억제능, 지방세포 내 지방 분해능을 통한 항비만 활성을 처음으로 밝혀낸 것이며 추후 계속적인 연구를 통해 활성 물질의 규명이 필요할 것으로 판단된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제34권4호
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• pp.321-331
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• 2011

Mycobacterium bovis, a member of the M. tuberculosis complex (MTC), is the causative agent of bovine tuberculosis. Detection of M. bovis and M. tuberculosis using conventional culture- and biochemical-based assays is time-consuming. Therefore, a simple and sensitive molecular assay for rapid detection would be of great help in specific situations such as faster diagnosis of bovine tuberculosis (bTB) infection in the abattoirs. We developed a novel multiplex real-time PCR assay which was applied directly to biological samples with evidence of bTB and it was allowed to differentiate between M. bovis and M. tuberculosis. The primers and TaqMan probes were designed to target the IS1081 gene, the multi-copy insertion element in the MTC and the 12.7-kb fragment which presents in M. tuberculosis, not in the M. bovis genome. The assay was optimized and validated by testing 10 species of mycobacteria including M. bovis and M. tuberculosis, and 10 other bacterial species such as Escherichia coli, and cattle lymph nodes (n=113). The tests identified 96.4% (27/28) as M. bovis from the MTC-positive bTB samples using conventional PCR for specific insertion elements IS1081. And MTC-negative bTB samples (n=85) were tested using conventional PCR and the real-time PCR. When comparative analyses were conducted on all bovine samples, using conventional PCR as the gold standard, the relative accuracy of real-time PCR was 99.1%, the relative specificity was 100%, and the agreement quotient (kappa) was 0.976. The detection limits of the real-time PCR assays for M. bovis and M. tuberculosis genomic DNA were 10 fg and 0.1 pg per PCR reaction, respectively. Consequently, this multiplex real-time PCR assay is a useful diagnotic tool for the identification of MTC and differentiation of M. bovis and M. tuberculosis, as well as the epidemiologic surveillance of animals slaughtered in abattoir.

• 한국식품영양과학회지
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• 제21권1호
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• pp.76-83
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• 1992

장독성대장균은 영유아설사 및 여행자설사의 주요한 원인균의 하나로서 이들이 생산하는 내열성장독소는 설사 유발 원인물질로 이들 생산균주는 비병원성 대장균과 비교하여 검정할 수 있다. 본 실험에서는 이러한 내열성장독소를 순수정제하였다. 저자들이 보고한 바 있는 형질전환균주 eKT-53을 사용하여 10L의 succinate salts 배지에 배양한 배양액을 30,000g로 원심분리하여 조 ST 용액을 사용하여 몇 단계의 정제과정을 통하여 정제하였다. 즉 Amberlite XAD-2 chromatography, DEAE-Sephacel anion exchange chromatography, Bio-Gel P-6 get filtration, Polyacrylamide slab gel 전기영동을 통하여 정제하고 장독소의 정제도 및 장독소의 생물학적 최소단위량을 조사하였다. 최종적으로 정제되어진 ST는 조 ST 용액에 비해 113배 더 정제되었고 회수율은 11%였다. 또한 생물학적 최소단위량이 2.8ng이였고 SDS-polyacrylamide disc gel상에서 단일 band를 나타내어 거의 순수정제된 것으로 보이며 면역을 위한 항원으로 이용할 수 있을 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제42권5호
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• pp.695-702
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• 1995

연구 배경: 결핵성 흉막삼출은 아직까지도 우리나라에서 가장 흔한 흉막삼출 원인으로 생각되고 있으나 기존의 검사로는 60% 정도의 확진만이 가능하다. 이에 보다 예민한 진단법의 개발이 요구되던 중 PCR의 발전으로 결핵성흉염의 진단에 도움을 줄 것으로 기대되었다. 여에 저자들은 PCR을 이용한 결핵성 흉막염 진단의 유용성을 알아보고자 하였다. 방법: 환자군으로 결핵성 흉막염으로 확진된 경우와 임상적으로 결핵성 흉막엽으로 의심이된 각각 7명의 선정하였고 대조군으로 결핵의 과거력이 없었던 7명의 악성종양 환자의 흉수를 각각 사용하여 PCR을 시행하였으며, PCR의 target은 IS6110 gene의 일부인 123bp DNA로 하였고 DNA추출은 Eisennach 방법(1991)을 변형하여 사용하였다. 결과: 1) PCR의 감수성검사에서 자외선 발광경하에서 50fg DNA에서 양성 임을 확인하였다. 2) 조직병리학적 및 미생물학적 방법으로 확진된 결핵성 흉막염 환자중 85.7%(6/7)에서 PCR양성을 나타내었고, 임상적으로 결핵성 흉막염이 의심된 환자중 71.5%(5/7)에서 PCR 양성을 나타내었다. 3) 대조군 7예는 모두 PCR 음성이었다. 결론: 이상의 결과로서 결핵성 흉막액의 진단에 있어서 IS6110을 이용한 PCR법은 고식적인 진단방법에 비하여 결핵균의 신속하고 정확한 진단을 가능하게 해주는 유용한 방법임을 알 수 있었으나 비용을 절감할 수 있고 오염을 줄일 수 있는 방법에 대한 연구가 더 필요하리라 생각된다.