• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.18-25
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• 2015

DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 형태적 지식없이 종을 동정하는 방법으로 전 세계적으로 최근에 많이 이용하고 있으며 고등식물에서는 엽록체 rbcL과 matK 유전자를 이용하고 있다. 본 연구에서는 표준 식물 바코드마커와 핵 ITS 부위를 이용하여 국내 포아풀아과 잡초 16속 29종 163생태형의 바코드 데이터를 생산하는 것을 목적으로 하였다. 더불어 포아풀아과의 바코드에서 각 마커의 효율성도 조사하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 반대로 바코드 갭은 matK에서 가장 높은 반면 rbcL에서 가장 낮았으며, 종 식별 해상력은 matK에서 가장 높고, ITS에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종 식별 해상력이 가장 높은 matK를 포아풀아과에서 바코드 마커로 이용하는 것은 너무 낮은 PCR 증폭과 염기서열 분석성공률(58.3%) 때문에 고려해야할 것으로 생각된다. 단일마커로 rbcL과 ITS는 포아풀아과의 바코드에 적절하게 이용될 수 있으며, 두 마커를 조합으로 이용하면 공통으로 분석된 샘플에 따라 바코드 갭과 종 식별 해상력을 높일 수 있었다. 포아풀아과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다.

• 미생물학회지
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• 제31권4호
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• pp.267-273
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• 1993

Escherichia coli 의 superoxide 라디칼 유도발현성 유전자의 탐색을 위하여 먼저 superoxide 라디칼에 의하여 발현이 유도되는 프로모터를 탐색하였다. 이를 위햐여, 프로모터 탐색벡터인 pJAC4 를 이용하여 E. coli MG1655 균주로부터 프로모터 library 를 구성하였다. Ampicillin 농도구 배정판법을 이용하여 프로모터 세기가 다른 클론들을 구별하여 프로모터 세기가 약한 것부터 중간정도까지 383개의 클론을 선별하였다. 이들 프로모터 클론들의 superoxide 라디칼 유도발현성을 paraquat 를 첨가한 ampicilin 농도구배평판에서 조사하였다. 이중 3개의 클론이 paraquat 에 의하여 유도됨을 확인하였고, 유도배율은 1.4-4배 정도이었다. 이들 프로모터의 염기서열을 결정한 결과 기종의 database 에 등록되어 있는 E. coli 염기서열들과는 다른 새로운 유전자임을 알았다. 이들 프로모터에 대하여 primer 연장법과 SS1 뉴클리아제 분석을 총하여 전사개시 자리를 결정하였고, paraquat 처리시 mRNA 의 양이 증가함을 관찰하였다. 특히 클론5의 경우는 두개의 전사개시 위치를 가지고 있으며, paraquat 처리시 상위 부분의 전사개시자리가 성택적으로 사용됨을 알 수 있었다. 프로모터 서열을 검색한 결과, RNA 중합효소($E\sigma^{70}$)에 의햐여 인지되는 -10과 -35부위를 가진 클론은 클론 5 뿐이었고, 나머지는 보존된 염기서열을 찾을 수 없었다. 이는 이들 프로모터들이 독특한 부류에 속하는 종류들로서, 새로운 전사조절인자를 요구할 가능성을 시사한다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.9-14
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• 2001

서울시내 25개 자치구에 산재한 약수터에서 5주의 Yersinia pseudotuberculosis를 분리하여 생화학적 특성, 병원성의 유무 및 16S rDNA 분석을 실시하였다. 분리된 Y. pseudotuberculosis는 모두 병원성 유전자인 inv를 소유하고 있었으며, 16S rDNA를 증폭한 후 염기서열을 분석하여 NCBI Genbank에 등록된 다른 Yersinia 속 및 장내세균 등과 비교해 본 결과 Yersinia 속 등과는 97.5%에서 100%의 높은 상동성(Similarity)을 나타내었고, 다른 장내세균 등과는 93.0%에서 95.1%의 낮은 상동성을 나타내었다. 165 rDNA 염기서열을 기초로 계통수를 작성한 결과 크게 3개의 cluster를 형성하였는데 특히 Y.enterocolitica (Z49830)은 Y.pseudotuberculasis (Z21939)와의 상동성(97.7%)보다 Y.intermedia (X75279)와의 상동성(97.9%)이 더 높게 나타났으며, E. coli (Z83205)는 Proteus vulgaris (AJ233425) 와의 상동성(93.2%)보다 Salmonella enteritidis (U90318)와의 상동성(97.7%)이 더 밀접한 연관성을 나타내었다.

• 대한수의학회지
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• 제49권1호
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• pp.45-57
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• 2009

The molecular genetic characterization of Aujeszky's disease virus (ADV) Yangsan strain (ADVYS), a Korean isolate, was investigated by analyzing the electrophoresis patterns and the physical maps of the viral DNA digested with various endonucleases. To establish DNA library for ADV-YS, twelve major BamHI restricted segments were cloned. Each location of the segments in the ADV genome was determined by sequence comparison with the sequences reported in Genbank and those sequences of the both termini of the segments. Physical maps were constructed based on the electrophoresis patterns of the digested viral DNA by restriction endonuclease and the results of Southern blot analyses with various DIG labeled probes originated from those of enzyme restricted segments of virulent (Shope) and avirulent (Bartha) strain. Comparing ADV-YS with a standard strain of Kaplan in the maps of restriction enzymes, following major respects were identified: (i) disappearance of BamHI restriction site between the first and second BamHI segments, (ii) creation of the BamHI restriction site in the fifth segment, and (iii) generation of the BglII site in the unique short (US) region. The genome of ADV-YS also contains a type 2 herpesvirus DNA molecule (in which the US region only inverts itself relative to the unique longregion) like all other ADV strains except Norden strain(type3), analyzed up to date. The size of the ADV genome estimated from the sizes of the restriction enzyme fragments, was approximately 145.3 kb (BamHI) or 145.4 kb (BglII). BamHI enzyme cleavage patterns were compared among the five Korean ADV isolates: Yangsan, Yongin, Dangjin, Jincheon and Iksan strains. Difference either in the number or in the size of the DNA fragments, suspected regions of termini of IR and TR, could be detected among all five strains.

• 생명과학회지
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• 제25권2호
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• pp.243-248
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• 2015

국내에 자생 중인 도깨비엉겅퀴(Cirsium shantarense), 물엉겅퀴(Cirsium nipponicum), 정영엉겅퀴(Cirsium chanroenicum) 각 1개체 및 엉겅퀴(Cirsium japonicum) 8개체를 전국의 여러 지점에서 채집하였다. 채집된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열 및 Genbank에 등록되어 있는 다른 Cirsium 속 식물들의 염기서열을 분자유전학적으로 비교하여 유연관계를 분석하였다. 그 결과 고려엉겅퀴, 정영엉겅퀴, 물엉겅퀴, 큰엉겅퀴 및 엉겅퀴 종의 식물들은 모두 뚜렷이 독립된 그룹을 형성하고 있는 것을 알 수 있었다. 그러나 도깨비엉겅퀴는 비록 두화가 아래를 향하고 있지만 두화가 위를 향하는 엉겅퀴들과 ITS 염기서열은 유사하였다. 또한 정영엉겅퀴와 고려엉겅퀴는 형태학적으로는 구분이 거의 불가능하지만 ITS 염기서열에 기초한 분자유전학적 분석으로는 뚜렷이 다른 그룹임을 확인하였다. 채취된 엉겅퀴 및 도깨비엉겅퀴의 silymarin 생산 여부를 분석해 본 결과, silymarin이 공통적으로 존재하는 것으로 나타났다. 따라서 silymarin 생합성 능력은 Cirsium 속 식물들에서 공통적인 특징임을 알 수 있었다.

• The Korean Journal of Ecology
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• 제28권6호
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• pp.375-382
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• 2005

1970년 대 식용을 위한 양식을 목적으로 일본에서 도입된 황소개구리는 1990년대 초반까지 국내 하천과 호소 생태계에 큰 피해를 주었으나 최근 급속히 그 개체수가 줄어든 것으로 추정된다. 이번 연구에서는 황소개구리의 개체군 동태에 미치는 유전적 요인을 조사하기 위하여 국내에 서식하는 황소개구리의 유전자 분석을 실시하였다. 황소개구리 출현이 많은 전라남도 5개 지역에서 지역별로 채집한 개체의 미토콘드리아 ND1/tRNA 유전자 1,215 bp의 염기 서열을 결정하고 이를 기존에 발표된 황소개구리의 염기서열과 비교, 분석한 결과 모든 개체의 1개 위치에서 염기 변화가 발견되었다. 또한 조사한 개체 일부에서 유전자 염기 서열의 6개 위치에서의 변이가 발견되었으나 이는 1,215bp에서 극히 일부분이 변화된 것으로 유전적 변이가 일어 났다고 판단하기 어렵다. Kimura-2-parameter distance 분석에서 국내 서식 황소개구리는 $98.7%\sim100%$의 높은 유사도를 보여 종내 유전적 거리의 차이가 거의 없었으며 유전적으로 유사한 개체들이 cluster를 형성하는 Neighbor-Joining 분석 결과에서 원산지 황소개구리가 국내 서식 황소개구리의 일부와 함께 같은 cluster에 속하므로 원산지와 국내 서식 황소개구리는 유전적 차이가 적은 것을 알 수 있었다. 이러한 결과들로부터 국내에 서식하는 황소개구리는 종내 유전적 유사도가 매우 높으며 국내에 도입된 후 지역 특이적으로 유전적 분화가 거의 일어나지 않은 것을 알 수 있다.

• 대한약침학회지
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• 제3권1호
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• pp.35-51
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• 2000

The purpose of this study is to prove the analgesic effects of apitoxin and its mechanism via jaw-opening reflex(JOR) and measuring expression of mRNA in Phospholipase and Tryptophan hydroxylase(TPH) using RT-PCR. The experiments were carried out on Sprague-Dawley rats(300-400g) and mastocytoma(P-185 HTR) for JOR and RT-PCR, respectively. Rats anesthetized with thiopental sodium (80mg/kg) were used in the Tooth Pulp stimulation induced JOR. The amplitude of a digastric electromyogram (dEMG) was recorded during the stimulation at an intensity of 1.5 times the threshold for JOR. Apitoxin used in this experiment was diluted with normal saline by 1:1000. Apitoxin was injected intravenously into the test group while normal saline to the control group. However, it was injected directly into the cell of mastocytoma. We referred to base sequence registered in Genbank in designing primers for RT-PCR. The results were as follows; (1)Compared with control group, analgesic effect started to show right after Sprague-Dawely rats were treated with apitoxin($71.50{\pm}8.08$) and lasted for 50 minutes. (2)As a result of the experiment of RT-PCR, we witnessed significant changes in the degree of expression of phospholipase or rate-limiting enzyme of biosynthesis of prostaglandins with $10{\mu}g/ml$ apitoxin.($31.74{\pm}18.98%$, P<0.05) (3)As a result of the experiment of RT-PCR, we witnessed significant changes in the degree of expression of TPH or rate-limiting enzyme in biosynthesis of serotonin with $10{\mu}g/ml$ apitoxin.($131.37{\pm}16.87%$, P<0.05). These results suggest that $10{\mu}g/ml$ apitoxin have the most analgesic effects. This study showed that apitoxin has analgesic effects and held good for 50 minutes. The injection of apitoxin has brought out changes in the degree of expression of phospholipase and TPH. These results strongly suggest that analgesic mechanism by apitoxin is closely related to prostaglandins and serotonin.

• 생명과학회지
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• 제28권12호
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• pp.1529-1535
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• 2018

우리 인간이 병원성 미생물에 감염되었을 경우에 주로 사용되는 항생제들은 현재 수백 가지가 넘지만 각각의 항생제에 대한 내성세균이 발견되는 빈도수가 가파르게 증가하고 있다. 또한 항생제에 대한 내성이 병원성 세균들 사이에서 빠르게 확산되고 있으나 새로운 항생제가 발견되는 속도는 눈에 띄게 감소하고 있다. 따라서 현 시점에서 우리 주변 환경에서 항생제 내성 세균이 얼마나 많이 존재하는 지에 대한 체계적인 연구가 필요하다고 할 수 있다. 본 연구에서는 현재 의료용으로 널리 사용되고 있는 항생제 중에서 ampicillin에 대한 내성 세균에 대한 조사를 진행하였다. 창원시를 가로지르는 창원천 및 창원대학교 기숙사 앞의 연못에서 미생물 시료를 채취하였다. 각 지점에서 채취된 시료를 분석한 결과 많은 내성 세균들이 나타났는데, 이러한 세균들을 집락의 형태에 따라 몇 그룹으로 나누고 각 그룹을 대표하는 22종 세균들의 genomic DNA를 추출하고, 이것을 template로 사용하는 16S rRNA 유전자 증폭반응을 수행 하였다. 얻어진 산물의 염기서열을 밝히고 genbank의 자료들과 비교해서 분리된 내성세균들을 동정하였다. 그 결과 10개 과, 12개 속, 17종의 세균들이 동정되었으며, 분리된 세균들의 ampicillin에 대한 내성을 조사해 본 결과, 17종 모두가 $50{\mu}g/ml$의 ampicillin 농도에서 증식을 하였고, 이 중에서도 7종의 세균들은 1.5 mg/ml의 농도에서도 증식 가능하다는 것을 알 수 있었다.

• 생태와환경
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• 제54권3호
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• pp.240-246
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• 2021

깔따구(Diptera: Chironomidae)는 저서성 대형무척추동물로 환경 및 수질 변화에 민감한 영향을 받는 중요한 환경지표생물이다. 이러한 깔따구 유충이 정수장에서 본 연구에서는 제주 정수처리장에서 발견된 깔따구 유충의 종을 분류하기 위해 형태 사진 및 COI (cytochrome c oxidase subunit I) Primer로 증폭시킨 DNA의 염기서열을 계통수 분석을 통해 분석을 실시하였다. 정수장 내 수도꼭지와 소화관 등에서 채집된 17개체는 둥근깃깔따구(O. tamarutilus) 14개체, 타마긴털깔따구(P. tammaater) 3개체 총 2종으로 확인되었다. 각 깔따구 종의 형태적 특징은 두부, 하순기절, 대악, 안테나, 발톱의 형태적 특징의 분류기로 종 동정하였다. NCBI Genbank에 등록된 깔따구 19종 COI 염기서열을 기반으로 본 연구에서 조사된 17개체의 계통진화적 분석 결과 채집된 깔따구 COI 염기서열이 둥근깃깔따구(O. tamarutilus)와 타마긴털깔따구(P. tammaater) 2종으로 각각 계통군(clade)를 이루는 것이 확인되었다. 이러한 결과는 정수장 환경별 발견되는 깔따구 유충의 다양성의 확인과 형태적-유전적 종 동정 분류정보를 바탕으로 수환경 관리 및 평가를 위한 기반 정보로 활용될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제30권12호
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• pp.1063-1069
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• 2020

본 연구는 형태학적으로는 식별이 어려운 재래종인 붕어(Carassius auratus)와 일본 도입종인 떡붕어(C. cuvieri)의 분자 수준에서 유전적 차이와 계통 유연관계를 규명하기 위해 수행되었다. 이를 위해 충남 예당호에서 서식하고 있는 두 붕어종을 포획하여 DNA를 각각 분리한 CYTB 유전자 서열을 결정하여 비교 분석 하였으며, NCBI Genbank 데이터베이스에서 확보 가능한 중국, 일본, 러시아의 붕어속 담수어와도 유전적 차이와 계통 유연관계를 조사하였다. 붕어와 떡붕어가 계통분류학적인 위치에서 각각 차이나는 phylogroup을 형성하였다. 집단 내 염기서열 다양성은 떡붕어가 붕어보다 낮은 수준을 보였고 집단 간 유전적 차이는 중국 북부 붕어와 한국 붕어 간에 유의적 차이를 검출 할 수 없었는데, 이는 두 집단이 공통조상으로 비롯된 것으로 추측 해 볼 수 있다. 일본 떡붕어와 한국 떡붕어 간에 집단 간 유의적인 유전적 차이가 검출 되지 않았는데 이는 1970년대 일본 떡붕어가 국내 담수계에 인위적으로 도입되어 현재까지 서식하기 때문으로 사료된다. 이 두 경우를 제외하고는 중국, 한국, 일본에 서식하고 있는 붕어속 집단 간에 유의적 유전적 차이가 검출되었다. 본 연구의 결과는 붕어와 떡붕어가 형태학적으로는 유사하지만 유전적으로는 유의적 차이가 있는 별개의 담수어 자원으로서 구별되며, 유전적 다양성의 유지 및 보존을 위한 과학적 근거로서 활용 될 수 있을 것으로 생각된다.