• BMB Reports
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• 제56권6호
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• pp.341-346
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• 2023

Acute myocardial infarction (AMI) is a multifaceted syndrome influenced by the functions of various extrinsic and intrinsic pathways and pathological processes, which can be detected in circulation using biomarkers. In this study, we investigated the secretome protein profile of induced-hypertrophy cardiomyocytes to identify next-generation biomarkers for AMI diagnosis and management. Hypertrophy was successfully induced in immortalized human cardiomyocytes (T0445) by 200 nM ET-1 and 1 μM Ang II. The protein profiles of hypertrophied cardiomyocyte secretomes were analyzed by nano-liquid chromatography with tandem mass spectrometry and differentially expressed proteins that have been identified by Ingenuity Pathway Analysis. The levels of 32 proteins increased significantly (>1.4 fold), whereas 17 proteins (<0.5 fold) showed a rapid decrease in expression. Proteomic analysis showed significant upregulation of six 14-3-3 protein isoforms in hypertrophied cardiomyocytes compared to those in control cells. Multi-reaction monitoring results of human plasma samples showed that 14-3-3 protein-zeta levels were significantly elevated in patients with AMI compared to those of healthy controls. These findings elucidated the role of 14-3-3 protein-zeta in cardiac hypertrophy and cardiovascular disorders and demonstrated its potential as a novel biomarker and therapeutic strategy.

• 한국패류학회지
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• 제31권3호
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• pp.233-241
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• 2015

Toll-like receptors (TLRs) are a major pattern recognition receptor that recognize the structure of invading pathogen and play key roles by triggering immune response. In this study, we identified a sequence of TLR homolog and characterized at molecular level from the abalone (Haliotis discus hannai). Multiple alignments and phylogenetic analysis of abalone TLR protein belongs to the TLR 2/6. Expression level of abalone TLR 2/6 in the tissue was comparatively high in the mantle, gill, digestive duct, and hemocytes, but lowest in the muscle. Expression level of abalone TLR 2/6 mRNA in the mantle, gill, digestive duct, and hemocytes was 20-fold, 60-fold, 115-fold, 112-fold higher than in the muscle, respectively. Expression level of abalone TLR 2/6 mRNA in the mantle was steadily increased until 12 h and decreased post-infection with Vibrio parahemolyticus. While the expression level of abalone TLR 2/6 mRNA in the gill and hemocytes was drastically increased at 6 and 9 h post-infection with Vibrio parahemolyticus, respectively. These results suggest that abalone TLR 2/6 is conserved through evolution and may play roles similar to its mammalian counterparts.

• IEIE Transactions on Smart Processing and Computing
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• 제6권1호
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• pp.53-59
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• 2017

Optical character recognition (OCR) automatically recognizes text in an image. OCR is still a challenging problem in computer vision. A successful solution to OCR has important device applications, such as text-to-speech conversion and automatic document classification. In this work, we analyze character recognition performance using the current state-of-the-art deep-learning structures. One is the AlexNet structure, another is the LeNet structure, and the other one is the SPNet structure. For this, we have built our own dataset that contains digits and upper- and lower-case characters. We experiment in the presence of salt-and-pepper noise or Gaussian noise, and report the performance comparison in terms of recognition error. Experimental results indicate by five-fold cross-validation that the SPNet structure (our approach) outperforms AlexNet and LeNet in recognition error.

• 동양고전연구
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• 제73호
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• pp.281-302
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• 2018

순자철학에서 마음의 역할은 매우 중요하다. 순자에게 도란 정치의 영원하고 항구적인 법칙인데, 그 도는 마음이 주재한다. 그런데 마음은 사유 활동과 사물에 대한 인식 기관이다. 그럼에도 불구하고 마음은 조절되지 않으면 안 되는 욕구를 지닌 몸이다. 또 한편으로 마음은 인식 측면에서 저장과 비움, 움직임과 고요함, 하나에 또 하나의 두 갈래의 중층적 양상을 지닌다. 그런 마음의 꾀인 심술(心術)에는 여러 가지 가림의 폐단이 있다. 이런 점에서 마음을 닦고 기르기가 요구된다. 순자는 치기양심(治氣養心), 몸 차원의 기를 다스리고 사유 기능의 마음을 기르는 수양을 제안하는데, 맹자가 도덕심 함양을 위한 욕심 줄이기나 호연지기 기르기를 중시했다면, 순자는 신체기관을 거느리고 공적인 인식을 위해 마음 기르기를 요청하였다. 순자의 생각에 마음에는 인식 측면에서 마치 그릇의 물이 만드는 수경(水鏡)과 같은 면모가 있다. 그래서 물에 내재하는 찌꺼기를 가라앉히지 않으면 사물의 이미지를 제대로 반영할 수 없다. 이런 맥락에서 마음의 폐단을 제거하야야 하며, 그런 차원에서 수양 또한 필요하다. 궁극적으로 국가의 안정을 위한 이치를 밝히고 떳떳한 도리를 회복하기 위해 마음은 중층적(重層的)이어서는 안 되며, 이에 수양의 문제가 대두된다. 이 논문은, 이런 문제의식에서, 순자철학에 나타난 마음의 의의, 그 중층적 양태, 그리고 수양의 필요성에 대하여 접근한다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제22권4호
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• pp.455-462
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• 2019

This paper proposes a method of utilizing convolutional neural network to classify the images of Bender Gestalt Test (BGT), which is a tool to understand and analyze a person's characteristic. The proposed network is composed of 29 layers including 18 convolutional layers and 2 fully connected layers, where the network is to be trained with augmented images. To verify the proposed method, 10 fold validation was adopted. In results, the proposed method classified the images into 9 classes with the mean f1 score of 97.05%, which is 13.71%p higher than a previous method. The analysis of the results shows the classification accuracy of the proposed method is stable over all the patterns as the worst f1 score among all the patterns was 92.11%.

• 전자공학회논문지
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• 제54권7호
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• pp.71-78
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• 2017

감정을 분류하는 대표적인 알고리즘에는 Support-vector-machine (SVM), Bayesian decision rule 등이 있다. 하지만 기존의 연구자들은 위와 같은 방법에는 문제점이 있다고 지적하였다. 이를 보완하기 위해 다른 연구자는 경사도를 이용하여 새로운 패턴인식 알고리즘을 제안하였다. 본 논문에서는 이 알고리즘을 통해 새로운 EEG 기반의 감정 인식 알고리즘을 제안하고 기존의 연구와 비교한다. 본 논문에서는 신뢰도 높은 자료를 얻기 위해 여러 논문에서 사용된 DEAP (a database for emotion analysis using physiological signals)를 사용하였다. 또한, 객관적인 검증을 위해 기존의 연구에서 사용된 4개의 뇌파 채널(Fz, Fp2, F3, F4)의 PSD (Power Spectral Density)를 특징으로 사용하여 감정의 2개 척도 (Arousal, Valence)를 분류하였다. 본 논문에서 실시한 교차검증 (4-fold)에 의하면 Valence 축에서 85%, Arousal 축에서 87.5의 정확도를 얻을 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.420-427
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• 2018

효모균 타이로실-tRNA 합성효소(Sc YRS)와 엠버 멈춤코돈을 인식하는 대장균 시작tRNA 변이체(fMam $tRNA_{CUA}$)쌍은 대장균에서 단백질 생합성시 원하는 특정 위치에 비천연아미노산을 도입하는데 활용된다. Sc YRS/fMam $tRNA_{CUA}$쌍의 엠버써프레션 활성을 높이기 위해 fMam $tRNA_{CUA}$의 첫번째 안티코돈 염기를 인식하는 Sc YRS의 320번, 321번 아미노산 잔기를 암호화하는 염기서열을 무작위로 돌연변이시킨 라이브러리를 제작하였다. 엠버써프레션에 의한 클로람페니콜 저항성을 이용해 라이브러리를 탐색하여 활성이 향상된 2개의 돌연변이주를 선별하였다. 이들의 클로람페니콜 저항성 성장의 $IC_{50}$값은 야생형 YRS보다 1.7~2.3배 높았으며, in vivo 엠버써프레션 활성을 비교한 결과 3~6.5배의 활성 증가가 나타났다. 높은 활성을 보인 mYRS-3 (P320A/D321A) 단백질의 fMam $tRNA_{CUA}$에 대한 in vitro aminoacylation kinetics 분석은 야생형보다 약 7배 높은 효소활성을 보였으며, 이는 주로 기질인 fMam $tRNA_{CUA}$에 대한 결합 친화도가 증가하여 나타났다. 이런 접근법을 이용하여 다양한 종류의 비천연 아미노산 도입에 활용되는 aminoacyl-tRNA 합성효소의 엠버써프레션 활성을 높임으로써 엠버 멈춤코돈을 이용한 비천연 아미노산 도입 효율성을 높일 수 있을 것이다.

• 한국지형학회지
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• 제24권1호
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• pp.93-104
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• 2017

The objective of this study was two fold: firstly, we analyzed how the Geoparks have been run since the first one had been designated on December 31th, 2015. We then investigated how visitors' geographical and geological recognitions on the parks have changes. We visited geosites and investigated how well these sites accorded with the conditions for running Geoparks. In addition, scenery pictures and hashtags uploaded in Instagram between 2015 and 2016 were collected in order to analyze visitors preferences on the geosites along the, Hantan Imjingang River Geopark. Results showed that the hotspots were Bidulginang Waterall, Art Valley, and Jaein Waterfall. Compared to the ratio of geographical and geological references in 2015, the hashtags in all of these three geosites increased. The increases were as much as 3% in Bidulginang Falls, 0.6% in Art Valley, and 5% in Jaein Falls. In labelling the geographical and geological terms in Bidulginang Falls and Jaein Falls, the most frequently mentioned hashtags was "columnar joint", followed by "natural monument", "Geopark", and "basalt canyon". This study includes the study of visitors recognition which is one of the most important, but somehow neglected factor for the geopark's management.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권1호
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• pp.82-87
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• 2006

현재 가장 많이 사용되는 단백질 구조 예측 방법은 비교 모델링 (comparative modeling) 방법이다. 비교 모델링 방법에서의 정확도를 높이기 위해서는 alignment의 정확도 역시 매우 필수적으로 필요하다. 비교 모델링 과정 중의 fold-recognition 단계에서 alignment의 정확도에 의해 template을 고르는 방법은 단지 가장 비슷한 template을 선택하는 방법에 비해 주목을 받지 못하고 있다. 최근에는 두 가지의 alignment에 사이의 shift 정보를 바탕으로 한 shift score라는 수치가 alignment의 성능을 표현하기 위해서 개발되었다. 우리는 더 정확한 구조 예측의 첫걸음이 될 수 있는 shift score를 예측하는 방법을 개발하였다. Shift score를 예측하기 위해 support vector regression (SVR)이 사용되었다. 사전에 구축된 라이브러리 안의 길이가 n 인 template과 구조를 알고 싶은 query 단백질 사이의 alignment는 n+2 차원의 input 벡터로 변환된다. Structural alignment가 가장 좋은 alignment로 가정되었고 SVR은 query 단백질과 template 단백질의 structural alignment과 profile-profile alignment 사이의 shift score를 예측하도록 training 되었다. 예측 정확도는 Pearson 상관계수로 측정되었다. Training 된 SVR은 실제의 shift score와 예측된 shift score 사이에 0.80의 Pearson 상관계수를 갖는 정도로 예측하였다.

• 통합자연과학논문집
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• 제3권2호
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• pp.72-77
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• 2010

Alginate lyases, also known as alginases or alginate depolymerases, catalyze the degradation of alginate by a ${\beta}$-elimination mechanism that has yet to be fully elucidated. Alginate is a copolymer of ${\alpha}$-L-guluronate (G) and its C5 epimer ${\beta}$-D-mannuronate (M), arranged as homopolymeric G blocks, M blocks, alternating GM or random heteropolymeric G/M stretches. Almost all alginate lyases depolymerize alginate in an endolytical fashion via a ${\beta}$-elimination reaction. The alginate lyase Atu3025 from Agrobacterium tumefaciens strain C58, consisting of 776 amino-acid residues, is a novel exotype alginate lyase classified into polysaccharide lyase family 15. Till now there is no crystal structure available for this class of proteins. Since there is no template with high sequence identity, three-dimensional coordinates for exotype alginate lyase (PL 15 family) were determined using modeling methods (Comparitive modeling and Fold recognition). The structures were modeled using the X-ray coordinates from Heparinase protein family (PDB code: 3E7J). This enzyme (Atu3025) displays enzymatic activity for both poly-M and poly-G alginate. Since poly-M is widespread; docking of a tri-mannuronate against the modeled structure was performed. We identified some of those residues which are crucial for lyase activity. The results from this study should guide future mutagenesis studies and also provides a starting point for further proceedings.