• 미생물학회지
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• 제55권2호
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• pp.174-176
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• 2019

Flavobacteriaceae 과에 속하는 신균주인 RR4-38(= KCTC 52651 = DSM 108068)가 한국의 해수 순환여과양식시스템의 생물여과조에서 분리되었다. 41.9%의 G+C 함유량을 가진 3,182,272 bp의 길이의 하나의 완전한 유전체 컨티그가 PacBio RS II를 이용하여 얻어졌다. 이 유전체는 2,829개의 단백질 암호화 유전자와 6개의 rRNA 유전자, 38개 tRNA 유전자, 4개의 ncRNA 유전자, 9개의 유사유전자를 포함하고 있다. 이 결과는 해수 순환여과양식시스템에서 미생물의 활성을 이해하는데 통찰력을 줄 것이다.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.237-244
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• 2013

16S rRNA 유전자를 대상으로 454 파이로서열 분석법을 이용하여 해삼(Apostichopus japonicus)과 새우(Litopenaeus vannamei)의 장내 세균의 다양성을 분석하였다. 해삼의 경우, 대부분의 서열은 두 개의 속과 연관성이 있는 것으로 나타났다. 하나는 Fusobacteria 문의 Propionigenium 속이며, 다른 하나는 Bacteroidetes 문의 Flavobacteriaceae 과에 속하는 미분류 속이었다. 새우는 해삼에 비해 다양한 속들을 포함하고 있었으며 Lactococcus, Leuconostoc, Prochlorococcus, Vibrio 속들과 Flavobacteriaceae, Rhodobacteraceae, Desulfobulbaceae, Helicobacteraceae 과와 Mycoplasmatales 목에 속하는 미분류 속들을 포함하고 있었다. 해삼과 새우의 속들의 절반 이상이 환경에서 비배양적으로 얻어진 서열만 존재하는 미분류된 속인 것으로 확인되었다. 대용량 454 파이로서열 분석법을 통하여 해삼과 새우의 장내 세균의 다양성을 밝힐 수 있었으며, 그 결과 해삼과 새우는 아직까지 밝혀지지 않는 새로운 미생물을 많이 포함하고 있는 것을 알 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권8호
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• pp.1439-1445
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• 2016

A yellow, rod-shaped, non-motile, gram-negative, and strictly aerobic bacterial strain, designated LPB0005^T, was isolated from a marine gastropod, Reichia luteostoma. Here the genome sequence was determined, which comprised 3,395,737 bp with 2,962 protein-coding genes. The DNA G+C content was 36.3 mol%. The 16S rRNA gene sequence analysis indicated that the isolate represents a novel genus and species in the family Flavobacteriaceae, with relatively low sequence similarities to other closely related genera. The isolate showed chemotaxonomic properties within the range reported for the family Flavobacteriaceae, but possesses many physiological and biochemical characteristics that distinguished it from species in the closely related genera Ulvibacter, Jejudonia, and Aureitalea. Based on phylogenetic, phenotypic, and genomic analyses, strain LPB0005^T represents a novel genus and species, for which the name Cochleicola gelatinilyticus gen. nov., sp. nov. is proposed. The type strain is LPB0005^T (= KACC 18693^T = JCM 31218^T).

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2004년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.27-29
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• 2004

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권8호
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• pp.1379-1384
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• 2007

Four Gram-negative, chemoheterotrophic, non-motile, yellow-colored strains were isolated from the East Sea or from deep-sea sediments of Nankai Trough by standard dilution plating. Characterization by polyphasic approaches indicated that the four strains are members of the same species. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences revealed that the strains formed a coherent and novel genus-level lineage within the family Flavobacteriaceae. The dominant cellular fatty acids were i-C15:0, 3-OH i-C17:0, and 2-OH i-C15:0 and/or C16:1 ${\omega}7c$. Predominance of 2-OH i-C15:0 and/or C16:1 ${\omega}7c$ clearly differentiated the strains from closely related members. The DNA G+C contents ranged 35.1-36.2 mol%. It is proposed, from the polyphasic evidence, that the strains should be placed into a novel genus and species named Sufflavibacter maritimus gen. nov., sp. nov., with strain $IMCC1001^T(=KCCM\;42359^T=NBRC\;102039^T)$ as the type strain.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.460-462
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• 2018

Flavobacteriaceae에 속하는 해양 Flavobacteria인 Flagellimonas eckloniae DOKDO $007^T$은 독도에서 서식하는 조류(Ecklonia kurome)에서 분리되었다. DOKDO $007^T$ 균주의 유전체는 4,132,279 bp 크기로 3,527개의 코딩 서열과 37.85%의 GC 함량을 가지며, 하나의 스케폴드에서 두 개의 콘티그로 구성되어 있다. 이 균주는 태양광을 에너지원으로써 이용할 수 있는 여러 레티날 생합성 유전자들과 마찬가지로 프로테오로돕신을 인코딩하는 유전자를 함유하고 있다. 속명과는 달리 편모 형성에 관여하는 유전자가 충분하지 못한 것을 감안하여 속명의 개정이 필요하다.

• 생명과학회지
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• 제23권6호
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• pp.770-778
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• 2013

본 연구에서는 광양만 해수의 세균군집 다양성의 계절적인 변화를 분석하기 위해 2011년 2월, 5월, 7월, 10월의 4계절에 총 336 균주를 분리하였다. 분리된 미생물의 16S rRNA를 제한효소 Hae III를 이용하여 Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis 를 실시하여 절편 양상을 군집화 시키고, 다양성 지수를 계산하였다. 80%의 유사도 수준에서 40개의 단일 계통형을 포함한 총 101개의 계통형을 얻을 수 있었다. 각 계통형을 대표할 수 있는 139개 균주를 선택하여 16S rRNA 염기서열을 결정한 후 유전자서열을 비교한 결과, 이들 균주는 Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes 및 Firmicutes를 포함한 4개의 문에 속하였다. 모든 계절에 Proteobacteria 문이 최 우점하였고, 겨울과 봄, 가을에는 Bacteroidetes 문, 여름에는 Actinobacteria 문이 차 우점하였다. 과(family) 수준에서는 겨울과 봄에는 Flavobacteriaceae가 우점하였고, 여름과 가을에는 Pseudoalteromonadaceae가 우점하였다. 모든 계절에 Altererythrobacter, Loktanella, Pseudoalteromonas, Vibrio 속(genus)이 관찰되었다. 미생물 군집의 다양성은 가을에 가장 높았으며, 다음으로 봄, 겨울, 여름 순서였다.

• Journal of Species Research
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• 제9권1호
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• pp.26-34
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• 2020

The phylum Bacteroidetes covers phenotypically diverse groups of Gram negative rods that do not form endospores, and currently includes 6 classes, 6 orders, 33 families and 380 genera. Members of Bacteroidetes can be aerobic and anaerobic heterotrophs, hydrogen utilizing chemolithotrophs, or methylotrophs. They can be isolated from diverse habitats including terrestrial and aquatic environments, environments with extreme physicochemical conditions, and animal and plant hosts. During a series of extensive surveys of prokaryotic species diversity in Korea, bacterial strains belonging to Bacteroidetes were isolated from various sources of aquatic and terrestrial environments. A total of 22 isolates were obtained, which represent 22 unrecorded species in Korea belonging to 14 genera of 6 families. Sixteen species among them were assigned to Flavobacteriaceae, two species were to Sphingobacteriaceae, and single species was to each of the families Bacteroidaceae, Balneolaceae, Chitinophagaceae and Cytophagaceae. At genus level, Chryseobacterium (5 species) and Flavobacterium (5 species) were the most abundant genera, and single species were obtained for the genera Bacteroides, Baloneola, Terrimonas, Dyadobacter, Aquimarina, Arenibacter, Gillisia, Gilvibacter, Salinimicrobium, Winogradskyella, Pedobacter and Sphingobacterium. The detailed descriptions of each unrecorded species are provided.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.83-96
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• 2017

부산시 영도구의 혁신지구의 인공해수천은 높아진 하상과 조류의 특성으로 인해 물이 순환되지 않고 더구나 주위의 오수가 유입되고 있어서 수질이 나빠지고 악취를 발생하고 있다. 이 문제를 해결하기 위한 방안으로 가장 오염되고 조류이동을 감안한 하천의 지점에 생물증강법을 적용하여 친환경적, 효율적으로 하천을 정화하고자 하였다. 현장에서 활성화된 복합미생물을 가장 오염된 지점(Site 2)에 7~10일 간격으로 투입하여, 수질의 pH, 온도, DO, ORP, SS, COD, T-N, 및 T-P를 측정하였고 또한 하상퇴적토의 COD 및 미생물군집을 분석하였다. 13개월 후 Site 2의 수질 SS, COD, T-N 및 COD (퇴적토)의 처리효율은 각각 51%, 58%, 27% 및 35%으로 나타났으나 T-P는 오히려 47% 증가를 보였다. 대부분의 측정지점에서 황산염환원세균(sulfate reducing bacteria)그룹 (Desulfobacteraceae_uc_s, Desulfobacterales_uc_s, Desulfuromonadaceae_uc_s, Desulfuromonas_g1_uc and Desulfobacter postgatei)과 Anaerolinaeles의 밀도는 대체적으로 생물증강에 의한 정화가 진행될수록 감소하였으며, 반면에 Gamma-proteobacteria (NOR5-6B_s and NOR5-6A_s), Bacteroidales_uc_s, 및 Flavobacteriales_uc_s의 밀도는 증가하는 경향이었다. 상대적으로 COD가 낮고 DO가 높은 청정지점인 St. 4에서는 호기성미생물인 Flavobacteriaceae_uc_s가 우점하였다. 이러한 미생물군은 하천의 정화과정을 추적할 수 있는 지표미생물로 활용될 수 있을 것으로 판단되었다. 생물증강 시행 후의 대표적 시점 퇴적토시료의 미생물군집 alpha diversity 지수(OTUs, Chao1 및 Shannon 지수)는 시행 전에 비해 감소하는 경향을 보였으며, 또한 beta diversity 분석기법(fast unifrac 분석)으로 분석한 결과 정화 전이나 초기에 비해서 정화가 진행될수록 전반적으로 시료에 무관하게 미생물군집의 유사성을 보여 생물증강이 현장 토착 미생물의 군집구조를 변화시키고 있음을 확인하였다. 이러한 사실로 보아 본 복합미생물에 의한 현장 생물증강법은 brine water 및 담수로 이루어진 오염된 하천을 환경친화적, 경제적으로 정화할 수 있는 대안으로 판단이 되었다.

• 생명과학회지
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• 제28권3호
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• pp.361-368
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• 2018

본 연구는 제주연안에서 채집한 옥돔(Branchiostegus japonicus)의 장내기관으로부터 장내미생물의 분리하여 다양성을 조사하였다. 1차로 1.5% BHIA, MA, TSA 및 R2A agar 배지상 순수분리한 결과, 1.5% BHIA에서 가장 많은 colony개수를 나타냈다. 호기성, 혐기배양은 평균 $1.7{\times}10^6CFU/g^{-1}$, $1.1{\times}10^5CFU/g^{-1}$로 나타났으며 총 147개의 순수 colony가 분리되었다. 16S rDNA염기서열 분석결과 58속 74종으로 나타났으며 기본균주와 95-100%의 유사도를 나타내었다. 크게 5문(Phylum)으로 나뉘었으며, 주요 계통군으로 Proteobacteria 문이 50%로 Moraxellaceae, Rhodobacteraceae, Shewanellae, Halomondaceae, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Hahellaceae, Pseudomonadaceae, Erythrobacteraceae 총 9과 35속 35종으로 우점도가 제일 높게 나타났다. Actinobacteria문은 24%, Microbacteriaceae, Intrasporangiaceae, Dietziaceae, Dermabacteraceae, Dermacoccaceae, Nocardiodaceae, Brevibacteriaceae, Propionobacteriacea 총 8과 11속 17종, Frimicutes문은 16%, Bacillaceae, Staphylcoccaceae, Planococcaceae, Streptococcaceae, Paenibacillaceae, Clostridiaceae 총 6과 8속 17종, bacteroidetes문은 6%, Cyclobacteriaceae, Flavobacteriaceae 총 2과 3속 4종을, Deinococcus-thermus문은 4%로 Deinococcaceae 단일 1과 1속 1종으로 나타났다.