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Construction of PANM Database (Protostome DB) for rapid annotation of NGS data in Mollusks

  • Kang, Se Won;Park, So Young;Patnaik, Bharat Bhusan;Hwang, Hee Ju;Kim, Changmu;Kim, Soonok;Lee, Jun Sang;Han, Yeon Soo;Lee, Yong Seok
    • 한국패류학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.243-247
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    • 2015
  • A stand-alone BLAST server is available that provides a convenient and amenable platform for the analysis of molluscan sequence information especially the EST sequences generated by traditional sequencing methods. However, it is found that the server has limitations in the annotation of molluscan sequences generated using next-generation sequencing (NGS) platforms due to inconsistencies in molluscan sequence available at NCBI. We constructed a web-based interface for a new stand-alone BLAST, called PANM-DB (Protostome DB) for the analysis of molluscan NGS data. The PANM-DB includes the amino acid sequences from the protostome groups-Arthropoda, Nematoda, and Mollusca downloaded from GenBank with the NCBI taxonomy Browser. The sequences were translated into multi-FASTA format and stored in the database by using the formatdb program at NCBI. PANM-DB contains 6% of NCBInr database sequences (as of 24-06-2015), and for an input of 10,000 RNA-seq sequences the processing speed was 15 times faster by using PANM-DB when compared with NCBInr DB. It was also noted that PANM-DB show two times more significant hits with diverse annotation profiles as compared with Mollusks DB. Hence, the construction of PANM-DB is a significant step in the annotation of molluscan sequence information obtained from NGS platforms. The PANM-DB is freely downloadable from the web-based interface (Malacological Society of Korea, http://malacol.or/kr/blast) as compressed file system and can run on any compatible operating system.

XML 기반 마크업 언어 변환기를 이용한 Mobile용 Mail 추출엔진 (Mail Extraction Engine in Mobile Using Markup Language Converter based on XML)

  • 박영삼;최병철;정영지
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제6권8호
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    • pp.1187-1193
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    • 2002
  • 유선 인터넷 망의 Mail 서비스에는 POP3(Post Office Protocol 3)규약과 IMAP4 (Internet Message Access Protocol 4)규약을 기반으로하는 Mail 등이 있다. 무선 인터넷을 이용한 모바일 메일 서비스를 위해서는, POP3 Mail의 경우 전용 모바일 메일 서버를 이용하거나 메일 변환을 거쳐야 하고, Web Mail로 이용되는 IMAP4 메일의 경우에는 원격 파일 서버와 같이 서버 측에 메일이 보관되므로 IMAP4 규약이 없는 모바일 클라이언트로는 모바일 메일 서비스의 이용이 곤란하다. 본 논문에서는 XML 기반의 마크업 언어변환기를 설계하고, 최근 보편화되고 있는 IMAP4 기반의 Web Mail을 모바일에서 이용할 수 있도록 하는 모바일용 메일 추출 엔진을 구현함으로써, POP3 메일 서비스뿐만 아니라 IMAP4를 기반으로 하는 Web Mail을 모바일 환경에서 이용할 수 있도록 하는 모바일 메일 서비스 방법을 제시하였다.

상호연관성 분석을 이용한 웹서버 보안관리 시스템 (Web-Server Security Management system using the correlation analysis)

  • 김성락
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제9권4호
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    • pp.157-165
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    • 2004
  • 본 논문에서는 현재 증가하고 있는 웹 서비스 공격을 정확하고 빠르게 탐지할 수 있고, 잘못된 공격탐지를 줄여줄 수 있는 웹서버 보안관리시스템을 제안한다. 이 시스템은 여러 단위보안모듈들의 결과를 실시간으로 수집하고 상호연관성 분석과정을 통해 탐지의 정확성을 향상시킨다. 단위보안모듈은 네트웍기반 침입탐지시스템 모듈, 파일무결성 검사 모듈, 시스템로그분석 모듈 그리고 웹로그분석 모듈로 구성되며, 그리고 각각의 단위보안모듈들의 결과에 연관성을 부여하여 실시간으로 분석하는 상호연관성 분석 모듈이 있다. 제안한 시스템은 공격탐지의 정확성 뿐 아니라 단위보안모듈의 추가 그리고 상호연관성 분석의 범위확장이 용이한 프레임워크를 제공한다. 그리고 제안한 시스템의 단위보안모듈 중 침입탐지시스템 모듈은 다중 쓰레드 기반으로 Snort를 재구성하여 보다 빠른 공격 탐지 시간을 갖는다. 처리량이 많은 단위보안모듈의 처리시간을 단축함으로서 웹서버 보안관리시스템 처리 성능을 향상시킬 수 있다.

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Database PasS web service system using Docker

  • Hur, Tai-Sung
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제25권11호
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    • pp.51-58
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    • 2020
  • 컴퓨터 관련학과의 학생들은 대부분 프로젝트를 수행하며, 프로젝트 수행에 있어 데이터베이스 사용은 필수적이다. 이런 데이터베이스를 사용하기 위해서는 데이터베이스 관리 시스템(DataBase Management System)의 설치가 필요하다. 그러나 DBMS를 설치의 경우 수분(시간)이 소요되며, 까다로운 설치 과정을 요구하는 DBMS도 있다. 따라서 이러한 문제를 해결하기 위해 본 연구에서는 Docker를 이용해 DBMS를 쉽게 설치할 수 있는 시스템을 제안하였다. Docker는 리눅스의 응용 프로그램들을 소프트웨어 Container안에 배치하는 일을 자동화하는 오픈소스 프로젝트이다. Docker Container는 소프트웨어의 실행에 필요한 모든 것을 포함하는 완전한 파일 시스템 안에 감싸며, 안에는 코드, 런타임, 시스템 도구, 시스템 라이브러리 등 서버에 설치되는 무엇이든 포함된다. 이는 실행 중인 환경과 관계없이 언제나 동일하게 실행될 것을 보증한다. 본 제안 시스템을 이용하여 데이터베이스를 생성한 후 웹에서 데이터베이스 접속 정보를 확인할 수 있으며, 서버 상태를 분 단위로 확인할 수 있도록 하였다. 본 제안 시스템을 구현하여 10팀의 프로젝트에 적용한 결과 개별 설치보다 Maria DBMS의 경우 94.5%, Oracle DBMS의 경우 98.3%의 설치 시간이 감소하여 향상된 효율을 확인하였다.

클라우드 컴퓨팅에서 동적 데이터 무결성을 위한 개선된 감사 시스템 (A Novel Auditing System for Dynamic Data Integrity in Cloud Computing)

  • 김태연;조기환
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제19권8호
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    • pp.1818-1824
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    • 2015
  • 응용 프로그램과 데이터, 파일 스토리지를 위한 동적 확장이 가능한 하부구조를 제공하는 응용으로서 클라우드 컴퓨팅에 대한 관심이 날로 증가하고 있다. 그러나 데이터 보호 측면에서 신뢰성 없는 원격 서버가 다양한 문제들을 야기할 수 있다. 그 중 사용자의 데이터를 고의적 또는 무의식적으로 연산(수정, 삽입, 삭제)을 하거나 데이터의 무결성을 감사하는 과정에서 자신의 잘못을 감추기 위해 거짓 정보를 제공할 수 있다. 본 논문에서는 서버가 악의적인 행위를 했는지를 확인할 수 있는 새로운 데이터 감사 시스템을 제안한다. 그리고 시스템의 성능과 보안 분석을 통해 제안된 구조가 클라우드 컴퓨팅 환경에 적합함을 증명한다.

안전한 네트워크 전송 메시지를 이용한 웹 서비스 보안 시스템에 관한 연구 (A study of Web Service Security System using the Secure Network Transfer Message)

  • 김창수;정회경
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2008년도 추계종합학술대회 B
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    • pp.850-853
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    • 2008
  • 현재의 인터넷은 짧은 기간에 급속한 성장을 했으며 이를 기반으로 하는 전자상거래도 급성장했다. 이러한 인터넷 기반의 전자상거래는 사용자와 공급자간의 효과적인 상호 사용자 인증 방법으로 웹 클라이언트 메시지 기술이 활용되고 있다. 클라이언트 메시지의 사용은 사용자 인증 및 전자상거래를 비롯한 웹 서비스의 효율성을 높여줄 뿐 아니라, 다양한 목적으로 여러 가지 기능을 제공해 주기도 한다. 하지만, 클라이언트 메시지는 평문 형태로 전송되고 저장되기 때문에 네트워크 공격, 종단 시스템 공격, 쿠키 획득공격에 정보가 쉽게 노출될 수 있다. 본 논문에서는 네트워크 전송 메시지에 보안 서비스 제공을 위해 암호 알고리즘을 이용하여 클라이언트 메시지의 보안상 문제 해결을 위해 안전한 메시지와 메시지 생성과 검증에 사용되는 클라이언트 사용자 입력 정보를 안전하게 웹 서버로 전송하기 위해 네트워크 전송 메시지에 대한 보안 서비스를 설계하였다.

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잠재 부하 정보와 HTTP 연결의 에이징을 통한 HTTP 연결 스케줄링 알고리즘 (Load Distribution Policy of Web Server using Subsequent Load and HTTP Connection Time)

  • 김시연;김성천
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제32권11_12호
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    • pp.717-721
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    • 2005
  • HTTP/l.0과 새로운 HTTP/1.1이 함께 사용됨으로써 단일 HTTP 연결이 단일 사용자 요청을 의미하던 환경에서 연구되었던 웹 서버 부하 분산 정책은 수정이 불가피하게 되었다. HTTP/l.0 환경에서는 사용자의 단일 요청만을 가지고 서버를 할당하였으나, 지속적인 HTTP 연결을 지원하게 되면서 하나의 HTTP 연결을 통해 여러 개의 요청을 서버에게 요구할 수 있으므로, 첫 번째로 도착한 요청 하나만으로는 앞으로 그 HTTP 연결을 통해 전송될 사용자의 요청이 서버의 자원을 얼마나 소비하게 될 것인지 전혀 예상할 수 없게 된다. 본 논문에서는 HTTP/1.1을 효율적으로 지원하는 부하 분산 정책을 제안하고자 한다. 이 정책은 사용자의 첫 번째 요청이 전달되면 그 요청의 내장 객체 정보와 현재 살아있는 HTTP 연결의 에이징(aging)을 고려하여 서버를 선택하는 알고리즘이다. 그리고 디스패처의 잘못된 분산 결정으로 인해 시스템의 성능에 누적되는 악영향을 최소화하기 위한 기법도 제시한다.

P2P를 이용한 전자상거래 시스템 개발에 관한 연구 (The Study on the Electronic Business System using P2P)

  • 송은지
    • 디지털콘텐츠학회 논문지
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    • 제8권3호
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    • pp.403-410
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    • 2007
  • 요즈음 전 세계적으로 큰 파장을 일으키고 있는 P2P(Peer to Peer) 비즈니스는 인터넷의 급속한 보급과 더불어 고속 인터넷 접속 서비스가 확산되고, 고성능 PC 보급을 통한 사용자 환경이 강화되면서 가능하게 되었다. P2P란 서버와 클라이언트 개념에서 벗어나 개인 컴퓨터끼리 직접 연결하고 검색함으로써 모든 접속자가 공급자인 동시에 수요자가 되는 형태를 말한다. 즉, 정보를 찾는 사람과 정보를 가지고 있는 사람의 PC를 직접 연결시켜 데이터를 공유할 수 있게 해주는 기술과 그 기술을 응용해 만든 새로운 시스템이다. 최근 P2P는 개인 간의 단순한 파일공유 서비스가 아닌 기업 간 전자거래에 응용하는 등 다양한 시스템이 개발되고 있다. 본 연구에서는 P2P를 이용한 보다 효율적인 전자상거래 시스템을 제안한다.

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웹기반 임상데이터 관리 시스템 구축을 위한 프로그램 개발 (Web-based program development for clinical data management system establishment)

  • 신임희;김달호;김상경;손기철;박전우;곽상규
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제23권1호
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    • pp.171-177
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    • 2012
  • 컴퓨터의 발달로 인해 여러 가지 현상들이 수치화되어 데이터로 수집되고 있다. 특히 많은 양의 데이터가 각 분야별로 수집되고 있는데 이는 데이터를 기초로 한 분석과 해석을 통하여 의사 결정의 뒷받침이 되는 정보를 얻기 위해서이다. 데이터의 중요성이 부각되면서 데이터의 관리가 관심사가 되었다. 많은 연구자들이 공유할 수 있도록 서버에 데이터베이스를 구축하고 이를 웹 브라우저를 통하여 조회 및 확인하는 시스템을 구축하는 것이 필요하다. 본 연구에서는 연구자가 가장 많이 사용하는 엑셀 파일을 서버 데이터베이스에 업로드 하였고, 웹기반의 데이터베이스와 연동하여 연구자가 업로드한 데이터를 조회 및 확인할 수 있는 웹기반 프로그램을 개발하였다. 웹을 기반으로 데이터를 업로드 할 DB로 오라클을 사용하였으며 데이터베이스를 조회하기 위하여 웹프로그래밍 언어인 html, JAVA, JSP 등을 사용하여 웹기반 임상데이터 관리 시스템 구축을 위한 프로그램을 개발하였다.

iATA 기반의 RAID5 분산 스토리지 서버의 설계 및 구현 (Design and Implementation of iATA-based RAID5 Distributed Storage Servers)

  • 왕숙미;임효택
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제14권2호
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    • pp.305-311
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    • 2010
  • iATA는 TCP/IP 네트워크상에서 ATA 명령어를 전달하기 위해 개발된 블록-레벨 프로토콜로서, 모바일 기기의 스토리지 한계를 극복하기 위한 대안으로 활용 될 수 있다. 본 논문은 RAID5 분산 스토리지 서버 개념을 iATA에 적용하여 스토리지 서버의 신뢰성과 속도를 개선하고자 한다. 분산 스토리지 서버중 하나의 서버가 다운된 경우에 나머지 서버 데이터의 XOR 함수를 적용하여 데이터 회복이 가능하며 이를 통해 데이터의 신뢰성을 높일 수 있다. 벤치마킹 실험과 시험을 통해 제안된 iATA 프로토콜은 제한된 스토리지를 가지고 있는 모바일 기기상에서 효율적이 고도 신뢰성 있는 가상 스토리지 프로토콜로서 사용될 수 있음을 보여주고 있다.