• Journal of Microbiology
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• 제35권3호
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• pp.206-212
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• 1997

Heliobacillus mobilis is a strictly anaerobic Gram-positive bacterium which contains a primitive Photosystem I-type reaction center. The membrane-bound cytochrome $C_{553}$ from the heliobacterium suggested to be the immediate electron donor to the photooxidized pigment (P798+) has been isolated and characterized. The heme protein was visualized as a major component with an apparent molecular size of 17kDa in TMBZ-staining analysis of the membrane preparation and showed characteristic $\alpha$ (552.5 nm), $\beta$ (522nm), and Soret absorption (416 nm) peaks of a typical reduced c-type cytochrome in the partially purified sample. The internal 43 amino acid sequence of the electron donor was obtained by chemical agent and protease treatments followed by N-terminal sequencing of the resulting fragments. The internal sequence carries lots of lysine residues and a Cys-X-X-Cys-His sequence motif which are the characteristics of typical c-type cytochromes. The analysis of the sequence by FAST or FASTA program, however, did not show any significant similarity to other known heme proteins.

• 한국패류학회지
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• 제31권3호
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• pp.243-247
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• 2015

A stand-alone BLAST server is available that provides a convenient and amenable platform for the analysis of molluscan sequence information especially the EST sequences generated by traditional sequencing methods. However, it is found that the server has limitations in the annotation of molluscan sequences generated using next-generation sequencing (NGS) platforms due to inconsistencies in molluscan sequence available at NCBI. We constructed a web-based interface for a new stand-alone BLAST, called PANM-DB (Protostome DB) for the analysis of molluscan NGS data. The PANM-DB includes the amino acid sequences from the protostome groups-Arthropoda, Nematoda, and Mollusca downloaded from GenBank with the NCBI taxonomy Browser. The sequences were translated into multi-FASTA format and stored in the database by using the formatdb program at NCBI. PANM-DB contains 6% of NCBInr database sequences (as of 24-06-2015), and for an input of 10,000 RNA-seq sequences the processing speed was 15 times faster by using PANM-DB when compared with NCBInr DB. It was also noted that PANM-DB show two times more significant hits with diverse annotation profiles as compared with Mollusks DB. Hence, the construction of PANM-DB is a significant step in the annotation of molluscan sequence information obtained from NGS platforms. The PANM-DB is freely downloadable from the web-based interface (Malacological Society of Korea, http://malacol.or/kr/blast) as compressed file system and can run on any compatible operating system.

• Journal of Life Science
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• 제12권2호
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• pp.47-52
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• 2002

Saccharomyces cerevisiae KNU5377 (KNU5377) and S. cerevisiae ATCC24858 (ATCC24858) were exposed to $H_2SO_4$ as a stress, which was added at various concentrations to a YPD media. The growth of KNU5377 was reduced to approximately 60% in the YPD media containing 40 nm sulfuric acid when compared to the non-stressed condition. When their growth was monitored during an overnight culture, two strains, KNU5377 and ATCC24858, could not grow when exposed to over 50 mM of sulfuric acid. After a short exposure to this acid for 1 h, KNU5377 exhibited stronger resistance against $H_2SO_4$ than ATCC24858. The neutral trehalase activity of KNU5377 unchanged despite under various concentrations of $H_2SO_4$. In contrast, It at of ATCC24858 was much low at higher $H_2SO_4$concentrations. Trehalose, a non-reducing disaccharide, was maximally accumulated after a short exposure to 60 nm $H_2SO_4$ for KNU5377, but it was reduced under more severe stressful conditions. These results suggest that KNU5377 should modulate the trehalose concentrations under the severe stress condition of high sulfuric acid concentrations. The most highly induced protein in the KNU5377 exposed to sulfuric acid was found to be an approximately 23 kDa protein, which was revealed to be the 605 large subunit ribosomal protein, Ll3 by FASTA search results.

• 정보처리학회논문지D
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• 제11D권4호
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• pp.755-764
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• 2004

최근, 바이오 관련 장비, 기술들이 발전함에 따라, 바이오 관린 데이터나 그것을 제공하는 호스트들이 급속하게 증가하고 있나. 또한, 이러한 데이터들은 개발 커뮤니티들의 수만큼, 분산되고 이질적인 면을 가시고 있어서, 바이오 관련 데이터베이스의 통합과 연동기능의 세공이 중요한 문제가 되고 있다. 그러나, 현재까지 진행되고 있는 많은 통합 연구 시스템의 대부분이 링크기반, 데이터웨어하우징 구축 기반으로 하고 있어서, 데이터 스키마나 데이터의 변경시, 실시간 업데이트와 같은 문제점을 보인다. 이러한 비효율적인 면을 개선시키고자, 플랫폼. 스키마의 변화에 구애 받지 않고 서비스를 가능하게 하는 웹 서비스 기술을 이용한 통합 시스템이 제안되고 있다. 본 논문에서도 이러한 흐름에 맞추어, 웹 서비스를 이용한 바이오 서열 데이터의 데이터베이스와, 통합 검색 시스템을 개발하였다 개발된 시스템은 BSML을 포함한 다양한 포맷의 데이터로 서열정보를 제공하며, 또한 외부 데이터베이스의 검색을 병렬로 처리하여, 검색 성능을 향상시키도록 하였다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2007년도 추계학술발표대회
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• pp.452-455
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• 2007

생명과학 기술의 급속한 발달로 인류 복지 증진에 많은 기여를 하였지만 아직도 각종 질병 등으로 많은 사람들이 고통 받고 있으며, 이를 극복하기 위한 연구 및 기술개발은 세계 각처에서 계속되고 있다. 이러한 연구 및 기술개발의 결과로 산출되는 생명정보 데이터의 양은 기하급수적으로 증가하고 있기에 이런 방대한 양의 생명정보 데이터를 분석하고 분석된 데이터에서 인류 복지에 유용한 정보를 얻기 위한 생명정보학(Bioinformatics)이 등장하게 되었다. 이에, 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 IT 기반 생명정보 인프라 구축의 중심기관으로 CCBB(Center for Conputationa Biology & Bioinformatics) 웹사이트를 운영하고 있다. CCBB는 전산학적인 기술을 이용한 생명현상 연구를 지원하기 위하여 21종의 생명정보 콘텐트(DB 및 분석도구)를 수집 분석 구축 제공하고 있다. 이 중에서 GenBank, PDB, PIR, Swiss-prot 등의 데이터베이스는 KISTI에서 개발한 KRISTAL 검색엔진을 통하여 국내에서도 빠르고 쉽게 검색 가능하도록 자체 구축하고 있으며, 이와 더불어 BLAST, FASTA, ClustalW 등의 주요 분석 도구 또한 제공하고 있다. 본 논문에서는 CCBB에서 제공중인 21종의 콘텐트 중에서 GenBank, REBASE, GeneCards, InterProScan 등 4종의 대용량 고효율 생명정보 콘텐트의 소개 및 업데이트 방법에 관한 내용을 기술하고자 한다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제1권1호
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• pp.77-86
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• 2001

Background: Hepatitis C virus(HCV), a family of Flaviviridae, has a host cell-derived envelope containing a positive-stranded RNA genome, and has been known as the maj or etiological agent for chronic hepatitis, hepatic cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. There remains a need to dissect a molecular mechanism of pathogenesis for the development of therapeutic and effective preventive measure for HCV. Identification of cellular receptor is of central importance not only to understand the viral pathogenesis, but also to exploit strategies for prevention of HCV. This study was aimed at identifying peptide mimotopes inhibiting the binding of E2 protein of HCV to MOLT-4 cell. Methods: In this study, phage peptide library displaying a random peptides consisting of 7 or 12 random peptides was employed in order to pan against E2 protein. Free HCV particles were separated from the immune complex forms by immunoprecipitation using anti-human IgG antibody, and used for HCV-capture ELISA. To identify the peptides inhibiting E2-binding to MOLT-4 cells, E2 protein was subj ect to bind to MOLT-4 cells under the competition with phage peptides. Results: Several phage peptides were selected for their specific binding to E2 protein, which showed the conserved sequence of SHFWRAP from 3 different peptide sequences. They were also able to recognize the HCV particles in the sera of HCV patients captured by monoclonal antibody against E2 protein. Two of them, showing peptide sequence of HLGPWMSHWFQR and WAPPLERSSLFY respectively, were revealed to inhibit the binding of E2 protein to MOLT-4 cell efficiently in dose dependent mode. However, few membrane-associated receptor candidates were seen using Fasta3 programe for homology search with these peptides. Conclusion: Phage peptides containing HLGPWMSHWFQR and WAPPLERSSLFY respectively, showed the inhibition of E2-binding to MOLT-4 cells. However, they did not reveal any homologues to cellular receptors from GenBank database. In further study, cellular receptor could be identified through the screening of cDNA library from MOLT-4 or hepatocytes using antibodies against these peptide mimotopes.

• 한국패류학회지
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• 제32권3호
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• pp.185-188
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• 2016

본 연구를 통하여 업데이트된 PANM 데이터베이스 버전 II는 버전 I 에 비해 많은 양의 정보가 추가되었다. 하지만 여전히 NCBI nr 데이터베이스에 비해 적은 양으로서, NGS 분석에 있어 많은 시간을 절약하게 해줄 수 있다. 또한 웹 인터페이스의 개선으로 인하여 직관성 및 신뢰성을 더욱 더 확보할 수 있었다. 개별적인 서버를 운용하여 NGS 데이터를 분석하는 연구자들을 위해 PANM 데이터베이스의 다운로드가 가능하도록 하였고 이로 인해 NGS 데이터 분석 시간이 줄어들 수 있을 것이다. 앞으로 꾸준한 PANM 데이터베이스 업데이트를 통하여 연체동물을 연구하는 연구자들은 물론 절지동물, 선형동물을 연구하는 연구자들에게도 많은 도움이 될 것으로 생각되며, 추가적으로 구축된 두족류 전용 데이터베이스 역시 두족류를 연구하는 연구자들에게 매우 유용하리라 사료되어진다.

• 원예과학기술지
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• 제29권5호
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• pp.461-466
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• 2011

유전 육종 연구를 위해 연구자들은 실험 목적에 따라 다양한 종류의 프라이머를 제작해야 한다. 인터넷 상에서 다양한 공용 프로그램이 이용되고 있으나 많은 경우 사용자 편의성이 낮기 때문에 유전자의 구조를 고려하여 프라이머를 디자인하기 위해서는 시간과 노력이 소요된다. 본 연구에서는 엑손과 인트론 지역을 시각적으로 구별하면서 손쉽게 프라이머를 제작할 수 있는 프로그램인 Pickprimer를 개발하였다. 이 프로그램은 공용 프로그램인 Spidey와 Primer3 프로그램의 소스 코드를 결합한 후 그래픽 인터페이스를 추가하여 사용자가 유전자의 구조를 예측하고 이를 바탕으로 프라이머를 손쉽게 제작할 수 있게 했다. 입력 정보는 공용 데이터베이스에서 내려 받은 서열을 복사-붙임하여 이용할 수 있게 하였으며, 유전자의 구조를 그림으로 표현하고 동시에 엑손과 인트론 서열을 구별할 수 있게 했다. 이 프로그램을 이용하여 배추의 단일 카피 유전자에 대한 24 쌍의 프라이머를 디자인하고 6개 고정 품종을 대상으로 PCR과 전기영동 실험을 수행한 결과 제작한 모든 프라이머 쌍이 명확한 단일 밴드를 성공적으로 증폭시켰다. 이 프로그램은 분자표지의 개발뿐만 아니라 유전자 기능 연구 등 다양한 종류의 유전 육종 실험에 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제18권8호
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• pp.1132-1139
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• 2008

CpG island는 유전자의 발현 기작과 많은 관련이 있다. 포유동물 유전자의 약 $30{\sim}60$% 정도의 프로모터와 엑손부위에 CpG island가 존재 한다. 최근의 연구 결과에 따르면 CpG island의 과메틸화는 주요 암 억제유전자들을 불활성화 시켜 암을 일으키는 주요 요인이 되는 것으로 밝혀졌다. CpG island의 과메틸화는 거의 모든 암 종류에서 발견되고 있다. 따라서 CpG island를 검색하는 프로그램은 매우 중요한 의미를 갖는다. 그래서 D. Takai 와 P. A. Jones 등이 2002년 검증한 CpG island 정의 기준을 이용하여 윈도우 기반의 소프트웨어 프로그램인 CpGi를 개발하였다. CpGi는 Visual C++ 6.0로 구현하였으며, 입력서열 양식은 FASTA 포맷을 허용하도록 구성하였다. CpGi의 검색 성능을 평가하기 위해 2개의 인간 Contig, 즉, AP00524 (22번 염색체)와 NT_029490.3 (21번 염색체) 등을 대상으로 기존의 다른 CpG island 검색 프로그램인 Emboss-CpGPlot 및 CpG Island Searcher 등과 검색결과를 비교 분석하였다. CpGi에 의한 검색 결과는 다른 두 프로그램에 비해 같거나 오히려 보다 정확한 검색 결과를 보여주었다. CpGi는 사용자 친화적인 윈도우 인터페이스로 구현되어 있어 사용자가 프로그램을 구동하고 이용하기 매우 쉽고, 분석결과에 대한 이해도 용이하다. 본 프로그램은 사용자가 지정한 파라미터 값들(%GC, Obs (CpG)/Exp (CpG), 분석 윈도우 크기, 스텝크기, Gap 허용치, #CG)에 의해 CpG island의 위치를 결정하고, G+C%와 CpG island의 위치를 시각적으로 보여준다. 결과적으로, CpGi는 CpG island 관련 실험 연구자들뿐만 아니라 대용량 서열 분석 및 주석 작업을 위해 매우 유용한 도구로 활용될 수 있을 것이다.