Abstract
PANM-DB (version 1.0) was constructed as a web-based interface for the analysis and annotation of Next-Generation Sequencing (NGS) data of Mollusca, Arthropoda, and Nematoda. The database collected the sequences of Protostomes (Mollusca, Arthropoda, and Nematoda) from the NCBI Taxonomy Browser, and the same were compiled in a multi-FASTA format and stored using the formatdb program. This improved the processing of the RNA-seq sequences in terms of speed and hit percentage. PANM-DB has been successfully used for the transcriptome annotation of butterfly, land snail, and other commercial mollusca. We have improved the database by updating the same with new sequences and version 2.0 contains a total of 7,571,246 protein sequences (two times more as compared to version 1.0). Furthermore, the updated version contains the Cephalopoda database. The constructed web interface is available that independently analyses following these updates that is an improvement of the mollusks BLAST server. The updated version of PANM-DB will be helpful for the analysis of the NGS based sequencing data of non-model species, especially Mollusca, Arthropoda, Nematoda.
본 연구를 통하여 업데이트된 PANM 데이터베이스 버전 II는 버전 I 에 비해 많은 양의 정보가 추가되었다. 하지만 여전히 NCBI nr 데이터베이스에 비해 적은 양으로서, NGS 분석에 있어 많은 시간을 절약하게 해줄 수 있다. 또한 웹 인터페이스의 개선으로 인하여 직관성 및 신뢰성을 더욱 더 확보할 수 있었다. 개별적인 서버를 운용하여 NGS 데이터를 분석하는 연구자들을 위해 PANM 데이터베이스의 다운로드가 가능하도록 하였고 이로 인해 NGS 데이터 분석 시간이 줄어들 수 있을 것이다. 앞으로 꾸준한 PANM 데이터베이스 업데이트를 통하여 연체동물을 연구하는 연구자들은 물론 절지동물, 선형동물을 연구하는 연구자들에게도 많은 도움이 될 것으로 생각되며, 추가적으로 구축된 두족류 전용 데이터베이스 역시 두족류를 연구하는 연구자들에게 매우 유용하리라 사료되어진다.
