• 제목/요약/키워드: FAME analysis

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Development of User-Friendly Modeling Software and Its Application in Processed Meat Products

  • Lee, Heeyoung;Lee, Panho;Lee, Soomin;Kim, Sejeong;Lee, Jeeyeon;Ha, Jimyeong;Choi, Yukyung;Oh, Hyemin;Yoon, Yohan
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제33권3호
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    • pp.157-161
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    • 2018
  • 본 연구에서는 육제품의 다양한 조건(포장, 저장온도, 염농도, 아질산염농도)에서의 식중독세균의 생장을 예측하는소프트웨어를 예측미생물학에 대한 지식이 부족한 비전문가도 손쉽게 이용할 수 있도록 개발하였다. 육제품에서의 식중독세균예측소프트웨어(FAME: Foodborne bacteria Animal product Modeling Equipment)는 Javascript와 HTML을 이용하여 개발하였으며, 육제품에 대한 카이네틱모델과 확률모델을 포함하고있다. FAME에서는 검증(validation) 기능을 포함하고 있으며, FAME에 탑재 되어있는 예측모델의 수식을 자유롭게 수정할 수 있도록 고안 하였다. FAME에는 포장조건, 온도, 염농도, 아질산염농도 조합에 따라 실험한 데이터를 카이네틱모델(5,400 데이터)과 확률모델(345,600 데이터)에 탑재하였다. 사용자가 FAME을 이용하여 육제품의 제조 조건을 소프트웨어에 입력하면, 시간에 따른 식중독세균의 생장패턴과 생장확률이 즉시 계산 되어진다. 따라서 예측 미생물학에 대한 전문 지식이 없는 비전문가라고 하더라도 FAME을 이용하여 직접 실험을 하지 않고도 육제품에서의 식중독세균의 생장을 쉽고 빠르게 예측할 수 있어, 육가공분야에서 매우 유용하게 사용되어 질 수 있을 것으로 판단된다.

Analysis of Bacterial Community Structure in Bulk Soil, Rhizosphere Soil, and Root Samples of Hot Pepper Plants Using FAME and 16S rDNA Clone Libraries

  • Kim, Jong-Shik;Kwon, Soon-Wo;Jordan, Fiona;Ryu, Jin-Chang
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제13권2호
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    • pp.236-242
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    • 2003
  • A culture-independent and -dependent survey of the bacterial community structure in the rhizosphere and soil samples from hot pepper plants was conducted using 16S rDNA clone library and FAME analyses. Out of the 78 clones sequenced, 56% belonged to Proteobacteria, 4% to high G+C Gram- positive group, 3% to Cytophyga-Flexibacter-Bacreroides, and 32% could not be grouped with any known taxonomic division. Among the 127 FAME isolates identified, 66% belonged to low G+C Gram-positive bacteria (Baciilus spp.) and 26% to high G+C Gram-positive bacteria. In a cluster analysis, the results for both methods were found to be strikingly dissimilar. The current study is the first comparative study of FAME and 165 rDNA clonal analyses performed on the same set of soil, rhizosphere soil, and root samples.

Comparison of Cellular Fatty Acid Composition and Genotypic Analysis of Bifidobacterium longum MK-G7 with Commercial Bifidobacteria Strains

  • Jung, Hoo-Kil;Kim, Eung-Ryool;Ji, Geun-Eog;Park, Jong-Hyun;Cha, Seong-Kwan;Juhn, Suk-Lak
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제10권2호
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    • pp.143-146
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    • 2000
  • This study was conducted to compare the cellular fatty acid composition and genotypic analysis of Bifidobacterium longum MK-G7 originated from Koreans with other commercial type strains of bifidobacteria. The cellular fatty acid of Bif. longum MK-G7 was shown to be composed of $C_{160FAME},C_{181\;c18DMA},C_{18.1\;CIS9\; FAME},C_{14.0FAME},C_{19\;0cye9,10 DMA},Feature7(C_{17.2 FAME), and Feature 10(C_{181\; Cll/t9/t6 FAME}$. Bif. longum MK-G7 showed 99.9% homology and the highest relatedness with Bif. longum ATCC 15707 type strain. Both Bif. longum MK-G7 and Bif. longum ATCC 15707 showed 153 bp products on RAPD (randomly amplified polymorphic DNA) analysis, however, they showed quite different band patterns on PFGE (pulsed-field gel electrophoresis) analysis. Consequently, our present study showed that Bif. longum MK-G7 was different from any commercial type strains of Bif. longum tested.

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Bacterial Community Variations in Hot Pepper-Sown Soil Using FAME Analysis as an Indicator of Soil Quality

  • Kim, Jong-Shik;Weon, Hang-Yeon;Kwon, Soon-Wo;Ryu, Jin-Chang
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제13권2호
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    • pp.251-255
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    • 2003
  • The bacterial compositions of seven hot-pepper sown soil were compared in this study. From the 624 isolates, 95 species and 49 genera were identified by fatty acid methyl ester analysis (FAME). The FAME results of seven soil showed two distinct clusters for aerobic and Gram-negative bacteria in the high productivity and monoculture soil samples. While Arthrobacter ($17\%$), Kocuria ($11\%$), Pseudomonas ($8\%$), and Bacillus ($8\%$) were predominant among bacteria which were cultured on heterotrophic (YG) agar medium, Pseudomonas ($56\%$), Stenotrophomonas ($16\%$), and Burkholderia ($8\%$) were predominant on crystal violet agar medium. Shannon Weaver indices (H) indicated that colonies obtained from heterotrophic agar medium (3.1) were found to be more diverse than those obtained from the crystal violet media (1.9). The results suggest that FAME analysis may be a potential indicator for of soil quality.

야구기록 활용에 기반한 '한국야구명예의전당' 운영 방안 연구 (A Study on the Excellent Operation of the "Korea Baseball Hall of Fame" Based on Baseball Records)

  • 최태석;임진희
    • 한국기록관리학회지
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    • 제16권3호
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    • pp.157-177
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    • 2016
  • 본 연구는 야구기록 활용에 기반하여 '한국야구명예의전당'을 운영하기 위한 효과적인 방향성을 제시하는 것이 목적이다. 이를 위해 문헌 조사에 의한 미국과 일본 명예의 전당 사례 분석과 한국 야구기록의 종류와 관리현황, 현업에서 종사 중인 야구 관계자들의 면담을 통해 문제점을 도출하였다. 종합 방안으로서 '한국야구명예의전당'에서 수집, 관리, 활용해야 할 관련 아카이브 컬렉션 구성과 야구 영웅의 기억을 보존하기 위한 구술 확보의 필요성, 야구 경기기록의 DB화와 데이터 구축 등을 제시하였다.

Linkage Between Biodegradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons and Phospholipid Profiles in Soil Isolates

  • Nam, Kyoung-Phile;Moon, Hee-Sun;Kim, Jae-Young;Kukor, Jerome-J.
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제12권1호
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    • pp.77-83
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    • 2002
  • A bacterial consortium capable of utilizing a variety of polycyclic aromatic hydrocarbons has been isolated from a former manufactured gas plant site. The consortium consisted of four members including Arthrobacter sp., Burkholderia sp., Ochrobacterium sp., and Alcaligenes sp., which were identified and characterized by the patterns of fatty acid methyl esters (FAME analysis) and carbon source utilization (BIOLOG system). With the individual members, the biodegradation characteristics of aromatic hydrocarbons depending on different growth substrates were determined. FAME analyses demonstrated that microbial fatty acid profiles changed to significant extents in response to different carbon sources, and hence, such shift profiles may be informative to characterize the biodegradation potential of a bacterium or microbial community.

FAME Analysis to Monitor Impact of Organic Matter on Soil Bacterial Populations

  • Kim, Jong-Shik;Joo, Jin-Bee;Weon, Hang-Yeon;Kang, Chang-Seong;Lee, Si-Kyung;Yahng, Chahng-Sool
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제12권3호
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    • pp.382-388
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    • 2002
  • In order to assess the effects of organic fertilizer on soil microbial community structure and diversity in the greenhouse fields, fatty acid methyl ester (FAME) was analyzed by the MIDI (Microbial ID, Inc., Newark, DE, U.S.A.) system and enumerations were performed. In relation to bacterial division of each sample, low GC Gram-positive bacteria were predominant among bacteria cultured on aerobic bacteria media. On the other hand, alpha subdivision was predominant on proteobacteria of control and OM (organic matter) 1 treated plot, and Flavobacterium spp. existed in OM2 plot on crystal violet media of all samples. Shannon-weaver Index (H) of OM1 plot varied most by 1.9 and 5.0 among bacteria cultured on aerobic bacteria media and crystal violet media, respectively. Our results revealed that addition of the organic wastes to soil led to a highly diverse microbial community, but the excessive amounts of organic and mineral fertilizer applied in the greenhouse fields produced excess nutrients in soil and led to simplification on bacterial populations.

메이저리그 타자들의 명예의 전당 입성과 탈락에 대한 Mahalanobis-Taguchi System의 적용과 비교 (Implementation of Mahalanobis-Taguchi System for the Election of Major League Baseball Hitters to the Hall of Fame)

  • 김수환;박창순
    • 응용통계연구
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    • 제26권2호
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    • pp.223-236
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    • 2013
  • 미국 프로야구(Major League Baseball) 명예의 전당의 입성과 탈락을 예측할 수 있는 여러 가지 통계적인 분류분석법을 실시하고 그 결과의 정확성을 비교하였다. 이를 위해 명예의 전당 가입 조건을 만족하는 타자들 중 1980년 이후 기록된 데이터의 17개의 독립변수를 사용하여 분류분석에서 널리 사용되는 기준으로 판별분석, 로지스틱 회귀분석과 상대적으로 최근에 제안된 Mahalanobis-Taguchi System(MTS)을 실시하여 비교하였다. 이 세 가지 방법 중 MTS가 상대적으로 더 나은 효율을 보였으며 이는 다변량 관측 값이 방향성이 없어 속성에 따른 도형적 그룹을 형성하지 못하는 경우에 효율적인 MTS의 특성에 의한 것으로 판단된다.

양송이 배지에서 유래한 Lipase 생산균을 이용한 바이오디젤 생산 (Biodiesel production using lipase producing bacteria isolated from button mushroom bed)

  • 김현희;김찬겸;한창훈;이찬중;공원식;윤민호
    • 한국버섯학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.56-62
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    • 2015
  • 양송이 수확후 배지로부터 lipase 생산균을 분리하여 16S rDNA 유전자 분석을 통해 동정한 결과, Burkholderia cepacia ATCC와 99.8% 상동성을 나타냈다. 분리균 B. cepacia 배양여액 중에 함유된 효소단백질을 70% 황산암모늄으로 침전시켜 crude lipase를 회수하였다. 고정화 효소를 제조하기 위하여 crude lipase(CL)과 Novozyme lipase(NL)을 cross-linking 법에 의해 Silane화된 Silicagel에 고정화 시킨 결과, immobilized CL(ICL)은 61%, immobilized NL(INL)은 72%의 잔존활성을 유지하였다. 중성지방 Canola oil을 알칼리(NaOH) 촉매와 효소(CL 및 ICL) 촉매를 이용하여 지방산(fatty acid)으로 분해한 후, methanolysis에 의한 에스터전이반응(trans-esterification)을 통해 지방산으로부터 전환된 바이오디젤(fatty acid methyl ester, FAME)의 종류와 수율을 비교 하였다. 생성된 총 FAME 함량은 NaOH $781mg\;L^{-1}$, free lipase $681mg\;L^{-1}$, 고정화 lipase $598mg\;L^{-1}$순으로 높았으며, 지방산 조성별 FAME 함량은 linoleic acid(C18:1)가 약 50%로 가장 높았으며, stearic acid(C18:0)가 22%정도의 높은 수준이었다. 또한 반응시간이 증가함에 따라 CL과 ICL 모두 불포화지방산 FAME의 조성비는 감소하고, 상대적으로 포화지방산 FAME의 조성비는 증가하는 경향을 보여 lipase 효소가 transesterification 활성과 interesterification 활성을 동시에 가지는 것으로 여겨진다. 고정화효소의 잔여활성은 반복회수가 증가함에 따라 서서히 감소하여 4회 반복 후, 초기 활성도에 비해 ICL은 34% 와 INL은 21%까지 감소하였다.

바이오디젤 구성성분 합성 및 연료특성 분석 (Synthesis of Biodiesel Components and Analysis of Their Fuel Characters)

  • 임영관;정충섭;한관욱;도진우
    • Tribology and Lubricants
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    • 제30권1호
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    • pp.52-58
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    • 2014
  • Because food crops serve as the raw materials for biodiesel, the increasing use of biodiesel as an alternative fuel can lead to adverse effects such as food price inflation and may contribute to global starvation. To solve these problems, efforts are being made to explore various nonedible raw materials for producing biodiesel. Different raw materials impart different fuel characteristics to biodiesel. In this study, we synthesized pure fatty acid methyl ester (FAME), which is a biodiesel component, and then analyzed its fuel properties. The fuel properties of pure FAME would be useful in producing biodiesel from various new raw materials.