• 제목/요약/키워드: F2 population

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Distribution of Fabrea salina at Salt Pond

  • Kim Hyung Sun;Park Chul Hyun;Hur Sung Bum
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제3권3_4호
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    • pp.222-227
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    • 2000
  • Fabrea salina living at salt pond is an interesting ciliate in the research of photobiology and live food for aquaculture. This study was carried out to understand the natural habitat of F. salina at salt pond, which would be a basic biological knowledge for the indoor mass culture of this ciliate. In this research, the water quality as temperature, salinity, dissolved oxygen, and chlorophyll-a was examined with the population density of the ciliate at salt pond. The highest population density of F. salina occurred at 109 ppt and $31^{\circ}C$with 2,390 inds./L in August, and the distribution of the ciliate was positively correlated with salinity, temperature, and chlorophyll­a. Even though F. salina is a very euryharine ciliate, it did not occur at the salinity below 47 ppt in this study. Its reason is able to be explained with the occurrence of many predators as small fish and food competitors as zooplankton living at low salinity of salt pont. While F. salina occurred with Anemia at the same habitat using the same food source, the optimum salinity for the ciliate was a little higher than that of Anemia, and the optimum temperature for the former was a little lower than that of the later. This should be a reason for that these two species have different ecological nich at the same habitat using the same food source.

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'진귤' (Citrus sunki) 의 웅성가임 연관 SCAR 마커 개발 (Development of a SCAR Marker Linked to Male Fertility Traits in 'Jinkyool' (Citrus sunki))

  • 채치원;;윤수현;박재호;이동훈
    • 생명과학회지
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    • 제21권12호
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    • pp.1659-1665
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    • 2011
  • 감귤류 중 수술이 퇴화되어 웅성불임형질을 나타내는 '청견' 품종에 정상적인 수술의 형태를 가진 웅성가임인 '진귤' 품종을 교배하여 150개체의 $F_1$ 집단을 구축하여 수술이 퇴화되는 개체와 정상인 개체를 분리하였다. 분리된 F1 개체들을 사용하여 SRAP 기법과 집단 분리 분석법(BSA)을 조합하여 웅성 가임 연관 마커 개발에 활용하였다. $F_1$ 집단 내 150개체 중 66개체가 퇴화 수술을 갖고 있으며 웅성 가임성과 웅성 불임성의 분리비는 1:1이며 $x^2$ 값은 2.16(p=0.05)이었다. 197개의 SRAP 프라이머 조합들 중 웅성가임 특이밴드를 형성하는 3개의 SRAP 프라이머 조합(F4/R27, F39/R60, 및 F15/R37)을 선발하였으며, 이 중 F39/R60 프라이머에 특이적으로 증폭하는 DNA단편의 염기서열을 기본으로 하여 새롭게 작성한 양방향 프라이머 조합 중 웅성 가임 계통에서만 약 1.4 Kb의 특이밴드를 증폭하는 프라이머 조합, pMS 33U/pMS 1462L를 선발하여 SCAR 마커를 개발 하였다. 이러한 결과는 개발된 SCAR 마커로 무핵성 계통들의 육종 선발에 효율성을 높일 수 있을 것으로 기대된다.

벼멸구 저항성 계통선발을 위한 MAS의 선발효율 비교 (Comparison of Selection Efficiency between Marker-Assisted Selection and Phenotypic Selection for Development of Brown Planthopper Resistance Lines in Rice)

  • 김석만;손재근
    • 한국육종학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.48-53
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    • 2008
  • 본 연구에서는 벼멸구 저항성 개통 육성과정 중에 수행한 PS와 MAS system간의 선발 효율을 정확성, 소요시간, 소요비용 등의 요인으로 비교 분석함으로써 MAS system의 선발 효율을 제시하고, 이를 이용하여 효과적인 MAS system을 구축하고 실용화하기 위한 방안을 제시하였다. DNA marker를 이용하여 벼멸구 저항성 개체를 선발하고 MAS 체제를 확립하기 위하여 '삼강/낙동' 조합의 $F_2$집단, RIL($F_6$), DH집단, 여교잡집단($BC_6F_5$)을 대상으로 PS와 marker 검정을 병행하여 두 검정 방법 간에 각 잡종집단 및 세대별 저항성과 감수성 계통(개체)의 비율을 비교한 바 95%이상 일치하였다. MAS 체제와 PS간의 선발효율을 비교한 바 MAS는 PS에 비해 약 32%의 비용이 절감되었고, 검정에 소요되는 기간도 기존의 PS에서는 30일인데 비해 MAS에서는 7일로 크게 단축되었다. 이 결과를 바탕으로 MAS에 의한 벼멸구 저항성 계통 선발 체계를 확립 할 수 있었다.

부산 동리어촌계 개량조개, Mactra chinensis의 자원생태학적 연구 (A Population ecological study of the hen clam(Mactra chinensis) in the Dong-li self-regulatory community of Busan)

  • 박희원;장창익
    • 수산해양기술연구
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    • 제44권2호
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    • pp.129-140
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    • 2008
  • This study was performed to estimate biomass and to provide management plan through population ecological characteristics, including growth parameters, survival rate, instantaneous coefficient of natural and fishing mortalities, and age at first capture of hen clam, Mactra chinensis, in the Dong-li self-regulatory community of Busan. The von Bertalanffy growth parameters estimated from a non-linear regression were $SH_{\infty}=86.24mm$, K=0.12/year, and = -1.37year. Survival rate(s) of the hen clam was 0.515. The instantaneous coefficients of natural mortality(M) was estimated to be 0.232/year and fishing mortality(F) 0.432/year for hen clam. The current biomass of the hen clam in the study area was estimated to be 713mt and the acceptable biological catch(ABC) was estimated under various harvest strategies based on $F_{0.1}$ and $F_{40%}$.

ON THE DIFFUSION PROCESSES AND THEIR APPLICATIONS IN POPULATION GENETICS

  • Choi, Won;Lee, Byung-Kwon
    • Journal of applied mathematics & informatics
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    • 제15권1_2호
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    • pp.415-423
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    • 2004
  • In allelic model X = ($x_1,\;x_2,...x_{d}$), $M_f(t)$= f(p(t)) - ${{\int}^{t}}_0$Lf(p(t))ds is a P-martingale for diffusion operator L under the certain conditions. In this note, we can show uniqueness of martingale problem associated with mean vector and obtain a complete description of ergodic property by using of the semigroup method.

한국 해역에 분포하는 오징어 (Todarodes pacificus)의 생식생태학적 방법에 의한 계군분석 (Population Analysis by the Reproductive Ecological Method for the Common Squid, Todarodes pacificus in Korean Waters)

  • 김영혜;강용주;최수하;박차수;백철인
    • 한국수산과학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.523-527
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    • 1997
  • 본 연구는 분리된 세 개의 군이 서로 다른 독특한 생식생태를 가지는 지를 파악하기 위하여 각군의 산란기, 난경 조성, 포란수 및 성숙 외투장을 조사하였다. 하계군의 산란기는 7월$\~$8월 (주산란기, 7월), 난경 분포는 $0.4\~2.4mm$ (최빈값, 0.8 mm)이었고, 포란수는 $F=0.1\times10^{-6}{\times}ML^{0.5036}$이었다. 추계군의 산란기는 9월$\~$이듬해 1월 (주산란기, 9월), 난경 분포는 $0.2\~1.4mm$ (최빈값, 0.8mm)이었고, 포란수는 $F=1.0017{\times}ML^{3.2864}$ 이었다. 동계군은 3월$\~$4월 (주산란기, 3월)이었으며, 난경 분포는 $0.4\~2.0mm$ (최빈값, 1.0 mm)이었다. 포란수는 $F=1.0499{\times}ML^{1.2953}$ 이었다. 성숙외투장은 하계군, 추계군 및 동계군 모두 $20\~22cm$이었다. 이상의 결과를 종합하여 보면, 산란기, 포란수 및 난경의 분포는 군간에 차이가 있었으나 성숙외투장은 군간에 차이가 없었다.

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Identification of Coupling and Repulsion Phase DNA Marker Associated With an Allele of a Gene Conferring Host Plant Resistance to Pigeonpea sterility mosaic virus (PPSMV) in Pigeonpea (Cajanus cajan L. Millsp.)

  • Daspute, Abhijit;Fakrudin, B.
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제31권1호
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    • pp.33-40
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    • 2015
  • Pigeonpea Sterility Mosaic Disease (PSMD) is an important foliar disease caused by Pigeonpea sterility mosaic virus (PPSMV) which is transmitted by eriophyid mites (Aceria cajani Channabasavanna). In present study, a F2 mapping population comprising 325 individuals was developed by crossing PSMD susceptible genotype (Gullyal white) and PSMD resistant genotype (BSMR 736). We identified a set of 32 out of 300 short decamer random DNA markers that showed polymorphism between Gullyal white and BSMR 736 parents. Among them, eleven DNA markers showed polymorphism including coupling and repulsion phase type of polymorphism across the parents. Bulked Segregant Analysis (BSA), revealed that the DNA marker, IABTPPN7, produced a single coupling phase marker (IABTPPN $7_{414}$) and a repulsion phase marker (IABTPPN $7_{983}$) co-segregating with PSMD reaction. Screening of 325 F2 population using IABTPPN7 revealed that the repulsion phase marker, IABTPPN $7_{983}$, was co-segregating with the PSMD responsive SV1 at a distance of 23.9 cM for Bidar PPSMV isolate. On the other hand, the coupling phase marker IABTPPN $7_{414}$ did not show any linkage with PSMD resistance. Additionally, single marker analysis both IABTPPN $7_{983}$ (P<0.0001) and IABTPPN $7_{414}$ (P<0.0001) recorded a significant association with the PSMD resistance and explained a phenotypic variance of 31 and 36% respectively in $F_2$ population. The repulsion phase marker, IABTPPN7983, could be of use in Marker-Assisted Selection (MAS) in the PPSMV resistance breeding programmes of pigeonpea.

Genome-wide Single Nucleotide Polymorphism Analyses Reveal Genetic Diversity and Structure of Wild and Domestic Cattle in Bangladesh

  • Uzzaman, Md. Rasel;Edea, Zewdu;Bhuiyan, Md. Shamsul Alam;Walker, Jeremy;Bhuiyan, A.K.F.H.;Kim, Kwan-Suk
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제27권10호
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    • pp.1381-1386
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    • 2014
  • In spite of variation in coat color, size, and production traits among indigenous Bangladeshi cattle populations, genetic differences among most of the populations have not been investigated or exploited. In this study, we used a high-density bovine single nucleotide polymorphism (SNP) 80K Bead Chip derived from Bos indicus breeds to assess genetic diversity and population structure of 2 Bangladeshi zebu cattle populations (red Chittagong, n = 28 and non-descript deshi, n = 28) and a semi-domesticated population (gayal, n = 17). Overall, 95% and 58% of the total SNPs (69,804) showed polymorphisms in the zebu and gayal populations, respectively. Similarly, the average minor allele frequency value was as high 0.29 in zebu and as low as 0.09 in gayal. The mean expected heterozygosity varied from $0.42{\pm}0.14$ in zebu to $0.148{\pm}0.14$ in gayal with significant heterozygosity deficiency of 0.06 ($F_{IS}$) in the latter. Coancestry estimations revealed that the two zebu populations are weakly differentiated, with over 99% of the total genetic variation retained within populations and less than 1% accounted for between populations. Conversely, strong genetic differentiation ($F_{ST}=0.33$) was observed between zebu and gayal populations. Results of population structure and principal component analyses suggest that gayal is distinct from Bos indicus and that the two zebu populations were weakly structured. This study provides basic information about the genetic diversity and structure of Bangladeshi cattle and the semi-domesticated gayal population that can be used for future appraisal of breed utilization and management strategies.

ISSR 표지자를 이용한 느릅나무 자연집단의 유전변이 분석 (Population Genetic Variation of Ulmus davidiana var. japonica in South Korea Based on ISSR Markers)

  • 안지영;홍경낙;이제완;양병훈
    • 한국산림과학회지
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    • 제102권4호
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    • pp.560-565
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    • 2013
  • 국내의 느릅나무(Ulmus davidiana var. japonica) 집단에 대한 유전구조와 유전다양성을 분석하였다. 느릅나무 7개 자연집단, 171개체에 대하여 7개 ISSR 표지자를 이용하여 총45개의 다형적 증폭산물을 확인하였다. 유효대립인자와 다형적 유전자좌 비율의 평균값은 1.5개와 89%이었다. Shannon의 다양성 지수(I)가 0.435, 빈도주의 방법에 의한 이형접합도 기대치($H_e$)는 0.289, 베이즈 추정에 의한 이형접합도 기대치(hs)가 0.323으로 나타났다. AMOVA 분석에서 느릅나무 집단의 유전변이 중 4.2%가 집단간 차이(${\Phi}_{ST}=0.042$)에 기인하였으며, 95.8%를 집단내 개체들이 보유하고 있었다. 베이즈 추정에 의한 집단간 유전분화율(${\theta}^{II}$)은 0.043으로 나타났다. 국내 느릅나무 집단의 유전다양성은 다른 느릅나무속 수종과 유사한 수준에 해당하였으나, 집단간 유전분화 정도는 매우 낮았다. 베이즈 근사추정에서 집단별 고정지수(평균 $PS-F_{IS}=0.822$)나 집단 특이적 유전분화율(평균 $PS-F_{ST}=0.101$)에서 유의할 만한 차이를 보이는 집단은 없었다. 군집분석과 주성분분석에서 7개의 집단들을 3개 군집으로 나눌 수 있었으나, 두 방법의 군집 양상은 일치하지 않았다. 또한 베이즈 군집분석에서 집단간 유연관계와 지리적 분포의 상관성을 확인할 수 없었다.

염유집적(鹽類集積) 시설재배지(施設栽培地)의 토양미생물상(土壤微生物相) 평가(評價) (Evaluation of Soil Microflora in Salt Accumulated Soils of Plastic Film House)

  • 권장식;서장선;원항연;신제성
    • 한국토양비료학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.204-210
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    • 1998
  • 본 시험은 재배이역(栽培履歷)이 서로 상이한 시설재배지에서의 염류집원적지(鹽類集源積地)와 건전지(健全地)의 미생물상(微生物相)의 생태(生態)를 비교해석(比較解析)하고, 미생물(微生物)적 진단(診斷)에 의한 근권환경(根圈環境)의 동태(動態)와 개량기술(改良技術)을 위한 기초자료를 얻고자 수행하였다. 주요 미생물(微生物)의 분포(分布)는 건전지(健全地)에서 형광성(螢光性) Pseudomonas 속 세균(細菌)의 밀도가 높은반면 염류장해지(鹽類障害地)에서는 병원성(病原性) Fuasarium 속의 밀도가 높고 형광성(螢光性) Pseudomonas 속 세균(細菌)이 낮은 분포밀도(分布密度)를 보였다. 토양중 유기물 함량이 증가할수록 Bacillus 속(屬), 형광성(螢光性) Pseudomonas 속(屬), Enterobacteriaceae 등 세균류(細菌類)의 밀도와 Microbial biomass C함량이 크게 증가하였으며, 토양의 전기전도도(電氣傳導度)(EC)가 $5.1dS\;m^{-1}$ 이상으로 높아지면 미생물(微生物)간의 비율중 세균(細菌)/사상균(絲狀菌)(B/F), 방선균(放線菌)/사상균(絲狀菌)(A/F)의 비율이 현저히 낮아지고 형광성(螢光性) Pseudomonas 속(屬) 세균(細菌)이 급격히 감소하였다. 토양 pH와 세균(細菌)과의 관계는 고도의 정(正)의 상관관계(相關關係)를, 사상균(絲狀菌)과는 부(負)의 상관관계(相關關係)를 보였으며, 토양유기물과 방선균(放線菌), Bacillus 속(屬), Enterobacteriaceae와는 각각 $r=0.226^*$, $r=0.334^{**}$, $r=0.276^{**}$, 치환성 Ca및 치환성 Mg함량과 방선균수(放線菌數)와는 각각 $r=0.334^{**}$, $r=0.352^{**}$, 유기물함량과 Microbial biomass C 함량과는 $R=0.439^{**}$의 유의성(有意性) 있는 상관을 보였다.

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