• Korean Journal of Radiology
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• 제23권2호
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• pp.180-188
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• 2022

Objective: To validate the performance of 3T spin-echo echo-planar imaging (SE-EPI) magnetic resonance elastography (MRE) for staging hepatic fibrosis in a large population, using surgical specimens as the reference standard. Materials and Methods: This retrospective study initially included 310 adults (155 undergoing hepatic resection and 155 undergoing donor hepatectomy) with histopathologic results from surgical liver specimens. They underwent 3T SE-EPI MRE ≤ 3 months prior to surgery. Demographic findings, underlying liver disease, and hepatic fibrosis pathologic stage according to METAVIR were recorded. Liver stiffness (LS) was measured by two radiologists, and inter-reader reproducibility was evaluated using the intraclass correlation coefficient (ICC). The mean LS of each fibrosis stage (F0-F4) was calculated in total and for each etiologic subgroup. Comparisons among subgroups were performed using the Kruskal-Wallis test and Conover post-hoc test. The cutoff values for fibrosis staging were estimated using receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. Results: Inter-reader reproducibility was excellent (ICC, 0.98; 95% confidence interval, 0.97-0.99). The mean LS values were 1.91, 2.41, 3.24, and 5.41 kPa in F0-F1 (n = 171), F2 (n = 26), F3 (n = 38), and F4 (n = 72), respectively. The discriminating cutoff values for diagnosing ≥ F2, ≥ F3, and F4 were 2.18, 2.71, and 3.15 kPa, respectively, with the ROC curve areas of 0.97-0.98 (sensitivity 91.2%-95.9%, specificity 90.7%-99.0%). The mean LS was significantly higher in patients with cirrhosis (F4) of nonviral causes, such as primary biliary cirrhosis (9.56 kPa) and alcoholic liver disease (7.17 kPa) than in those with hepatitis B or C cirrhosis (4.28 and 4.92 kPa, respectively). There were no statistically significant differences in LS among the different etiologic subgroups in the F0-F3 stages. Conclusion: The 3T SE-EPI MRE demonstrated high interobserver reproducibility, and our criteria for staging hepatic fibrosis showed high diagnostic performance. LS was significantly higher in patients with non-viral cirrhosis than in those with viral cirrhosis.

• 한국작물학회지
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• 제4권1호
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• pp.115-124
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• 1968

1. 양마의 섬유중 단일반응성 엽형 경색 엽병색 삭과색에 관한 제형질에 대하여 개개의 질적형질의 유전 및 그들의 연소를 연구하였다. 량적형질의 유전은 통계유전학적방법을 이용하여 유전인자분석을 하였다. 또 이들 양적형질의 질적형질과의 연소 및 양적형질상호간의 연소를 조사하여 얻어진 지견을 응용하여 선발의 효과를 높이려고 하였다. 2. 본실험에는 양마의 품종 Dashkent, G38F-1의 1교잡을 사용하였다. Dshkent는 우리나라 재래품종으로 경색은 녹색이고 열핵엽형 녹색엽병색 개화일수는 10시간 단일처리하에서 106.9222일이고 호외 포장조건에서 105.8234일이었고 개체당 섬유중은 26.4922 gr였다. G38F-1은 Guatemala에서 도입하여 계통선발된 품종로서 적색경 수원엽형 적색엽병색 개화일수는 10시간단일처리하에서 62.3784일이고 호외포장조건에서 148.8921일였고 개체당 섬유중은 37.1591 gr.였다. 본교잡에 사용된 실험재료는 P, $P_2$, $F_2$, $F_2$, $BC_1$,($F_2$ ${\times}$ Dashkent), $BC_2$($F_2$ ${\times}$ G38F-1)의 각집단이며 1965년 수원작물시험장 포장에 재식하였다. 3. 엽형 엽병색 경색 삭과색 등 제형질의 유전은 수원엽형 녹색엽병 녹색경 녹색삭과등의 제인자가 단인자로서 그의 대립형질인 열각엽형 적색엽병 적색경 황색삭과에 대하여 각각 열성으로서 3:1의 Mendel성단순분리비를 나타내었다. 또 $F_1$과 열성형질과의 여교잡은 각각 1:1의 분리비가 인정되었다. 엽병색(G)과 엽형유전자(L)와의 조환가는 11.9565의 상인연소현상을 보였다. 삭과색(Y) 경색(R) 유전자간에는 어느것이나 연소현상이 보이지 않았다. 4. 단일반응성의 변이는 연소적이며 우성은 거의 인정되지 않았고 인자간의 상호작용도 인정되지 않았으며 상가적 유전을 보였다. 광의와 협의의 유전력은 각각 89.50%로서 실용적으로 대단히 높은 것으로 생각되었으며 단일반응성에 관여하는 유전자수는 2대의 인자로 추정하였고 다시 양친의 유전자형을 aabb AABB라고 측정하여 각인자의 작용가는 11.136일로 산출되었고 분해법에 의한 유전분석결과 유전자형의 관찰빈도분포와 이론빈도분포는 서로 잘 적합되었다. 단일반응성에 있어서 유전력이 대단히 높았으므로 비교적 초기세대에서 본 형질의 선발이 가능할 것 같았다. 5. 단일반응성과 엽형 및 엽병색 유전자와의 사이에 $F_2$, $BC_1$ 및 $BC_2$에서 각각 유의적인 상관관계를 볼 수 있었으므로 이들 형질간에 연소가 있는 것으로 인정되었다. 더욱 엽형과 엽병색과의 연소가 있는 것으로 인정되는 이상단일반응성 유전자와의 사이에 연소군이 인정된다. 6. 섬유중 유전자와 엽병색 및 엽형유전자와의 사이에 $F_2$$BC_1$ 및 $BC_2$에서 각각 유의적 상관관계를 볼 수 있었으므로 이를 형질간에 연소가 있는 것으로 인정되었다. 더욱 엽형과 엽병색과의 연소가 있는 것으로 인정되는 이상 섬유중 유전자와의 사이에 연소군이 인정된다. 7. 경장 경경 개화일수와 주당섬유중의 유전상관과 표현형상관에 있어서 전반적으로 표현형상관보다도 유전상관의 절대치가 크게되는 경향을 나타내었으며 식물체의 크기에 가장 밀접한 관계가 있는 경장 개화일수와 섬유중 형질상호간의 상관이 높은 치를 보였다. 8. 이상의 유전분석 결과 엽형 및 엽병색과 단일반응성경장 섬유중 형질간에는 연소 혹은 다면발현(pleiotropic effect)이 관여하는 것으로 이해하드라도 대과없는 것으로 생각되었고 양마에 있어서 고섬유중을 위한 선발은 엽병색 및 경장의 선발과 엽형 및 개화일수로서 선발을 함께 하면 그 효율이 높아질 것으로 믿어졌다.

• Plant Resources
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• 제7권2호
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• pp.136-140
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• 2004

Co-segregation of male fertility with DNA markers selected by RAPD analysis as being potentially linked to the restorer gene (Rf) for Cytoplasmic male sterility (CMS) was analyzed using segregating F2 population. One RAPD marker directly linked to the Rf locus was identified. Amplification of OPT-02/570 using the STS primers generated a monomorphic band of each fertile plants randomly selected F2 progenies. From these results, this specific marker would be strongly linked to be restoring gene. The use of STS marker is effective in overcoming the reliability of the RAPD phenotype and improving their utility for MAS, co-dominant STS markers are especially very useful.

• Journal of Ginseng Research
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• 제43권4호
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• pp.635-644
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• 2019

Background: To increase the pharmacological effects of red ginseng (RG, the steamed root of Panax ginseng Meyer), RG products modified by heat process or fermentation have been developed. However, the antiallergic effects of RG and modified/fermented RG have not been simultaneously examined. Therefore, we examined the allergic rhinitis (AR)-inhibitory effects of water-extracted RG (wRG), 50% ethanol-extracted RG (eRG), and bifidobacteria-fermented eRG (fRG) in vivo. Methods: RBL-2H3 cells were stimulated with phorbol 12-myristate-13-acetate/A23187. Mice with AR were prepared by treatment with ovalbumin. Allergic markers IgE, tumor necrosis factor-${\alpha}$, interleukin (IL)-4, and IL-5 were assayed in the blood, bronchoalveolar lavage fluid, nasal mucosa, and colon using enzyme-linked immunosorbent assay. Mast cells, eosinophils, and Th2 cell populations were assayed using a flow cytometer. Results: RG products potently inhibited IL-4 expression in phorbol 12-myristate-13-acetate/A23187-stimulated RBL-2H3 cells. Of tested RG products, fRG most potently inhibited IL-4 expression. RG products also alleviated ovalbumin-induced AR in mice. Of these, fRG most potently reduced nasal allergy symptoms and blood IgE levels. fRG treatment also reduced IL-4 and IL-5 levels in bronchoalveolar lavage fluid, nasal mucosa, and reduced mast cells, eosinophils, and Th2 cell populations. Furthermore, treatment with fRG reduced IL-4, IL-5, and IL-13 levels in the colon and restored ovalbumin-suppressed Bacteroidetes and Actinobacteria populations and ovalbumin-induced Firmicutes population in gut microbiota. Treatment with ginsenoside Rd significantly alleviated ovalbumin-induced AR in mice. Conclusion: fRG and ginsenoside Rd may alleviate AR by suppressing IgE, IL-4, IL-5, and IL-13 expression and restoring the composition of gut microbiota.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제57권9호
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• pp.31.1-31.11
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• 2015

Background: This study was conducted to investigate the potential association of variation in the insulin-like growth factor binding protein 2 (IGFBP2) gene with growth, carcass and meat quality traits in pigs. IGFBP2 is a member of the insulin-like growth factor binding protein family that is involved in regulating growth, and it maps to a region of pig chromosome 15 containing significant quantitative trait loci that affect economically important trait phenotypes. Results: An IGFBP2 polymorphism was identified in the Michigan State University (MSU) Duroc ${\times}$ Pietrain $F_2$ resource population (n = 408), and pigs were genotyped by MspI PCR-RFLP. Subsequently, a Duroc pig population from the National Swine Registry, USA, (n = 326) was genotyped using an Illumina Golden Gate assay. The IGFBP2 genotypic frequencies among the MSU resource population pigs were 3.43, 47.06 and 49.51 % for the AA, AB and BB genotypes, respectively. The genotypic frequencies for the Duroc pigs were 9.82, 47.85, and 42.33 % for the AA, AB and BB genotypes, respectively. Genotype effects (P < 0.05) were found in the MSU resource population for backfat thickness at $10^{th}$ rib and last rib as determined by ultrasound at 10, 13, 16 and 19 weeks of age, ADG from 10 to 22 weeks of age, and age to reach 105 kg. A genotype effect (P < 0.05) was also found for off test Longissimus muscle area in the Duroc population. Significant effects of IGFBP2 genotype (P < 0.05) were found for drip loss, 24 h postmortem pH, pH decline from 45 min to 24 h postmortem, subjective color score, CIE $L^*$ and $b^*$, Warner-Bratzler shear force, and sensory panel scores for juiciness, tenderness, connective tissue and overall tenderness in MSU resource population pigs. Genotype effects (P < 0.05) were found for 45-min pH, CIE $L^*$ and color score in the Duroc population. Conclusions: Results of this study revealed associations of the IGFBP2 genotypes with growth, carcass and meat quality traits in pigs. The results indicate IGFBP2 as a potential candidate gene for growth rate, backfat thickness, loin muscle area and some pork quality traits.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권6호
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• pp.939-948
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• 2003

본 연구는 돼지의 염색체 6번에 존재하는 주요 경제형질에 관여하는 양적형질 유전자좌위(Quantitative trait loci; QTL)를 밝히기 위하여 초위성체 마커를 이용하여 유전자지도를 작성하였다. 기준집단의 조성은 재래돼지 수컷 5마리와 Landrace 암컷 9마리를 자연교미하여 생산된 F$_1$의 동복 자손별로 수컷 1두를 임의적으로 선발하여 암컷 2두 이상과 전형매 교배시켜 F$_2$ 240두를 생산하였고 QTL 분석에는 F$_2$ 183두만을 이용하였다. 기준집단의 표현형 성적은 3주령체중, 등지방두께, 도축 24시간 후의 pH, 전단력, 조단백질 함량 등을 조사 분석하였다. F$_2$ 집단은 재래돼지와 Landrace의 두 종의 평균성적을 갖고 있었으며, 개체간 표현형적 변이가 매우 높아서 경제형질과 연관된 QTL을 탐색하기 적절한 기준집단이라고 평가되었다. 연관지도는 29개의 초위성체 마커와 1개의 PCR-RFLP 마커(AMPKα2)를 이용하여 작성하였으며, 연관지도상의 염색체 길이는 169.3cM이었고, 마커간 평균 간격은 6.05cM이었다. 염색체 6번에서 경제형질과 연관된 유의적인 QTL은 모두 5개가 탐색 되었다. 3주령 체중과 연관된 QTL이 5cM 위치에서 탐색되었으며, 전단력, 도축 24시간 후 pH, 등지방두께, 조단백질 함량 등의 육질관련 QTL이 서로 다른 위치에서 5% 수준의 통계적 유의성이 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제26권4호
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• pp.414-418
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• 2016

본 연구에서는 제주흑돼지와 랜드레이스 품종 사이에서 생산된 F₂ 교배 집단의 경제형질과 isocitrate dehydrogenase 3, beta subunit (IDH3B) 유전자의 유전적 다형성의 상관관계를 시험하였다. IDH3B 유전자의 프로모터 지역에서 304-bp 삽입/결실 돌연변이를 기준으로 전체 1,105 F₂들에 유전자형 분석에 이용하였다. 기초축군과 F₁, F₂에서 세 가지 유전자형(AA, AB, BB)이 모두 발견되었다. 통계적 상관 분석결과에서 도체중(CW), 세 지점(4-5번 흉추 사이, 11-12번 흉추 사이, 13번 흉추-1번 요추 사이)에서 측정한 등지방두께와 도체장(CL)의 수준은 유전자형애 따른 유의적인 차이를 나타내었지만(p<0.05), 육색(MC), 등심단면적(EMA)과 근내지방도(MARB)은 유의적인 차이를 나타내지 않았다(p>0.05). IDH3B 동형접합자 BB를 보유한 F₂ 돼지들은 도체중이 더 무겁고(80.790±0.725 kg), 도체장은 더 짧은(101.875±0.336 cm) 양상을 보였다(p<0.05). 또한, IDH3B 유전자형 BB인 개체들은 IDH3B AA나 AB 유전자형에 비해 4-5번 흉추 사이, 11-12번 흉추 사이에서 측정된 등지방두께도 더 두꺼운 수준을 나타내었다(p<0.05). 이상의 결과들은 IDH3B의 유전적 다양성이 제주흑돼지와 랜드레이스와 관련된 교배육종 체계의 산육능력 향상을 위한 유전적 분자 표지인자로 활용될 수 있음을 나타내었다.

• Molecules and Cells
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• 제20권3호
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• pp.385-391
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• 2005

As a first step towards identifying genes involving in the signal transduction pathways mediating rice blast resistance, we isolated 3 mutants lines that showed enhanced susceptibility to rice blast KJ105 (91-033) from a T-DNA insertion library of the japonica rice cultivar, Hwayeong. Since none of the susceptible phenotypes co-segregated with the T-DNA insertion we adapted a map-based cloning strategy to isolate the gene(s) responsible for the enhanced susceptibility of the Hwayeong mutants. A genetic mapping population was produced by crossing the resistant wild type Hwayeong with the susceptible cultivar, Nagdong. Chi-square analysis of the $F_2$ segregating population indicated that resistance in Hwayeong was controlled by a single major gene that we tentatively named Pi-hy. Randomly selected susceptible plants in the $F_2$ population were used to build an initial map of Pi-hy. The SSLP marker RM2265 on chromosome 2 was closely linked to resistance. High resolution mapping using 105 $F_2$ plants revealed that the resistance gene was tightly linked, or identical, to Pib, a resistance gene with a nucleotide binding sequence and leucine-rich repeats (NB-LRR) previously isolated. Sequence analysis of the Pib locus amplified from three susceptible mutants revealed lesions within this gene, demonstrating that the Pi-hy gene is Pib. The Pib mutations in 1D-22-10-13, 1D-54-16-8, and 1C-143-16-1 were, respectively, a missense mutation in the conserved NB domain 3, a nonsense mutation in the 5th LRR, and a nonsense mutation in the C terminus following the LRRs that causes a small deletion of the C terminus. These findings provide evidence that NB domain 3 and the C terminus are required for full activity of the plant R gene. They also suggest that alterations of the resistance gene can cause major differences in pathogen specificity by affecting interactions with an avirulence factor.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.267-267
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• 2022

Glutinous rice is a key grain quality trait occupying an important part during rice processing in most rice growing areas. Amylose content (AC) of rice determine eating quality which is one of the major traits in rice breeding program. In this study, a gene pyramiding approach was used to introduce two dull genes, responsible for low amylose contents, for glutinous rice breeding using marker assisted selection (MAS). Two dull genes were located on chromosome 6 (wx-mq, AC: 12.7 %) and chromosome 10 (du1, AC: 10.3%), respectively. To test whether these two dull genes have an epistatic interaction, we developed an F₂ population by crossing two nearly isogenic lines(NILs) harboring wx-mq and du1. Gene based marker and KASP marker were used to select NILs(NIL-nor, NIL-wxmq, NIL-du1, and NIL-wxmq/du1) from the F2 population. A two-way ANOVA revealed an epistatic interaction between the two genes in the F2 population. The mean of Amylose contents for NIL-nor, NIL-wxwq, NIL-(du1, and NIL-wxmq/du1 were 17.3%, 12.5%, 9.7%, and 7.2%, respectively. This interaction was confirmed by an analysis of NILs indicating that both genes are involved in the same genetic mechanism controlling amylose contents. This result will be useful for rice breeding related to amylose content.

• 한국가금학회지
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• 제44권2호
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• pp.83-92
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• 2017

본 연구에서는 가금연구소에서 집단의 혈통 구조 및 근친 수준을 평가하기 위하여 근교계수와 유효집단크기를 추정하였으며, 추정한 근교계수의 신뢰 정도를 제시하기 위하여 혈통의 품질로써 1) 아비 어미를 모두 아는 개체의 비율과 2) 근교계수가 0이 아닌 개체의 비율을 태어난 부화 년도와 계통에 따라 제시하였다. 아비 어미를 모두 아는 개체의 비율에서 대부분 계통이 1~2년 사이에 거의 100%에 도달하였으며, 근교계수가 0이 아닌 개체의 비율에서 기초집단인 0세대부터 5~6년 사이에 비율이 100%에 가깝게 도달하는 것을 보면 가금연구소 혈통기록 시스템이 잘 이루어졌으며, 이 논문에서 추정한 근교계수가 신뢰할 수 있음을 나타낸다. 각 계통의 평균 근교계수에서는 20세대 동안 7.6~10.9%의 근교계수 상승도를 보였다. 세대당 가장 높은 근교계수 상승도를 보인 계통은 S계통으로 10세대 동안 8.2%의 근교계수 상승도를 보였으며, 평균 번식에 참여한 아비 어미의 수가 다른 계통에 비해 낮은 것이 원인인 것으로 사료된다. 평균 근교계수 변화량(${\Delta}F$)으로 추정한 유효집단크기를 보면 모든 계통에서 평균 근교계수 변화량이 0.39~0.85%로 1% 이하로 관리되는 것을 보이며, 따라서 유효집단크기도 모든 계통에서 50 이상의 값을 보였으며, 현 교배 관리에서 토종 닭 집단이 단시간에 근친퇴화나 집단의 멸종으로부터의 위험으로부터 안전하다고 사료된다. 그리고 유효집단크기를 유지하기 위하여, 즉 유전적 다양성을 유지하기 위하여, 적정 수의 아비 어미가 번식에 참여해야 된다고 사료된다.