• 제목/요약/키워드: F&G mapping

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Single-minded 1 Gene Mapping and Its Variants Association with Growth, Carcass Composition and Meat Quality Traits in the Pig

  • Zhao, X.F.;Xu, N.Y.;Chen, Z.;Wang, Q.;Guo, X.L.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제21권7호
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    • pp.941-946
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    • 2008
  • Single-minded 1 gene (SIM1) is a homolog of Drosophila SIM1 gene which plays a key role in the midline cell lineage of the central nervous system and is implicated in the regulation of feeding behavior and obesity in the human and mouse. In this study, porcine SIM1 gene was firstly mapped to chromosome 1p13 using radiation hybrid (RH) mapping and two polymorphisms were detected at position 607 (A/G) in SIM1 intron7 and position 780 (C/T) in SIM1 exon8. The last substitution was genotyped in a 364 F2 animal-population and an association analysis of these genotypes was performed with growth, carcass and meat quality traits by the statistical animal model. The results showed the significant influence of the SIM1 genotype on growth (p<0.05): live weight at birth, later period of growth and average daily gain; and effects on carcass composition (p<0.05): weight of head and buck kneed foreleg, backfat depth, loin eye area, carcass leaf fat and ham fat weights; and traits related to intramuscular fat content (p<0.05).

Enhancing LANDSAT TM to update the structural analysis of the Mirs Bay Basin, Hong Kong, China

  • Leung, K.F.;Vohora, V.K.;Chan, L.S.;Malpas, J.G.
    • 대한원격탐사학회:학술대회논문집
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    • 대한원격탐사학회 2003년도 Proceedings of ACRS 2003 ISRS
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    • pp.295-297
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    • 2003
  • The coastal provinces of South China have been uniquely shaped by various tectonic events. During the midlate Mesozoic tectono-thermal event, the oblique subduction of the Paleo Kula-Pacific plate beneath the Eurasian plate has created a complicated tectonic setting for the whole region. However, the mechanism of this event is not completely understood. In this paper, we discuss the advantages of using LANDSAT TM satellite imagery over a small part of the region - the Mirs Bay Basin which is largely covered by dense vegetation and where limited outcrops is seen. The use of satellite imagery complements field mapping and the result shows a prominent sinistral offset along the eastern margin of the Mirs Bay Basin, which was not previously recognized on the ground.

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Identification of Quantitative Traits Loci (QTL) Affecting Growth Traits in Pigs

  • Kim, T.H.;Choi, B.H.;Lee, H.K;Park, H.S.;Lee, H.Y.;Yoon, D.H.;Lee, J.W.;Jeong, G.J.;Cheong, I.C.;Oh, S.J.;Han, J.Y.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권11호
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    • pp.1524-1528
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    • 2005
  • Molecular genetic markers were used to detect chromosomal regions which contain economically important traits such as growth, carcass, and meat quality traits in pigs. A three generation resource population was constructed from a cross between Korean native boars and Landrace sows. A total of 240 F2 animals from intercross of F1 was produced. Phenotypic data on 17 traits, birth weight, body weights at 3, 5, 12, and 30 weeks of age, teat number, carcass weight, backfat thickness, body fat, backbone number, muscle pH, meat color, drip loss, cooking loss, water holding capacity, shear force, and intramuscular fat content were collected for F2 animals. Animals including grandparents (F0), parents (F1), and offspring (F2) were genotyped for 80 microsatellite markers covering from chromosome 1 to 10. Least squares regression interval mapping was used for quantitative trait loci (QTL) identification. Significance thresholds were determined by permutation tests. A total of 10 QTL were detected at 5% chromosome-wide significance levels for growth traits on SSCs 2, 4, 5, 6, and 8.

Mapping of the Porcine Calpastatin Gene and Association Study of Its Variance with Economic Traits in Pigs

  • Choi, B.H.;Lee, J.S.;Jang, G.W.;Lee, H.Y.;Lee, J.W.;Lee, K.T.;Chung, H.Y.;Park, H.S.;Oh, S.J.;Sun, S.S.;Myung, K.H.;Cheong, I.C.;Kim, T.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제19권8호
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    • pp.1085-1089
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    • 2006
  • The objectives of this study were to confirm a location of the calpastatin (CAST) gene in chromosome 2 and to detect associations of genetic variations with economic traits in the porcine CAST gene as a candidate gene for growth and meat quality traits in pigs. Calpastatin is a specific endogenous inhibitor of calpains. The calpain protease system is ubiquitous, and is involved in numerous growth and metabolic processes. Three single nucleotide variations were identified within a 1.6 kb fragment of the porcine CAST gene and these polymorphisms were used for genetic linkage mapping. Linkage and QTL mapping were performed with the National Livestock Research Institute (NLRI) reference families using eight microsatellites and SNP makers in the CAST gene. The porcine CAST gene was mapped adjacent to the markers, SW395 and SW1695 on SSC2 with LOD scores of 15.32 and 8.50, respectively. According to the QTL mapping, a significant association was detected at 82 cM between SW395 and CAST-Hinf I for weight at the age of 30 weeks. In addition, an association study was performed with the $F_2$ animals of NLRI reference families for Hinf I, Msp I and Rsa I polymorphisms in the CAST gene. Two polymorphisms, CAST-Rsa I and CAST-Hinf I, showed significant correlation for growth traits at p<0.01 and p<0.05, respectively.

전두엽 간질에서 F-18-FDG PET의 간질병소 국소화 성능: 육안 판독과 SPM에 의한 분석 (Brain F-18 FDG PET for localization of epileptogenic zones in frontal lobe epilepsy: visual assessment and statistical parametric mapping analysis)

  • 김유경;이동수;이상건;정천기;여정석;정준기;이명철
    • 대한핵의학회지
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    • 제35권3호
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    • pp.131-141
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    • 2001
  • 목적: 수술을 필요로 하는 난치성 간질 중 전두엽 간질은 두 번째로 흔하나 간질 병소의 국소화는 쉽지 않다. 이 연구에서는 수술로 확인한 전두엽 간질환자를 대상으로 F-18-FDG PET의 간질 병소 국소화 성능을 알아보았다. 대상 및 방법:본 병원에서 간질 표준 검사 후 전두엽 간질로 진단되어 병소절제술을 시행한 후 간질이 잘 조절된 환자 24명을 대상으로 하였다. 이들은 모두 수술 후 Engel 분류상 I 또는 II 로 예후가 좋은 환자로서 수술 병리소견에 피질이형성증 18, 종양 4, 피질 반흔 2예이었다. F-18-FDG PET스캔에서의 대사 감소 부위를 육안 판독과 SPM 방법으로 분석하고 간질 병소를 국소화하였다. SPM 분석 때에 유의수준을 바꾸어가며 간질원인병소 국소화성능을 비교하였다. 결과: MR에 구조이상 병변이 보이는 경우가 12예, 정상례가 11예이었다. 육안 판독에 의한 F-18 FDG PET의 간질 병소를 편측화 또는 국소화 정확도는 54% (13/24)이었다. MR에서 구조적 이상이 있었던 경우는 67%에서, MR에 이상 소견이 없었던 경우 50%에서 F-18 FDG PET으로 대사 감소부위를 찾아 간질 병소를 발견하였다. SPM 분석에서는 유의수준 p값을 낮출수록 예민도가 감소하였다. SPM 방법으로 분석한 F-18 FDG PET의 간질원인 병소발견 예민도는 63%로 육안 판독에 비하여 높았으나 통계적 차이는 없었다. 결론: F-18 FDG PET은 전두엽 간질 환자에서 간질 병소를 예민하게 국소화하였으며 뇌 MR에서 구조적 병변이 없는 경우에서도 비슷한 빈도로 대사 감소부위를 찾아주었다. SPM 분석 방법은 F-18 FDG PET 전문가의 육안분석과 대등한 예민도를 보여 주었고 따라서 전두엽 간질 환자에서 간질 병소를 찾는데 도움될 것이라 생각한다.발생하기 용이함을 의미한다. 시스템과 사용자 설명서는 국내 시행이 가능한 상태로 판단된다. 그러나, 시행 시에 치료표적에서의 오차는 크지 않을 것으로 예상이 되지만, 위험장기에서의 오차는 클 것으로 예상되며, 이에 대한 방안이 마련돼야 할 것이며, 또한 임상의 중요성과 연관해 의미 있는 2차원 선량분포의 기준 마련이 요구된다.본 GE $Advance^{TM}$ PET 시스템이 임상에의 적용에 적합함을 보여주었다.mens사의 상용 분석 프로그램에는 해당 기능이 없어 계산값의 비교를 통한 검증은 수행하지 못하였고, 수화(hydration)와 탈수(dehydration) 각각의 조건에 따른 신장기능 분석에 적용하였을 때, 판별 기준이 되는 유의미한 값을 산출하여 타당성 검증을 대신하였다. 결론: 이 연구에서 개발한 핵의학 영상의 정량적 분석을 통한 신장기능 분석 프로그램을 사용하여 신장 기능을 분석한 결과, 타당성 있는 결과를 도출하여 그 유용성을 입증하였다. 이 개발 프로그램은 좀 더 다양한 임상응용 목적의 분석기능을 사용자가 직접 개발, 추가하기가 용이하여 기존 상용 프로그램보다 연구적 활용범위가 크다고 사료된다.2.2{\pm}0.4\;(1.6{\sim}3.2){\mu}g/ml$와 $1.4{\pm}0.2\;(0.8{\sim}1.6){\mu}g/ml$로서(p=0.16), 표준균주 3종 모두에서 Infecton의 MBC 또한 ciprofloxacin에 비해 $2{\sim}4$배가 높았다. 결론: Tc-99m Infecton은 ciprofloxacin 보다는 약하였지만 표준균주에 대해 생체외 항균력을 보였다.를 보였고 또한 다변량분석에서 휴식기의 관류지수는 좌심실 확장을 예측할 수 있는 유일한 지표였다. 또한 작은 수의 증례이지만

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돼지의 QTL 검색을 위한 유의적 임계수준(Threshold) 결정 (Determination of Significance Threshold for Detecting QTL in Pigs)

  • 이학교;전광주
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제44권1호
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    • pp.31-38
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    • 2002
  • 양적형질 유전자좌위(Quantitative trait loci; QTL) 연관지도 작성을 위해 regression interval mapping method에 의해 Berkshire종과 Yorkshire종간 교배를 통해 생산된 $F_2$ 집단에서 실시하였다. 염색체내 QTL 위치를 결정하기 위해 regression 모델을 통해 계산된 검정통계량(F-statistic)에 대한 유의적인 threshold 수준의 설정은 permutation test 및 Lander와 kruglyak (1995)에 의해 제시된 방법으로 산출하였다. 525두 $F_2$ 개체에 대해 조사된 기록 중 5형질(도체중, 등심 단면적, 근내지방 교잡도, 콜레스테롤 함량, 척추 늑골 등지방 두께) 기록을 분석에 이용하였고 genome 전체에 걸친 125개의 microsatellite marker에 대해 3세대 집단 모두 개체에 대해 유전자형을 조사하였다. 회귀분석 모형에 따라 additive 및 dominance 효과를 추정하였으며 이때 모든 회귀계수 값과 F-검정 통계량은 각각 1cM 단위로 추정하였다. 각 형질별, 염색체별로 10,000회의 permutation에 의해 genome-wise 및 chromosome-wise threshold를 추정하였다. Lander와 Kruglyak(1995)에 의해 제시된 방법으로 산출된 threshold 값은 매우 높게 추정되어 이러한 threshold의 적용시 실제로 QTL 존재 여부를 인정할 수 있는 경우의 수가 permutation에 의해 유도된 threshold를 적용했을 때보다 상대적으로 적은 결과를 보였다. 5% genome-wise threshold의 경우 형질별로 다소 상이한 경향을 나타냈으며 분석에 활용된 5개 형질에 대해 총 4개의 QTL이 5% genome-wise 수준에서 검색되었다.

Development of SSR markers for genetic mapping of Korean ginseng and authentication of Korean ginseng cultivars

  • Kim, Nam-Hoon;Choi, Hong-Il;Jung, Ju-Yeon;Choi, Beom-Soon;Ahn, In-Ok;Lee, Joon-Soo;Yang, Tae-Jin
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 추계학술발표회
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    • pp.11-11
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    • 2010
  • The Korean ginseng, Panax ginseng C. A. Meyer is a popular medicinal herb in Araliaceae. Genetic map in crops provides valuable information for breeding, genetic and genomic researches. However, little information is available for construction of genetic map in ginseng. Up to now, we have produced large amounts of expressed sequence tags (ESTs) from four ginseng cultivars (37Mb, 49Mb, 39Mb, 47Mb from Gopoong, Gumpoong, Chunpoong and Yunpoong respectively using pyrosequencing technique and 5Mb from normalized full-length cDNA library of Chunpoong) to obtain comprehensive information of gene expression, and constructed EST database including ESTs from public database. Till now, we designed 261 SSR primer sets using EST sequences and identified 106 intergenic polymorphic markers. And 44 of the 106 showed polymorphisms among panax ginseng cultivars. Among 44 markers, 27 SSR polymorphic markers were inspected to 51 $F_2$ population from Yunpoong x Chunpoong, which showed good at the fitness of Mendellian segregation ratio 1:2:1. To enrich the number of markers, and thus construct high resolution genetic map which can be used as frame map for further genome sequencing. we are planning to develop large scale EST-derived SNP markers which are available in the F2 population. This study provides genetic information as well as foundation for ginseng researches such as genetics, genomics, breeding, and the final goal for whole genome sequencing. This study was supported by Technology Development Program for Agriculture and Forestry, Ministry for Food, Agriculture, Forestry and Fisheries, Republic of Korea (Grant No. 609001-051SB210).

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STABILITY OF DERIVATIONS ON PROPER LIE CQ*-ALGEBRAS

  • Najati, Abbas;Eskandani, G. Zamani
    • 대한수학회논문집
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    • 제24권1호
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    • pp.5-16
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    • 2009
  • In this paper, we obtain the general solution and the generalized Hyers-Ulam-Rassias stability for a following functional equation $$\sum\limits_{i=1}^mf(x_i+\frac{1}{m}\sum\limits_{{i=1\atop j{\neq}i}\.}^mx_j)+f(\frac{1}{m}\sum\limits_{i=1}^mx_i)=2f(\sum\limits_{i=1}^mx_i)$$ for a fixed positive integer m with $m\;{\geq}\;2$. This is applied to investigate derivations and their stability on proper Lie $CQ^*$-algebras. The concept of Hyers-Ulam-Rassias stability originated from the Th. M. Rassias stability theorem that appeared in his paper: On the stability of the linear mapping in Banach spaces, Proc. Amer. Math. Soc. 72(1978), 297-300.

돼지 염색체 6번의 연관지도 및 양적형질 유전자좌위 탐색 (Linkage Map and Quantitative Trait Loci(QTL) on Pig Chromosome 6)

  • 이혜영;최봉환;김태헌;박응우;윤두학;이학교;전광주;정일정;홍기창
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권6호
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    • pp.939-948
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    • 2003
  • 본 연구는 돼지의 염색체 6번에 존재하는 주요 경제형질에 관여하는 양적형질 유전자좌위(Quantitative trait loci; QTL)를 밝히기 위하여 초위성체 마커를 이용하여 유전자지도를 작성하였다. 기준집단의 조성은 재래돼지 수컷 5마리와 Landrace 암컷 9마리를 자연교미하여 생산된 F$_1$의 동복 자손별로 수컷 1두를 임의적으로 선발하여 암컷 2두 이상과 전형매 교배시켜 F$_2$ 240두를 생산하였고 QTL 분석에는 F$_2$ 183두만을 이용하였다. 기준집단의 표현형 성적은 3주령체중, 등지방두께, 도축 24시간 후의 pH, 전단력, 조단백질 함량 등을 조사 분석하였다. F$_2$ 집단은 재래돼지와 Landrace의 두 종의 평균성적을 갖고 있었으며, 개체간 표현형적 변이가 매우 높아서 경제형질과 연관된 QTL을 탐색하기 적절한 기준집단이라고 평가되었다. 연관지도는 29개의 초위성체 마커와 1개의 PCR-RFLP 마커(AMPKα2)를 이용하여 작성하였으며, 연관지도상의 염색체 길이는 169.3cM이었고, 마커간 평균 간격은 6.05cM이었다. 염색체 6번에서 경제형질과 연관된 유의적인 QTL은 모두 5개가 탐색 되었다. 3주령 체중과 연관된 QTL이 5cM 위치에서 탐색되었으며, 전단력, 도축 24시간 후 pH, 등지방두께, 조단백질 함량 등의 육질관련 QTL이 서로 다른 위치에서 5% 수준의 통계적 유의성이 확인되었다.

COMMON COUPLED FIXED POINT THEOREM UNDER GENERALIZED MIZOGUCHI-TAKAHASHI CONTRACTION FOR HYBRID PAIR OF MAPPINGS GENERALIZED MIZOGUCHI-TAKAHASHI CONTRACTION

  • DESHPANDE, BHAVANA;HANDA, AMRISH
    • 한국수학교육학회지시리즈B:순수및응용수학
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    • 제22권3호
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    • pp.199-214
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    • 2015
  • We establish a common coupled fixed point theorem for hybrid pair of mappings under generalized Mizoguchi-Takahashi contraction on a noncomplete metric space, which is not partially ordered. It is to be noted that to find coupled oincidence point, we do not employ the condition of continuity of any mapping involved therein. An example is also given to validate our results. We improve, extend and generalize several known results.