Loss of heterozygosity (LOH) is a genomic aberration. In some cases, LOH can be generated without changing the copy number, which is called copy-neutral LOH (CN-LOH). CN-LOH frequently occurs in various human diseases, including cancer. However, the biological and clinical implications of CN-LOH for human diseases have not been well studied. In this study, we compared the performance of CN-LOH determination using three commonly used tools. For an objective comparison, we analyzed CN-LOH profiles from single-nucleotide polymorphism array data from 10 colon adenocarcinoma patients, which were used as the reference for comparison with the CN-LOHs obtained through whole-exome sequencing (WES) data of the same patients using three different analysis tools (FACETS, Nexus, and Sequenza). The majority of the CN-LOHs identified from the WES data were consistent with the reference data. However, some of the CN-LOHs identified from the WES data were not consistent between the three tools, and the consistency with the reference CN-LOH profile was also different. The Jaccard index of the CN-LOHs using FACETS (0.84 ± 0.29; mean value, 0.73) was significantly higher than that of Nexus (0.55 ± 0.29; mean value, 0.50; p = 0.02) or Sequenza (0 ± 0.41; mean value, 0.34; p = 0.04). FACETS showed the highest area under the curve value. Taken together, of the three CN-LOH analysis tools, FACETS showed the best performance in identifying CN-LOHs from The Cancer Genome Atlas colon adenocarcinoma WES data. Our results will be helpful in exploring the biological or clinical implications of CN-LOH for human diseases.
Kim, Jae-Jung;Hong, Young Mi;Yun, Sin Weon;Lee, Kyung-Yil;Yoon, Kyung Lim;Han, Myung-Ki;Kim, Gi Beom;Kil, Hong-Ryang;Song, Min Seob;Lee, Hyoung Doo;Ha, Kee Soo;Jun, Hyun Ok;Choi, Byung-Ok;Oh, Yeon-Mok;Yu, Jeong Jin;Jang, Gi Young;Lee, Jong-Keuk;The Korean Kawasaki Disease Genetics Consortium,
Genomics & Informatics
/
제19권4호
/
pp.38.1-38.7
/
2021
Kawasaki disease (KD) is an acute pediatric vasculitis that affects genetically susceptible infants and children. To identify coding variants that influence susceptibility to KD, we conducted whole exome sequencing of 159 patients with KD and 902 controls, and performed a replication study in an independent 586 cases and 732 controls. We identified five rare coding variants in five genes (FCRLA, PTGER4, IL17F, CARD11, and SIGLEC10) associated with KD (odds ratio [OR], 1.18 to 4.41; p = 0.0027-0.031). We also performed association analysis in 26 KD patients with coronary artery aneurysms (CAAs; diameter > 5 mm) and 124 patients without CAAs (diameter < 3 mm), and identified another five rare coding variants in five genes (FGFR4, IL31RA, FNDC1, MMP8, and FOXN1), which may be associated with CAA (OR, 3.89 to 37.3; p = 0.0058- 0.0261). These results provide insights into new candidate genes and genetic variants potentially involved in the development of KD and CAA.
Lee, Hyeonju;Min, Jeesu;Ahn, Yo Han;Kang, Hee Gyung
Childhood Kidney Diseases
/
제26권1호
/
pp.40-45
/
2022
Purpose: Chronic kidney disease (CKD) has various underlying causes in children. Identification of the underlying causes of CKD is important. Genetic causes comprise a significant proportion of pediatric CKD cases. Methods: In this study, we performed whole-exome sequencing (WES) to identify genetic causes of pediatric CKD. From January to June 2021, WES was performed using samples from pediatric patients with CKD of unclear etiology. Results: Genetic causes were investigated using WES in 37 patients (17 males) with pediatric CKD stages 1 (n=5), 2 (n=7), 3 (n=2), 4 (n=2), and 5 (n=21). The underlying diseases were focal segmental glomerulosclerosis (n=9), congenital anomalies of the kidney and urinary tract including reflux nephropathy (n=8), other glomerulopathies (n=7), unknown etiology (n=6), and others (n=7). WES identified genetic causes of CKD in 12 of the 37 patients (32.4%). Genetic defects were discovered in the COL4A4 (n=2), WT1 (n=2), ACTN4, CEP290, COL4A3, CUBN, GATA3, LAMA5, NUP107, and PAX2 genes. WT1 defects were found in patients whose pathologic diagnosis was membranoproliferative glomerulonephritis, and identification of CUBN defects led to discontinuation of immunosuppressive agents. Genetic diagnosis confirmed the clinical diagnosis of hypoparathyroidism, sensorineural deafness, and renal disease; Alport syndrome; and Joubert syndrome in three of the patients with CKD of unknown etiology (COL4A4 [n=2], CUBN [n=1]). Extrarenal symptoms were considered phenotypic presentations of WT1, PAX2, and CEP290 defects. Conclusions: WES provided a genetic diagnosis that confirmed the clinical diagnosis in a significant proportion (32.4%) of patients with pediatric CKD.
Chong Kun Cheon;Yong Beom Shin;Soo-Yeon Kim;Go Hun Seo;Hane Lee;Changwon Keum;Seung Hwan Oh
Journal of Genetic Medicine
/
제19권2호
/
pp.76-84
/
2022
Purpose: Whole-exome sequencing (WES) has been a useful tool for novel gene discovery of various disease categories, further increasing the diagnostic yield. This study aimed to investigate the clinical utility of WES prospectively in undiagnosed genetic diseases. Materials and Methods: WES tests were performed on 110 patients (age range, 0-28 years) with suspected rare genetic diseases. WES tests were performed at a single reference laboratory and the variants reported were reviewed by clinical geneticists, pediatricians, neurologists, and laboratory physicians. Results: The patients' symptoms varied with abnormalities in the head or neck, including facial dysmorphism, being the most common, identified in 85.4% of patients, followed by abnormalities in the nervous system (83.6%). The average number of systems manifesting phenotypic abnormalities per patient was 3.9±1.7. The age at presentation was 2.1±2.7 years old (range, 0-15 years), and the age at WES testing was 6.7±5.3 years (range, 0-28 years). In total, WES test reported 100 pathogenic/likely pathogenic variants or variants of uncertain significance for 79 out of 110 probands (71.8%). Of the 79 patients with positive or inconclusive calls, 55 (50.0%) patients were determined to have good genotype-phenotype correlations after careful review. Further clinical reassessment and family member testing determined 45 (40.9%) patients to have been identified with a molecular diagnosis. Conclusion: This study showed a 40.9% diagnostic yield for WES test for a heterogeneous patient cohort with suspected rare genetic diseases. WES could be the feasible genetic test modality to overcome the diversity and complexity of rare disease diagnostics.
Objective: Familial intracranial aneurysms (FIAs) are found in approximately 6%-20% of patients with intracranial aneurysms (IAs), suggesting that genetic predisposition likely plays a role in its pathogenesis. The aim of this study was to identify possible IA-associated variants using whole exome sequencing (WES) in selected Korean families with FIA. Materials and Methods: Among the 26 families in our institutional database with two or more IA-affected first-degree relatives, three families that were genetically enriched (multiple, early onset, or common site involvement within the families) for IA were selected for WES. Filtering strategies, including a family-based approach and knowledge-based prioritization, were applied to derive possible IA-associated variants from the families. A chromosomal microarray was performed to detect relatively large chromosomal abnormalities. Results: Thirteen individuals from the three families were sequenced, of whom seven had IAs. We noted three rare, potentially deleterious variants (PLOD3 c.1315G>A, NTM c.968C>T, and CHST14 c.58C>T), which are the most promising candidates among the 11 potential IA-associated variants considering gene-phenotype relationships, gene function, co-segregation, and variant pathogenicity. Microarray analysis did not reveal any significant copy number variants in the families. Conclusion: Using WES, we found that rare, potentially deleterious variants in PLOD3, NTM, and CHST14 genes are likely responsible for the subsets of FIAs in a cohort of Korean families.
Cerebral palsy (CP) is a non-progressive neurological disease, of which susceptibility is linked to genetic and environmental risk factors. More and more studies have shown that CP might be caused by multiple genetic factors, similar to other neurodevelopmental disorders. Due to the high genetic heterogeneity of CP, we focused on investigating related molecular pathways. Ten children with CP were collected for whole-exome sequencing by next-generation sequencing (NGS) technology. Customized processes were used to identify potential pathogenic pathways and variants. Three pathways (axon guidance, transmission across chemical synapses, protein-protein interactions at synapses) with twenty-three genes were identified to be highly correlated with CP. This study showed that the three pathways associated with CP might be the molecular mechanism of pathogenesis. These findings could provide useful clues for developing pathway-based pharmacotherapies. Further studies are required to confirm potential roles for these pathways in the pathogenesis of CP.
Lee, Sangwoo;Lee, Gi Min;Lee, MiSeon;Lee, Rosie;Moon, Jung Eun
Journal of Interdisciplinary Genomics
/
제4권1호
/
pp.7-10
/
2022
Purpose:Maturity onset diabetes of the young (MODY) is the most common hereditary form of diabetes mellitus (DM), with similar clinical manifestations to type 1 or type 2 DM, leading to diagnostic ambiguity. Despite increased genetic research on monogenic DM, studies with Asian populations are limited. Therefore, we investigated mutation in possible monogenic DM and MODY in Korean children and aldolescents. Methods: Targeted panel exome sequencing including 32 targets genes was performed for 41 patients with suspected monogenic DM at Kyungpook National University Children's Hospital. Results: Variants were detected in 19 patients, including those in known MODY-associated genes (HNF4A, GCK, HNF1A, CEL, PAX4, INS, and BLK) and monogenic DM-associated genes (WFS1, FRX6, and GLIS3). Conclusion: MODY variants were detected more than expected. Targeted exon sequencing is helpful in diagnosing MODY or possible monogenic DM patients.
BRAF inhibitors (e.g., vemurafenib) are widely used to treat metastatic melanoma with the BRAF V600E mutation. The initial response is often dramatic, but treatment resistance leads to disease progression in the majority of cases. Although secondary mutations in the mitogen-activated protein kinase signaling pathway are known to be responsible for this phenomenon, the molecular mechanisms governing acquired resistance are not known in more than half of patients. Here we report a genome- and transcriptome-wide study investigating the molecular mechanisms of acquired resistance to BRAF inhibitors. A microfluidic chip with a concentration gradient of vemurafenib was utilized to rapidly obtain therapy-resistant clones from two melanoma cell lines with the BRAF V600E mutation (A375 and SK-MEL-28). Exome and transcriptome data were produced from 13 resistant clones and analyzed to identify secondary mutations and gene expression changes. Various mechanisms, including phenotype switching and metabolic reprogramming, have been determined to contribute to resistance development differently for each clone. The roles of microphthalmia-associated transcription factor, the master transcription factor in melanocyte differentiation/dedifferentiation, were highlighted in terms of phenotype switching. Our study provides an omics-based comprehensive overview of the molecular mechanisms governing acquired resistance to BRAF inhibitor therapy.
Choi, Eun Mi;Lee, Dong Hyun;Kang, Seok Jin;Shim, Ye Jee;Kim, Heung Sik;Kim, Joon Sik;Jeong, Jong In;Ha, Jung-Sook;Jang, Ja-Hyun
Clinical and Experimental Pediatrics
/
제61권12호
/
pp.403-406
/
2018
Floating-Harbor syndrome is a rare autosomal dominant genetic disorder associated with SRCAP mutation. To date, approximately 50 cases of Floating-Harbor syndrome have been reported, but none have been reported in Korea yet. Floating-Harbor syndrome is characterized by delayed bony maturation, unique facial features, and language impairment. Here, we present a 6-year-old boy with a triangular face, deep-set protruding eyes, low-set ears, wide nose with narrow nasal bridge, short philtrum, long thin lips, clinodactyly, and developmental delay that was transferred to our pediatric clinic for genetic evaluation. He showed progressive delay in the area of language and cognition-adaption as he grew. He had previously undergone chromosomal analysis at another hospital due to his language delay, but his karyotype was normal. We performed targeted exome sequencing, considering several syndromes with similar phenotypes. Library preparation was performed with the TruSight One sequencing panel, which enriches the sample for about 4,800 genes of clinical relevance. Massively parallel sequencing was conducted with NextSeq. An identified variant was confirmed by Sanger sequencing of the patient and his parents. Finally, the patient was confirmed as the first Korean case of Floating-Harbor syndrome with a novel SRCAP (Snf2 related CREBBP activator protein) mutation (c.7732dupT, p.Ser2578Phefs*6), resulting in early termination of the protein; it was not found in either of his healthy parents or a control population. To our knowledge, this is the first study to describe a boy with Floating-Harbor syndrome with a novel SRCAP mutation diagnosed by targeted exome sequencing in Korea.
Kim, Hyoung Kyu;Lee, Heetak;So, Ji Ho;Jeong, Seung Hun;Seo, Dae Yun;Kim, Jong-Yeol;Kim, Sanguk;Han, Jin
Integrative Medicine Research
/
제6권2호
/
pp.165-178
/
2017
Background: Traditional Korean Sasang constitutional (SC) medicine categorizes individuals into four constitutional types [Tae-eum (TE), So-eum (SE), Tae-yang (TY), or So-yang (SY)] based on biological and physiological characteristics. As these characteristics are closely related to the bioenergetics of the human body, we assessed the correlation between SC type and energy metabolism features. Methods: Forty healthy, young ($22.3{\pm}1.4$ years) males volunteered to participate in this study. Participants answered an SC questionnaire, and their face shape, voice tone, and body shape were assessed using an SC analysis tool. Thirty-one participants (10 TE, 10 SE, 3 TY, and 8 SY) were selected for further analysis. Collected blood samples were subjected to blood composition analysis, mitochondrial function analysis, and whole-exome sequencing. Results: The SY type showed significantly lower total cholesterol and high-density lipoprotein cholesterol levels than the SE type. Cellular and mitochondrial Adenosine triphosphate (ATP) levels were similar across types. All types showed similar basal mitochondrial oxygen consumption rates, whereas the TE type showed a significantly lower ATP-linked oxygen consumption rate than the other types. Whole-exome sequencing identified several genes variants that were exclusively detected in particular SC types, including 19 for SE, seven for SY, 11 for TE, and six for TY. Conclusion: SC type-specific differences in mitochondrial function and gene mutations were detected in a small group of healthy, young Korean males. These results are expected to greatly improve the accurate screening and utilization of SC medicine.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.