• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2016.03a
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• pp.55-61
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• 2016

$A{\beta}_{40}$ peptides form oligomers that later aggregate into a plaque, which is deemed to be a leading cause of Alzheimer's Disease. Its non-crystalline morphology has limited an understanding of comprehensive structural study. In this research, computational biomolecular simulations were performed in the following order: solvent and ion addition in a box, energy minimization of protein, equilibration, and periodic boundary condition disaggregation of a monomer from fibril. The result founded the two-fold model is 25% more stable in the simulation environment, and the steric zippers held on most tightly until 220 ps of simulation. The study supports the previous findings that two-fold aggregate $A{\beta}_{40}$ is more stable at 310 K and discusses further how much contribution steric-zipper and hydrogen bonding are making.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2014.03a
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• pp.225-235
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• 2014

6종의 Intermediate filament 중 type IV인 Neurofilaments (NFs)는 신경세포에 존재하는 세포골격세사로 heavy NF(NF-H), medium NF(NF-M), light NF(NF-L) 세가지의 분자 질량 단백질로 구성되어 있다. NF의 side arm은 interfilament spacing과 axonal caliber를 조절하는 중요한 역할을 한다고 생각되어왔다. 또한 이에 대해서 각각의 protein의 역할은 알아내기 위해 isolated NF의 형태와 구조에 대해 많은 연구가 이루어졌는데, NF의 구조적 특성은 NF sidearm의 tail 부분에서 phosphorylation의 정도에 따른 Lys-Ser-Pro(KSP) repeats의 charge distribution을 통해 알 수 있다. 지금까지 NF에 대한 많은 연구가 이루어졌지만 인간에 한해서만 진행되었다. 그렇기 때문에 본 연구에서는 주어진 amino acid sequence와 각 species의 NF-H:NF-M:NF-L의 비율의 정보를 이용하여 The constant-NVT ensemble MC simulation을 통해 인간뿐만이 아닌 다른 species에 대한 NF의 구조적 특성을 알아보고자 한다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2016.03a
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• pp.469-472
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• 2016

Jansen Mechanism has been a constant popularity by researchers studying legged robots because of many benefits. This paper proposed the design process of optimized legged robots using Jansen Mechanism and m.Sketch(Jansen Mechanism simulation software). First, driving part of legged robots is designed in compliance with the design regulations of a competitive exhibition. Second, setting the length of link and position of joint is conducted in keeping with the constraints. Third, Ground Length (GL) and Ground Angle Coefficient(GAC) values are extracted by m.Sketch simulation. Finally, by repeating the previous procedures, comparing the GL and GAC values, find the optimum input values. This.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2017.03a
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• pp.696-697
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• 2017

본 연구의 목적은 단클론항체 (mAb) 약동학적 특성을 보다 쉽게 이해하고자 문헌에 보고된 mAb의 PK 모델을 구현할 수 있도록 시뮬레이션 모델을 만드는 것이다. 본 연구결과를 바탕으로 약물의 용법/용량, 각각의 모델 파라미터의 변화에 따른 혈중농도, 수용체 점여 등의 변화를 다양하게 시뮬레이션 해볼 수 있다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2017.03a
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• pp.290-303
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• 2017

This paper aims to build a drone platform based on an optimum design of its single arm. We assumed its single arm as a cantilevered beam with a tip mass. Based on the numerical optimization theory, we conducted validation and optimization of a new design by comparing the results with the similar ones obtained by ANSYS. Finally, this design is reflected in the control simulation, and the requirement of an optimum structural design considering the resonance situation is demonstrated.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2015.03a
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• pp.518-520
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• 2015

Automotive aerodynamic drag coefficient is important variable for vehicle's driving performance and fuel economy. In this research, we applied genetic algorithm to determine the geometrical figure which can optimize Carr's automotive aerodynamic underbody coefficient. And it's verified by previous research.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2017.03a
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• pp.677-687
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• 2017

Caffeine has a long history of human consumption but the consumption of caffeine due to caffeinated energy drinks(CEDs) is rapidly growing. Marketing targets of CED sales are children, adolescents and young adults, possibly caffeine-sensitive groups and its effect for them can be significantly different from healthy adults. Caffeine-related toxicities among these groups are growing in number and a number of countries are recognizing severity of caffeine toxicities. Previous research showed prediction of maximal plasma caffeine concentration profiles after the single CED ingestion and the primary aim of this study is to visually predict plasma caffeine concentration after the single and multiple ingestion of standard servings of CED. Based on the population pharmacokinetic model using Monte Carlo simulation, prediction of caffeine concentration leading to caffeine intoxication in the sensitive groups is quantitatively presented and visualized. This research also broadens the perspective by creating and utilizing diverse open science tools including R package, Edison Science App and Shiny apps.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2016.03a
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• pp.32-36
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• 2016

단일금속 나노입자에 비해 나노합금입자는 발광이나 촉매력과 같은 여러 특징들이 더 뛰어나게 나타난다고 잘 알려져 있다. 이에 따라 실험적인 연구뿐 아니라 이론적으로도 나노합금입자의 특성과 구조를 밝히려는 노력이 이루어지고 있다. 그러나 대부분의 연구는 자유공간을 상정하여 진행되고 있어, 갇힌 공간 속의 입자에 대한 연구는 부족한 실정이다. 이러한 배경으로 본 연구에서는 Sutton-Chen (SC) 포텐셜을 주요 이론으로 하여, 복제교환분자동력학(replica exchange molecular dynamics, REMD) 모의실험을 통해 가두는 공간의 크기에 따라 금-팔라듐 나노합금입자(Au17Pd17)의 구조와 특성이 어떻게 달라지는지 EDISON에 등록된 metal_alloy 프로그램(molecular dynamics simulation of metal alloy nano-cluster)을 사용해 살펴보았다. 결과적으로 입자가 상전이 이전의 낮은 온도에서 존재하면, 둘러싼 공간의 크기와 무관하게 안정한 구조의 중심에 항상 팔라듐 원자가 위치한다는 것이 확인되었다. 또, 가두는 공간의 크기마다 상전이가 일어나는 온도 구간의 차이가 나타났으며, 작은 공간에 갇힌 입자일수록 입자의 최대 직경이 작아지면서 상대적으로 높은 에너지를 가지는 구조를 형성하였다. 이는 입자가 존재하는 공간이 좁을수록 에너지의 증가를 통하면서 최대한 공간을 활용할 수 있는 구조를 선택하는 것으로 보인다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2014.03a
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• pp.550-555
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• 2014

전익기는 전쟁 중 등장해 활약했다는 점과 그 독특한 형태로 유명세를 타기 시작한 비행체의 한 종류이다. 공기역학적으로 동일한 속도로 비행할 때 일반적인 항공기와 비교해서 적은 동력으로 더 멀리 날수 있는 전익기의 특성과 그 발전방향을 보았을 때 동체의 익면적이 넓어 생기는 특성을 극대화 시키면서 더욱 독특한 형태의 비행체로 나타나는 모습이 원반형 비행체이다. 본 연구는 EDISON Simulation을 활용한 두 비행체의 공력특성 비교를 통해 실제로 원반형 비행체가 많이 쓰이지 않는 이유와 그 장단점에 대한 데이터를 확보했으며 특히 원반형 비행체의 경우 Cockpit 유무와 그 크기에 따라 실속각이 커지는 것을 확인하였다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2015.03a
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• pp.223-228
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• 2015

In this paper, the study of the optimum design for a geometry of the handle bar to obtain a high stiffness and light weight is investigated, using EDISON simulation program. High stiffness and weight lightening are considered as the major performance indicators of the component of the bicycle. Four design factors and three levels of the design factors are selected for the structural optimization and experiments are designed using the orthogonal array of L9 by Taguchi method. We calculated SN ratio of larger-the-better and smaller-the-better characteristics from FEA results and analysed the effects of design factors on characteristics. We choosed the optimum level of design factors based on deflection and safety factor. Comparing the results of FE analysis with converted value of predicted SN ration, we made sure for reliability of Taguchi method and FE method for structural optimization.