• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.80.2-81
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• 2003

Since hot peppers (Capsicum annuum L.) are getting reputation as an important source of vitamins, medicine and many other areas, consumption and cultivation is being increased in the world. In spite of this usefulness, so little attention has been given to the hot pepper plants. To date, less than 500 nucleotide sequences including redundancy has been identified in NCBI database. Therefore we started to EST sequencing project for initial characterization of the genome, because of the large genome size of hot pepper (2.7 3.3 ${\times}$ 109 bp), To date, a set of 10,000 non-redundant genes were identified by EST sequencing for microarray-based gene expression studies. At present, cDNA microarrays containing 4,685 unigene clones are used for hybridization labeled targets derived from pathogen infected and uninoculated leaf tissues. Monitoring of gene expression profiles of hot pepper interactions with soybean pustule pathogen (Xag；Xanthomonas axonopodis pv. glycine) will be presented.

• BMB Reports
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• 제40권2호
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• pp.286-289
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• 2007

Despite considerable interest in the biologic processes of regeneration and stem cell activation, little is known about the genes involved in these transformative events. In a Hydra littoralis model of regeneration, we employed a rapid shotgun suppression subtractive hybridization strategy to identify genes that are uniquely expressed in regenerating tissue. With an adaptor-PCR based technique, 16 candidate transcripts were identified, 15 were confirmed unique to mRNA isolated from hydra undergoing regeneration. Of these, 6 were undescribed in GenBank and allied expressed sequence tag (EST) databases (GenBank + EMBL + DDBJ + PDB and the Hydra EST database). BLAST analysis of these sequences identified remarkably similar sequences in anonymous ESTs found in a wide variety of animal species.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 춘계학술발표회
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• pp.105-105
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• 2018

Finger millet, Eleusine coracana Gaertn., is more nutritious than other cereals and millets and widely cultivate in tropical regions of the world. However, status of its genetic diversity remained concealed due to lack of research work in this species. In recent years, microsatellites have become the most used markers for studying population genetic diversity. In present study, genetic diversity and structure of different populations of finger millet from Africa and South Asia was examined at molecular level using newly developed EST-Simple Sequence Repeat (EST-SSR) markers using a total of 1,927 ESTs of Eleusine coracana available in the NCBI database. In total, 46 primers produced 292 alleles in a size range of 100-500 bp and mean Polymorphism Information Content (PIC) and Marker Index (MI) were 0.372 and 1.04, respectively. 46 primers showed polymorphism and 21 primers were identified as having a PIC value above 0.5. Principal coordinates analysis and the dendrogram constructed out of combined data of both markers showed grouping of finger millet accessions to their respective area of collection. The 156 accessions was classified into four groups, such as three groups of Africa collection and one group of Asia. Results of present study can be useful in identifying diverse accessions and management of this plant resource. Moreover, the novel SSR markers developed can be utilized for various genetic analyses in this species in future.

• 고려인삼학회:학술대회논문집
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• 고려인삼학회 2004년도 춘계 총회 및 학술대회
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• pp.17-28
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• 2004

현재 재배되고 있는 고려인삼은 혼계상태로서 개체간의 형질변이가 대단히 심하며, 종자채취를 4년 후에 하기 때문에 신품종육성을 위해서는 매우 오랜 기간이 필요하다. 그러나 식물형질전환기술의 발달로 목적하는 유전자를 식물체에 재도입하여 새로운 품종을 육성할 수 있는 기술이 보급되어 유용유전자만 있다면 단시간에 고기능성 신품종을 육성할 수 있을 것이다. 본 과제에서는 인삼의 유용유전자를 대량으로 발굴하기 위하여 인삼의 조직별, 종간 및 처리간에 의한 cDNA library 총 10종 이상을 제작하고 이들 cDNA library로부터 인삼의 유용유전자원을 확보하기 위하여 EST 20,000개를 5' 한쪽 방향에서 분석하고 이들 분석된 EST clone의 데이터는 data base화 하여 많은 연구자들이 연구정보를 공유한 수 있게 하였다. 그리고 EST clone 중에서 완전한 단백질의 유전정보를 포함하고 있는 clone을100개 선발하여 전장의 염기서열(full length sequence)을 분석하고 data base를 구축하고parental clone을 선발하여 cDNA chip을 제작하였다. 특히 257 clone 주에서 기능성 및 내재해성 유용유전자를 선발하여 전염기서열분석(full length sequencing)을 한 후 인상에 재도입하여 고기능성 및 내재해성 인삼의 분자육종을 비교적 단시간내에 할 수 있는 형질전환 및 재분화 시스템을 개발하고 토양순화 시스템을 확립하고자 하였다.

• 한국생명과학회:학술대회논문집
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• 한국생명과학회 2006년도 제47회 학술심포지움 및 추계국제학술대회
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• pp.68.1-68.1
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• 2006

• 한국자원식물학회지
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• 제32권4호
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• pp.303-311
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• 2019

과피와 과육의 다양한 색은 복숭아 분류에 가장 널리 사용되는 상업적 기준 중 하나이다. 새로운 적색 과육 품종을 육성하기 위해서는 많은 교배 조합과 세대가 진전되어야 한다. 따라서 육종 효율을 높이기 위해서는 목적 형질을 가진 개체에 적용할 조기 선발 분자표지를 개발할 필요가 있다. 과육색이 다르게 발현되는 복숭아 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 적색 과육 품종인 '조생혈도'와 백색 과육 품종인 '미백도'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고, 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. '조생혈도'와 '미백도'의 EST database로부터 72쌍의 SNP 분자표지를 선발하였고, 적색 과육 품종 8개와 백색 과육 품종 24개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 복숭아 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 복숭아 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 복숭아 육종에 유용하게 사용할 수 있으며, 복숭아 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

• 한국패류학회지
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• 제30권4호
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• pp.429-431
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• 2014

본 연구를 통하여 연체동물 전용 BLAST 서버 (Version II)가 웹주소 http://www.malacol.or.kr/blast에 구축되었다. 연체동물을 대상으로 하는 연구에 있어 필요한 정보를 매우 빠르게 얻을 수 있었다. 본 시스템을 사용하여 앞으로도 많은 연구가 진행되어지길 바라며, 아울러 많은 연체동물 연구자들에게 많은 도움이 되리라고 사료된다.

• 원예과학기술지
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• 제33권1호
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• pp.93-105
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• 2015

본 연구는 수박의 EST-SSR 마커를 이용하여, 네 개의 주요 박과(Cucurbitaceae) 작물인 수박, 호박, 오이, 멜론의 유연 관계를 분석하고 마커의 타 박과 작물에 활용 가능성을 알아보기 위해 수행되었다. Cucurbit Genomics Initiative(ICuGI) database로부터 선발된 120 EST-SSR 프라이머 중 51(49.17%)가 PCR이 성공하였고, 49(40.8%)가 8개 박과 유전자원에서 다형성을 보였다. 총 24개 박과 유전자원을 24개 EST-SSR 프라이머로 분석한 결과 총 382개 대립유전자 특이적 PCR 밴드를 얻었으며, 이를 토대로 짝유사행렬과 계통도를 작성하였다. 짝유사행렬의 범위는 0.01-0.85였으며, 작성된 계통도에서 24개 유전자원이 두 개의 주요그룹(Clade I, II)으로 분류되었다. Clade I은 다시 수박으로 구성된 하위집단 I-1[I-1a, I-1b-2: 각 1개와 2수박 야생종(Citrullus lanatus var. citroides Mats. & Nakai)으로 구성, I-1b-1: 6개수박 재배종(Citrullus lanatus var. vulgaris Schrad.)로 구성]과 멜론과 오이로 구성된 하위집단I-2[I-2a-1: 4개 멜론 재배종(Cucumis melo var. cantalupensis Naudin.), I-2a-2: 2개 참외 재배종(Cucumis melo var. conomon Makino.), I-2b: 5개 오이 재배종(Cucumis sativus L.)]로 분류되었다. 호박으로 구성된 Clade II는 다시 Cucurbita moschata(Duch. ex Lam.) Duch. & Poir와 Cucurbita maxima Duch.로 구성된 하위집단 II-1과 Cucurbita pepo L.과 Cucurbita ficifolia Bouche로 구성된 하위집단 II-2로 나누어졌다. 이러한 결과는 기존의 종명법에 따른 분류와 일치하며, 따라서 수박 EST-SSR 마커를 이용한 타 박과 작물의 비교 유전체 등 연구분야에 적용 가능성을 확인하였다.

• BMB Reports
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• 제39권2호
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• pp.183-188
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• 2006

Using the Phred/Phrap/Polyphred/Consed pipeline established in the National Livestock Research Institute of Korea, we predicted candidate coding single nucleotide polymorphisms (cSNPs) from 7,600 expressed sequence tags (ESTs) derived from three cDNA libraries (liver, M. longissimus dorsi, and intermuscular fat) of Hanwoo (Korean native cattle) steers. From the 7,600 ESTs, 829 contigs comprising more than two EST reads were assembled using the Phrap assembler. Based on the contig analysis, 201 candidate cSNPs were identified in 129 contigs, in which transitions (69%) outnumbered transversions (31%). To verify whether the predicted cSNPs are real, 17 SNPs involved in lipid and energy metabolism were selected from the ESTs. Twelve of these were confirmed to be real while five were identified as artifacts, possibly due to expressed sequence tag sequence error. Further analysis of the 12 verified cSNPs was performed using the program BLASTX. Five were identified as nonsynonymous cSNPs, five were synonymous cSNPs, and two SNPs were located in 3'-UTRs. Our data indicated that a relatively high SNP prediction rate (71%) from a large EST database could produce abundant cSNPs rapidly, which can be used as valuable genetic markers in cattle.

• 생명과학회지
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• 제20권2호
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• pp.208-212
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• 2010

작물의 수량과 품질은 저온 및 고온 스트레스에 영향을 받는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 배추에서의 스트레스 저항성과 연관된 분자마커를 개발하기 위하여 저온에서의 스트레스 저항성에 영향을 미치는 것으로 알려져 있는 alternative oxidase (AOX) 합성 유전자 관련 분자 마커를 개발하였다. 총 15개의 AOX 합성 유전자와 관련된 Brassica rapa ESTs를 arabidopsis AOX 합성 유전자 염기서열을 이용하여 찾을 수 있었다. 이를 이용하여 고온에서 상대적으로 약한 '지부'품종과 상대적으로 강한 '권심' 사이에서 DNA 염기서열을 조사하여 4개의 ESTs에서 insertion 또는 deletion을 찾았고 PCR로 확인 가능한 4개의 공동우성 마커를 개발하였다. 본 연구에서 개발된 분자마커는 배추 작물에서 환경스트레스 저항성과 유전적 연관성을 확인하는데 유용하게 사용될 수 있다고 기대된다.