• KSBB Journal
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• 제22권6호
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• pp.371-377
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• 2007

나노기술과 바이오기술의 융합연구에 의해 나노바이오기술이 발전되고 있다. 나노바이오기술의 중요한 응용연구 중의 하나로서, 진단이나 바이오센서 분야에서 단백질-단백질 및 단백질-바이오물질간의 상호작용을 연구하기 위한 단백질 센서 칩이 개발되어 왔다. 본 논문에서는 단백질의 선택적 고정화를 위한 새로운 생체고분자 기질로 PHA를 이용하는 첫 번째 예로서, 단백질-단백질 및 항원-항체 반응의 구현을 나타내고자 하였다. 본 시스템은 PHA 표면 위에서 PHA depolymerase의 SBD와의 선택적 결합에 기반한 것으로, PHA depolymerase의 SBD와 융합된 단백질이 PHA가 코팅된 표면 위에 spotting 될 수 있고 미세접촉인쇄방법에 의해 PHA 위에 미세패턴이 제조되어지는 것을 알 수 있었다(52, 53). 이러한 새로운 전략이 PHA depolymerase의 SBD와 다른 단백질을 융합함으로서 미세 spotting과 미세패터닝이 가능하게 되었고 항원-항체의 생물학적 반응을 통해 많은 바이오센서 칩 연구에 응용될 수 있음을 확인하였다. 또한, PHA 마이크로 비드에도 PHA depolymerase의 SBD와 융합된 단백질을 고정시킴으로서 항원-항체 반응을 유도할 수 있음을 확인하였다(54). PHA의 구조를 변경하여 PHA 기판, PHA 필름, PHA 미세패턴, PHA 마이크로 비드 등을 이용할 수 있으며 multiplex assay를 동시에 진행할 수 있는 다양한 융합 단백질을 사용할 수 있을 것이다. 생분해성 플라스틱으로서 성공적으로 개발된 PHA를 이용한 새로운 플랫폼 기술이 PHA depolymerase의 SBD를 이용함으로서 특이적이고 선택적인 단백질의 고정화에 이용될 수 있음을 확인하였다. 본 전략이 다양한 단백질-단백질 및 단백질-바이오물질 반응을 이용한 바이오칩 및 바이오센서의 응용연구에 유용하게 사용될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제15권4호
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• pp.542-547
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• 2005

시스플래틴이나 마이토마이신 C (MMC)와 같은 DNA 사슬간 교차결합 (interstrand cross-link ; ICL) 물질에 대해 Brca1 결손세포들이 보이는 높은 감수성은 Brca1 단백질이 세포의 ICL복구반응에 중요한 역할을 담당하고 있음을 암시하고 있다. Brca1 단백질은 재조합 의존성 또는 재조합 비의존성 경로를 통한 DNA 이중사슬 절단(double-strand break ; DSB) 복구에 필수적인 역할을 담당한다. 최근 본인이 속한 연구그룹에서 재조합 의존성 경로를 통한 세포의 ICL복구반응에 Brca1이 관여한다는 것을 밝혀 보고한바 있다. 본 연구에서는 Brca1 단백질의 재조합 비의존성 복구반응에 대한 관여여부를 $p53^{-/-}$와 $p53^{-/-}\;Brcal^{-/-}$ 세포주를 사용하여 연구하였다. 교차결합 복구 실험에서 Brca1 결손 세포주는 Brca1 정상 세포주보다 현저히 낮은 활성을 보였다. 또한, Brca1 결손세포 주의 MMC 에 대한 감수성과 ICL복구능이 Brca1 단백질 발현을 통해 회복되는 것을 확인하였다. 흥미롭게도, Brca1의 11번 엑손 결손세포주 $(Brca1^{\Delta11})$는 높은 MMC저항성과 ICL 복구능을 보였다. 이러한 결과들을 종합하여 볼 때, Brca1 단백질은 ICL복구에 재조합 의존성 경로뿐만 아니라 재조합 비의존성 경로를 통해서도 관여하며, 이러한 활성에는 엑손 11 부분이 아닌 N 말단의 RING 핑거 도메인이나 C 말단의 BRCT도메인이 중요하다는 것을 알 수 있다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제24권6호
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• pp.555-561
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• 2020

TWIK-related two-pore domain K⁺ channel-2 (TREK-2) has voltage-independent activity and shows additional activation by acidic intracellular pH (pH_i) via neutralizing the E³³² in the cytoplasmic C terminal (Ct). We reported opposite regulations of TREK-2 by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP₂) via the alkaline K³³⁰ and triple Arg residues (R^355-357); inhibition and activation, respectively. The G³³⁴ between them appeared critical because its mutation (G³³⁴A) endowed hTREK-2 with tonic activity, similar to the mutation of the inhibitory K³³⁰ (K³³⁰A). To further elucidate the role of putative bent conformation at G³³⁴, we compared the dual mutation forms, K³³⁰A/G³³⁴A and G³³⁴A/R^355-7A, showing higher and lower basal activity, respectively. The results suggested that the tonic activity of G³³⁴A owes to a dominant influence from R^355-7. Since there are additional triple Arg residues (R^377-9) distal to R^355-7, we also examined the triple mutant (G³³⁴A/R^355-7A/R^377-9A) that showed tonic inhibition same with G³³⁴A/R^355-7A. Despite the state of tonic inhibition, the activation by acidic pH_i was preserved in both G³³⁴A/R^355-7A and G³³⁴A/R^355-7A/R^377-9A, similar to the R^355-7A. Also, the inhibitory effect of ATP could be commonly demonstrated under the activation by acidic pH_i in R^355-7A, G³³⁴A/R^355-7A, and G³³⁴A/R^355-7A/R^377-9A. These results suggest that the putative bent conformation at G³³⁴ is important to set the tug-of-war between K³³⁰ and R^355-7 in the PIP₂-dependent regulation of TREK-2.

• Animal Bioscience
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• 제34권5호
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• pp.867-879
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• 2021

Objective: Fibronectin 3 (FN3) and immunoglobulin like modules (Ig) are usually collocated beside modular cellulase catalytic domains. However, very few researches have investigated the role of these modules. In a previous study, we have sequenced and analyzed bacterial metagenomic DNA in Vietnamese goats' rumen and found that cellulase-producing bacteria and cellulase families were dominant. In this study, the properties of modular cellulases and the role of a FN3 in unique endoglucanase belonging to glycosyl hydorlase (GH) family 5 were determined. Methods: Based on Pfam analysis, the cellulases sequences containing FN3, Ig modules were extracted from 297 complete open reading frames (ORFs). The alkaline, thermostability, tertiary structure of deduced enzymes were predicted by AcalPred, TBI software, Phyre2 and Swiss models. Then, whole and truncated forms of a selected gene were expressed in Escherichia coli and purified by His-tag affinity column for assessment of FN3 ability to enhance enzyme activity, solubility and conformation. Results: From 297 complete ORFs coding for cellulases, 148 sequences containing FN3, Ig were identified. Mostly FN3 appeared in 90.9% beta-glucosidases belonging to glycosyl hydrolase family 3 (GH3) and situated downstream of catalytic domains. The Ig was found upstream of 100% endoglucanase GH9. Rarely FN3 was seen to be situated downstream of X domain and upstream of catalytic domain endoglucanase GH5. Whole enzyme (called XFN3GH5 based on modular structure) and truncate forms FN3, XFN3, FN3GH5, GH5 were cloned in pET22b (+) and pET22SUMO to be expressed in single and fusion forms with a small ubiquitin-related modifier partner (S). The FN3, SFN3 increased GH5 solubility in FN3GH5, SFN3GH5. The SFN3 partly served for GH5 conformation in SFN3GH5, increased modules interaction and enzyme-soluble substrate affinity to enhance SXFN3GH5, SFN3GH5 activities in mixtures. Both SFN3 and SXFN3 did not anchor enzyme on filter paper but exfoliate and separate cellulose chains on filter paper for enzyme hydrolysis. Conclusion: Based on these findings, the presence of FN3 module in certain cellulases was confirmed and it assisted for enzyme conformation and activity in both soluble and insoluble substrate.

• 예술경영연구
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• 제60호
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• pp.121-153
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• 2021

본 연구의 목적은 미술관 온라인 전시가 관람객의 미적 경험과 오프라인 전시 관람의도에 미치는 영향 관계를 실증적으로 밝히는 데 있다. 이를 위해 온라인 전시의 속성을 접근성, 상호작용성, 정보성, 유희성 등으로, 미적 경험은 감정적, 소통적, 인지적, 지각적 영역 등 4개의 요인으로 각각 구성하여 오프라인 미술관의 관람의도에 미치는 영향을 분석하기 위해 설문조사를 실시하였다. 설문결과를 다중회귀분석한 결과, 첫째 온라인 전시는 미적 경험에 부분적으로 유의한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 미적 경험 중 감정적 영역에는 정보성이, 소통적 영역과 지각적 영역에는 유희성이, 인지적 영역에는 접근성이 각각 가장 큰 영향을 미치는 것으로 분석되었다. 둘째, 온라인 전시는 오프라인 전시 관람 의도에 유희성, 상호작용성, 정보성 순으로 부분적으로 유의한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 셋째, 미적 경험은 인지적, 감정적, 소통적, 지각적 순으로 오프라인 전시 관람의도에 유의한 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 아울러 미적 경험은 온라인 전시와 오프라인 전시 관람의도를 부분매개함을 확인하였다. 본 연구가 온라인 전시 이용자들을 오프라인 전시로 유도하는 실무적 시사점과 함께 학술적 논의를 촉발하는 계기가 되기를 기대한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권6호
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• pp.784-790
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• 2018

Objective: The genetic effects of an individual on the phenotypes of its social partners, such as its pen mates, are known as social genetic effects. This study aims to identify the candidate genes for social (pen-mates') average daily gain (ADG) in pigs by using the genome-wide association approach. Methods: Social ADG (sADG) was the average ADG of unrelated pen-mates (strangers). We used the phenotype data (16,802 records) after correcting for batch (week), sex, pen, number of strangers (1 to 7 pigs) in the pen, full-sib rate (0% to 80%) within pen, and age at the end of the test. A total of 1,041 pigs from Landrace breeds were genotyped using the Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip panel, which comprised 61,565 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. After quality control, 909 individuals and 39,837 markers remained for sADG in genome-wide association study. Results: We detected five new SNPs, all on chromosome 6, which have not been associated with social ADG or other growth traits to date. One SNP was inside the prostaglandin $F2{\alpha}$ receptor (PTGFR) gene, another SNP was located 22 kb upstream of gene interferon-induced protein 44 (IFI44), and the last three SNPs were between 161 kb and 191 kb upstream of the EGF latrophilin and seven transmembrane domain-containing protein 1 (ELTD1) gene. PTGFR, IFI44, and ELTD1 were never associated with social interaction and social genetic effects in any of the previous studies. Conclusion: The identification of several genomic regions, and candidate genes associated with social genetic effects reported here, could contribute to a better understanding of the genetic basis of interaction traits for ADG. In conclusion, we suggest that the PTGFR, IFI44, and ELTD1 may be used as a molecular marker for sADG, although their functional effect was not defined yet. Thus, it will be of interest to execute association studies in those genes.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제11권2호
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• pp.85-94
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• 2007

Vanilloid receptor I [transient receptor potential vanilloid subfamily member 1 (TRPV1), also known as VR1] is a non-selective cationic channel activated by noxious heat, vanilloids, and acid, thereby causing pain. VR1 possesses six transmembrane domain and N-and C-terminus cytosolic domains, and appears to be a homotetramer. We studied the structural properties of Cterminus of VR1 (VR1C) using CD and NMR spectroscopy. DPC micelles, with a zwitterionic surface, and SDS micelles, with a negatively charged surface, were used as a membrane mimetic model system. Both SDS and DPC micelles could increase the stability of helical structures and/or reduce the aggregation form of the VR1C. However, the structural changing mode of the VR1C induced by the SDS and DPC micelles was different. The changes according to the various pHs were also different in two micelles conditions. Because the net charges of the SDS and DPC micelles are negative and neutral, respectively, we anticipate that this difference might affect the structure of the VR1C by electrostatic interaction between the surface of the VR1C and phospholipids of the detergent micelles. Based on these similarity and dissimilarity of changing aspects of the VR1C, it is supposed that the VR1C probably has the real pI value near the pH 7. Generally, mild extracellular acidic pH ($6.5{\sim}6.8$) potentiates VRI channel activation by noxious heat and vanilloids, whereas acidic conditions directly activate the channel. The channel activation of the VRI might be related to the structural change of VR1C caused by pH (electrostatic interactions), especially near the pH 7. By measuring the $^1-^{15}N$ TROSY spectra of the VR1C, we could get more resolved and dispersed spectra at the low pH and/or detergent micelles conditions. We will try to do further NMR experiments in low pH with micelles conditions in order to get more information about the structure of VR1C.

• 한국산업정보학회:학술대회논문집
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• 한국산업정보학회 2002년도 추계공동학술대회
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• pp.3-13
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• 2002

고석하 등(2002)은 인터넷 소매상이 상품 품목의 명목 가격과 배송료를 이용해서 고객의 일회 총 구매 비용을 조절한다는 것을 밝혔다. 고석하 등(2002)은 같은 내용의 상품 조합을 인터넷 시장에서 구매하기 위한 비용과 전통 시장에서 구매하기 위한 비용을 비교하였다. 분석 결과, 그 교호작용과 함께, 상품 종류와 일회 구매액/가격의 크기의 두 요소가 인터넷 시장의 전통 시장에 대한 총 구매비용 할인율의 변동의 약 60%내지 80%를 설명할 수 있다는 것을 보여주었다. 한편, 구매액/가격은 인터넷 시장에서의 해당 산포도(전통 시장의 그것에 대비한)에는 거의 영향을 미치지 못하며, 상품의 종류도 산포도에는 할인율에서와 같이 큰 영향을 미치지 않았다. 인터넷 시장의 가격이나 구매비용 산포도는 상품 특성이나 구매액 크기 이외의 다른 요인에 의해서 주로 영향을 받는 것으로 나타났다. 따라서, 본 논문에서는 가격 요인 이외의 경제적 경쟁요인에 관한 실증연구로서, 2002년 6월 17일부터 20일까지, 소프트웨어, PC와 주변기기, 휴대폰, 가전제품, CD, 화장품, 그리고 책의 7가지 산업 전문 쇼핑몰과 종합 쇼핑몰을 대상으로, 인터넷 시장에서 수행되고 있는 경제적인 비 가격 경쟁요인에 관한 실증 조사를 실시하였다. 조사 결과, 인터넷 시장에서 수행되고 있는 경제적인 비 가격 경쟁요인은 매우 다양하며, 상품별로도 다른 특성을 보이고 있는 것으로 밝혀졌다. 인터넷 소매상의 경제적인 비 가격 경쟁요인은 크게 배송료 면제와 배송료 외 인센티브 제도로 구분된다 본 논문에서는 경제적인 비 가격 경쟁요인의 모든 경우의 수를 고려할 수 있도록, 코드표를 작성하여 정리하고 분석하였다.전체 분석정보의 공유가 필수적으로 발생하게 됨으로, 유전체 정보와 임상정보의 통합은 미래 의료환경에 필수기능이 될 것이다. 3) 각 생명공학 연구소에서 사용하는 첨단 분석 장비와 생명공학 정보시스템의 자동 연계가 필요하다. 현재 국내에는 전국적인 초고속정보망이 가동되어 웹을 기반으로 하는 생명정보의 공유는 기술적으로 문제가 될 수 없으나 임상정보의 유전체연구에 그리고 유전체연구정보의 임상활용은 다양한 문제를 내포하고 있다. 이에 영상을 포함한 환자정보의 유전체연구센터와 병원정보시스템과의 효율적인 연계통합 운영을 위해 국내에서는 초기 도입단계에 있는 국제적인 보건의료정보의 표준인 Health Level 7 (textural information 공유), DICOM (image 및 wave 공유), 관련 ISO표준, WHO의 ICD9/10 (질병분류), LOINC (검사 및 관련용어), SNOMED International (의학용어) 등을 활용하여야 한다.matrix. The prediction system gives about 50% of sensitivity and 98% of specificity, Based on the PID matrix, we develop a system providing several interaction information-finding services in the Internet. The system, named PreDIN (Prediction-oriented Database of Interaction Network) provides interacting domain finding services and interacting protein

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제49권2호
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• pp.198-202
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• 2006

목 적 : Fas는 세포표면 수용체로 세포사멸 신호를 전도한다. 많은 질환에서 세포표면의 Fas가 Fas ligand(FasL)와 결합하여 세포사멸 과정을 유발하게 된다. 연구자들은 7일된 신생 흰쥐에 저산소성 허혈성 손상을 유발한 후 뇌 해마에서 Fas와 FasL의 발현을 관찰하고자 하였다. 방 법 : 7일된 신생 흰쥐를 오른쪽 총 경동맥 영구 결찰 후 8% 산소에 2시간 노출시켰다. 저산소성 허혈성 손상 후 12, 24, 48시간에 뇌를 적출 냉동 보관하였다. Western blotting 방법과 면역형광염색 방법으로 냉동 보관된 뇌의 경동맥을 결찰한 오른 쪽 해마에서 Fas와 FasL의 발현을 관찰하였다. 결 과 : Fas와 FasL의 발현은 저산소성 허혈성 손상 후 12시간에 경동맥이 결찰된 오른쪽 해마에서 크게 증가하고 이후 감소하는 것을 western blotting 방법에 의해 관찰하였다. Fas와 FasL의 면역형광발현은 오른쪽 해마의 CA1 영역에서 손상 후 12시간과 24시간에 대조군에 비해 증가하였다. Fas의 면역형광 발현은 손상 후 48시간에 감소하였으나 FasL의 면역형광발현은 손상 후 48시간에도 지속되었다. 결 론 : 세포표면에서 Fas와 FasL의 발현과 그들의 결합은 저산소성 허혈성 손상을 받은 미성숙 뇌의 신경세포 손상에 기여할 것으로 추측되었다.

• 한국전산구조공학회논문집
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• 제32권6호
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• pp.367-374
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• 2019

논문에서는 수직방향 지진입력에 의한 지반-구조물 상호작용 효과가 기초 종류에 따라 LNG 저장탱크의 지진응답에 미치는 효과를 분석하였다. 이를 위하여 직경 71m인 LNG 탱크와 기반암 위 점토지반의 깊이가 30m인 지반조건을 고려하였다. 그리고 기초형식으로 네 가지(얕은 기초, 말뚝지지 전면기초, 말뚝기초(지표면 접촉식, 부유식)를 고려하였다. 지반의 비선형성은 자유장 지반에 대하여 등가선형화기법으로 고려되었다. 또한, 말뚝기초의 시공과정에서 발생하는 동다짐 효과에 대해서도 분석하였다. SSI 해석을 위하여 진동수영역 해석프로그램인 KIESSI-3D를 이용하였다. 지반-구조물 상호작용 해석을 통해 LNG 저장탱크의 외조 벽체 쉘의 응력을 구하였다. 해석결과로부터 다음과 같은 결론을 얻을 수 있었다: (1) 얕은 기초에서 외조탱크의 수직응력은 SSI 효과로 인하여 고정기초응답 보다 작았다. (2) 말뚝으로 지지된 기초에서 말뚝으로 인해 기초의 수직강성이 커지고 방사감쇠가 작아질 수 있기 때문에 SSI 응답이 고정기초응답 보다 커질 수 있다. (3) 동다짐 효과는 수직지진에 의한 LNG 저장탱크의 응답에 미치는 영향이 매우 작았다.