원호식;Karl D. Olson;박지석;Ralph S. Wolfe;Dennis R. Hare;Michael F. Summers
Bulletin of the Korean Chemical Society
/
제16권7호
/
pp.649-653
/
1995
Solution-state structure of native F430 was determined by using NMR methods and NMR-based distance geometry (DG) computations. Structures were generated with loose NOE-derived interproton distance restraints (2.0-2.5 Å, 2.0-3.5 Å and 2.0-4.5 Å for strong, medium, and weak NOE cross-peak intensities, respectively). 2D NOESY back-calculations of structures were subsequently carried out for establishing the consistence between experimental data and DG-model structures. The back-calculated 2D NOESY spectra of resulting DG structures were well consistent with experimental 2D NOESY spectra. Superposition of 20 independent structures with macrocyclic ring atoms and all atoms of F430 afforded pairwise root mean square deviations (RMSD) of 0.025-0.125 Å and 0.64-1.3 Å, respectively. The macrocyclic rings of structures are well converged to a unique conformation with saddle-shaped deformation whereas most of side chains are not converged. The average dihedral angle (N1-N2-N3-N4, 27.78±1.50°) of 20 DG-structures exhibits that the macrocyclic ring conformation is puckered as much as 12,13-diepimeric F430 (28.75±4.07°).
The structure of cinmetacin was determined by single crystal X-ray diffraction analysis. The compound was recrystallized from a mixture of acetone and water in orthorhombic, space group $P2_12_12_1$, with Z=4, a=35.681(8), b=9.482(2), c:5.071(1) ${\AA}$, $D_x=1.352 g/cm^3$, and $D_m=1.35g/cm^3$. The structure was solved by direct method and refined by least-squares procedure to the final R value of 0.036 for 1441 observed reflections ($F{\geq}3{\sigma}(F)$). The carboxyl group of the molecule is nearly perpendicular to the indole ring. The dihedral angle between indole ring and phenyl group is $64.5^{\circ}$. The molecules are linked together via O(1)-H ----O(3) hydrogen bonds, and arranged along 2-fold screw axis in the crystal. The intermolecular contacts are the normal van der Waals' forces.
L-alanine (LA, as an amino acid residue) pentamer model was used to investigate changes in the dihedral angle, intramolecular hydrogen bonding and formation energies during structural optimization. LA pentamers having four conformation types [𝛽: 𝜑/𝜓=t-/t+, 𝛼: 𝜑/𝜓=g-/g-, PPII: 𝜑/𝜓=g-/t+ and P-like: 𝜑/𝜓= g-/g+] were carried out by quantum chemical calculations (QCC) [B3LYP/6-31G(d,p)]. In LA, 𝛽, 𝛼, and P-like types did not change by optimization, having an intra-molecular hydrogen bond: NH⋯OC (H-bond), and PPII types in the absence of H-bond were transformed into P-like at the designated 𝜓 of 140°, and to 𝛽 at that of 160° or 175°. P-like and 𝛼 were about 0.5 kcal/mol/mu more stable than 𝛽. In order to understand the processes of the transformations, the changes of 𝜑/𝜓, distances of NH-OC (dNH/CO) and formation energies (𝜟E, kcal/mol/mu) were examined.
International Journal of Advanced Culture Technology
/
제11권2호
/
pp.323-329
/
2023
In this study, Proline pentamer model was used to investigate change in the dihedral angle, intramolecular hydrogen bonding and formation energies during structural optimization. L-Proline (LP, as an imino acid residue) pentamers having four conformation types [β: φ/ψ=t−/t+, α: φ/ψ=g−/g−, PPII: φ/ψ=g−/t+ and Plike: φ/ψ= g−/g+] were carried out by QCC [B3LYP/6-31G(d,p)]. The optimized structure and formation energy were examined for designated structure. In LP, P-like and PPII types did not change by optimization, and β types were transformed into PPII having no H-bond independently of the designated ψ values. PPII was more stable than P-like by about 2.2 kcal/mol/mu. The hydrogen bond distances of d2(4-6) type H-bonds were 1.94 - 2.00Å. In order to understand the processes of the transformations, the changes of φ/ψ, distances of NH-OC (dNH/CO) and formation energies (ΔE, kcal/mol/mu) were examined.
The model based on the idea that the p$_y$-orbital of the carbonyl oxygen is responsible to receiving hydrogen was devised for simulation of intramolecular hydrogen transfer. A Monte Carlo method was applied to free rotation of a molecular chain performed by changing the dihedral angles, and a "hit" was defined as the case when the migrating hydrogen comes within the region defined as the p$_y$-orbital and satisfies all the geometrical requirements for abstraction. A set of parameters was employed for defining the region and the requirements; $\tau$ was defined as the angle formed between O...H vector and its projection on the mean plane of the carbonyl group (- 43$\circ$ < $\tau$ < + 43$\circ$), $\Delta$ as the C=O...H angle (90 -15$\circ$ < $\Delta$ < 90 + 15$\circ$), $\theta$ as the O...H - C angle ( 180 - 80$\circ$< 0 < 180 + 80$\circ$), d as the distance from the center of the lobe of the p$_y$-orbital to hydrogen (0 < d < 1.04 ${\AA}$). The minimum value for the distance between carbonyl oxygen (O$_1$) and the migrating hydrogen (H$_i$) and for that between non-bonded atoms except the pair of O$_1$ and H$_i$ were assumed to be 0.52 ${\AA}$ and 1.54 ${\AA}$, respectively. The apphcation of this model to intramolecular $\beta$-, $\gamma$-, $\delta$-, $\epsilon$-, and $\zeta$-hydrogen abstraction in ketones and $\eta$- and $\theta$- proton transfer in oxoesters gave good results reflecting their photochemical behavior. The model was also used for prediction of photoreactivities of 2-(N,N-dibenzylamino)ethyl 2-, 3- and 4-benzoylbenzoate (1a - c). (1a - c).
The geometrical shape of a plow bottom may be the most important factor affecting the performance of a plow for a given soil and operating conditions. There are various designs of the Jaenggi (Korean plow) available commercially, which may be different from each other and from the plow (Western plow) in respect to the shape and performance. This study was intended to investigate the geometrical characteristics of Jaenggi. The coordinate digitizer equipped with 3 potentiometers was designed and manufactured for measurement of the shape of curved plane of moldboard and share. The digitizer was connected to a microcomputer having the data acquisition system. This device was used to analyze the plow bottoms of 5 differently-made Jaenggis and one cylindrical plow. The results of the study are summarized as follows: 1. It was possible to measure easily and quickly the curved plane of plow bottom and to plot the view on three major plans using the coordinate digitizer electrically connected to a microcomputer system. 2. The shape of five Jaenggi bottoms analyzed could be characterized by the cutting angle having the range of $33-42^{\circ}$, the maximum share-lift angle of $41-50^{\circ}$, and the setting angle of moldboard wing of $46-70^{\circ}$. The most critical difference of the shape factors between the Jaenggi and the plow was found in the maximum share-lift angle, the former was more than twice as much as the latter. 3. The analysis of the shape of Jaenggi bottoms showed that the share projections on 3 major plans had a varied triangle, which was quite different from that of plow bottom. Especially, it was analyzed that the shape of furrow slice for the Jaenggi had a skewed rectangle, leaving a considerable height of the ridge at the furrow bottom. 4. The dihedral angle was similar range of $30-85^{\circ}$ for the all bodies investigated, but the directional angle was somewhat different from each other. The difference in directional angle was $5^{\circ}$ for the plow, $20^{\circ}$ for the Jaenggi A and $30^{\circ}$ for the Jaenggi B. 5. Area of the spherical representation region was 0.0328 for the plow, 0.1194 for the Jaenggi A and 0.1716 for the Jaenggi B. This may indicate that the plow came close to a working surface and the Jaenggi A and the Jaenggi B departed from a working surface to a somewhat greater extent.
Kim, Young-Sang;Ko, Jae-Jung;Kang, Sang-Ook;Kim, Tae-Jin;Han, Won-Sik;Suh, Il-Hwan
한국결정학회지
/
제16권2호
/
pp.102-106
/
2005
The crystal structure of the title compound has been analyzed by single crystal X-ray diffraction method. The compound crystallized in the triclinic space group $P\bar{1}$ with a=11.300(6) ${\AA}$, c=18.716(10) ${\AA}$, ${\alpha}=82.833(10)^{\circ}$, ${\beta}=83.042(11)^{\circ}$, ${\gamma}=66.139(10)^{\circ}$, $V=2162(2)\;{\AA}^{3}$, Z=2 and R1=0.661 for 10578 unique reflections. The four $C_{5}Me_{5}$ planar groups from a tetrahedron with a mean dihedral angle $70.92(9)^{\circ}$ among them and the $Ti_{4}O_{6}$ cage sits at the center of the tetrahedron. Each Ti atom in the $Ti_{4}O_{6}$ cage is bonded by three bridging oxygen atoms and coordinated by a $C_{5}Me_{5}$ ligand with a mean distance $2.067{\AA}$ from Ti atoms to the centroids of the four five-membered rings. Two oxygen atoms facing each other in $Ti_{4}O_{6}$ cage are $4.051(3){\AA}$ away in average.
Agarwal, Shalu;Hossain, Anwar Md.;Choi, Young-Seop;Cheong, Minserk;Jang, Ho Gyeom;Lee, Je Seung
Bulletin of the Korean Chemical Society
/
제34권12호
/
pp.3771-3776
/
2013
1-Alkyl-3-methylimidazolium chloride-LiCl melts were prepared from the reaction of 1-alkyl-3-methylimidazolium chloride ([RMIm]Cl; R=allyl or n-butyl) and lithium chloride, and their ability to dissolve cellulose was evaluated. The solubility of cellulose was greatly increased to 320% when [RMIm]Cl was replaced by [RMIm][$LiCl_2$]. Dissolved cellulose in LiCl/[RMIm]Cl melts was successfully regenerated by adding water and LiCl/[RMIm]Cl melts were easily recovered by removing water. As supported by the computational results, the higher solubility of cellulose in [RMIm][$LiCl_2$] can be ascribed to the increased bond distance between anion and C(2)-H of the imidazolium ring compared with that in [RMIm]Cl, thereby resulting in the increased interaction between $[LiCl_2]^-$ and the hydroxyl groups of cellulose.
Various flyers in nature have attracted great interests with a recent need for developing versatile and small-size flight vehicles. In the present study, we focus on the flying fish which has been observed to glide a long distance just above a seawater surface. Since previous studies have depended on the field observation or measurement of the physical parameters only, quantitative data of the flying fish flight has not been provided so far. Therefore, we evaluate the wing performance of the flying fish in gliding flight by directly measuring the lift, drag and pitching moment on real flying fish models (Cypselurus hiraii) in a wind tunnel. In addition, we investigate the roles of wing morphology like the enlarged pectoral and pelvic fins, and lateral dihedral angle of pectoral fins. With both the pectoral and pelvic fins spread, the lift-to-drag ratio is larger and the longitudinal static stability is enhanced than those with the pelvic fins folded. From the glide polar, we find that the wing performance of flying fish is equivalent to those of medium-size birds like the petrel, hawk and wood duck. Finally, we examine the effect of water surface underneath the flying fish and find that the water surface reduces the drag and increases the lift-to-drag ratio.
The remeshing is a method to replace a distorted mesh by a new mesh without interrupting the finite element calculation. The remeshing procedure in this paper refers to the rezoning, for which a sm oothing process is developed to alleviate the distortions of mesh. In the paper, an automatic finite element rezoning system with tetrahedral elements for large deformation analysis has been developed. Our smoothing process is composed of two steps, a surface smoothing and a volume smoothing. In the surface smoothing, checking the dihedral angle and projection on surface patch reduced the change of shape and nodes penetrating die. The constrained Laplacian smoothing has been employed for the volume smoothing process. The state variables are mapped from old mesh to new mesh by using volume coordinates within a tetrahedral element. All these procedures have been linked to the NIKE3D program As illustrated in the examples the overall strategy ensures a robust and efficient rezoning scheme for finite element simulation of metal-forming processes.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.