• 제목/요약/키워드: Developing Sequence

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한국인 인면역결핍 바이러스의 V3 Loop 염기서열 분석 및 계통발생학적 분석 (Sequence and Phylogenetic Analysis of V3 Region of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Strains Isolated from Korean Patients)

  • 김영봉;조영걸;이희정;정구헌;김정우;김유겸;양재명
    • 대한바이러스학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.251-258
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    • 1996
  • The V3 loop, a hypervariable domain of envelope glycoprotein, has an essential role in viral infectivity and has a major epitope for type-specific neutralizing antibody. In order to investigate genetic diversity of V3 region of gp120 of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolated from Korean patients, DNA sequences encoding the C2 to V3 region were amplified by nested polymerase chain reaction (PCR) from uncultured peripheral blood mononuclear cells obtained from 15 HIV-1 seropositive patients and nucleotide sequences were determined. All nucleotide sequences from fifteen patients were compared with 8 distinctive subtypes (A-H) and another subtype O. Phylogenetic analysis was carried out with PHYLIP ver 3.5 (Dnapars) program. Of the 15 isolates, 14 HIV-1 subjects were clustered with subtype B, while one was clustered with subtype C. Intra-subtype B distance at the nucleotide and deduced amino acid level were maximum 17.7% and 37.0%, respectively. Intra-patient distance at the nucleotide and deduced amino acid level were maximum 7.3% and 17.8%, respectively. Analysis of the nucleotide sequences revealed that Korean types have relatively well conserved sequences. These findings could be useful for assessing the source of infection and developing an AIDS vaccine.

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효과적인 혼합현실 장면 생성을 위한 고속의 광원 추정 기법 (Fast Light Source Estimation Technique for Effective Synthesis of Mixed Reality Scene)

  • 신승미;서웅;임인성
    • 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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    • 제22권3호
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    • pp.89-99
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    • 2016
  • 혼합현실 응용의 제작에 있어 중요한 요소 중의 하나는 현실 세계에서의 주변광 정보를 분석하여 효과적으로 영상 합성에 적용하는 것이다. 특히 대화식 응용을 구현하기 위해서는 동적으로 변화하는 주변광을 실시간 처리를 통하여 빠르게 렌더링 결과에 반영하는 것이 중요하다. 기존의 관련 방법들은 주로 사실적인 영상생성을 목표로 하기 때문에 너무 많은, 예를 들어, 2의 거듭제곱 수로 증가하는, 광원지점을 찾거나 대화식 응용에 적합하지 않은 복잡도를 가져 이에 적용하기가 적합하지 않다. 본 논문에서는 어안 렌즈를 장착한 카메라로부터 실시간으로 입력되는 동영상 이미지를 분석하여 주요 광원을 고속으로 찾아주는 광원 추정 방법을 제안한다. 기존의 방법과는 달리 사용자가 지정한 개수 정도의 주요 광원을 고속을 찾아주어, 퐁의 조명모델 기반의 직접 조명효과 생성뿐만 아니라, 면적 광원에 대한 광원 샘플링을 통한 부드러운 그림자 생성에도 활용할 수 있다.

영양사 직무기술서 작성 연구 (Analysis and Framing of Dietitian's of Description)

  • 문현경;이애랑;이영희;장영주
    • 대한영양사협회학술지
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    • 제7권1호
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    • pp.87-104
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    • 2001
  • This study was conducted as a part of the project developing the standards of national board test for the dietitian's licence. The purpose of this study was to define the job description of dietitians, and to describe the task elements based on the detailed analysis of the dietitians' work. This study team established the research team which was composed of food and nutrition experts, 7 of registered dietitians and 3 of university professors. Draft job description form was made to fully explain the dietitians' task elements, process and sequence by the research team. Final job description form was confirmed after the validity of 576 task elements was reevaluated upon 4 point scale test based on the frequency, importance, and difficulty by 21 field registered dietitian by the study team. It was also confirmed by the university. This form was formated by following DACUM method which analyzed the job description containing duty, task and task elements. It was organized to include every dietitians' work and to describe the every detailed process of work. Duty was defined as the specific and independent work as a dietitian, and was composed of 17 parts, i.e 10 parts in food supply management area and 6 parts in nutritional care service area and self promotion area. Duties were also divided into 99 tasks containing the 576 detailed task elements to describe definite action, steps and decisions. Seventeen parts are following; menu planning, storage and inventory control, food production, meal service, waste management, sanitation, equipment and facility management, human resource management, financial management, nutrition assessment of life cycle, nutritional assessment of several disease, nutritional assessment in specific condition, medical nutrition therapy, nutritional education, public health nutrition and self promotion. If these protocols are properly performed and presented, they can provide the likelihood that dietetics professionals work as a primary contributors in promoting health care and preventing disease nationally.

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V2I 통신환경을 활용한 연동교차로 교통신호 실시간 제어 연구 (Development of Real-time Traffic Signal Control Strategy for Coordinated Signalized Intersections under V2I Communication Environment)

  • 한음;윤일수;이상수;장기태;박병규
    • 한국ITS학회 논문지
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    • 제17권3호
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    • pp.59-71
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    • 2018
  • 본 연구에서는 V2I 통신환경 하에서 수집되는 개별 차량 정보를 활용하여 연동교차로의 교통상황에 대응할 수 있는 실시간 교통신호 제어 알고리즘을 개발하였다. 본 연구에서 개발된 알고리즘은 매 초 간격으로 V2I 통신환경에서 수집되는 차량 정보를 가공 처리하여 연동교차로 교통신호 제어에 필요한 현시 그룹 길이, 현시 길이, 현시 순서 등을 결정할 수 있다. 개발된 연동교차로 교통신호 제어 알고리즘의 효과 평가를 위해 미시교통시뮬레이션 모형인 VISSIM을 이용하였다. 다양한 교통조건 하에서 기존 정주기식 연동 교통신호 제어 방식과 개발된 알고리즘의 성능을 비교한 결과, 개발된 알고리즘의 성능이 우수한 것으로 확인되었다.

하멜을 이용한 모바일 디지털 스토리텔링 (Mobile digital storytelling using Hamel)

  • 고석하;임지훈;김성백;문혜경;현정석
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2006년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.172-175
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    • 2006
  • "하멜"은 제주와 조선을 유럽에 최초로 알린 인물이라는 학술적 가치를 가지고 있지만, 도서를 제외한 디지털 콘텐츠의 개발은 전무한 상태이다. 본 논문에서는 이러한 "하멜" 캐릭터를 이용하고 제주의 문화를 소재로 하여, PDA의 장점인 휴대성, 멀티미디어 이용 등을 바탕으로 한 교육용 게임 콘텐츠를 제작하였다. 원시적인 점수 쌓기 게임 형식에서 탈피하여 게임 공간과 "하멜" 캐릭터의 인터렉션에 따른 다양한 시나리오를 가지는 형태로, 지역문화와 사이버 공간을 접목시키는 디지털 스토리텔링의 구조를 띈다. 게임을 통해 학습을 하는 방법에 있어 제주 특유의 문화 콘텐츠를 활용한 퀴즈, 십자 퍼즐, 순서 맞추기, 틀린 그림 맞추기, 조각 퍼즐 등의 게임을 이용하였다. 이러한 콘텐츠들은 각기 모듈화된 설계를 통해 각각의 모듈이 독립적 역할을 수행하여 약간의 조정만으로도 제주 외의 다른 지역의 콘텐츠를 이용하여 시리즈 형식의 무한한 게임 콘텐츠 제작이 가능하도록 설계하였다.

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단백질 시퀀스와 가중치 스트링에 대한 탐색 알고리즘 (Searching Algorithms for Protein Sequences and Weighted Strings)

  • 김성권
    • 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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    • 제29권8호
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    • pp.456-462
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    • 2002
  • 단백질 시퀀스처럼 가중치를 가지는 스트링에 대한 탐색 알고리즘을 개발한다. ${\sum}$를 알파벳이라 하고 모든 $a{\in}{\sum}$에 대해서 무게 ${\mu}(a)$가 주어진다고 하자. 스트링 $A=a_1a_2…a_n\; 에서 (단, 모든 ai{\in}{\sum})$, 서브스트링 $A(i.j)=a_ia_{i+1}…a_j$로 정의하면, 이것의 무게는 ${\in}(A(i.j))={\in}(a_i)+{\in}(a_i+1)+…+{\in}(a_j)$가 된다. 다루고자하는 문제는 스트링 A를 사전 처리하여 탐색 자료구조를 만드는데, 이 자료구조는 나중에 질문 무게 M이 주어진 경우, $M={\in}(A(i,j))$인 서브스트링 A(i,j)가 있는가 라는 질문에 응답하는데 사용된다. 본 논문에서는 기존의 결과를 향상시키는 알고리즘을 제시한다. 기존의 알고리즘의 경우 O(n) 만큼의 메모리를 사용하는 탐색 자료구조를 이용하여 $0(\frac{nlog\;logn}{log\; n})$ 시간에 질문응답을 하였으나, 본 논문의 알고리즘은 질문 응답시간은 그대로 유지하면서 메모리만 $0(\frac{n}{log\; n})$으로 줄인다.

문제해결력 신장을 위한 전략 지도 방안 (Teaching Strategies for Developing Problem Solving Abilities)

  • 남승인
    • 한국초등수학교육학회지
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    • 제1권1호
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    • pp.67-86
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    • 1997
  • 본 연구의 목적은 문제 해결력을 신장시키기 위해 해결 전략과 각 전략별 문제의 유형을 살펴보고, 전략 지도를 위한 구체적인 방안을 모색하는 데 있다. 전략의 지도 계열은 사용하기 쉬운 전략부터 사용하기 어려운 전략의 차례로, 또 전략 습득에 소요되는 시간이 적은 것부터 많은 것의 차례로 지도하는 것이 바람직하다. 또한, 전략의 습득 지도를 위한 문제는 그 전략의 간편함과 우수함을 알 수 있어야 하고 기존의 지식과 기능으로 해결할 수 있어야 하며, 학생들이 흥미를 느낄 수 있는 문제가 제시되어야 할 것이다. 그리고, 전략의 응용 및 심화ㆍ발전시키기 위해서는 동일한 문제를 여러 가지 전략을 이용하여 해결한 후 각 전략의 특성을 분석ㆍ비교해 보는 기회가 필요하며, 좀 더 복잡한 문제 장면으로 확대ㆍ적용해 보는 기회가 필요하다.

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Development of Fluidigm SNP Type Genotyping Assays for Marker-assisted Breeding of Chili Pepper (Capsicum annuum L.)

  • Kim, Haein;Yoon, Jae Bok;Lee, Jundae
    • 원예과학기술지
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    • 제35권4호
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    • pp.465-479
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    • 2017
  • Chili pepper (Capsicum annuum L.) is an economically important horticultural crop in Korea; however, various diseases, including Phytophthora root rot, anthracnose, powdery mildew, Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mild mottle virus (PMMoV), and Pepper mottle virus (PepMoV), severely affect their productivity and quality. Therefore, pepper varieties with resistance to multiple diseases are highly desired. In this study, we developed 20 SNP type assays for three pepper populations using Fluidigm nanofluidic dynamic arrays. A total of 4,608 data points can be produced with a 192.24 dynamic array consisting of 192 samples and 24 SNP markers. The assays were converted from previously developed sequence-tagged-site (STS) markers and included markers for resistance to Phytophthora root rot (M3-2 and M3-3), anthracnose (CcR9, CA09g12180, CA09g19170, CA12g17210, and CA12g19240), powdery mildew (Ltr4.1-40344, Ltr4.2-56301, and Ltr4.2-585119), bacterial spot (Bs2), CMV (Cmr1-2), PMMoV (L4), and PepMoV (pvr1 and pvr2-123457), as well as for capsaicinoids content (qcap3.1-40134, qcap6.1-299931, qcap6.1-589160, qdhc2.1-1335057, and qdhc2.2-43829). In addition, 11 assays were validated through a comparison with the corresponding data of the STS markers. Furthermore, we successfully applied the assays to commercial $F_1$ cultivars and to our breeding lines. These 20 SNP type assays will be very useful for developing new superior pepper varieties with resistance to multiple diseases and a higher content of capsaicinoids for increased pungency.

Eco-toxicogenomics Research with Fish

  • Park, Kyeong-Seo;Kim, Han-Na;Gu, Man-Bock
    • Molecular & Cellular Toxicology
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    • 제1권1호
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    • pp.17-25
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    • 2005
  • There are some critical drawbacks in the use of biomarkers for a global assessment of the toxicological impacts many chemicals and environmental pollutants have, primarily due to an individual biomarker's specificity for an explicit chemical or toxicant. In other words, the biomarker-based assessment methodology used to analyze toxicological effects lacks a high-throughput capability. Therefore, eco-toxicogenomics, or the study of toxicogenomics with organisms present within a given environmental locale, has recently been introduced with the advent of the so-called "-omics" era, which began with the creation of microarray technologies. Fish are comparable with humans in their toxicological responses and thus data from toxicogenomic studies performed with fish could be applied, with appropriate tools and implementation protocols, to the evaluation of environments where human or animal health is of concern. At present, there have been very active research streams for developing expression sequence tag (EST) databases (DBs) for zebra fish and rainbow trout. Even though few reports involve toxicogenomic studies with fish, a few groups have successfully fabricated and used cDNA microarrays or oligo DNA chips when studying the toxicological impacts of hypoxia or some toxicants with fish. Furthermore, it is strongly believed that this technology can also be implemented with non-model fish. With the standardization of DNA microarray technologies and ample progress in bioinformatics and proteomic technologies, data obtained from DNA microarray technologies offer not only multiple biomarker assays or an analysis of gene expression profiles, but also a means of elucidating gene networking, gene-gene relations, chemical-gene interactions, and chemical-chemical relationships. Accordingly, the ultimate target of eco-toxicogenomics should be to predict and map the pathways of stress propagation within an organism and to analyze stress networking.

Expression analysis of ciliary rootlet coiled coil protein mRNA during Xenopus development

  • Rahman, Md. Mahfujur;Kim, In-Shik;Ahn, Dong-Choon;Cho, Ho-Seong;Kim, Won-Il;Kim, Bumseok;Shin, Gee-Wook;Kwon, Jungkee;Akanda, Rashedunnabi;Park, Byung-Yong
    • 대한수의학회지
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    • 제55권3호
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    • pp.181-184
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    • 2015
  • Ciliary rootlet coiled coil protein (CROCC), the structural component that originates from the basal body at the proximal end of the ciliary rootlet, plays a crucial role in maintaining the cellular integrity of ciliated cells. In the current study, we cloned Xenopus CROCC and performed the expression analysis. The amino acid sequence of Xenopus laevis was related to those of Drosophila, cow, goat, horse, chicken, mouse and human. Reverse transcription polymerase chain reaction analysis revealed that CROCC mRNA encoding a coiled coil protein was present maternally, as well as throughout early development. In situ hybridization indicated that CROCC mRNA occurred in the animal pole of embryo during gastrulation and subsequently in the presumptive neuroectoderm at the end of gastrulation. At tailbud stages, CROCC mRNA expression was localized in the anterior roof plate of the developing brain, pharyngeal epithelium connected to gills, esophagus, olfactory placode, intestine and nephrostomes of the pronephric kidney. Our study suggests that CROCC may be responsible for control of the development of various ciliated organs.