• BMB Reports
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• 제56권5호
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• pp.265-274
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• 2023

Defects in DNA double-strand break (DSB) repair signaling permit cancer cells to accumulate genomic alterations that confer their aggressive phenotype. Nevertheless, tumors depend on residual DNA repair abilities to survive the DNA damage induced by genotoxic stress. This is why only isolated DNA repair signaling is inactivated in cancer cells. DNA DSB repair signaling contributes to general mechanism for various types of lesions in diverse cell cycle phases. DNA DSB repair genes are frequently mutated and amplified in cancer; however, limited data exist regarding the overall genomic prospect and functional result of these modifications. We list the DNA repair genes and related E3 ligases. Mutation and expression frequencies of these genes were analyzed in COSMIC and TCGA. The 11 genes with a high frequency of mutation differed between cancers, and mutations in many DNA DSB repair E3 ligase genes were related to a higher total mutation burden. DNA DSB repair E3 ligase genes are involved in tumor suppressive or oncogenic functions, such as RNF168 and FBXW7, by assisting the functionality of these genomic alterations. DNA damage response-related E3 ligases, such as RNF168, FBXW7, and HERC2, were generated with more than 10% mutation in several cancer cells. This study provides a broad list of candidate genes as potential biomarkers for genomic instability and novel therapeutic targets in cancer. As a DSB related proteins considerably appear the possibilities for targeting DNA repair defective tumors or hyperactive DNA repair tumors. Based on recent research, we describe the relationship between unstable DSB repairs and DSB-related E3 ligases.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제48권2호
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• pp.163-172
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• 2024

Background: Fruit bats are natural carriers of Nipah virus (NiV). The primary objective of this study is to identify potential reservoir species in a selected geographic regions. It is necessary to determine an accurate species identification of the associated reservoir bat species distributed in a specific region. Results: In this study, we collected 20 different bat specimens from the NiV-prone area of the Kushtia district. Among these, 14 were tissue samples (BT-1-14) and six were fecal samples (BF-1-6). We used the mitochondrial gene cytochrome b, one of the most abundant and frequently used genetic markers, for polymerase chain reaction amplification and sequencing. Out of the 20 samples, 12 tissue samples and 2 fecal samples were successfully amplified and sequenced. However, two tissue samples and four fecal samples yielded chimeric sequences, rendering them unsuitable for annotation. The sequences of the successfully amplified samples were compared to those deposited in the National Center for Biotechnology Information database using basic local alignment search tool to identify the bat specimen collected. The study identified six different bat species using both morphological and genetic data, which may carriers of the NiV. Conclusions: Our results suggest that additional research should be conducted to gather more information on fruit bats from different localities across the country. The study contributes to the establishment of appropriate measures for NiV carrying disease control and management.

• 한국지반환경공학회 논문집
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• 제19권10호
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• pp.13-19
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• 2018

2016년 경주지진에 이어 2017년에도 포항지진이 발생하여 우리나라 동남권 지역이 지진의 위협을 받고 있는 실정이다. 특히, 포항지진에서는 연안의 퇴적지반에서 액상화 현상이 발생하여 이에 대한 대책 마련이 크게 중요시되고 있다. 지반 액상화는 지표면 위의 구조물뿐만 아니라 지중의 시설에 대해 직접적인 영향을 줄 수 있기 때문에 발생 가능한 지진에 대한 시설물의 액상화 위험도를 파악하여 이에 대한 대책을 마련할 필요가 있다. 이 연구에서는 최근 국내에서 지진이 발생한 동남권 지역의 전력구를 대상으로 지진 시 액상화 위험도를 평가하였다. 이때, 발생 가능한 지진은 재현주기 1,000년으로 고려하였으며 지진 시 액상화 위험도는 액상화 발생가능성 지수를 통해 검토하였다. 액상화 위험도 분석은 2단계로 진행되었으며 1단계에서는 동남권 전력공동구 설치위치의 지반조사자료를 토대로 액상화 발생 가능성 지수를 산정하여 액상화 위험도를 분석하였다. 이때, 지반 내 증폭현상은 지반종별 지반증폭계수를 통해 고려되었다. 2단계 위험도 분석은 1단계 분석에서 액상화 발생 가능성이 매우 높게 판정된 전력구 주변의 시추공 정보를 바탕으로 지진응답해석을 수행하고 이를 토대로 액상화 발생 가능성 지수를 재산정하여 지진 시 액상화 위험도를 재분석하였다. 이때, 이용된 지반조사자료는 국토지반정보 통합DB센터의 자료이며 지진응답해석에서는 3가지의 실지진 가속도 시간이력곡선을 이용하였다. 연구결과, 국내 지중 시설물에 대한 액상화 위험도 평가를 1단계 광역기반의 액상화 위험도 평가를 수행하고 2단계 평가에서는 1단계 평가에서 위험한 곳으로 평가된 지역에 대해서 지진응답해석을 동반한 위험도 평가를 재수행하는 것이 매우 합리적이고 유효적절한 것으로 나타났다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제22권4호
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• pp.307-315
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• 2004

목적: 한국인은 젊은 여성 유방암의 비율이 높으며 저자들의 선행 연구에서 HER-2/neu 과발현이 백인에 비해 높았으며 나쁜 예후 인자였다. 이 환자들을 대상으로 COX-2 발현의 비교와 HER-2/neu 과발현의 관계를 비교하고 한국인에서 COX-2의 예후인자로서의 역할을 알아보기 위해 이 연구를 시행하였다. 대상 및 방법: 45세 이하의 한국인 여성 유방암 환자와 같은 나이의 백인 여성 환자 60명의 파라핀 포매조직을 이용하여 COX-2 염색을 시행하였다. COX-2 발현을 판독하고 한국인과 백인의 발현 비율을 비교하였다 그리고 한국인 환자의 추적 검사 결과와 COX-2를 관계를 조사하여 예후인자로서의 역할을 연구하였다. 결과: 판독이 가능한 전체 환자의 COX-2 발현 비율은 $27.6\%$이었으며 한국인은 $37.9\%$37.9%, 백인은 $20.8\%$로 한국인 젊은 여성의 비율이 다소 높았으나 통계적인 유의성은 없었다(p=0.090). 전체 환자의 COX-2 발현과 HER-2/neu 과발현의 상관 관계는 발견하지 못하였지만 에스트로겐 수용체 음성과 COX-2 발현은 통계적으로 유의한 관계가 있었다. (p=0.046) COX-2 양성의 5년 무병 생존율은 $67.9\%$로 COX-2 음성의 $81.6\%$에 비해 낮았으나 통계적인 유의성이 없었다(p=0.3607). 결론: 젊은 여성 유방암 환자에서 한국인과 백인간의 COX-2 발현 비율의 차이는 통계적으로 유의하지 않았으며 HER-2/neu 과발현과의 관련성도 없었으며 예후와의 관련성도 통계적으로 유의하지 않았고 에스트로겐 수용체 음성과의 관련성은 있었다. COX-2 발현과 다른 임상적 병리적 인자와의 관계나 예후인자로서의 역할을 찾기 위해 보다 많은 환자를 대상으로 한 연구가 필요하며 COX-2 발현에 따라 방사선치료가 예후에 미치는 영향에 관한 연구도 필요하다.

• 지구물리와물리탐사
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• 제16권3호
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• pp.190-195
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• 2013

화천 지진관측소의 시추주상도와 56일간 기록한 상시미동자료 및 3개 원거리 지진이벤트($M_w{\geq}6.0$)를 이용하여 천부 횡파속도(${\nu}_s$)를 구하였다. 지표에서 기록한 상시미동자료의 수평성분/수직성분 스펙트럼비로부터 10 m 두께의 토양층의 ${\nu}_s$(${\nu}^s_s$= 296 m/s)를 결정하였다. 지표로부터 시추공 센서가 설치된 96 m 깊이까지의 평균 ${\nu}_s$($\bar{\nu}_s$= 1,309 m/s)는 3개의 원거리 지진이벤트를 지표 및 시추공 센서로 기록한 자료들의 스펙트럼 상관도로 계산하였다. 이렇게 계산한 ${\nu}^s_s$와 $\bar{\nu}_s$값을 이용하여 계산한 기반암의 ${\nu}_s$는 2,150 m/s이며, 30 m까지의 평균 ${\nu}_s$는 696 m/s이다. 화천 관측소 부지는 비교적 양호한 것으로 판단되며, 이 연구를 통해 구해진 천부 ${\nu}_s$는 향후 지반의 부지증폭효과 및 지진재해의 정량적 평가에 활용될 수 있다.

• 한국지리정보학회지
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• 제19권4호
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• pp.17-35
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• 2016

지진으로 인한 재난은 지반운동의 증폭과 관련된 부지효과의 차이로 인해 흔히 견고한 토사나 암반에 비해 연약한 토사 지역에서 심하게 나타나고 있다. 지역적 관점에서 이러한 차이는 대상 영역 전체의 토사 지층 분포의 예측을 통해 우선 파악할 수 있다. 토사는 대개 내륙에 비해 강이나 해안 주변에서 두껍게 발달하고 있다. 본 연구에서는 해안 대도시 인천을 대상으로 부지효과를 평가하고 지진재해 정보를 제공하고자, 연구 영역 전체의 지반지층에 대해 GIS 기반의 공간예측을 수행하였다. 약 7,000 여공의 기존 시추조사 자료를 수집하여 GIS DB로 구축하였으며, 추가적으로 현장답사를 통해 지표지반 자료들을 확보하였다. 구축된 지반 DB를 토대로 부지고유 지진응답 매개변수들에 관한 공간구역화 지도들을 지역 지진대책에서의 활용을 위해 제시하였다. 지반지진공학 매개변수별 공간 구역화 수행을 통해 인천 확장영역의 지진위험도를 평가하고, 부지분류 구역정보를 도출함으로써 내진설계의 부지증폭계수를 결정하였다. 이 때 대상 영역 전체에 걸쳐 부지분류에 관한 공간구역화를 부지응답 매개변수별로 수행하고 각 매개변수별 공간분포를 비교하였다. 이에 따라 인천 행정 단위별로 부지주기의 공간구역화를 수행하였으며, 지반지진공학적 취약부지를 평가함으로써 해안 대도시에서의 지진재해 저감을 위한 의사결정 지원의 활용가능성을 확인하였다.

• Ocean and Polar Research
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• 제30권4호
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• pp.453-466
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• 2008

In order to examine the generation mechanism of long ocean waves along the west coast of Korea and to understand the amplification process of the long ocean waves, sea level, atmospheric pressure and wind data observed every minute from 2007 March 29 to 2007 April 1 were analyzed and onedimensional numerical ocean model experiments were performed. An atmospheric pressure jump propagated southeastward from Backryungdo to Yeonggwang along the west coast of Korea with speed of $13{\sim}27\;m/s$ between 2007 March 30 23:00 and 2007 April 1 1:30. Average magnitude of pressure jump was 4.2 hPa. As a moving atmospheric jump propagated from north to south along the coast, long ocean waves were generated and the sea level abnormally rose or fell at Anheung, Kunsan, Wido and Yeonggwang. Average amplitude of sea level rise (or fall) was about 113.6 cm. In a one-dimensional numerical ocean model, nonlinear shallow water equations were numerically integrated and a moving atmospheric pressure jump with traveling speed of 24 m/s was used as an external force. While the atmospheric pressure jump travels over 60 m depth ocean, a long ocean wave is generated. Because the propagation speed of the atmospheric jump is almost equal to that of the long ocean wave, Proudman resonance occurs and the long ocean wave amplifies. As the atmospheric pressure jump moves into the coastal area shallower than 60 m, the speed of the long ocean wave decreases and Proudman resonance effect decreases. However, the amplitude of the long ocean wave increases and wave length becomes shorter because of shoaling effect. When the long ocean wave hits the land boundary, amplitude of the long ocean wave drastically amplifies due to reflection. Data analysis and numerical experiments suggest that the southeastward propagation of an atmospheric pressure jump over the shallow ocean, which is a necessary condition for Proudaman resonance, generated the long ocean waves along the west coast of Korea on 2007 March 31 and the ocean waves amplified due to shoaling effect in the coastal area and reflection at the shore.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권7호
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• pp.2745-2749
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• 2015

Objective: To study the PLCE1 gene rs2274223 polymorphism with regard to esophageal cancer and its interaction with diet, lifestyle, psychological and environmental factors in Southwest Shandong province. Materials and Methods: A case series study (case-case) was conducted. Questionnaire data were collected and 3 ml-5ml venous blood was drawn for DNA extraction among the qualified research subjects. PLCE1 gene polymorphism was detected after PCR amplification of DNA. SPSS 13.0 software was used for statistical analysis of the data. Results: The three genotypes A/A, A/G and G/G PLCE1 gene rs2274223 was 31, 16 and 4 cases, accounting for 60.8%, 31.4%, 0.08% respectively. The difference of three genotypes (AA/GA/GG) proportion between negative and positive family history of patients was statistically significant, ${\chi}^2=6.213$, p=0.045. There was no statistically significant relationship between PLCE1 gene rs2274223 polymorphism and smoking, drinking, ${\chi}^2=0.119$, p=0.998, and ${\chi}^2=1.727$, p=0.786. There was no linkage of the three rs2274223 PLCE1 gene genotypes (AA/GA/GG) proportion with eating fried, pickled, hot, mildew, overnight, smoked, excitant food, eat speed, salt taste or not (p>0.05). or with living environment pollution and nine risk factors of occupational exposure (p>0.05). There was no statistically significant difference in TS scores between different genotype of rs2274223 PLCE1 gene. Conclusions: The PLCE1 rs2274223 polymorphism has a relationship with family history of esophageal cancer, but does not have any significant association with age, gender, smoking, alcohol drinking, food hygiene, eating habits, living around the environment and occupation in cases.

• 한국지진공학회논문집
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• 제11권1호
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• pp.45-57
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• 2007

미국 서부 지역을 근간으로 도출된 30m 심도까지의 평균 전단파속도(Vs30)는 부지 증폭 정도에 따른 설계 지진 지반 운동 결정을 위한 현행 지반 분류 기준이다. 부지의 Vs30을 산정하기 위해서는 현장탄성파 시험으로부터 적어도 30m 심도까지의 전단파 속도(Vs) 분포를 획득해야 한다. 그러나 많은 경우에서 현장의 불리한 여건 및 적용 시험 기법의 제한으로 인해 Vs분포 결정 심도가 30m에 이르지 못할 수 있다. 본 연구에서는 국내 총 72개소 부지들에서 다양한 탄성파 시험 수행을 통해 30m 이상 심도까지 Vs 분포를 획득하여 Vs30과 30m보다 얕은 심도까지의 평균 전단파속도(VsDs)들을 산정하고, 이로부터 Vs30과 VsDs간의 상관관계를 도출하였다. 또한, 모든 Vs 분포 자료의 평균에 근거한 형상 곡선을 작성하여 Vs 분포를 얕은 심도부터 30m까지 외삽할 수 있는 기법을 개발하였다. 얕은 심도 Vs 분포로부터의 Vs30 산정을 위하여 VsDs와 형상 곡선을 이용하는 두 기법은 최하단 Vs를 30m 심도까지 동일하게 연장하는 단순 기법에 비해 편향 정도가 적었으며, 특히 최소 10m 이상 심도까지 확보된 Vs분포의 경우 유용하게 적용될 수 있을 것으로 보인다.

• Ocean and Polar Research
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• 제26권3호
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• pp.439-451
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• 2004

Total solar irradiance (750), total UV irradiunce (TUV) and erythemal UV irradiance (EUV) measured at King Sejong station $(62.22^{\circ}S,\;58.78^{\circ}W)$ in west Antarctica have been used together with total ozone, cloud amount and snow cover to examine the effects of ozone, cloud and snow surface on these surface solar inadiunce over the period of 1998-2003. The data of three solar components for each scan were grouped by cloud amount, n in oktas $(0{\leq}n<3,\;3{\leq}n<4,\;4{\leq}n<5,\;5{\leq}n<6,\;6{\leq}n<7\;and\;7{\leq}n<8)$ and plotted against solar zenith angle (SZA) over the range of $45^{\circ}\;to\;75^{\circ}$. The radiation amplification factor (RAE) is used to quantify ozone effect on EUV. RAF of EUV decreases from 1.51 to 0.94 under clear skies but increases from 0.94 to 1.85 under cloudy skies as SZA increases, and decreases from 1.51 to 1.01 as cloud amount increases. The effects of cloud amount and snow surface on EUV are estimated as a function of SZA and cloud amount after normalization of the data to the reference total ozone of 300 DU. In order to analyse the transmission of solar radiation by cloud, regression analyses have been performed for the maximum values of solar irradiance on clear sky conditions $(0{\leq}n<3)$ and the mean values on cloudy conditions, respectively. The maximum regression values for the clear sky cases were taken to represent minimum aerosol conditions fur the site and thus appropriate for use as a normalization (reference) factor for the other regressions. The overall features for the transmission of the three solar components show a relatively high values around SZAs of $55^{\circ}\;and\;60^{\circ}$ under all sky conditions and cloud amounts $4{\leq}n<5$ and $5{\leq}n<6$. The transmission is, in general, the largest in TUV and the smallest in EUV among the three components of the solar irradiance. If the ground is covered with snow on partly cloudy days $(6{\leq}n<7)$, EUV increases by 20 to 26% compared to snow-free surface around SZA $60^{\circ}-65^{\circ}$, due to multiple reflections and scattering between the surface and the clouds. The relative difference between snow surface and snow-free surface slowly increases from 9% to 20% as total ozone increases from 100 DU to 400 DU under partly cloud conditions $(3{\leq}n<6)$ at SZA $60^{\circ}$. The snow effects on TUV and TSO are relatively high with 32% and 34%, respectively, under clear sky conditions, while the effects changes to 36% and 20% for TUV and TSO, respectively, as cloud amount increases.