• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권4호
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• pp.224-228
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• 2003

RAPD 분석은 한 개의 primer를 이용하여 임의의 DNA조각을 증폭하는 것이다. 이때 만들어지는 여러 형태의 DNA band유형을 이용하여 살모넬라를 분류할 수 있다. 살모넬라를 효과적으로 RAPD typing할 수 있는 primer들을 엄선하기 위하여 살모넬라 표준군주 16종을 대상으로 총 20가지 primer들의 RAPD 분리력을 비교하여 보았다. 결과는 재현성이 높았으며 이중 primer A, OPG04, OPG10, OPL-03을 16가지 균 모두를 다른 유형으로 분리하였고 primer OPB-17, OPB-6, OPG08, OPL-02는 15가지 유형으로 분리하였다. 이들은 discrimination index, band의 숫자, band scoring의 난이도 등을 고려해 볼 때 나머지 primer 들에 비해 우수한 분리력을 보였다. 이들 primer들은 장창 살모넬라의 RAPD typing에 이용될 수 있을 것으로 보이며, 현재는 이들을 이용하여 돈육 공장의 오염원 구명을 위한 연구를 수행 중이다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.221-221
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• 2022

Chromosome breakage occurred by DNA methylation inhibitor. Zebularine is known as DNA methylation inhibitor and suitable for water solubility among different DNA methylation inhibitors as 5-Azacytidine and 5-aza-2'-deoxycytidine. We used zebularine as mutagen according to different methods by roots absorption and seed imbibition. After zebularine treatment, DNA methylation inhibitor, we observed mitotic chromosome behavior what is different according to two different treatment methods. First, seed imbibition treatment in 1,000 μM of zebularine solution for 72 hours in dark conditions. The second treatment to seedlings of Keumkang was also treated in 1,000 μM of zebularine solution for 72 hours after germination. Root and shoot showed different elongations in each treatment. Root absorption treatment(3.01±0.48, 2.00±0.26) showed the shortest elongation in root and shoot than control(8.16±0.61, 4.03±0.48) and seed imbibition treatment(4.33±0.80, 2.48±0.36). It can be explained root tip meristematic cell activity was damaged by DNA methylation inhibitor. Primary root tips were collected in DW for 24 hours at low temperature(0℃) and fixed in fixation solution for 3 days to chromosome observation in mitosis. Mitotic index, chromosome structure and chromosome aberration were observed by phase-contrast microscope. Mitotic index of the control(0.29) showed twice mitotic cells as the treated groups(imbibition 0.15, absorption 0.14). Observation of chromosomes showed some short chromosomes and loosen chromosomes affected by zebularine. It is considered because of zebularine damage DNA in mitosis. We observed "gap by chromosome breakage" in chromosomes that have loose parts between centromere and telomere. It seems demethylation of zebularine occurs chromosome breakage.

• BMB Reports
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• 제39권3호
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• pp.292-296
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• 2006

DNA sequencing has resulted in an abundance of data on DNA sequences for various species. Hence, the characterization and comparison of sequences become more important but still difficult tasks. In this paper, we first give a 2-D ladderlike graphical representation for the characteristic sequences of a DNA sequence, and then construct a 3-component vector, in which the normalized ALE-indices extracted from such three 2-D graphs via D/D matrices are individual components, to characterize the DNA sequence. The examination of similarities/dissimilarities among sequences of the $\beta$-globin genes of different species illustrates the utility of the approach.

• 한국작물학회지
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• 제44권3호
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• pp.243-247
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• 1999

Mitochondrial DNA restriction fragment length polymorphisms are convenient markers for identifying cytoplasmic variation among plants. We have collected 212 wild soybeans (Glycine soja Sieb. et Zucc) from all over Korea, and classified mitochondrial genome types based on hybridization patterns in DNA gel-blot analyses using two mitochondrial DNA clones, cox2 and atp6, as probes. Korean wild soybean was classified with eight-mtDNA types, and some of the mtDNAs showed geographical clines among the regions. The diversity index of the mtDNA was much higher in the western and southern regions than in the eastern and northern regions of Korea, respectively. Dissemination and distributive characteristics of wild soybeans in Korea were discussed.

• 한국산업정보학회논문지
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• 제15권1호
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• pp.37-46
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• 2010

서픽스 트리는 데이터의 내부구조를 자세히 나타내고 선형시간 탐색이 가능한 효과적인 자료구조로서 DNA 서열분석 등에 유용하다. 그러나 서열을 서픽스 트리로 구축하는 경우 트리의 크기가 원본의 최소 30배 이상으로 커지므로 테라바이트(TB)급의 대용량 DNA 서열의 경우에 메모리상의 응용은 매우 어려운 문제점이 있다. 이에 본 논문에서는 디스크를 이용한 대용량 DNA의 서픽스 트리 응용기법을 제시한다. 이때 DNA 서열구조를 고려한 서픽스 트리 선형 탐색 특성 유지를 보장한다. 이를 검증하기 위하여 9G Byte의 유전자 단편 서열을 이용해 424G Byte의 서픽스 트리를 디스크에 구축한 다음, 임의의 질의 서열에 대해 KMP알고리즘과 비교한 결과 질의 응답시간에서 우수한 성능을 보였다.

• 한국응용약물학회:학술대회논문집
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• 한국응용약물학회 1993년도 제2회 신약개발 연구발표회 초록집
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• pp.82-82
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• 1993

허혈-재관류손상 심근세포의 DNA에서 8-hydroxydeoxyguanosine (8-OHdG) 생성을 검토하였다. 흰쥐 적출심장의 Langendorff 관류 표본에서 대동맥 차단에 의한 60분 허혈후 산소가 포화된 Kredb-Henseleit용액으로 30분간 재관류 하므로서 허혈-재관류 손상을 유도하였다. 재관류 후 심근세포에서 DNA를 추출하고 HPLC(EC detector)를 이용하여 8-OHdG를 측정하였다. 실험결과 허혈-재관류 심근세포의 DNA에서 8-OHdG 함량이 증가하였으며 이는 $O_2$ 제거물질인 superoxide dismutase와 OH 제거물질인 mannitol에 의하여 방지되었다. Xanthine oxidase외 경쟁적 길항약인 allopurinol도 8-OHdG 생성을 억제하였으며 단백분해효소 억제제인 phenylsulfonylfluoride 그리고 관류액에서 칼슘의 제거 또한 허혈-재관류 심근 DNA의 생성을 방지하였다. 이상의 결과 허혈심근의 재관류시 8-OHdG 생성이 증가하며 이는 재관류 손상과 같은 산화성 심근손상을 평가하는 좋은 Index가 될 수 있을 것으로 여겨진다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제14권4호
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• pp.411-416
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• 2011

We investigated the nutritional status of the melania snail (Semisulcospira gottschei) using RNA/DNA ratios to evaluate the effect of feeding conditions (artificial versus natural) on the reaction times of the snails in a time course following starvation. In the short experiments (48 h), the RNA/DNA ratios of the artificial feeding groups were significantly higher than those of the natural groups. While two RNA/DNA ratio peaks were observed in the artificial food group during daytime, the natural food group showed a higher ratio at night. Under starvation conditions, the RNA content decreased whereas the DNA content was constant. The RNA/DNA ratios of the freshwater snail in both groups dramatically decreased after starvation and remained constant until the end of the experiment. We verified that the RNA/DNA ratio serves as an index of nutritional condition with respect to the effect of dietary differences. These results are important for understanding optimized aquaculture rearing conditions for this important commercial freshwater snail.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제11권6호
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• pp.2093-2098
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• 2010

지방간은 대사증후군의 한 형태로 인슐린저항성이 중요한 역할을 한다. 본 연구는 당뇨 및 대사 인자들과 연관성이 있는 것으로 알려진 말초혈액의 사립체 DNA (mtDNA) copy 수와 지방간 및 인슐린저항성 관련 인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 지방간 진단을 위해 음주력 설문과 복부 초음파 검사를 시행하였으며 실시간 중합효소 연쇄반응을 이용하여 말초혈액의 백혈구에서 mtDNA copy 수를 측정하였다. 총 445 명의 대상자 중 지방간이 있는군(fatty liver group)은 148 명이고 정상군은 297 명이었다. 지방간이 있는 군에서 정상군에 비해 mtDNA copy수가 유의하게 낮았다. 비알콜성 지방간과 알코올성 지방간 모두 지방간이 있는 군에서 말초혈액 mtDNA copy 수가 낮았다. 말초혈액의 mtDNA copy 수는 ALT, AST, $\gamma$-GTP, 체질량지수, 허리둘레, 이완기혈압, 유리지방산 수치와 역의 상관관계를 보였다. 말초혈액에서의 mtDNA copy 수는 지방간 여부 및 인슐린저항성 관련 대사 인자들과 높은 연관성이 있었다.

• 한국패류학회지
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• 제28권3호
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• pp.215-223
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• 2012

한국 서해안 해역에서 2011년 9월부터 2012년 1월까지 수평망식으로 양성한 굴의 산란기 이후 생태 생리학적 변화를 조사하였다. 조사 지역은 충남 태안 연안의 의항, 신두리, 이원의 두 곳을 선정하여 생식소지수, 조직학적 분석, 생식소와 폐각근 내의 RNA/DNA의 양과 비, condition index (CI), 연체부지수 등을 분석하여 건강도를 판정하였다. 연구결과 의항에서 수평망식으로 양식한 굴은 다른 지역의 굴과 생리학적 차이를 보였다. 즉, 폐각근 내 RNA/DNA의 양 및 비가 조사기간 동안 지속적으로 감소하였고 가장 낮은 CI와 연체부지수를 보였다. 이원지역의 St. 1과 2에서 양식한 굴은 산란기 이후 빠른 회복력을 보여 RNN/DNA가 증가하였고, 연체부지수와 CI 또한 10월까지 급격히 증가한 이후 감소하는 것으로 나타났다. 신두리 지역의 굴은 연체부지수와 CI가 10월까지 급격하게 감소하였다. 그러나 이러한 건강도 판정요소와는 다르게 폐각근 내 RNA/DNA 비는 단백질의 증가 양상처럼 10월까지 지속적으로 증가하는 것으로 조사되었다. 특이한 점은 신두리와 이원의 St. 1에서는 12월까지도 부분방출기의 개체가 관찰이 되었다. 모든 결과를 종합하여 볼 때 본 연구에서 사용된 RNA/DNA 양과 비의 변화, 연체부지수, CI 등의 간단한 지표만으로도 양식 굴의 건강상태, 산란 후 회복과정에 관한 정보 취득이 가능하였다. 따라서 이와 같은 자료를 통하여 우량종패 생산을 위한 굴 어미관리가 가능하고, 또한 소비자들이 선호할 수 있는 양질의 굴 생산이 가능할 것으로 판단되므로 향후에도 다년간 연구조사가 필요할 것으로 생각된다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2006년도 가을 학술발표논문집 Vol.33 No.2 (C)
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• pp.118-123
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• 2006

DNA 시퀀스 데이터베이스 규모의 급격한 증가 추세를 고려할 때, DNA 시퀀스 검색 연산을 보다 효과적으로 지원할 수 있는 인덱싱 및 질의 처리 기술이 요구 된다. 접미어 트리는 DNA 시퀀스 검색을 위한 좋은 인덱스 구조로 알려져 왔다. 그러나 접미어 트리는 그 구조적 특성으로 인하여 저장공간, 검색 성능, DBMS와의 통합 등의 문제점을 갖는다. 본 논문에서는 이와 같은 접미어 트리의 문제점들을 해결하는 DNA 시퀀스 검색을 위한 새로운 인덱스 구조를 제안하고, 이를 기반으로 하는 효율적인 질의 처리 방식을 제안한다. 제안된 인덱스 기법은 이진 트라이를 기본 구조로 채택하며 DNA 시퀀스의 윈도우 서브 시퀀스를 인덱싱 대상으로 한다. 유사 서브 시퀀스 검색을 위한 질의 처리 알고리즘은 기본적으로 다이나믹 프로그래밍 기법에 근거하여 이진 트라이를 루트로부터 너비 우선(breadth-first) 방식으로 운행하며, 경로 상에 존재하는 모든 유사 서브 시퀀스를 검색해 낸다. 제안된 기법의 우수성을 검증하기 위하여, 기존의 접미어 트리와의 비교 실험을 통한 성능 평가를 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 인덱스 기법은 접미어 트리에 비하여 약 30%의 작은 저장 공간을 가지고도 수배에서 수십배의 검색 성능의 개선 효과를 나타낸다.