In order to search for the effects of Shine-Dalgarno (SD) sequence and nucleotide sequence of spacer region (SD-ATG) on bGH expression, oligonucleotides containing random SD sequences and a spacer region were chemically synthesized. The distance between SD region and initiation codon (ATG) was fixed to 9 nucleotides in length. The expression vectors have been constructed using pT7-1 vector containing a T7 promoter. Positive clones were screened with colony hybridization and named pT7A or pT7B plasmid series. The selected clones were confirmed by DNA sequencing and finally, 19 clones having various SD combinations were obtained. When bovine growth hormone was induced by IPTG in E. coli BL21(DE3), all cells harboring these plasmids produced a detectable level of bGH in western blot analysis. However, various SD sequences did not affect on bGH expression, indicating that the sequences of SD and the spacer region did not sufficiently destabilize mRNA secondary structure of bGH gene. Therefore, these results indicate that the disruption of mRNA secondary structure might be a major factor for regulating bGH expression in the translational initiation process.
식물병원성 사상균에 대해 길항력을 갖는 그람음성 Pseudomonas fluorescens KR164의 chromosome에 그람 양성인 Bacillus thuringiensis(BT)의 HD-1 toxin gene을 삽입하기 위하여 이 유전자를 갖는 plasmids pSUPBT과 pSUPBTR을 작성하였다. Conjugation을 이용한 transposition으로 P. fluorescens KR164의 chromosome에 이 plasmids를 삽입시켜 BT toxin 유전자를 갖는 P. fluorescens KR164의 변이균주를 조제하였다. Southern blotting으로 균주의 cellular DNAs를 조사한 결과 모든 변이균주에서 한 개 이상의 BT toxin gene의 삽입이 확인 되었으며 독소단백질의 존재 역시 SDS-PAGE에 의해서 확인되었으며 이러한 독소단백질의 결정 생성은 전자현미경에서도 확인되었다.
The early and accurate detection of plant viruses is an essential component to control those. Because the globalization of trade by free trade agreement (FTA) and the rapid climate change promote the country-to-country transfer of viruses and their hosts and vectors, diagnosis of viral diseases is getting more important. Because symptoms of viral diseases are not distinct with great variety and are confused with those of abiotic stresses, symptomatic diagnosis may not be appropriate. From the last three decades, enzyme-linked immunosorbent assays (ELISAs), developed based on serological principle, have been widely used. However, ELISAs to detect plant viruses decrease due to some limitations such as availability of antibody for target virus, cost to produce antibody, requirement of large volume of sample, and time to complete ELISAs. Many advanced techniques allow overcoming demerits of ELISAs. Since the polymerase chain reaction (PCR) developed as a technique to amplify target DNA, PCR evolved to many variants with greater sensitivity than ELISAs. Many systems of plant virus detection are reviewed here, which includes immunological-based detection system, PCR techniques, and hybridization-based methods such as microarray. Some of techniques have been used in practical, while some are still under developing to get the level of confidence for actual use.
Park, Kwang-Ho;Goo, Tae-Won;Yun, Eun-Young;Hwang, Jae-Sam;Kang, Seok-Woo;Lee, Sang-Mong;Sohn, Hung-Dae;Jin, Byung-Rae
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
제5권1호
/
pp.93-102
/
2002
We have cloned and characterized the complete fibroin light chain gene from the silkworm Baekok-Jam, Bombyx mori, a recommended variety in Korea. It consists of seven exons and six introns. It consists of 14,663 nucleotides long with an open reading frame of 786 nucleotides that encodes a protein of 262 amino acid residues with a molecular mass of approximately 26,000 dalton. The amino acid alignment revealed that the Baekok-Jam fibroin light chain had 98.5 % protein sequence identity to J139 strain: differed at four amino acid positions (11, 46, 80 and 123). The Northern hybridization analysis showed that the Baekok-Jam fibroin light chain gene was specifically expressed in the posterior silk gland.
Kadainou R-1, an interspecific hybrid grape derived from red (Vitis ficifolia var. ganebu) and white (V. vinifera cv. Muscat of Alexandria) grapes, accumulates high concentrations of anthocyanin in the berry skin. Hence, the expression of uridine 50 -diphosphate (UDP)-glucose:flavonoid 3-O-glucosyltransferase (UFGT), the key enzyme of the anthocyanin pathway, was examined in the berry skin of Kadainou R-1. As information on gene sequences of V. ficifolia var. ganebu and other wild grape species was unavailable, we performed GeneChip hybridization using biotin-labeled genomic deoxyribonucleic acid (DNA) to investigate how the genomic sequences of V. vinifera varieties and that of V. ficifolia var. ganebu differ. The study showed a lower correlation coefficient between V. vinifera cultivars and V. ficifolia var. ganebu than that among V. vinifera cultivars. The sequences of the UFGT gene derived from both parents of the red and white cultivars were sequenced in Kadainou R1 and revealed that both were expressed irrespective of the fact that it was not expressed in the white grape (male parent).
Uterine cells carry out proliferation and differentiation for preparation the embryonic implantation during pregnancy. Therefore regulation of the cell proliferation is an essential step for uterine preparation, but there is not much information about the proliferation related genes in pregnant uterus. To identify these implantation specific genes, a PCR-select cDNA subtraction method was employed and got a few genes. One of the identified genes is a novel gene encoding oral tumor suppressor doc-1. To detect the doc-1 expression on the pregnant uterus, dot blotting, RT-PCR, and in situ hybridization were employed. Dot blotting revealed that doc-1 mRNA expression increase after implantation. During normal pregnancy, doc-1 mRNA expression was detected as early as day 1 of pregnancy with RT-PCR. Its expression was increased about 15 times after embryonic implantation. doc-1 transcript was localized in luminal epithelial cells but it was very faint during preimplantation. After starting the implantation, it localized in the stromal cells; heightened expression of doc-1 correlates with intense stromal cell proliferation surrounding the implanting blastocyst on day 6 morning. However in the decidualized cells, the intensity of localized doc-1 mRNA was weak. From those results, it is revealed that doc-1 express at pregnant uterus of the mouse. In addition it is suggested that doc-1 is the gene regulating the proliferation of the luminal epithelial cells and stromal cells during early implantation and decidualization.
Frequent occurrence of off-type plants in a given cultivar has been a serious problem in both breeder's and farmer's fields. An experiment was designed to examine the differences in rate of occurrence of off-type plants among Tongil-type cultivars (high yielding cultivars derived from indica/japonica hybridization) from which the possible cause of higher occurrence of off-type plant in a specific cultivar was deduced. Among five Tongil-type cultivars examined for morphological variant in the field, only one cultivar, Dasanbyeo, had off-type plants. When analyzed with SSR markers, off-type plants showed different band patterns from original cultivar, having several extra bands in addition to cultivar-specific band, suggesting that off-type plants were originated from Dasanbyeo, rather than originated from mixing or mishandling of seed materials with other cultivars. The possible cause of off-type occurrence seems to be natural pollination with other cuItivars adjacent to the original cultivar during seed multiplication. This was supported from the observation that self-crossed progeny of the off type plants showed a wide range of variation of agronomic traits which could not be observed when there was a smaller introduction of genes to the fixed germplasm as happened in the case of cultivar mutation. Another evidence supported this idea that Dasanbyeo showed much of difference in floral organ and behavior to other cultivar to be subjected to higher out-crossing than other cultivars examined.
한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
/
pp.30-36
/
2006
Tissue microarray (TMA) is an array-based technology allowing the examination of hundreds of tissue samples on a single slide. To handle, exchange, and disseminate TMA data, we need standard representations of the methods used, of the data generated, and of the clinical and histopathological information related to TMA data analysis. This study aims to create a comprehensive data model with flexibility that supports diverse experimental designs and with expressivity and extensibility that enables an adequate and comprehensive description of new clinical and histopathological data elements. We designed a Tissue Microarray Object Model (TMA-OM). Both the Array Information and the Experimental Procedure models are created by referring to Microarray Gene Expression Object Model, Minimum Information Specification For In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE), and the TMA Data Exchange Specifications (TMA DES). The Clinical and Histopathological Information model is created by using CAP Cancer Protocols and National Cancer Institute Common Data Elements (NCI CDEs). MGED Ontology, UMLS and the terms extracted from CAP Cancer Protocols and NCI CDEs are used to create a controlled vocabulary for unambiguous annotation. We implemented a web-based application for TMA-OM, supporting data export in XML format conforming to the TMA DES or the DTD derived from TMA-OM. TMA-OM provides a comprehensive data model for storage, analysis and exchange of TMA data and facilitates model-level integration of other biological models.
Actinorhodin antibiotics produced by Streptomyces lividans TK24 are blue pigments with a weak antibiotic activity, derived from one acetyl-CoA and 15 malonyl-CoA units via a typical ployketide pathway. In an attempt to clone polyketide biosynthetic genes of S. lividans TK24, hybridizing fragments in the genomic DNA of S. lividans TK24 were detected by use of acn and act III polyketide synthase gene probes. Since typical aromatic polyketide bio-synthetic gene clusters are roughly 22-34 Kb long, we constructed in E. coli XL-Blue MR using the Streptomyces-E. coli bifunctional shuttle cosmid vector (pojn46). Then, about 5,000 individual E. coii colonies were thor-oughly screened with acrl-ORFI and actIII probes. From these cosmid libra-ries, 12 positive clones were identified. Restriction analysis and southern hybridization showed two polyketide biosynthetic gene clusters in this organism. These cosmid clones can be transformed into Streptomyces parvulus 12434 for expression test that identify product of actinorhodin biosynthetic genes by heterologous expression. Thus, heterologous expres-sion of a derivative compound of a actinorhodin biosynthetic intermediate was obtained in pKE2430. Expression of these compounds by the trans-formants was detected by photodiode array HPLC analysis of crude extracts.
During endometrial differentiation the extracellular matrix (ECM) changes dramatically to prepare for implantation of the embryo. However, the genes regulating the ECM build-up in the uterine endometrium during early pregnancy are not well known. Using the PCR-select cDNA subtraction method, dermatopontin was identified in the uterus of a pregnant mouse on day 4 of gestation. Dermatopontin mRNA increased dramatically on day 3, and was at its highest level at the time of implantation. Administration of RU 486 significantly inhibited mRNA expression by day 4 of gestation, but ICI 182,780 did not. Progesterone markedly induced dermatopontin expression in ovariectomized uteri within 4 h of administration, whereas estrogen had little effect. In silico analysis revealed progesterone receptor binding sites in the dermatopontin promoter region. Decidualization did not induce expression of dermatopontin; instead dermatopontin mRNA became strongly localized at the interimplantation site. In situ hybridization revealed that expression gradually decreased in the luminal epithelial cells as pregnancy progressed, whereas it increased in the stromal cells. The pattern of localization and the changes of intensity of dermatopontin mRNA coincided with those of collagen. Collectively, these results strongly suggest that dermatopontin expression is steroid-dependent. They also suggest that, at the time of implantation, dermatopontin expression is primarily regulated spatio-temporally by progesterone via progesterone receptors, and is modulated by the decidual response during implantation. Dermatopontin may be one of the regulators used to remodel the uterine ECM for pregnancy.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.