• 제목/요약/키워드: DNA-DNA hybridization

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급상승된 혈청 ALT치를 나타낸 만성 B형 간염 환자에 대한 ${\alpha}$-Interferon 2b의 치료 효과 (Effect of ${\alpha}$-Interferon 2b on Chronic Hepatitis B Patients with High Serum ALT)

  • 이헌주;송영두
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제15권2호
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    • pp.237-245
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    • 1998
  • 만성 B형 간염 환자에서 Interferon (IFN) 치료 후 혈청 HBeAg 소실 및 anti-HBe의 양전율을 높이고 효율적인 치료의 근거를 알기 위하여 치료 전 간기능검사상 갑자기 상승한 혈청 ALT치를 나타낸 환자군과 그렇지 않은 대조군을 대상으로 하여 IFN을 투여한 군과 IFN 치료없이 정상 HBeAg의 자연 소실을 보인 환자군을 임상적으로 장기간 관찰하고 조사하였다. ALT치가 정상 상한치의 4배 이상 높이 증가되어 3개월 이상 왕복을 보인 40명의 환자(A군)와 ALT치가 정상 상한치의 3배 이하로 증가된 10명(B군)에게 ${\alpha}$-IFN 2b를 매일 300만 단위 피하주사로 3~12개월 주사하였다. 대조군으로는 ALT치가 A군처럼 장승한 45명 (C군)이었으며, IFN 치료없이 평균 2.9년을 관찰하였다. HBeAg/anti-HBe 혈청 양전율은 A군 68%, B군 20%, C군 13%이었으며 IFN 치료 중단 후 1년까지의 HBeAg 재양성율은 A군에서 29%였고 HBeAg이 소실된 A와 B군의 38명중에서 6명에서 HBV DNA가 양성이었다. 6명중 4명은 HBeAg/anti-HBe 양전을 보였으나 HBV DNA 양성이었고 나머지 2명은 HBeAg, anti-HBe 및 HBV DNA (hybridization) 모두 음성이었으나 중합효소연쇄반응검사상 HBV DNA 양성이었다. 이상의 결과를 보면 비록 IFN 치료 후에 HBeAg이 소실되었다가 다시 양성화되더라도 IFN은 단기간내에 혈중 HBeAg이나 DNA가 자연적으로 감소가 될 환자나 그렇지 않은 환자에게도 HBV의 비증식화를 유발하여 도움이 될 것으로 사료된다. 그러나 IFN 투여 후에도 혈중 HBeAg과 DNA 소실에 전혀 도움이 되지 않을 환자 및 HBV 증식 억제효과가 기대되는 HBV 간질환 환자의 조건, IFN 투여량, 기간 등에 대한 계획적이고 체계적인 연구로 더 나은 치료효과를 기대할 수 있으리라 생각된다.

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깽깽이풀의 핵형분석과 McFISH를 이용한 rDNA의 물리지도 작성 (Karyotype Analysis and Physical Mapping of rDNAs Using McFISH in Jeffersonia dubia Benth)

  • 김수영;최혜운;구달회;김찬수;방재욱
    • 한국약용작물학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.48-51
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    • 2005
  • 보호식물이며, 약용식물인 깽깽이풀 (Jeffersonia dubia)을 대상으로 핵형 분석과 McFISH 기법을 이용한 염색체 분석을 수행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 체세포 염색체 수는 2n=2x=12였으며, 2쌍의 중부 염색체 (염색체 1, 3), 2쌍의 차중부 염색체 (염색체 2, 4) 그리고 2쌍의 차단부 염색체 (염색체 5, 6)로 구분되었고, 염색체의 평균 길이는 $1.95{\sim}3.50{\mu}M$이었다. McFISH기법을 이용하여 45S와 5S rDNA의 염색체상의 위치를 확인한 바, 3쌍의 45S rDNA signal은 4번, 5번 그리고 6번 염색체의 단완 말단 부위에서 관찰되었고, 한 쌍의 5S rDNA signal은 2번 염색체의 동원체 부위에서 관찰되었다.

2배체 담배 Nicotiana plumbaginifolia의 핵형 분석과 rDNAs의 Physical Mapping (Karyotype Analysis and Physical Mapping of rDNAs in Diploid Nicotiana plumbaginifolia)

  • 조혜경;구달회;김수영;방재욱
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제30권1호
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    • pp.7-11
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    • 2003
  • 2배체 담배인 Nicotiana plumbaginifolia를 대상으로 상염색법과 FISH 기법을 통한 염색체 분석을 수행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. N. plumbaginifolia의 체세포 염색체 수는 2n=20이며, arm ratio 비교를 통한 핵형 분석에서 중기 염색체 조성은 3쌍의 중부 염색체 (염색체 1,2 및 7)와 7쌍의 차중부 염색체 (염색체 3, 4, 5, 6, 7, 9 및 10)로 관찰되었다. 염색체의 길이는 2.29~4.50 $\mu\textrm{m}$로 나타났으며, 염색체 1번과 2번은 부수체 염색체로 관찰되었다. 5S와 45S rDNA를 탐침으로 FISH를 수행한 결과 2번 염색체의 동원체 부위에서 한 쌍의 5S signal이 확인되었고, 1번 염색체의 부수체에서 한 쌍의 45S signal이 관찰되었다.

유전자형에 따른 Streptococcus mutans의 subtyping: Southern blot RFLP와 AP-PCR을 이용한 비교 (EVALUATING TWO METHODS FOR FINGERPRINTING GENOMES FOR STREPTOCOCCUS MUTANS IN CHILDREN : A COMPARISON WITH AP-PCR AND SOUTHERN BLOT RFLP)

  • 정태성;김신
    • 대한소아치과학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.292-303
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    • 1998
  • The arbitrary primer polymerase chain reaction(AP-PCR) and Southern blot restriction fragment length polymorphism(RFLP) were used to genotype the cariogenic pathogen S. mutans in children. Following the morphologic chracteristics of colony on selective medium for S. mutans, total genomic DNA from 155 strains was extracted by conventional methods. Among 155 strains, 143 strains (92.3%) were confirmed S. mutans by PCR with dexA gene and 114 strains were used in this study. Three random sequence 10-base oligonucleotide primers were chosen for AP-PCR. The amplified DNA products were separated electrophoretically in a 2% agarose gel containing ethidium bromide and the banding patterns were compared among different strains. For RFLP analysis, DNA was digested with EcoRI and BamHI, separated on a 0.7 % agarose gel and transferred to a nylon membrane. The membrane was probed with a previously characterised 1.6 kilobases (kb) DNA fragment cloned from gtf B gene of S. mutans. The probe was labeled with isotope[$^{32}P-{\alpha}CTP$], and hybridized fragments were detected with intensifying screen. AP-PCR produced 4-8 DNA bands in the 0.25-10 kb regions and distinguished 9, 10 or 12 genotypes, depending on the specific primer used. Southern blot RFLP analysis revealed 2 hybridization patterns consisting of 1 DNA fragments 450, 500 bp. These results indicate that AP-PCR is more discriminative method for genotyping of S. mutans.

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Gene Expression Profile of Zinc-Deficient, Homocysteine-Treated Endothelial Cells

  • Kwun, In-Sook;Beattie, John H.
    • Preventive Nutrition and Food Science
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    • 제8권4호
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    • pp.390-394
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    • 2003
  • In the post-genome period, the technique for identifying gene expression has been progressed to high throughput screening. In the field of molecular nutrition, the use of screening techniques to clarify molecular function of specific nutrients would be very advantageous. In this study, we have evaluated Zn-regulated gene expression in Zn-deficient, homocystein-treated EA.hy926 cells, using cDNA microarray, which can be used to screen the expression of many genes simultaneously. The information obtained can be used for preliminary assessment of molecular and signaling events modulated by Zn under pro-atherogenic conditions. EA.hy926 cells derived from human umbilical vein endothelial cells were cultured in Zn-adequate (control, 15 $\mu$M Zn) or Zn-deficient (experimental, 0 $\mu$M Zn) Dulbecco's MEM media under high homocysteine level (100 $\mu$M) for 3 days of post-confluency. Cells were harvested and RNA was extracted. Total RNA was reverse-transcribed and the synthesized cDNA was labeled with Cy3 or Cy5. Fluorescent labeled cDNA probe was applied to microarray slides for hybridization, and the slide was then scanned using a fluorescence scanner. The expression of seven genes was found to be significantly decreased, and one significantly increased, in response to treatment of EA.hy926 cells with Zn-deficient medium, compared with Zn-supplemented medium. The upregulated genes were oncogenes and tumor suppressor genes, cell cycle-related genes and transporter genes. The down-regulated gene was RelB, a component of the NF-kappaB complex of transcription factors. The results of this study imply the effectiveness of cDNA microarray for expression profiling of a singly nutrient deficiency, namely Zn. Furthur study, using tailored-cDNA array and vascular endothelial cell lines, would be beneficial to clarify the molecular function of Zn in atherosclerosis, more in detail.

분자생물학적 방법을 이용하여 마비성 패류 독소를 생산하는 알렉산드륨 타마렌스 시스트 탐색 (Molecular probe for identification of cysts of resting cyst of PSP-producer Alexandrium tamarense (Dinophyceae))

  • Cho, Eun-Seob
    • 생명과학회지
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    • 제13권2호
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    • pp.163-167
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    • 2003
  • 알렉산드륨 적조생물 속에서 마비성 패류독소를 생산하는 종을 신속하게 동정하므로 패류양식의 독성 모니터링과 방제에 중요한 역할을 할 수 있다. 자연상태에서 영양세포가 출현하기 전 알렉산드륨 타마렌스의 휴면포자만을 신속하게 분리 동정한다는 것은 근본적인 마비성 패류독소 모니터링 및 예측에 큰 역할을 할 수 있다. cTAM-Fl DNA probe은 알렉산드륨 타마렌스의 영양세포 뿐만 아니라 primuline으로 염색하여 메타놀로 고정한 휴면포자에도 반응이 되었다. 영양세포와 휴면포자에 반응되는 DNA probe 위치는 핵내의 말단 부위에 보였다. DNA probe가 세포내로 삽입되는데 가장 적합한 온도와 시간은 50-$54^{\circ}C$, 40-60분이 좋았다.

RFLP기법(技法)을 이용(利用)한 포플러 엽록체(葉綠體) DNA의 분석(分析) (Analysis of Populus cpDNA by Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) Technique)

  • 이재순;노은운;이석구;권기원
    • 한국산림과학회지
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    • 제83권1호
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    • pp.20-24
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    • 1994
  • 생장기간(生長期間)이 긴 임목(林木)의 경우 어느 형질(形質)의 유전양식(遺傳樣式)을 구명(究明)한다는 것은 상당한 시간(時間)과 노력(努力)이 필요하다. 엽록체(葉綠體)의 DNA는 그 크기가 비교적 작고 세포질(細胞質) 유전현상(遺傳現象)을 보이기 때문에 임목(林木)을 대상(對象)으로 하는 연구(硏究)에 적절(適切)할 것으로 생각된다. 본 연구(硏究)에서는 포플러 5개 수종(樹種)의 엽록체(葉綠體) DNA를 4가지의 제한효소(制限酵素)로 처리(處理)하여 절단(切斷)된 DNA의 크기를 수종간(樹種間) 및 비교(比較) 식물(植物)인 담배와 비교(比較)하였다. 그 결과 포플러의 엽록체(葉綠體) DNA는 서로 아주 유사(類似)하여 사용된 2가지의 제한효소(制限酵素)(BglII 및 PstI)에서는 종간(種間)에 차이를 전혀 볼 수 없었으며 다른 두 효소(酵素)(EcoRI 및 KpnI)에서도 비슷하나 약간의 차이(差異)가 관찰(觀察)되었을 뿐이었다. 그러나 비교(比較) 식물(植物)로 사용한 담배와는 전혀 다른 절단(切斷) pattern을 보이고 있었다. 담배 엽록체(葉綠體)의 rbcL 유전자(遺傳子)를 probe으로 한 DNA-DNA 교잡(交雜)결과 역시 같은 경향(傾向)을 보이고 있었다. 따라서 포플러의 엽록체(葉綠體) DNA는 진화(進化) 과정중 비교적 안정(安定)이 되어 있는 것으로 나타났다.

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털개구리미나리(Ranunculus cantoniensis)의 분자계통학적 유연관계 및 종분화 (Molecular phylogenetic relationships and speciation of Ranunculus cantoniensis (Ranunculaceae))

  • 이창숙;이남숙;여성희
    • 식물분류학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.335-358
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    • 2004
  • 미나리아재비속(Ranunculus)의 털개구리미나리(R. cantonienesis)의 분자계통학적 유연관계를 조사하고 잡종화 가설을 추정하기 위하여, 군외군을 포함한 8분류군의 25개 DNA재료를 대상으로 핵 DNA와 엽록체 DNA의 염기서열을 분석하였다. 털개구리미나리와 근연종에 대하여 maximum parsimony와 maximum likelihood방법으로 분석한 핵 DNA의 ITS 계통수와 psbA-trnH, rps16, trnL 유전자 구간의 염기서열을 조합한 엽록체 DNA 계통수에서, 털개구리미나리는 젓가락나물과 가장 가깝고, 개구리미나리, 왜젓가락나물 순으로 유연관계를 나타내었다. 이러한 분자계통학적 유연관계는 털개구리미나리가 왜젓가락나물과 가장 가깝다는 기존의 외부형태학적 보고와 일치하지 않았다. 염기서열 분석에서 털개구리미나라는 조사된 분류군 중 유일하게 다형성을 나타냄으로서, 염색체수와 핵형에 의하여 보고된 털개구리미나라의 다형성을 지지하였다. 털개구리미나리는 ITS 에서 젓가락나물과 왜젓가락나물의 표지 유전자를 공유하고, 엽록체 DNA에서 왜젓가락나물의 표지 유전자를 공유하였다. 이 결과는 염색체수와 핵형에 의하여 제시되었던 털개구리미나리가 젓가락나물과 왜젓가락나물의 잡종화에 의하여 종분화되었다는 가설을 지지하였으며, 왜젓가락나물이 모계이며, 젓가락나물이 부계로 추정된다.

지질다당질로 자극한 넙치 백혈구의 발현유전자의 분석 (Gene Expression Profiles in the Peripheral Blood Leukocytes (PBL) of Olive Flounder Paralichthys olivaceus after Stimulation with Lipoolysaccharide (LPS) in vitro)

  • 남보혜;문지영;김영옥;김우진;공희정;이상준;최태진
    • 한국해양바이오학회지
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    • 제2권3호
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    • pp.192-197
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    • 2007
  • 넙치의 생체방어 및 면역관련 유전자의 대량확보를 위하여, 지질다당질로 자극한 넙치의 말초백혈구 cDNA library를 suppression subtractive hybridization 방법으로 제작하여 발현유전자의 발현 양상 및 특성을 분석하였다. 총 470개의 SSH 클론 중 기존에 밝혀진 유전자와 상동성을 보인 218개의 클론을 분석한 결과, 대표적인 전염증사이토카인 IL-1의 유인수용체인 IL-1RII가 34번의 가장 높은 빈도로 발현되었으며, IL-$1{\beta}$가 14번의 높은 발현 빈도를 보였다. 그 중 펩티도글리칸 인식 단백질및 혈관활성 장 펩타이드 유전자는 어류에서는 처음으로 보고되는 것으로, 지질다당질로 자극한 넙치의 말초백혈구 SSH cDNA library는 다양한 생체방어 및 면역관련 유전자를 포함하고 있었다.

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Identification of the genes which related cold (low temperature) stress in Bombyx mori

  • Kang, Min-Uk;Choi, Kwang-Ho;Park, Kwan-Ho;Nho, Si-Kab
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제33권2호
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    • pp.102-107
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    • 2016
  • Stress may be defined as any modification of environmental parameters that leads to a response by biological organisms. Stresses that affect biolpgical structures may be nonthermal, such as ultraviolet radiation, pH, or salinity, or thermal. Temperture is one of the major stresses that all living organism face. The major effects of cold(low emperature) are decrease of membrane fluidity and the stabilization of secondary structures of RNA and DNA in the cells, which may effect the efficiency of translation, transcription, and DNA replication. In this study, we focus on discovering the genes that are expressed by the cold(low temperature) stress in the silkworm. In cold(low temperature) stress test, we found 100% survive from cold stress at $0^{\circ}C$ up to 12h and $-5^{\circ}C$ up to 2h, and then, survive rate was rapidly decrease in silkworm. Thereafter two whole genes have selected by SSH(Suppression subtractive hybridization). (GenBank accession : GQ149511, GQ338156)