• Animal cells and systems
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• 제3권1호
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• pp.69-72
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• 1999

A tandemly repeated DNA sequence was identified and characterized y the combined RAPD and FISH data from a total genomic DNA of Welsh onion (Allium fistulosum). A clone containing this repeating sequence was selected and sequenced. This repeating unit of 314 bp inserted into pAf 072 contained 54.1% adenine and thymine residues, and showed the primer sequence used, 5'-GAAACGGGTG-3', in both terminals of the sequence. Fluorescence in situ hybridization using this tandemly repeated sequence as a probe indicated that the detected sites were coincident with the major C-banded constitutive heterochromatin in the terminal regions of both arms of all 6 chromosomes.

• 식물조직배양학회지
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• 제25권4호
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• pp.245-250
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• 1998

Tobacco mosaic virus(TMV) 외피단백질 유전자를 연초(Nicotiana tabacm cv. NC82)에 형질전환하고 형질전환 식물체 후세대에서 TMV 저항성인 연초를 선발하여, 선발된 TMV 저항성 제5세대 형질전환 식물체의 도입된 유전자발현 및 고온에서의 특성 등을 조사하였다. TMV 저항성 식물체의 염색체 DNA에 TMV 외피 단백질 유전자가 안정되게 존재하고 있음을 genomic PCR을 수행하여 확인하였다. 또한 형질전환 식물체내에서 TMV 외피 단백질 발현은 Immunoblot hybridization 방법으로 확인하였다. TMV 저항성 형질전환 연초식물체에서 발현된 단백질의 양은 매우 적었으며 특히 본엽에는 병징이 나타나지 않았으나 수확기 마지막 액아에 TMV의 반점이 나타난 병징발현 지연형의 형질전환 식물체의 경우에도 발현된 단백질의 양은 정상 NC 82에 TMV가 감염되었을 때와 비교하여 현저히 적었다. TMV 저항성 형질전환 식물체 내에서 발현되는 TMV 외피단백질의 양은 총 단백질에 대비하여 0.01% 이하이였다. TMV 병징 발현 지연형인 형질전환 식물체에 TMV를 인공접종한 후 고온처리상태에서 외피 단백질 유전자의 전사 및 발현을 RT-PCR과 Immune blot hybridization 통하여 확인하였으며, 이때 TMV의 증식도 억제되었으므로 개량멀칭시 나타나는 고온조건하에서도 저항성이 안정적으로 발현될 수 있음을 알 수 있었다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제15권2호
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• pp.153-164
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• 1999

한국, 중국, 러시아에 서식하는 등줄쥐 Apodemus agrarius 6아종 111마리를 이용하여, 미토콘드리아 DNA를 8개의 제한효소로 절단한 단편들을 blot hybridization법으로 분석하였다. 모두 32개의 단편들이 보여졌고, 9개의 haplotype이 밝혀졌으며, 평균 발산값이 0.896에서 1.150%인 4아군이 나타났다. 결론적으로 세 형을 인정할 수가 있었다: [I. 아종 chejuensis (제주도, 한국)], [ll, 아종 pallescens(남서 한국), coreae(중앙 한국), 및 septentrionalis(러시아)], and [lll, 아종 manchuricus(북동 중국)와 pallidior(북부 중국)]. 그러나 아종 coreae의 일부 표본들은 다른 6아종의 표본들과 다소 차이를 보였고, 아종 pallidior의 일부 표본들은 아종 septentrionalis의 모든 표본들과 같아서 동일한 haplotype을 형성하였다. 아종 a. agrarius chejuensis는 독특한 아종중의 하나이고, 아종 corea(pallescens포함)도 독특한 아종중의 하나이며, 아종 manch-uricus와 pallidior는 아종 ningpoensis의 동아종이명이고, 아종 septentrionalis도 아종 agrarius의 동아종이명임이 재확인되었다. 뿐만 아니라, 등줄쥐는 염색체 핵형이 일정하며, 미토콘드리아 DNA 유전형에 약간의 변이를 보이고, 형태형질의 상당한 발산을 보이고 있지만, 이들 분류형질의 변이 정도의 파악과 아종분류의 재검토를 위하여 유라시아산 등줄주의 보다 많은 표본을 이용한 분석이 앞으로 필요하다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.46-55
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• 2006

(주)지노믹트리는 DNA 마이크로어레이 기술을 기반으로 하는 분자진단회사로서, 다음의 세가지 사업에 전력하고 있다. 첫째는 독창적이며 특화된 바이오마커 발굴기술 (MAGIC system)을 바탕으로 각종 암진단을 위한 바이오마커 개발연구 두 번째는 당사의 원천 기술인 다중동시검출 시스템을 이용한 질병 진단 시스템 및 증폭시스템 세 번째는 마이크로어레이 기술을 이용한 유전자 발현 분석, Array CGH, DNA 메틸레이션 분석 그리고 miRNA 검출 등의 지노믹스시대의 연구를 위한 토탈솔루션을 제공하고 있다. 지난 5년간의 마이크로어레이 기반기술을 이용한 자체연구 활동을 수행하면서 축적된 마이크로어레이 관련기술 노-하우들을 국내 마이크로어레이 연구자들에게 공급하기 위하여 노력하고 있다. 특히 당사의 지노믹서비스 부문은 유전자 발현 분석 솔루션 제공을 위해서 자체적으로 제작하여 공급하고 있는 human cDNA(17K/25K) 및 rat cDNA (5.0K) 마이크로어레이, Human (22K) 및 mouse (10K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로 어레이 그리고 미생물 연구를 위한 대장균 (6K) 및 폐렴균 (2.2K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 제공 및 이를 이용한 유전자 발현 분석 서비스를 제공하고 있다. 체적으로 제작되는 마이크로어레이 서비스는 2001년 도입한 ISO9001 품질인증시스템의 기반하에서 제작부터 생산까지의 엄격한 품질관리 과정을 거쳐서 고품질의 마이크로어레이를 이용한 분석서비스를 제공 하고 있다. 또한 고객요구형 서비스를 위하여 국외 유수의 마이크로어레이 회사 (Agilent, Microarray Inc, TIGR, Eurogentec 등)의 whole genome 기반의 마이크로어레이 제품을 이용한 분석서비스를 제공하고 있으며 마이크로어레이 실험을 위해서 필수적으로 이용되고 있는 시약 (labeling kit), 마이크로어레이 hybridization을 위한 hardware (hybridization chamber, hnay centrifuge)등을 자체적으로 개발하여 공급하고 있다. DNA copy number 측정을 위한 Array CGH 분석을 위해서는 자체적으로 제작공구하고 있는 human cDNA 마이크로어레이 (17K/25K) 그기고 rat (5.0K) 마이크로어레이를 이용한 분석서비스 및 whole genome 기반의 Agilent 올리고뉴클레오타이드 CGH 어레이 (44K, 35Kb resolution)를 이용한 분석서비스를 제공하고 있다. Epigenetic study를 하는 연구자들을 위한 메틸레이션 마이크로어레이 분석 서비스를 제공하고 있다. 기존분석법인 Bisulfite 처리기반의 분석이 아닌 enzyme digestion후 PCR 증폭방법을 이용한 분석방법을 이용함으로써, bisulfite 처리에 의한 DNA 손실문제를 최소화 하였다. 현재 50개의 문헌을 통해 잘 보고된 메틸레이션 유전자들에 대한 분석서비스를 제공하고 있으며, 지속적으로 표적컨텐츠의 숫자를 증가시킬 예정이다. 최근 많은 연구자들의 관심을 끌고 있는 micro RNA 검출을 위한 DNA 마이크로어레이 서비스를 제공할 예정이다 (2006년 3월 출시). 현재 까지 알려진 약 320개의 모든 miRNA를 탑재하고 있는 소형 DNA 마이크로어레이를 이용한 분석서비스로서 1장의 마이크로어레이 실험을 통하여 알려진 모든 miRNA의 비교분석이 가능하다. 마이크로어레이 실험 뿐만 아니라 data 분석을 위한 software도 상당히 중요한 비중을 차지하고 있다 이를 위하여 (주)지노믹트리는 Agilent에서 개발한 GeneSpring GX (유전자 발현 분석), Signet (마이크로어레이 database) 및 GeneSpring GT (SNP 분석)를 공급하고 있다. 통계적인 기반 지식의 없은 일반 user들을 위한 간편하면서도 종합적인 기능을 포함하고 있는 우수한 프로그램으로 이미 국제적으로 많은 인정을 받고 있다. (주)지노믹트리는 국내외 많은 연구자들의 경제적, 시간적 연구여건을 고려한 마이크로어레이 토탈솔루션을 제공하고 있으며, 실험 분석에서 data 마이닝 그리고 마이크로어레이 실험 디자인에 이르는 토탈솔루션을 제공하고 있다.

• 생명과학회지
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• 제12권3호
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• pp.250-255
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• 2002

독성이 있는 특이한 편모충인 Alexandrium tamarense의 구별하기 위한 종특이적인 형광 DNA탐침 AT1이 서로 다른 3가지의 고정액에서, 그리고 배양기간의 차이와 whole cell hybridization을 사용하는 광학 현미경 또는 형광 현미경에 의한 세포밀도 측정에 있어서 hiding activity를 비교하는 방법으로 여러 다른 종의 실험에 사용되어졌고, 그의 결과를 보고하는 바이다. 형광 DNA탐침 AT1은 특이적으로, A. tamarense에 결합했지만, 형태학적으로 유사한 다른 편모충에는 결합하지 않았다. 특히 형태적으로 A. tamarense에 유사한 A. catenella는 형광 DNN탐침 AT1에 결합하지 않았다. A. tamarense은 다른 세가지 고정액을 처리하였을 때, 고정액과 상관없이 강한 형광신호를 발산하였다. 추가해서 말하면, 배양기간에 관계없이 형광 DNA탐침 AT1의 biding activity는 강했다. 광학 현미경에 의해서 측정 되어지기 보다는 형광현미경에 의해서 세포밀도가 측정되었다. 형광 DNA탐침 AT1을 이용한 A. tamarense의 동정과 계산은 이 분야에서 새로운 생물독성 감시와 예측 시스템에 기여 할 것이다.

• 한국어병학회지
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• 제8권1호
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• pp.37-46
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• 1995

H. cunea nuclear polyhedrosis virus (HcNPV) 의 polyhedrin 아미노산 및 polyhedrin gene 의 염기서열을 분석하였다. Polyhedrin 은 SDS-PAGE 상에서 3개의 polypeptide band 가 나타났고 주요 polypeptide 는 약 25 Kd 의 분자량을 갖고 있었다. 또한 polyhedrin 은 17 개의 다른 아미노산으로 구성되어 있었다. HcNPV DNA를 EcoRI 효소로 절단하여 $\alpha^{32}P$로 labelling 된 Autographa californica (AcNPV) polyhedrin gene cDNA 의 probe DNA를 이용하여 hybridization 한 결과 polyhedrin gene은 EcoRI 절편들중 H 절편에 양성반응을 나타냈다. 또한 polyhedrin gene 을 포함하고 있는 EcoRI-H 절편을 pUC8 벡터에 cloning한 다음 이를 hPE-H라고 이름하였다. HcNPV genome DNA 의 promoter 부위를 sequence한 결과 TATA box의 염기배열은 polyhedrin gene 전사 개시위치로부터 위쪽으로 -79 bp 의 5' flanking 부위에서 발견되었다. polyhedrin gene 내 CAAT box는 TATA box 측면 염기 배열에서 나타나지 않았고, 4개의 tandem repeat 5'-CTAATAT-3' 와 5'-TAAATAA-3'의 염기는 polyhedrin gene내 전이 개시 위치로 부터 위쪽으로 -141 과 -108 bp 또는 -83 bp 부위에 존재하였으며, 다른 하나는 전이 개시위치로 부터 아래쪽으로 -52 bp 부위에서 발견되었다. 그리고 polyhedrin gene 내 전이 개시위치로 부터 위쪽으로 -141 bp 부위는 다량의 AT (78%) 염기가 존재하였다. 또한 polyhedrin 의 개시 coding region 은 ATG 였고 종결 coding region은 TAA 였다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제9권6호
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• pp.482-489
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• 2004

Bacillus species were observed and quantified by molecular approaches, using the 16S rDNA primers/probes, in a wastewater treatment plant designed for the purpose of stimulating the growth of Bacillus species. The plant has been operating as a test plant since 1997 in the city of Ina, Japan, with excellent treatment performance. Observations by in situ hybridization, using Bacillus-specific probes, indicated that Bacillus strains were inhabited in the plant and their num­bers decreased during the treatment process. Similar results were obtained from a quantitative PCR analysis using a Bacillus-specific primer set, and the amount of DNA originating from various Bacillus species was maximally $1.91%\$ of the total DNA in the wastewater treatment tank. Clone library analysis using the Bacillus-specific primers suggested that, while the population was no­ticeably increased, the phylogenetic diversity of the increasing Bacillus species was very low.

• 한국수정란이식학회지
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• 제14권1호
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• pp.3-5
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• 1999

이식 전 수정란의 성판정은 많은 축산인의 소망이었다. 많은 방법이 제기되었지만, 세포유전학적 분석방법은 ET의 상용화에 거의 무의미할 정도로 한계가 많았고, 이후 개발된 응성 특이적 항원이나 X-염색체에서 발현되는 효소의 활동을 통한 성판정 방법은 흥미롭기는 하나 산업적 적용에 제약이 많았다. 80년대 중반 Y-염색체 특이적인 DNA 탐침자의 개발과 PCR을 통한 DNA증폭기술의 개발은 수정란 성판정을 획기적으로 개선시켰다. DNA기술을 통한 수정란의 성판정은 분자생물학을 현장으로 진출시킨 첫 경우이기도 했다. 90년대에 세포유전학적 분석에서 FISH가 소개되었으며, 염색체 특이적 library는 다른 기초적이고 응용세포유전학적 연구에 유용한 도구가 되었다. 최근에는 사람에서는 착상전 수정란의 성판별 및 유전진단을 위해 실시되고 있는 형광직접접합법(fluorescent in situ hybridization, FISH)은 효소적 유전자 증폭(polymerase chain reaction; PCR)에 비해 높은 민감도와 정확성을 보이고 있으나 hybridization 및 washing 과정에 매우 긴 시간이 소요되고, 절차도 까다로워 현장에서의 적용이 용이치 않았다. 그러나 direct labelled probe의 이용, heat programmable instrument의 개발, denaturing chemical의 사용배제 등을 통해 소요시간 및 절차의 대폭적인 간소화를 이루어 현장의 적용 가능성을 한층 높이고 있다. 현재 사람의 세포유전학 및 종양학에서는 FISH의 다양한 기술이 많이 이용하고 있으나 소에서는 탐침자(probe)가 개발되어 있지 않아 그 이용이 미미하다. 본 연구는 FISH를 이용하기 위한 탐침자의 개발을 궁극적인 목표로 삼았으며, 이를 위해 접근이 용이한 방식을 개발하여 기존의 방식과는 다른 소 배아세포의 성을 판별 할 수 있는 접근방법을 소개 하고자한다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제3권1호
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• pp.64-70
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• 2000

DNA probes for the l6S rRNA have been designed for the detection of Edwardsiella tarda. In order to accomplish this purpose, the l6S rRNA gene from E. tarda has been cloned and sequenced. Two highly feasible oligonucleotide probe sites have been determined by the database analysis programs presented by PCGENE and BLAST. These two probes have been evaluated by slot blot hybridization analysis. Hetero- and homo-trimeric templates have been synthesized using these two probe sites. The templates have been further multimerized by PCR to generate between 150 and 300 bp long DIG-11-dUTP labeled probes. Unlike 3' end labeled oligonucleotide probes or templates, multimerized probes showed no cross­hybridization in the given experimental condition. Furthermore, a significant increase in sensitivity has been observed with these probes. This method, we presented here, may be useful for the designing of probes for the detection of other fish pathogenic microorganisms also.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권1호
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• pp.9-18
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• 2000

Using differential display techniques, a new acidic pathogenesis-related (PR) protein-1 cDNA (GMPRla) gene was isolated from a cDNA library of soybean (Glycinemax L.Merr, cultivar Jangyup) hypocotyls infected by Phytophthora sojae f. sp. glycines. The 741 bp of fulllength GMPRla clone contains an open reading frame of 525 nucleotides encoding 174 amino acid residues (pI 4.23) with a putative signal peptide of 27 amino acids in the N-terminus. Predicted molecular weight of the protein is 18,767 Da. The deduced amino acid sequence of GMPRla has a high level of identity with PR-1 proteins from Brassica napus, Nicotiana tabacum, and Sambucus nigra. The GMPRla mRNA was more strongly expressed in the incompatible than the compatible interaction. The transcript accumulation was induced in the soybbean hypocotyls by treatment with ethephon or DL-$\beta$-amino-n-butyric acid, but not by wounding. In situ hybridization data showed that GMPRIa mRNAs were usually localized in the vascular bundle of hypocotyl tissues, especially phloem tissue. Differences between compatible and incompatible interactions in the timing of GMPRla mRNA accumulation were remarkable, but the spatial distribution of GMPRla mRNA was similar in both interactions. However, more GMPRla mRNA was accumulated in soybean hypocotyls at 6 and 24 h after inoculation.