The Journal of the Korean Society for Microbiology
/
v.34
no.6
/
pp.519-532
/
1999
Helicobacter pylori is a causative agent of type B gastritis and plays a central role in the pathogenesis of gastroduodenal ulcer and gastric cancer. To elucidate the host-parasite relationship of the H. pylori infection on the basis of molecular biology, we tried to evaluate the genomic diversity of H. pylori. An ordered overlapping bacterial artificial chromosome (BAC) library of a Korean isolate, H. pylori 51 was constructed to set up a genomic map. A circular physical map was constructed by aligning ApaI, NotI and SfiI-digested chromosomal DNA. When the physical map of H. pylori 51 was compared to that of unrelated strain, H. pylori 26695, completely different restriction patterns were shown. Fifteen known genes were mapped on the chromosome of H. pylori 51 and the genetic map was compared with those of strain 26695 and J99, of which the entire genomic sequences were reported. There were some variability in the gene location as well as gene order among three strains. For further analysis on the genomic diversity of H. pylori, when comparing the genomic structure of 150 H. pylori Korean isolates with one another, genomic macrodiversity of H. pylori was characterized by several features: whether or not susceptible to restriction digestion of the chromsome, variation in chromosomal restriction fingerprint and/or high frequency of gene rearrangement. We also examined the extent of allelic variation in nucleotide or deduced amino acid sequences at the individual gene level. fucT, cagA and vacA were confirmed to carry regions of high variation in nucleotide sequence among strains. The plasticity zone and strain-specific genes of H. pylori 51 were analyzed and compared with the former two genomic sequences. It should be noted that the H. pylori 51-specific sequences were dispersed on the chromosome, not congregated in the plasticity zone unlike J99- or 26695-specific genes, suggesting the high frequency of gene rearrangement in H. pylori genome. The genome of H. pylori 51 shows differences in the overall genomic organization, gene order, and even in the nucleotide sequences among the H. pylori strains, which are far greater than the differences reported on the genomic diversity of H. pylori.
The application of sludge wastes into agricultural fields has been increasing annually in Korea. In particular, sewage sludge application has been widely accepted in decades. Sewage sludge application aid in the recycling of essential nutrients and act as a source of organic matter improving the structure and water-holding properties of the soil. The efficient use of sludge wastes, however, requires an individual assessment of waste products. This study assessed the biological characteristics of organic waste-treated lysimeter soils and develop its indicator to assess the soil health of organic waste-treated lysimeter soils. Several analytical techniques more recently developed such as restriction fragment length polymorphism (RFLP), phospholipid fatty acid (PLFA), and community level substrate utilization (CLSU) fingerprints allow for detailed analyses of soil microbial communities. PLFA and RFLP was, therefore, used in the study to characterize the microbial communities in soil without the need to isolate individual fungi and bacteria. PLFA, RFLP and CLSU have been utilized to assess microbial characteristics of the lysimeter soils with four different sludge wastes for eight consecutive years. Each of these methods was analyzed for a different aspect of soil microbial characteristics. The study would disclose those methods yielded highly reproductive results for each soil and allow distinguishing the soils based on the structures of specific geneand PLFA-pools more than CLSU fingerprints. PLFA methods, especially, revealed the same relative similarities of the treated soils based on cluster analysis of the biological characteristics. Pig manure compost-treated soil, however, was only the same relative resemblance among the three methods. These results indicated that PLFA easily assessed the biological soil characterization.
A series of transition metal complexes of 3,6-bis(6'-methyl-2'-pyridyl)pyridazine ($L^{1}$) and 3,6-bis(2'-pyridyl)pyridazine ($L^{2}$) as artificial nuclease, $1{\sim}8$ were synthesized. After determining of X-ray crystal structure, hydrolysis rate constants of phosphates, as DNA model compound and biological activities were confirmed. $L^{2}$-Zn(II) complex, 8 was shown the best hydrolysis rate constant. The $L^{2}$-Ni(II) complex, 5 and $L^{2}$-Co(II) complex, 6 showed the highest herbicidal activity against SCP (Scriptus Juncoids) with excellent tolerance to rice, ORY (Oryzae sativa L.). And the $L^{1}$-Co(II) complex, 2, $L^{1}$-Zn(II) complex, 4 and ligand ($L^{1}$ amp; $L^{2}$) displayed above 90% fungicidal activity against MAG (Magnaporthe grisea).
Copy number variations (CNVs), important genetic factors for study of human diseases, may have as large of an effect on phenotype as do single nucleotide polymorphisms. Indeed, it is widely accepted that CNVs are associated with differential disease susceptibility. However, the relationships between CNVs and gene expression have not been characterized in the horse. In this study, we investigated the effects of copy number deletion in the blood and muscle transcriptomes of Thoroughbred racing horses. We identified a total of 1,246 CNVs of deletion polymorphisms using DNA re-sequencing data from 18 Thoroughbred racing horses. To discover the tendencies between CNV status and gene expression levels, we extracted CNVs of four Thoroughbred racing horses of which RNA sequencing was available. We found that 252 pairs of CNVs and genes were associated in the four horse samples. We did not observe a clear and consistent relationship between the deletion status of CNVs and gene expression levels before and after exercise in blood and muscle. However, we found some pairs of CNVs and associated genes that indicated relationships with gene expression levels: a positive relationship with genes responsible for membrane structure or cytoskeleton and a negative relationship with genes involved in disease. This study will lead to conceptual advances in understanding the relationship between CNVs and global gene expression in the horse.
A lactic acid bacteria with ${\beta}$-gal activity was isolated from Kimchi, a traditional fermented vegetable food in Korea. The isolate was identified as a Lactococcus lactis strain and named L. lactis A2. The gene encoding ${\beta}$-gal of L. lactis A2 was cloned as a 5.8 kb PstI fragment. DNA sequencing identified the complete lacA (galactoside acetyltransferase)-lacZ (${\beta}$-galactosidase) genes together with the 3' part of upstream galT (galactose-1-phosphate uridyltransferase), and the 5'region of downstream galE (UDP-galactose-4-epimerase) genes. L. lactis A2 had the same gal/lac operon structure as in L. lactis subsp. lactis 7962. Other genes of the Leloir pathway are most likely to be located in the 5'upstream of the 5.8 kb fragment on the A2 chromosome. Sequences downstream of galE were different from those of L. lactis subsp. lactis 7962.
Le, Huong Giang;Yao, Zhuang;Kim, Jeong A;Lee, Se Jin;Meng, Yu;Park, Ji Yeong;Kim, Jeong Hwan
Microbiology and Biotechnology Letters
/
v.48
no.3
/
pp.287-295
/
2020
Lactobacillus zymae GU240 was previously isolated from Kimchi, a Korean fermented vegetable, as a strong GABA producer. The strain showed β-galactosidase (β-Gal) activity on MRS agar plates with X-gal. When growth and β-Gal activities of GU240 were measured using MRS (glucose, 2%, w/v) and MRSL (lactose, 2%, w/v) broths, cells were found to grow slowly in MRSL, and the β-Gal activity (36 units at 4 h) was lower than that of cells grown in MRS (94 units at 16 h). The highest OD600 value of the culture in MRS was 1.6 at 24 h at 37℃, whereas that of the culture in MRSL was 0.6 at 16 h. β-Gal activity of the culture in MRS reached the maximum (95.6 u/ml) at 16 h, decreased thereafter, and was not detected at 48 h. β-Gal activity for culture in MRSL reached its highest (36 u/ml) at 4 h and decreased gradually, but some activity (11.05 u/ml) still remained at 72 h. The structural gene encoding β-Gal in L. zymae GU240 was cloned as a 3.1 kb fragment, and DNA sequencing confirmed the presence of complete lacLM genes. lacLM genes from L. zymae GU240 showed 98-99% homologies in nucleotide sequences with other lacLM genes from L. brevis. Reverse transcription (RT)-PCR confirmed the operon structure of lacLM. The results indicated that L. zymae GU240 might be in the process of losing the ability to grow rapidly on lactose-containing medium, such as milk, due to adaptations to plant environments, including kimchi.
In the present study, lactic acid bacterium that has antibacterial activity against Helicobacter pylori was isolated from feces of newborn baby. The selection was based on the ability to inhibit the growth of H. pylori and to withstand harsh environmental conditions such as acidic pH and high bile concentration. By biochemical test and 16S rDNA sequencing, selected strain was turned out to be an Pediococcus acidilactici, therefore designated to P. acidilactici GMB7330. In order to investigate the inhibitory effects of P. acidilactici GMB7330 on the growth of H. pylori, we have tested in vitro studies such as cell viability and urease test. These results showed that antibacterial activity of P. acidilactici GMB7330 significantly decreased the viable cell count and urease activity of H. pylori. Antibacterial activity of P. acidilactici GMB7330 against H. pylori remained after pH adjustment to neutral, and the concentration of lactate produced from P. acidilactici GMB7330 was not enough to inhibit H. pylori. On the basis of the analysis by transmission electron microscope, it demonstrated that addition of P. acidilactici GMB7330 destroyed the cell structure of H. pylori. These results strongly suggested that P. acidilactici GMB7330 produce antibacterial substances to be able to inhibit the growth of H. pylori other than lactic acid.
Cystic echinococcosis (CE) treatment urgently requires a novel drug. The p38 mitogen-activated protein kinases (MAPKs) are a family of Ser/Thr protein kinases, but still have to be characterized in Echinococcus granulosus. We identified a 1,107 bp cDNA encoding a 368 amino acid MAPK protein (Egp38) in E. granulosus. Egp38 exhibits 2 distinguishing features of p38-like kinases: a highly conserved T-X-Y motif and an activation loop segment. Structural homology modeling indicated a conserved structure among Egp38, EmMPK2, and H. sapiens $p38{\alpha}$, implying a common binding mechanism for the ligand domain and downstream signal transduction processing similar to that described for $p38{\alpha}$. Egp38 and its phosphorylated form are expressed in the E. granulosus larval stages vesicle and protoscolices during intermediate host infection of an intermediate host. Treatment of in vitro cultivated protoscolices with the p38-MAPK inhibitor ML3403 effectively suppressed Egp38 activity and led to significant protoscolices death within 5 days. Treatment of in vitro-cultivated protoscolices with $TGF-{\beta}1$ effectively induced Egp38 phosphorylation. In summary, the MAPK, Egp38, was identified in E. granulosus, as an anti-CE drug target and participates in the interplay between the host and E. granulosus via human $TGF-{\beta}1$.
Lee, Moo Seok;Lee, Jong Kyu;Nam, Ji Ho;Ha, Tae Yeong;Lim, Yeong Hyeon;Kil, Sang Hyeong
Journal of Life Science
/
v.27
no.6
/
pp.708-725
/
2017
Ionizing radiation is enough energy to interact with matter to remove orbital electrons, neutrons, and protons in the atom. Ionizing radiation like this leads to oxidizing metabolism that alter molecular structure through direct and indirect interactions of radiation with the deoxyribonucleic acid in the nucleus and cytoplasmic organelles or via products of cytoplasm radiolysis. These ionization can result in tissue damage and disruption of cellular function at the molecular level. Consequently, ionizing radiation-induced modifications of ion channels and transporters have been reported. When the harmful effects exceed those of homeostatic biochemical processes, induced biological changes persist and may be propagated to progeny cells. Also, Reactive oxygen species formed on the effect of ionizing radiation can get across into neighboring cells through the cell junctions that are responsible for intercellular chemical communication, and may there bring about changes characteristic to radiation damage. Depending on radiation dose, dose-rate and quality, these protective mechanisms may or may not be sufficient to cope with the stress. This paper briefly reviewed reports on ionization radiation effects on cellular level that support the concept of radiation biology. A better understanding of the biological effects of ionizing radiation will lead to better use of and better protection from radiation.
Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers B
/
v.41
no.1
/
pp.63-67
/
2017
In bioscience and biotechnology, the research of fundamental life mechanisms and their diseases caused by insufficiency is important. The study of a whole organism is difficult and sometimes impossible because of DNA, RNA, proteins, cellular organelles, various cells, and organs. Cell cultures can provide a simple method for researching cellular mechanisms and conditions, both in terms of physiological performance, and in response to chemical stimulation. According to conventional cell culture methodology, the flat surface is used with surface treatments for cell adhesion on the surface. Micro- and nanoscale patterns have been developed with chemical and biochemical modifications for cell immobilization. In this study, HeLa cell culture on nanostructures patterns was studied, including the 300 nm line and 150 nm pillar structures, using nanoimprint lithography and pyrrole as a biocompatible conducting polymer.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.