The gene encoding Aquifex pyrophilus (Apy) DNA polymerase was cloned and sequenced. The Apy DNA polymerase gene consists of 1,725 bp coding for a protein with 574 amino acid residues. The deduced amino acid sequence of Apy DNA. polymerase showed a high sequence homology to Escherichia coli DNA polymerase I-like DNA polymerases. It was deduced by amino acid sequence alignment that Apy DNA polymerase, like the Klenow fragment, has only the two domains, the $3'{\rightarrow}5'$ exonuclease domain and the $5'{\rightarrow}3'$ polymerase domain, containing the characteristic motifs. The Apy DNA polymerase gene was expressed under the control of T7lac promoter on the expression vector pET-22b(+) in E. coli. The expressed enzyme was purified by heat treatment, and Cibacron blue 3GA and $UNO^{TM}$ Q column chromatographies. The optimum pH of the purified enzyme was 7.5, and the optimal concentrations of KCl and $Mg^{2+}$ were 20 mM and 3 mM, respectively. Apy DNA polymerase contained a double strand-dependent $3'{\rightarrow}5'$ proofreading exonuclease activity, but lacked any detectable $5'{\rightarrow}3'$ exonuclease activity, which is consistent with its amino acid sequence. The somewhat lower thermostability of Apy DNA polymerase than the growth temperature of A. pyrophilus was analyzed by the comparison of amino acid composition and pressure effect.
Paired box protein, PAX7, is a key molecule for the specification, maintenance and skeletal muscle regeneration of muscle satellite cells. In this study, we identified and characterized the cDNA and amino acid sequences of PAX7 from black sea bream (Acanthopagrus schlegelii) via molecular cloning and sequence analysis. A. schlegelii PAX7 cDNA was comprised of 1,524 bp encoding 507 amino acids and multiple sequence alignment analysis of the translated amino acids showed that it contained three domains including paired DNA-binding domain, homeobox domain and OAR domain which were well conserved across various animal species investigated. Pairwise Sequence Alignment indicated that A. schlegelii PAX7 had the same amino acid sequences with that of yellowfin seabream (A. latus) and 99.8% identity and similarity with that of gilt-head bream (Sparus aurata). Molecular phylogenetic analysis confirmed that A. schlegelii PAX7 formed a monophyletic group with those of teleost and most closely related with those of the fish that belong to Sparidae family including A. latus and S. aurata. In the investigation of its tissue specific mRNA expression, the expression was specifically identified in skeletal muscle tissue and a weak expression was also shown in gonad tissue. The cultured cells derived from skeletal muscle tissues expressed PAX7 mRNA at early passage but the expression was not observed after several times of subculture.
Journal of information and communication convergence engineering
/
v.14
no.1
/
pp.26-34
/
2016
The alignment of DNA sequences is one of the important processes in the field of bioinformatics. The Smith-Waterman algorithm (SWA) performs optimally for aligning sequences but is computationally expensive. Field programmable gate array (FPGA) performs the best on parameters such as cost, speed-up, and ease of re-configurability to implement SWA. The performance of FPGA-based SWA is dependent on efficient cell-basic implementation-unit design. In this paper, we present an optimized systolic cell design while avoiding oversimplification, very large-scale integration (VLSI)-level design, and direct mapping of iterative equations such as previous cell designs. The proposed design makes efficient use of hardware resources and provides portability as the proposed design is not based on gate-level details. Our cell design implementing a linear gap penalty resulted in a performance improvement of 32× over a GPP platform and surpassed the hardware utilization of another implementation by a factor of 4.23.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.4
no.2
/
pp.101-107
/
2002
We describe here the cDNA sequence and mRNA expression of a novel family of the antioxidant protein, peroxiredoxin, from the firefly, Pyracoetia ruin. The 555 bp cDNA sequence codes for a 185 amino acid protein with a calculated molecular mass of approximately 21 kDa. The deduced protein of P. rufa peroxiredoxin gene contains two conserved cysteine residues. Alignment of the deduced protein of P. rufa peroxiredoxin gene showed 71.1% protein sequenceidentity to known insect Drosophila melanogaster peroxiredoxin. Northern blot analysis revealed that the P. rufa peroxiredoxin is specifically expressed in the fat body of P. rufa larvae.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.5
no.1
/
pp.103-108
/
2002
We describe here the cDNA sequence and mRNA expression of a novel serine pretense from the firefly, Pyrocoelia rufa. The 771 bp cDNA encodes for 257 amino acid residues. The deduced protein of P. rufa serine pretense gene contains the catalytic triad and six-conserved cysteine residues. Alignment of the deduced protein of P. rufa serine pretense gene showed 47.4% protein sequence identity to known coleopteran insect Rhyzopertha dominica midgut trpsin-like enzyme. Northern blot analysis revealed that the P. rufa serine pretense is specifically expressed in the midgut of P. rufa larvae.
A new aniline-utilizing microorganism, strain HY1 obtained from an orchard soil, was characterized by using the BIOLOG system, an analysis of the total cellular fatty acids, and a 16S rDNA sequence. Strain HY1 was identified as a Burkholderia species, and was designated Burkholderia sp. HY1. GC and HPLC analyses revealed that Burkholderia sp. HY1 was able to degrade aniline to produce catechol, which was subsequently converted to cis,cis-muconic acid through an ortho-ring fission pathway under aerobic conditions. Strain HY1 exhibited a drastic reduction in the rate of aniline degradation when glucose was added to the aniline media. However, the addition of peptone or nitrate to the aniline media dramatically accelerated the rate of aniline degradation. A fatty acid analysis showed that strain HY1 was able to produce lipids 16:0 2OH, and 11 methyl 18:1 ${\omega}7c$ approximately 3.7-, 2.2-, and 6-fold more, respectively, when grown on aniline media than when grown on TSA. An analysison the alignment of a 1,435 bp fragment. A phylogenetic analysis of the 16S rDNA sequence based on a 1,420 bp multi-alignment sowed of the 16s rDNA sequence revealed that strain HY1 was very closely related to Burkholderia graminis with 95% similarity based that strain HY1 was placed among three major clonal types of $\beta$-Proteobacteria, including Burkholderia graminis, Burkholderia phenazinium, and Burkholderia glathei. The sequence GAT(C or G)${\b{G}}$, which is highly conserved in several locations in the 16S rDNA gene among the major clonal type strains of $\beta$-Proteobacteria, was frequently replaced with GAT(C or G)${\b{A}}$ in the 16S rDNA sequence from strain HY1.
Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
/
2005.05a
/
pp.27-30
/
2005
3개 이상의 DNA 혹은 단백질의 염기서열을 정렬하는 다중 서열 정렬(multiple sequence alignment, MSA)은 서열들 사이의 진화관계, 단백질의 구조와 기능에 관한 연구에 필수적인 도구이다. 최적화된 다중서열 정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법은 동적 프로그래밍이다. 그러나 동적프로그래밍은 정렬하고자 하는 서열의 수가 증가함에 따라 시간도 지수함수($O(n^k)$)로 증가하기 때문에 다중 서열 정렬에는 효율적이지 못하다. 따라서, 본 논문에서는 최적의 MSA 문제를 해결하기 위해 클러스터링 기반의 새로운 다중 서열 정렬 (Clustering-based Multiple Sequence Alignment, CMSA) 알고리즘을 제안한다. 결과적으로 제안한 CMSA 알고리즘의 기여도는 다중 서열 정렬의 질적 향상과 처리 시간 단축($O(n^3L^2)$)이 기대된다.
Dendropanax morbifera is an endemic tree species of Korea, it is restricted to the southern parts of Korea. The internal transcribed spacer (ITS) region of nuclear ribosomal DNA (nrDNA) for Dendropanax morbifera grown at Bogil-do, Korea was determined. We investigated the sequence-based phylogenetic relationships of plants related and clarified its taxonomical position. The determined sequences consisted of 689 residues. ITS1 was 222 bp long while ITS2 was 233 bp long. The 5.8S rDNA was 160 bp long. The ITS region sequences of the Dendropanax species included in this study were obtained from GenBank. Oreopanax polycephalus was used as the outgroup. A pairwise alignment was calculated using the Clustal X program. A phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining method using the Tree view program. Sequence similarities among species including D. morbifera Bogil-do isolate showed the range 92.6 to 99.7% in sequence-based phylogenetic analysis using total 615 base pairs of ITS1, 5.8S rDNA and ITS2. D. morbifera Bogil-do isolate exhibited the highest degree of relatedness to D. chevalieri, sharing 99.7% ITS region similarity. D. morbifera Bogil-do isolate also showed to D. trifidus, sharing 99.4% ITS region similarity.
Han Sang-Il;Lee Sung-Gun;Hou Bo-Kyeng;Byun Yoon-Sup;Hwang Kyu-Suk
Journal of Institute of Control, Robotics and Systems
/
v.12
no.10
/
pp.1044-1049
/
2006
Multiple sequence alignment is a method to compare two or more DNA or protein sequences. Most of multiple sequence alignment tools rely on pairwise alignment and Smith-Waterman algorithm to generate an alignment hierarchy. Therefore, in the existing multiple alignment method as the number of sequences increases, the runtime increases exponentially. In order to remedy this problem, we adopted a parallel processing suffix tree algorithm that is able to search for common subsequences at one time without pairwise alignment. Also, the cross-matching subsequences triggering inexact-matching among the searched common subsequences might be produced. So, the cross-matching masking process was suggested in this paper. To identify the function of the clusters generated by suffix tree clustering, BLAST and CDD (Conserved Domain Database)search were combined with a clustering tool. Our clustering and annotating tool consists of constructing suffix tree, overlapping common subsequences, clustering gene sequences and annotating gene clusters by BLAST and CDD search. The system was successfully evaluated with 36 gene sequences in the pentose phosphate pathway, clustering 10 clusters, finding out representative common subsequences, and finally identifying functional domains by searching CDD database.
Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
/
2013.05a
/
pp.894-897
/
2013
서열 정렬(sequence alignment)은 유전학(genomic)에서 널리 사용되는 도구 중 하나이다. 최근에는 차세대 시퀀싱 기술(NGS)이 발달함에 따라 데이터의 생산량이 크게 증가했고, 이에 따라 높은 처리량(throughput)을 가진 서열 정렬 알고리즘의 필요성이 증가하였다. 본 논문에서 제안하는 염기 서열 정렬 알고리즘은 시퀀스(sequence)데이터를 그래프 형태로 변형시킨 다음, 마이크로소프트사의 그래프 기반인 메모리(in-memory) 분산시스템(distributed system) 트리니티(Trinity)를 이용해 서열 정렬을 수행한다. 본 논문의 알고리즘은 트리니티 시스템에서 시뮬레이션 염기 데이터를 성공적으로 정렬하였으며, 슬레이브의 개수가 늘어날수록 빠른 속도를 나타내어 확장성(scalability)을 입증했다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.