• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권10호
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• pp.1368-1374
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• 2005

To investigate the genetic relationships among various cattle breeds, bovine mtDNA D-loop region was used in 411 animals of 18 cattle breeds, including 8 Asian Bos taurus, 7 European Bos taurus, 1 Asian Bos indicus, and 2 African Bos indicus. The size of amplified PCR products from mtDNA D-loop region was 964 bp and the products were digested by 15 different restriction enzymes. Two different band patterns were identified in eight restriction enzymes (BstXI, Hae III, Msp I, Apa I, Taq I, Alu I, BamH I, EcoN I) and the rest of restriction enzymes showed more than 3 different band patterns among which Apo I and MspR9 resulted in 7 different restriction patterns. The genotypes, number of haplotype, effective number of haplotype, and degree of heterozygosity were analyzed. Based on all the PCR-RFLP data, different haplotypes were constructed and analyzed for calculating genetic distances between these breeds using Nei's unbiased method and constructing a phylogenetic tree.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권2호
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• pp.119-126
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• 1997

Accnthamoebn sp. W-4는 영양형 및 포낭의 형태학적 특징이 A. culbefson가 비슷하지만. 마우스에 대한 병원성. in vitro 세포독성. isoenzyme pattern 비교 분석 및 콩-특이성 난세포군 항체 교차반응 등에 의하변 A. culbensoni와는 조금 다르다. 많은 아메바들이 다양한 환경에서 다양한 형태로 분리됨으로써 종 농정에 있어서 좀더 다양한 정보를 얻고자 분자유전학적 접근을 시도하였다 본 실험은 Acanthcmoebc sp. YM-4(한국 분리수)에 대한 미토콘드리아 DNA(mtDNA)를 분리하여. 여러 종의 제한효소를 처리함으로써 mtDNA의 단편들을 얻은 다 전체 크기 및 제한효소 절단 단편길이 다형성(RFLP) 분석을 하였다. 5가지의 제한효소 즉 Hce III. Hind III . Cla I. pvu II 빛 Sal I으로 처리된 Acanthamoebn의 mtDNA는 최소 3개의 단편들고부터 많은 것은 15개의 단편들로까지 나뉘어졌다. 단편들을 합산한 mtDNA의 전체 크기는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 평균 46.4 kbp였으며 A. culbertsoni 및 A. potwphcgc는 각각 48.3 kbp 및 48.8 kbp로 관찰되었다 제한효소 단편길이들은 0. 6 kip초부터 34. 4 kbp가시 다양하였으며. Accnthcmoebc sp. YM- 4의 mtDNA 단편들을 A. culbertsorli 및 A. polyphnbc와 비교해 볼 때 각각 총 67개 및 65개 중에서 총통으로 갖은 단편들이 각각 9개 및 7개로 관찰되었다. 그것을 토대로 genetic divergence를 계산한 결과 Accnthnmoebn sp. YM-4차 A. culbertsoni 간에는 10.1%였으며 A. poIWphogc와는 0.99%였다. 이런 다형성의 결과는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 A. culbertsoni 및 A. poIMphafc와는 종이 다를 수 있다는 것을 보여준다고 하겠다.

• KSBB Journal
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• 제15권4호
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• pp.411-413
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• 2000

본 연구에서는 Lactobacillus crispatus KLB46의 genomic DNA를 빠르고, 간단하게 소량 (3 mL)의 배양액에서부터 추출하는 방법을 확립하였다. 이 방법을 이용하여 L. crispatus KLB46로부터 total genomic DNA를 분리한후 peR과 제한효 소처리를 하여 전기영동으로 확인하였다. 질의 정상세균총을 이루고 병원성균의 증식을 억제하는 그램양성균인 L. crispatus KLB46의 genomic DNA의 신속한 추출방법은 이 균주의 유 전공학연구에 유용하게 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제17권1호
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• pp.39-44
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• 1993

In Korean ginseng, Panax ginseng C.A Meyer, it was difficult to isolate chloroplast DNA with classical methods, because of the high polysaccharide content of ginseng chloroplast The simple and efficient method of chloroplast DNA isolation from ginseng leaves has been developed by motificalion of recently advanced methods. Also, it can be successfully applied to ctDNA isolation of Chinese cabbage, radish, petunia tobacco as well as ginseng. Isolated chloroplast DNA from ginseng was digested with various restriction endonucleases. It was estimated that the molecular weight of Korean ginseng chloroplast DNA was about 142 kb. There was no difference in restriction endonuclease digestion patterns between two variants of Korean ginseng, which are Jakyung-Jong (violet-stem variant) and Hwang- sook-Jong (yellow-berry variant).

• 한국균학회지
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• 제22권2호
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• pp.117-121
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• 1994

여름느타리버섯 Pleurotus sajor-caju 균주를 인디아, 파푸아뉴기니아를 포함한 5개국으로부터 수집하였다. 파푸아뉴기니아 균주는 흰색 자실체를 형성하나 나머지 4개 지역 균주는 갈색 자실체를 형성하였다. 갈색 자실체와 백색 자실체로부터 각각1핵 균주를 얻어 서로 교배하였다. 그들은 다른 교배형을 나타냈으며 갈색종은 $A_1A_2B_1B_2$이었고 백색종은 $A_3A_4B_3B_4$이었다. 여름느타리버섯 5개 균주의 균사체에서 DNA를 분리하였으며, 미토콘드리아 DNA는 bisbenzimide-CsCl 초원심 분리에 의해 핵 DNA와 분리되었다. 5개 균주중 2개 균주의 미토콘드리아 DNA는 EcoRI 제한효소 패턴이 다르게 나타났다. 분리된 각 band의 절편 크기를 합산한 미토콘드리아 DNA크기는 60-65 kb로 추정되었다.

• Journal of Microbiology
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• 제34권3호
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• pp.229-235
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• 1996

Microgram quantities of DNA per gram soil were recovered with SDS- based and freeze-and thaw procedures. The average DNA fragment size was > 23 Kb. This method generated minimal shearing of extracted DNA. However, the DNA extracts still contained considerable amounts of humic impurities sufficient to inhibit PCR. Several approaches were used to reduce the interferences with the PCR (use of CTAF in extraction step, Elutip-d column purification, addition of BSA to PCR buffer) to accomplish PCR with DNA extract as a template. Most of the DNA extracts were not digested completely by restriction endonuclease, and CTAB-TREATED ane Elutip-d column purified DNA extracts were partially digested. Regarding as restriction enzyme digestion, all PCRs failed to amplify 16S rRNA gene fragments in the DNA extracts. In the case of DNA extracts only where BSA was added to PCR buffer, PCR was successfully conducted whether the DNA extracts were treated with CTAB or purified with columns. However, these two treatments were indispensable for humic impurity-rich DNA extracts to generate the PCR-compatible DNA samples. Direct extraction of DNA, coupled with these procedures to remove and relieve interferences by humic impurities and followed by the PCR, can be rapid and simple method for molecular microbiological study on soil microorganisms.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제26권2호
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• pp.117-121
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• 1998

김치로부터 분리한 Lactobacillus plantarum bacteriophage SC 921은 M.O.I가 0.2일 경우 용균효과가 빠르게 진행됨을 알 수 있었고, SDS-PAGE를 실시하여 phage particle protein을 조사해 본 결과 4개의 major protein으로 구성되어 있는데 이들은 각각 48, 34, 32, 29 kDa으로 구성되어 있다. Exo III로 30분간 반응시킨 후 S1 nuclease를 처리하여 DNA의 형태를 조사해 본 결과 intact DNA는 linear form의 double strand를 유전전달 물질로 가지고 있었다. 제한효소에 대한 절단 효과를 조사한 결과, Sma I에 대해서 1개, Xba I, Cla I, Kpn I, EcoRI에 대해서 각각 2, 4, 5, 6개의 절단부위를 가지고 있으며, Hind III에 대해서는 절단부위가 매우 많은 것을 알 수 있었다. Hind III를 이용하여 intact DNA의 genome size를 측정해본 결과 약 66.5 kbp정도였다. 위의 실험결과와 restriction enzyme mapping을 통해 기존에 알려진 bacteriophage B2와 비교해본 결과 숙주 균주는 같으나 단백질적인 구조나 유전전달물질로 본 구조는 서로 다름을 알 수 있었다.

• 한국가축번식학회지
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• 제27권2호
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• pp.97-102
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• 2003

본 연구는 분만시 동복 신생자돈의 제대혈에서 추출한 genomic DNA를 PCR-RFLP 기법을 이용하여 농가수입증대를 위하여 육질이 불량한 PSS 돼지를 판별하는 방법을 개발하기 위한 기초실험으로써 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 자돈 제대에서 혈액 genomic DNA를 추출하여 PCR에 의하여 증폭된 ryanodine receptor gene 영역의 산물은 자돈의 제대혈에서 1.8kb의 길이로 증폭되었음을 확인하였다. 제대혈에서 추출된 DNA 의 PCR 증폭 단편을 가지고 Hha I 제한효소로 digest 하여준 결과에서 PSS 돼지는 Yorkshire 종에서 출현하지 않았으나, Landrace 종과 Crossbred 종에서 각각 4.76%와 7.14%로 교잡종(LYD 또는 YLD)에서 더욱 많이 출현되었다. 이상의 결과로 볼 때 분만시 신생자돈의 제대혈을 채취하여 PSS 돼지를 조기에 선발하면 스트레스 감소는 물론 혈액채취의 간편성을 기대할 수 있을 것으로 판단된다.

• 대한수의학회지
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• 제32권4호
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• pp.597-603
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• 1992

To elucidate the molecular genetical properties of the canine parvoviruses isolated from the diseased puppies in the regions of Kyunggi and Chungnam provinces, the replicative form (RF) DNA of four field isolates were compared with those of two attenuated vaccine strains and a reference strains of CPV by restriction endonuclease analysis (REA). REA by Hinf I showed that three CPV isolates except CPV-V15 had an identical banding pattern with two vaccine strains, one standard strain and feline panleukopenia virus (FPLV). In CPV-V15 strain the fourth fragment of DNA with 800 bp was deleted. REA by Bgl II and Pst I indicated that CPV-V15 and FPLV had a bigger second fragment than those of the other strains of CPV. Meanwhile REA by Bam HI revealed that all the field isolates and vaccine strains used in this experiment showed similar banding patterns.

• Journal of Microbiology
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• 제41권4호
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• pp.327-334
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• 2003

This study employed two PCR-based 16S rDNA approaches, amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), to characterize the bacterial community structure in groundwater. Samples were collected from groundwater for the use by private residences, as well as for industrial and agricultural purposes, in Ansan City. Each PCR product was obtained by PCR with eubacteria 16S rDNA and variable V3 region specific primer sets. After amplification, the 16S rDNA PCR products were digested with 4-base site specific restriction endonucleases, and the restriction pattern analyzed. The genetic diversity and similarity of the groundwater bacterial community was analyzed by eubacteria universal primer sets for the amplification of variable V3 regions of the bacterial 16S rDNA. The result of the bacterial community analysis, by ARDRA and DGGE, revealed the same pattern. The highest diversity was found in groundwater from site G1, which was used in residences. In the DGGE profile, a high intensity band was sequenced, and revealed to be Pseudomonas sp. strain P51.