• 한국식품과학회지
• /
• 제35권3호
• /
• pp.470-474
• /
• 2003

식중독은 세균에 의한 발병이 대부분이다. 따라서 식품에서 식중독 원인균을 신속하게 탐색하게 식중독으로부터의 되면 피해를 줄일 수 있을 것이다. 고전적인 식중독 원인균 탐색은 증균, 선택적 배지를 이용한 isolation, 생화학적 특징을 활용하는 분석이 있으나 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 본 연구는 16S rRNA gene(16S rDNA)로부터 얻은 DNA 염기 서열을 이용 식중독 원인균의 특이적 oligonucleotide probe을 제작 reverse dot blot hybridization과 PCR 방법을 이용하여 고전적인 방법보다 빠른 시간 내에 식품에서 원인균을 탐색 할 수 있었다. 우유를 인공적으로 본 연구에서 사용한 균주로 오염시킨 후 DNA를 추출하여 PCR 증폭산물과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe가 위치한 곳에서 발색 반응이 나타났다. 본 연구에서 본 연구를 통해 DNA microchip으로 활용 짧은 시간 내에 많은 종류의 식중독 원인균을 탐색 할 수 있는 가능성을 확인하였다.

• 대한전기학회:학술대회논문집
• /
• 대한전기학회 2003년도 추계학술대회 논문집 전기물성,응용부문
• /
• pp.89-91
• /
• 2003

The determination of DNA hybridization reaction can apply the molecular biology research, clinic diagnostics, bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, the improvement of DNA detection system is very important for the determination of this hybridization reaction. In this study, we report the characterization of the probe and target oligonucleotide hybridization reaction using the evanescent field microscopy. First, we have fabricated DNA chip microarray. The particles which were immobilized oligonucleotides were arranged by the random fluidic self-assembly on the pattern chips, using hydrophobic interaction. Second, we have detected DNA hybridization reaction using evanescent field microscopy. The 5'-biotinylated probe oligonucleotides were immobilized on the surface of DNA chip microarray and the hybridization reaction with the Rhodamine conjugated target oligonucleotide was excited fluorescence generated on the evanescent field microscopy. In the foundation of this result, we could be employed as the basis of a probe olidonucleotide, capable of detecting the target oligonucleotide and monitoring it in a large analyte concentration range and various mismatching condition.

• KIEE International Transactions on Electrophysics and Applications
• /
• 제11C권3호
• /
• pp.85-90
• /
• 2001

The determination of DNA hybridization reaction can apply the molecular biology research, clinic diagnostics, bioengineering, environment monitoring, food science and other application area. So, the improvement of DNA detection system is very important for the determination of this hybridization reaction. In this study, we report the characterization of the probe and target oligonucleotide hybridization reaction using the evanescent field microscopy. First, we have fabricated DNA chip microarray. The particles which were immobilized oligonucleotides were arranged by the random fluidic self-assembly on the pattern chips, using hydrophobic interaction. Second, we have detected DNA hybridization reaction using evanescent field microscopy. The 5'-biotinylated probe oligonucleotides were immobilized on the surface of DNA chip microarray and the hybridization reaction with the Rhodamine conjugated target oligonucleotide was excited fluorescence generated on the evanescent field microscopy. In the foundation of this result, we could be employed as the basis of a probe olidonucleotide, capable of detecting the target oligonucleotide and monitoring it in a large analyte concentration range and various mismatching condition.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제15권2호
• /
• pp.116-121
• /
• 1987

Enterobacter agglomerans의 질소고정유전자에 대한 연구가 보고된 바가 없으므로 이 질소고정유전자의 특성을 연구할 목적으로 국내 논의 흙에서 분리한 질소고정활성을 갖는 E. agglomerans NFB-264의 질소고정유전자를 cloning 하였다. E. agglomerans NFB-264의 total DNA를 Hind III로 절단하여 부분적으로 pBR 322에 연결하여 Escherichia coli K060에 도입한 후 negative selection 및 colony hybridization 방법으로 형질전환미생물을 선별하였다. 형질전환미생물로부터 recombinant plasmid인 pNEL10과 pNES20을 얻었다. pNEL 10은 nif Q-X probe DNA와 hybridization 되는 12Mdal의 삽입외래 DNA를 함유하였으며, pNES20은 nif NE와 nif YK probe DNA와 hybridization 되는 5 Mdal의 외래 DNA가 삽입되어 있었다.

• 한국음향학회지
• /
• 제26권1호
• /
• pp.42-47
• /
• 2007

본 논문에서는 probe DNA의 고정화 및 Probe DNA와 target DNA의 혼성화 반응을 감지할 수 있는 DNA 측정용 고주파 SAW 센서의 주파수 증대에 따른 감도향상에 대해 연구하였다. 센서는 $36^{\circ}$ YX $LiTaO_3$ 압전 단결정 기판위에 Au 박막이 증착된 측정채널 (sensing channel)과 기준채널 (reference channel)로 구성되며 200MHz에서 발진되는 이중 지연선 형태로 제작되었다. 또한 SAW 센서의 감지 미케니즘의 최적화를 위해 SAW 센서의 Au 지연선상의 Probe DNA의 최적 고정화 반응농도와 target DNA의 최적 혼성화 반응농도를 결정하였으며, 디지털 시린지 펌프시스템을 구성하여 실험자에 따른 오차를 최소화하였다. 측정채널의 Au 박막 지연선상에 probe DNA를 고정화시킨 후 target DNA를 주입하면, DNA의 혼성화 반응이 일어나며 Au 지연선상의 질량이 변하게 된다. 따라서 질량하중 효과에 대한 센서의 주파수 변화를 측정하였다. 개발된 센서는 최대 0.066ng/ml/Hz의 민감도를 가지며 질량하중 효과에 대한 안정적인 주파수 변화를 나타내었다.

• 대한수의학회지
• /
• 제34권2호
• /
• pp.387-394
• /
• 1994

To make the genomic DNA probe of Theileria sergenti, the merozoites were purified from bovine erythrocytes. The infected erythrocytes were lysed by Aeromonas hydrophila(Ah-1) hemolysin, and the parasites were isolated by ultracentrifugation on a Percoll discontinuous density gradient. For construction of a T sergenti genomic DNA library, T sergenti DNA was digested with Pstl and the fragments were ligated into the PstI site of pUC19 before transformation of Escherichia coli JM83. Out of thousands of transformants obtained by transformation of E coli JM83 with the genomic library, three plasmids were chosen. The sizes of the inserted DNAs were 2.9kb(2.4kb and 0.5kb) in pKTS1, 4.3kb in pKTS2 and 1.5kb in pKTS3, respectively. The DNA fragments used as probe KTS1(2.4kb), KTS2(4.3kb) and KTS3(1.5kb) were labeled digoxigenin-11-dUTP for the Southern hybridization. In Southern hybridization, all of the probes(KTS1, KTS2 and KTS3) reacted specifically to T sergenti DNA, but not to bovine leucocyte DNA. In order to find out the sensitivities of the digoxigenin-11-dUTP-labeled KTS1 and KTS3 as the probes, purified merozoite DNA and bovine DNA (control) were checked by dot blot hybridization with the probes. Both of the probes, KTS1 and KTS3, detected as minimum amount of 975pg of the T sergenti DNA, but not bovine DNA even to 500ng.

• Journal of Periodontal and Implant Science
• /
• 제26권2호
• /
• pp.365-375
• /
• 1996

5 serotypes(a, b, c, d, e) of Actinobacillus actinomycetemcomitans showed distinct hybridization patterns(DNA fingerprinting patterns) when the bacterial DNA were hybridized with randomly cloned 4.7-Kb sized DNA probe. The sizes of hybridized bands in each serotypes were different among serotypes and represented unique patterns of hybridization with the probe used. The serotype a showed two bands of fingerprinting patterns: 23.1 kb and 2.5 kb respectively. Serotype b and c showed single band: 6.6 kb and 9.5 kb, respectively. Serotype d and e showed two bands of hybridization: 23.1 kb and 2.8 kb, and 23.7 kb and 2.1 kb, respectively. The results indicate that this standard fingerpriting patterns of DNA hybridization with 4.7 kb probe can be further used for genotyping clinical isolates of Actinobacillus 8ctinomycetemcomitansand its relevance with periodontal disease activity.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제20권4호
• /
• pp.483-490
• /
• 1992

수계 환경에서 일어나는 유전자의 전이행방을 이해하기 위하여, conjugation에 의하여 전이되는 kanamycin 내성 ($Km^r$) 유전자에 대하여 DNA probe를 이용하여 Southern hybridization 방법으로 추적하였다. 자연계로부터 분리한 $Km^r$ 세균과 $Km^r$ 유전자를 유전자 조작기법으로 변형시킨 GMM 균주들을 donor로 하여 conjugation을 했을 때, $Km^r$ 유전자는 자연계 분리 균주에서보다 수질환경에 관계없이 10~00배 잘 전이되었다. LB 배지에서 GMM 균주의 $Km^r$ 유전자가 전이된 conjugant에서는 새로 생성되는 plasmid가 많이 나타났고 AW와 FW에서는 conjugation 시간에 따라 plasmid의 재배열 현상이 다양하였다. LB에서 얻은 conjugant들의 plasmid에 대하여 $Km^r$ DNA probe로 Southern analysis를 한 결과, plasmid의 재배열이 다양함에도 불구하고 conjugant들의 $Km^r$ plasmid는 donor에서와 같은 위치에서 hybridization signal이 나타났다. 그러나 AW에서 50시간 conjugation시켰을 때 DKI의 pDK101과 DKC601의 pDT529, 그리고 AW에서 30시간 conjugation 시켰을 때 DKC600의 pDK101은 전혀 나타나지 않고, 소실되었다. 또 전이된 $Km^r$ plasmid의 크기는 AW와 FW의 수질에 따라 약간 변화되어 나타났다. 그러므로 DNA probe에 의한 Southern hybridization 방법은 수질환경에서 특정 유전자의 전이행방을 추적하는데 매우 유용하다고 판단된다.

• 대한의생명과학회지
• /
• 제10권2호
• /
• pp.75-84
• /
• 2004

Massive identification of differentially expressed patterns has been used as a tool to detect genes that are involved in disease related process. We employed circular single stranded sense molecules as probe DNA for a DNA chip. The circular single stranded DNAs derived from 1,152 unigene cDNA clones were purified in a high throughput mode from the culture supernatant of bacterial transformants containing recombinant phagemids and arrayed onto silanized slide glasses. The DNA chip was examined for its utility in detection of differential expression profile by using cDNA hybridization. Hybridization of the single stranded probe DNA were performed with Cy3- or Cy5-labeled target cDNA preparations at $60^\circ$C. Dot scanning performed with the hybridized slide showed 29 up-regulated and 6 down-regulated genes in a cancerous liver tissue when compared to those of adjacent noncancerous liver tissue. These results indicate that the circular single stranded sense molecules can be employed as probe DNA of arrays in order to obtain a precious panel of differentially expressed genes.

• KSBB Journal
• /
• 제18권3호
• /
• pp.190-196
• /
• 2003

임신이나 배란진단과 같이 가정에서 직접 사용할 수 있는 형태의 membrane strip 크로마토그래피 방법을 이용하여 식중독 균 DNA 분석시스템을 개발하였다. 분석물질로서는 빈번하게 발생하고 있는 식중독 미생물 중에서 S. typhimurium을 선택하였으며, Salmonella 종에 특이한 유전자 부위인 invA 유전자 분석을 목표로 하였다. 우선 이 유전자는 본 실험실 내에서 설계한 primer 쌍을 사용한 PCR 공정을 통하여 증폭되었다. 이렇게 증폭한 산물을 본 연구자들이 설계한 DNA probe와의 hybridization을 통하여 분석함으로써 전통적으로 사용하고 있는 전기영동 분석법의 단순히 분자크기에 의한 분리법과 비교하여 특이한 분석을 할 수 있었다. 이때 PCR 후 과량으로 잔존하는 primer를 별도로 제거하지 않고 hybridization을 수행할 수 있도록 특별하게 DNA probe를 설계하였다. 또한, probe가 증폭된 DNA와 hybridization 하였을 때 고체표면에 의한 간섭효과가 최소화되도록 설계 시 반영되었고 더욱이 streptavidin-비오틴의 결합을 이용하여 probe를 고정함으로써 고상에서의 상호작용이 더욱 용이하도록 배려하였다. 이러한 분석방법을 이용하여 분석한 결과 시료첨가 후 20-40분 정도에 최소 $10^3$cfu/mL (10 cells/system) 농도의 박테리아를 분석할 수 있었다. 이러한 결과는 일반적으로 사용하는 전기영동법보다 약 10배정도 더 민감한 결과일 뿐만 아니라 실험실 기기를 사용하지 않고 분석을 수행함으로써 분석시료가 제공되는 현장에서도 식중독 균의 탐지가 가능하게 되었다.