• 한국축산식품학회지
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• 제30권3호
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• pp.403-409
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• 2010

Accurate methods for the identification of closely related species or breeds in raw and processed meats must be developed in order to protect both consumers and producers from mislabeling and fraud. This paper describes the development of DNA markers for the discrimination and improvement of Korean native pig (KNP) meat. The KIT gene is related to pig coat color and is often used as a candidate marker. A 538 bp fragment comprising intron 19 of the pig KIT gene was amplified by PCR using specific primers, after which the PCR amplicons of a number of meat samples from KNP and three major improved breeds (Landrace, Duroc and Yorkshire) were sequenced in order to find a nucleotide region suitable for PCR-RFLP analysis. Sequence data showed the presence of two nucleotide substitutions, g.276G>A and g.295A>C, between KNP and the improved pig breeds. Digestion of KIT amplicons with AccII enzyme generated characteristic PCR-RFLP profiles that allowed discrimination between meats from KNP and improved pig. KNP showed three visible DNA bands of 264/249, 199, and 75 bp, whereas DNA bands of 249, 199, and 90 bp were detected in the three improved pig breeds. Therefore, the 75 bp DNA fragment was specific only to KNP, whereas the 90 bp DNA fragment was specific to the improved breeds. The breed-specific DNA markers reported here that target the KIT gene could be useful for the identification of KNP meat from improved pig meats, thus contributing to the prevention of falsified breed labeling.

• Asian Journal for Public Opinion Research
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• 제7권2호
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• pp.75-93
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• 2019

Background: Since 2010, Korea has maintained a DNA database of those convicted of or awaiting trial for certain crimes. There have been proposals to expand the list of crimes included in this database, or conversely, omit certain crimes if they are committed during protests. An understanding of the feelings of the public as we consider the ethical, legal, and social aspects of a DNA database and as revisions to laws are made is required. Methodology: Questions related to the DNA database were included in the nationally representative Korean Academic Multimode Open Survey (KAMOS) panel (June-August 2016). Results: Of 2,000 randomly selected panel members, 1,013 respondents participated in this survey, including 89.2% who supported the existence of a criminal DNA database. The current system of storing DNA profiles until a suspect's acquittal or a convict's death was supported by 79.5% of respondents. In addition, 70.8% of respondents agreed with the expansion of crime categories included in the criminal database. Many (93.4%) respondents favored genetic testing and data storage to determine the identity and cause of death for people who die of unnatural causes. Some differences in attitude related to social class were noted, with those who self-identified as members of the upper class more likely to support the database and its expansion to include additional crimes than those who self-identified as middle or lower class. Conclusion: Our findings suggest that Koreans generally support the criminal DNA database.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제31권3_4호
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• pp.145-151
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• 2004

본 논문에서는 배열에서 구간 최소값 위치를 상수 시간에 찾기 위한 효율적인 자료구조를 제시한다. 최근의 생물 정보학 분야에서 빠른 DNA 서열의 검색을 위해 접미사 배열이 많이 사용되고 있는데 이 접미사 배열을 생성하는 문제는 구간 최소값 위치 문제를 포함하고 있다. 이 접미사 배열을 생성할 때는 구간 최소값 위치 문제를 빠르게 푸는 것뿐만 아니라 공간 효율적으로 해결하는 것도 중요하다. 그 이유는 DNA 서열이 수백만 개에서 수십 억 개의 염기를 가진 굉장히 큰 데이타이기 때문이다. 배열의 구간 최소간 위치를 상수 시간에 찾기 위해 지금까지 알려진 가장 효율적인 자료구조는 배열의 구간 최소값 문제를 Cartesian 트리에서의 LCA(Lowest Common Ancestor) 문제로 바꾸고 이 트리에서의 LCA 문제를 다시 특수한 배열에서의 구간 최소값 문제로 바꾸어 푸는 방법을 이용한 자료구조이다. 이 자료구조는 이론적으로 O(n) 공간을 사용하여 O(n) 시간에 생성된다. 하지만 이 자료구조는 배열의 구간 최소값 문제를 두 번에 걸쳐 다른 문제로 변환하는 과정을 포함하고 있기 때문에 실제로 사용되는 공간은 상당히 큰 13n이며 또한 많은 시간이 요구된다. 본 논문에서 제시하는 자료구조는 배열의 구간 최소값 문제를 다른 문제로 변환하지 않고 직접 구하는 자료구조이다. 따라서 이론적으로 O(n) 공간을 차지하며 O(n) 시간에 생성될 뿐만 아니라 실제적으로도 5n의 적은 공간을 사용하며 빠른 시간에 생성된다.

• Molecules and Cells
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• 제27권6호
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• pp.635-640
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• 2009

Testis-derived germline stem (GS) cells can undergo reprogramming to acquire multipotency when cultured under appropriate culture conditions. These multipotent GS (mGS) cells have been known to differ from GS cells in their DNA methylation pattern. In this study, we examined the DNA methylation status of the H19 imprinting control region (ICR) in multipotent adult germline stem (maGS) cells to elucidate how epigenetic imprints are altered by culture conditions. DNA methylation was analyzed by bisulfite sequencing PCR of established maGS cells cultured in the presence of glial cell line-derived neurotrophic factor (GDNF) alone or both GDNF and leukemia inhibitory factor (LIF). The results showed that the H19 ICR in maGS cells of both groups was hypermethylated and had an androgenetic pattern similar to that of GS cells. In line with these data, the relative abundance of the Igf2 mRNA transcript was two-fold higher and that of H19 was three fold lower than in control embryonic stem cells. The androgenetic DNA methylation pattern of the H19 ICR was maintained even after 54 passages. Furthermore, differentiating maGS cells from retinoic acid-treated embryoid bodies maintained the androgenetic imprinting pattern of the H19 ICR. Taken together these data suggest that our maGS cells are epigenetically stable for the H19 gene during in vitro modifications. Further studies on the epigenetic regulation and chromatin structure of maGS cells are therefore necessary before their full potential can be utilized in regenerative medicine.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제27권1호
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• pp.142-158
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• 2013

The bumblebee, Bombus ignitus (Hymenoptera: Apidae), is a valuable natural resource that is widely utilized for greenhouse pollination in South Korea. Understanding the magnitude of genetic diversity and geographic relationships is of fundamental importance for long term preservation and utilization. As a first step, we sequenced a partial COI gene of mitochondrial DNA (mtDNA) corresponding to the "DNA barcode" region and the complete internal transcribed spacer 2 (ITS2) of nuclear ribosomal DNA from 88 individuals collected in nine South Korean localities. The complete ITS2 sequences were longest among known insects, ranging in size from 2,034 bp ~ 2,052 bp, harboring two duplicated 112-bp long repeats. The 658-bp long mtDNA sequences provided only six haplotypes with a maximum sequence divergence of 0.61% (4 bp), whereas the ITS sequences provided 84 sequence types with a maximum sequence divergence of 1.02% (21 sites). The combination of the current COI data with those of published data suggest that the B. ignitus in South Korea and China are genetically a large group, but those in Japan can be roughly separated into another group. Overall, a very high per generation migration ratio, a very low level of genetic fixation, and no discernable hierarchical population were found to exist among the South Korean populations of B. ignitus, which suggests panmixia. This finding is consistent with our understanding of the dispersal capability of the species.

• 식물분류학회지
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• 제42권1호
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• pp.13-23
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• 2012

trnL-F 지역은 엽록체 게놈 large single-copy 지역에 위치하며, trnL gene, trnL intron, trnL-F IGS로 구성된다. 본 연구는 한국산 꿩의다리속 내에서 trnL-F 지역의 분자진화와 유연관계를 분석하였다. 갭형질을 이용한 자료의 베이시안과 파시모니 분석에서 몇몇 indels evolution는 분계조를 지지하여 해상력이 좋은 계통수가 나타났다. 한국산 꿩의다리속 내에 cpDNA trnL-F 지역의 indel events는 계통학적으로 유용한 정보를 가지고 있는 것으로 판단된다. 산꿩의다리절(그늘꿩의다리 제외)은 속내에서 가장 먼저 분기한 것으로 나타났고, 나머지 절은 강하게 분계조를 형성하며 분기하였다. 한국산 꿩의다리속 내에 trnL-F 지역은 뉴클레오티드의 다양한 공간적 분포 변이와 주로 transversion에 따른 염기치환 등 다양한 진화적 패턴을 가지고 있었다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권3호
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• pp.367-375
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• 2016

국내에서 육성된 옥수수 90 품종 및 자식 계통에 대하여 microsatellite 마커를 활용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축한 다음 공시품종에 따른 유전적 유사도 분석 및 품종식별력 검정에 대한 연구를 수행하였다. 옥수수 90품종을 100개의 microsatellite 마커로 검정하고 대립유전자의 패턴이 우수하고 다형성 정도가 높은 13개를 선정하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 5 ~ 24개까지 다양하게 분포하였고 평균 대립유전자의 수는 13.69개로 높았다. PIC 값의 경우도 0.716 ~ 0.942 범위에 속하였고 평균값은 0.865로 아주 높았다. 옥수수 90품종 및 계통에 대하여 UPGMA 분석에 의한 계통도를 작성하였을 때, 옥수수의 품종 유형 및 품종 육성 계보에 따라 5개의 대그룹으로 나누어졌다. 본 연구에서 구축됨 옥수수 자식계통 및 품종별 microsatellite DNA 프로파일 데이터베이스는 신품종과 기 육성된 품종과 유전적 유사도 분석이 가능하기 때문에 품종보호출원시 대조품종 선정 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제23권12호
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• pp.1790-1800
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• 2002

The DNA nucleosides(dA, dC, dG, dT)bound to gold nanoparticles (~13 nm) in aqueous solution has been studied as a probe by the SERS and their coordination structures have been proposed on the basis of them. According to UV-Visible absorption of gold nanoparticles after modifying with DNA nucleosides, the rates of absorption of dA, dC, and dG were much faster than that of dT as monitored by the aggregation kinetics at 700 nm. These data indicated that the nucleosides dA, dC, and dG had a higher affinity for the gold nanoparticles surface than nucleoside dT. As the result of SERS spectra, the binding modes of each of the nucleosides on gold nanoparticles have been assigned. A dA binds to gold nanoparticles via a N(7) nitrogen atom of the imidazole ring, which the C(6)-$NH_2$ group also participates in the coordination process. In the case of dC, it binds to the gold surface via a N(3) nitrogen atom of the pyrimidine ring with a partial contribution from the oxygen of C(2)=O group. A coordination of dG to the gold surfaces is also proposed. Although the dG has the two different nitrogens of a pyrimidine ring and the amino group, the N(1) nitrogen atom of a pyrimidine ring has a higher affinity after the hydrogen migrates to the amino group. Conversely, dT binds via the oxygen of the C(4)=O group of the pyrimidine ring. Accordingly, these data suggest that the nitrogen atom of the imidazole or the pyrimidine ring in the DNA nucleosides will bind more fast to the gold nanoparticles surfaces than the oxygen atom of the carbonyl group.

• 생명과학회지
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• 제14권6호
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• pp.913-919
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• 2004

본 연구는 소음성 감각신경성난청 환자의 유전적 관련요인을 파악하고자 관련성이 의심되는 mitochondrial DNA의 돌연변이와 소음성 감각신경성난청과의 관련성을 조사하였다. 말초혈액 백혈구로부터 DNA를 추출한 후, mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이 유무를 관찰하기 위하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위 가 포함된 mtDNA fragment를 중합효소 연쇄반응으로 증폭하고 유전자 제한효소로 소화하여 전기영동하고 ethidium bromide 용액으로 염색하여 UV transilluminator에서 관찰하였다. 그리고, PCR 산물을 이용하여 DNA 염기서열을 분석하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부 위에서의 염기서열 분석을 실시하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위 의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이를 관찰하였다 MtDNA A3243G, A1555G, A7445G의 돌연변이를 관찰한 결과 돌연변이 부위가 포함된 fragment가 소음성 감각신경성난청 환자군, 감각신경성난청 환자군, 대조군 모두에서 증폭됨을 관찰하였다. 또한 PCR 산물을 제한효소로 처 리 한 결과에서도 mtDNA에서 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이가 일어나지 않았음을 알 수 있었다. PCR산물을 이용하여 DNA 염기서열을 분석하여 mtDNA 3243, 1555, 7445부위에서의 염기서열을 확인한 결과 이미 밝혀진 사람의 mtDNA 3243, 1555, 7445부 위의 염기서열과 동일한 염기서열임이 확인되었으므로 mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이가 일어나지 않았음을 확인하였다. 소음성 감각신경성난청과 mtDNA 3243, 1555, 7445부위의 $A{\rightarrow}G$ 돌연변이와는 관련이 없는 것으로 관찰되었다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제29권7호
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• pp.411-421
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• 2002

본 논문에서는 마이크로어레이 처리를 위한 새로운 이미지 분석 알고리즘과 격자 반점들의 위상 정보를 이용하여 격자의 위치를 결정하는 방법을 제시한다. 마이크로어레이는 유전자의 발현량의 측정을 위해서 수만 혹은 수십 만개의 유전자에 대해서 한번에 실험을 할 수 있는 장비이다. 한번의 실험으로 생성되는 데이터 양이 엄청나게 많기 때문에 자동화된 분석이 필요하다. 이 마이크로어레이의 실험 결과는 16-비트 회색조 이미지 파일로 하나의 유전자가 여러 개의 픽셀로 뭉쳐져 있는 반점(spot)이 격자 구조형태로 나타난다. 본 논문에서 이미지 데이터에서 그래프 구조를 생성하여 이들 반점이 어느 격자에 속하는지 결정하는 알고리즘과 격자 구조의 기울어짐을 측정하여 격자의 정확한 위치와 모양을 결정하는 방법을 제시하고 실제 이미지 데이터를 통한 많은 실험 결과를 보여 준다.