• Genomics & Informatics
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• 제20권1호
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• pp.12.1-12.7
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• 2022

The two complete mitochondrial genomes (mitogenomes) of Paedocypris progenetica, the smallest fish in the world which belonged to the Cyprinidae family, were sequenced and assembled. The circular DNA molecules of mitogenomes P1-P. progenetica and S3-P. progenetica were 16,827 and 16,616 bp in length, respectively, and encoded 13 protein-coding genes, 22 transfer RNA genes, two ribosomal RNA genes, and one control region. The gene arrangements of P. progenetica were identical to those of other Paedocypris species. BLAST and phylogenetic analyses revealed variations in the mitogenome sequences of two Paedocypris species from Perak and Selangor. The circular DNA molecule of P. progenetica yield a standard vertebrate gene arrangement and an overall nucleotide composition of A 33.0%, T 27.2%, C 23.5%, and G 15.5%. The overall AT content of this species was consistent with that of other species in other genera. The negative GC-skew and positive AT-skew of the control region in P. progenetica indicated rich genetic variability and AT nucleotide bias, respectively. The results of this study provide genomic variation information and enhance the understanding of the mitogenome of P. progenetica. They could later deliver highly valuable new insight into data for phylogenetic analysis and population genetics.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2023년도 임시총회 및 춘계학술대회
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• pp.19-19
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• 2023

제비꽃속 34분류군의 61개체를 대상으로 엽록체 DNA 게놈 특이 유전자의 특징을 알아보고자 하였다. 61개체의 엽록체 게놈 전체 길이는 155,535~158,940 bp 로 모두 전형적인 사분할 구조였다. 지역별로는 LSC 지역이 84,826~87,250 bp, SSC 지역이 16,338~18,654 bp, 그리고 IR 지역이 26,029~27,192 bp 였다. 유전자 개수는 131개로 84개 protein coding-gene, 37개 tRNA 유전자, 8개 rRNA유전자, 그리고 2개의 유사유전자인 𝜓rps19, 𝜓ycf1으로 구성되어 있었다. LSC/IRa 경계에 위치한 rps19 유전자 길이는 279 bp로 모든 분류군에서 동일하였으며, 𝜓rps19의 길이는 다양했으나 유전자 개수에는 영향을 미치지 않았다. SSC/IRb 경계에 위치한 ycf1 유전자 길이는 약 5,600 bp 였으나, V. japonica (MZ151699) 1개체에서는 다른 종에 비해 약 1,000 bp 위치에서 발생한 점돌연변이로 인해 종결 코돈이 나타나는 특징을 보였다. 한편 13분류군의 23개체에서는 𝜓ycf1의 길이가 650 bp 정도 짧은 것을 확인하였는데, 이 종류들은 원예종인 V. tricolor (ON262802) 이외에는 모두 줄기가 없는 분류군들로 IR 지역의 확장과 SSC 지역의 수축에 의한 것으로 판단된다. ndhF는 대체로 SSC 지역에 위치하나, V. inconspicua (MZ065354), V. mongolica (MW802534, ON548135), V. yunnanfuensis (MW802541) 등 4개체에서는 IRa/SSC 경계에 위치하면서 유사유전자가 발생하였고, 그 결과 다른 제비꽃 종류에 비해 유전자 개수가 132개로 차이를 보였다. 또한, V. collina (OP271831), V. mirabilis (MH256000), V. tricolor (ON262802) 등 3분류군에서는 SSC 지역이 inversion 되어 엽록체 이성질체가 존재함을 확인하였다. 이상의 결과를 종합하면, 제비 꽃속 엽록체 게놈 61개체의 ycf1, 𝜓ycf1, ndhF, 𝜓ndhF 등은 유전자 길이와 개수 등에 차이를 보이는 것으로 나타났으며, 제비꽃속에서도 엽록체 이성질체가 존재함을 확인할 수 있었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권19호
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• pp.8319-8324
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• 2014

Although genetic markers identifying women at an increased risk of developing breast cancer exist, the majority of inherited risk factors remain elusive. Mutations in the BRCA1/BRCA2 gene confer a substantial increase in breast cancer risk, yet routine clinical genetic screening is limited to the coding regions and intronexon boundaries, precluding the identification of mutations in noncoding and untranslated regions. Because 3' untranslated region (3'UTR) polymorphisms disrupting microRNA (miRNA) binding can be functional and can act as genetic markers of cancer risk, we aimed to determine genetic variation in the 3'UTR of BRCA1/BRCA2 in familial and early-onset breast cancer patients with and without mutations in the coding regions of BRCA1/BRCA2 and to identify specific 3'UTR variants that may be risk factors for cancer development. The 3'UTRs of the BRCA1 and BRCA2 genes were screened by heteroduplex analysis and DNA sequencing in 100 patients from 46 BRCA1/2 families, 54 non-BRCA1/2 families, and 47 geographically matched controls. Two polymorphisms were identified. SNPs $c.^*1287C$ >T (rs12516) (BRCA1) and $c.^*105A$ >C (rs15869) (BRCA2) were identified in 27% and 24% of patients, respectively. These 2 variants were also identified in controls with no family history of cancer (23.4% and 23.4%, respectively). In comparison to variations in the 3'UTR region of the BRCA1/2 genes and the BRCA1/2 mutational status in patients, there was a statistically significant relationship between the BRCA1 gene polymorphism $c.^*1287C$ >T (rs12516) and BRCA1 mutations (p=0.035) by Fisher's Exact Test. SNP $c.^*1287C$ >T (rs12516) of the BRCA1 gene may have potential use as a genetic marker of an increased risk of developing breast cancer and likely represents a non-coding sequence variation in BRCA1 that impacts BRCA1 function and leads to increased early-onset and/or familial breast cancer risk in the Turkish population.

• Journal of Ginseng Research
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• 제44권1호
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• pp.135-144
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• 2020

Background: Panax species are important herbal medicinal plants in the Araliaceae family. Recently, we reported the complete chloroplast genomes and 45S nuclear ribosomal DNA sequences from seven Panax species, two (P. quinquefolius and P. trifolius) from North America and five (P. ginseng, P. notoginseng, P. japonicus, P. vietnamensis, and P. stipuleanatus) from Asia. Methods: We conducted phylogenetic analysis of these chloroplast sequences with 12 other Araliaceae species and comprehensive comparative analysis among the seven Panax whole chloroplast genomes. Results: We identified 1,128 single nucleotide polymorphisms (SNP) in coding gene sequences, distributed among 72 of the 79 protein-coding genes in the chloroplast genomes of the seven Panax species. The other seven genes (including psaJ, psbN, rpl23, psbF, psbL, rps18, and rps7) were identical among the Panax species. We also discovered that 12 large chloroplast genome fragments were transferred into the mitochondrial genome based on sharing of more than 90% sequence similarity. The total size of transferred fragments was 60,331 bp, corresponding to approximately 38.6% of chloroplast genome. We developed 18 SNP markers from the chloroplast genic coding sequence regions that were not similar to regions in the mitochondrial genome. These markers included two or three species-specific markers for each species and can be used to authenticate all the seven Panax species from the others. Conclusion: The comparative analysis of chloroplast genomes from seven Panax species elucidated their genetic diversity and evolutionary relationships, and 18 species-specific markers were able to discriminate among these species, thereby furthering efforts to protect the ginseng industry from economically motivated adulteration.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.69-70
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• 2018

Erwinia pyrifoliae는 그람 음성 세균으로 사과와 배에 가지검은마름병을 일으킨다. E. pyrifoliae EpK1/15 균주가 병징을 보이는 경기도 포천지역의 사과나무 가지에서 2014년도에 분리되었다. 본 논문에서는 PacBio RS II 플랫폼을 이용하여 E. pyrifoliae EpK1/15 균주의 전체 유전체를 분석하여 보고한다. 본 균주는 G + C 비율이 53.4%이며, 4,027,225 bp로 구성된 염색체와 G + C 비율이 50.3%이며, 48,456 bp로 구성된 plasmid를 지니고 있다. 이들 염색체와 plasmid DNA에서 3,798개의 단백질 코딩 유전자, 22개의 rRNA, 77개의 tRNA, 13개의 non-coding RNA 및 231개의 위유전자(pseudo gene)가 확인되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권6호
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• pp.753-762
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• 2008

GenBank database로부터 돼지 genomic 서열과 사람의 CFB 유전자의 CDS를 정렬하여 돼지 CFB 유전자의 CDS를 추정하였다. 이를 바탕으로 제작된 primer를 이용하여 RT-PCR을 실시하여 CDS 내부서열을 결정하였으며, 결정된 서열을 바탕으로 primer 제작 및 RACE-PCR을 실시하였다. 돼지 CFB 유전자의 전체 CDS 길이는 2298 bp였으며, 사람 및 마우스와의 비교결과 염기삽입/결실이 확인되었다. CDS 및 아미노산 서열을 사람 및 마우스와 비교한 결과 CDS는 84% 및 80%, 아미노산 서열은 79%, 77%의 상동성을 보였다. 포유류의 CFB에서 일반적으로 나타나는 보체조절단백질(complement control protein, CCP) 영역, Von willebrand factor A(VWFA) 영역, 그리고 serine protease 영역이 확인되었으며, 단백질 기능에 중요하게 작용하는 아미노산 잔기들은 돼지를 포함한 사람, 마우스, 소, 말에서 동일하게 나타났다. 사람, 마우스, 소, 말, 돼지 CFB 유전자의 아미노산 서열에 의한 유전적 거리지수 및 neighbor-joining tree 작성 결과 돼지는 같은 우제목에 속하는 소와 가장 가까운 계통유전학적 유연관계를 나타내었다. 결정된 CDS를 바탕으로 exon 영역을 증폭하기 위한 primer를 제작하였고, cSNP 분석을 위해서 돼지 6품종을 대상으로 direct sequencing을 실시하였다. 그 결과 아미노산 치환을 일으키는 3개(C13T, A1696G, A2015C)의 cSNP가 동정되었다. 동일한 DNA를 사용하여 동정된 3개의 cSNP를 대상으로 Multiplex- ARMS 방법으로 유전자형 분석 결과 direct sequencing 결과와 일치하였다. Multiplex-ARMS 방법의 재현성 확인을 위해 무작위로 2개의 DNA 시료를 선발한 후 direct sequencing과 Multiplex-ARMS 분석을 각각 실시하였으며, 3개의 cSNP에 대한 유전자형이 일치함을 재확인하였다. 따라서 본 연구에서 확인된 3개의 cSNP는 SLA class III 영역의 haplotype 분석을 위한 기초 자료로 사용될 수 있으며, Multiplex- ARMS 기법은 이종장기 개발에 필수적인 SLA 전체 영역 내 유전자들의 유전자형 분석을 위한 효율적인 분석방법이라고 사료된다.

• Journal of Information Processing Systems
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• 제12권1호
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• pp.1-34
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• 2016

Gene identification is at the center of genomic studies. Although the first phase of the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has been claimed to be complete, the annotation of the functional elements is far from being so. Computational methods in gene identification continue to play important roles in this area and other relevant issues. So far, a lot of work has been performed on this area, and a plethora of computational methods and avenues have been developed. Many review papers have summarized these methods and other related work. However, most of them focus on the methodologies from a particular aspect or perspective. Different from these existing bodies of research, this paper aims to comprehensively summarize the mainstream computational methods in gene identification and tries to provide a short but concise technical reference for future studies. Moreover, this review sheds light on the emerging trends and cutting-edge techniques that are believed to be capable of leading the research on this field in the future.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2003년도 제3회 국제심포지움 및 학술대회
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• pp.94-94
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• 2003

Rotavirus는 유아나 어린아이들에게 가장 일반적으로 나타나는 심한 위장염의 원인자이며 설사로 인한 심한 탈수 증세를 일으켜 급속히 성장하는 유아의 균형적인 영양 공급을 방해함으로써 유아들의 발육과 성장 그리고 심하면 생명에 커다란 영향을 미치게 된다. 한편 모유로 키운 유아들은 설사병의 낮은 발병율과 연관이 있었다. 특히 모유의 뮤신 복합체는 rotavirus에 특이적으로 결합하여 항 바이러스활동을 보여주는 것으로 나타났다. 이러한 배경에서 본 연구는 human breast tissue로부터 lactadherin의 cloning 및 sequence 분석을 통하여 유전자의 다양성을 조사하기로 하였다. 한국 여성 9명의 유두 근처 조직에서 lactadherin을 cloning하여 그 sequence를 보고 된 서양여성의 염기서열과 비교 분석결과 여러 곳에서 single nucleotide variation이 발견되었고 본 연구에서 클론한 lactadherin(31bp-1518bp)의 염기서열과 보고된 서양여성 lactadherin gene의 SNP와 비교하였을 때 8개의 SNP중 3부분만이 일치한다는 것을 확인하였다. 또한 같은 조직중 정상 조직과 암 조직 부분에서 각각 lactadherin을 클론하여 염기서열을 비교 분석하였는데 정상 조직에서 2곳의 silent mutation있었고 암조직에서 2곳의 mutation과 1곳의 silent mutation을 발견하였으며 전체 적으로 정상조직과 암 조직 부분에서 lactadherin을 clone하여 염기서열을 분석해본 결과 암조직일수록 유전자의 변이 비율이 높다는 것을 알 수 있었다. 그리고 동일한 염기서열 상에서 많은 변이가 일어났는데 286dp(A->C), 1418dp(G->C)은 mutation이었고 327dp (A->G), 454(C->T)은 silent mutation이었다. 그 외 DNA상에서 여러 부근에 변이가 존재하였는데 이 결과로 보아 coding region에 위치한 cSNP 중 amino acid 변화를 일으켜 protein structure 또는 function에 영향을 줄 수 있는 non-synonymous cSNP 일 것으로 예상되어지며 natural selection의 영향을 받고 있음을 암시하고 있다. 본 연구에서 관찰되어진 각각의 염기 서열의 변이는 한국 사람이 가지는 lactadherin gene의 cSNP의 일부라고 판단하였다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.127.1-127
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• 2003

We describe two new Trichoderma species associated with oyster mushroom in Korea. Trichoderma green mould has been one of the most serious diseases of oyster mushroom in Korea. Of these the predominant species are two unrecorded species. We designed as Trichoderma sp. Korean type 1 (Th K1) and Trichoderma sp. Korean type 2 (Th K2), respectively. Th K1 and Th K2 can be distinguished from previously reported Trichoderma species as well as each other in morphological characteristics including growth rate at 35$^{\circ}C$, colony morphology, conidia shape and branch pattern of phialides. Sequence of the ITS region of rDNA, the protein coding translation elongation factor gene(EF-1${\alpha}$), and RNA polymeraseII (RPB2) not only clearly separated Trichoderma sp. Korean types from their closely related T. harzianum biotype but also distinguished them from each other. Analyses of the EF-1${\alpha}$ and RPB2 sequences were found to be more useful for establishing systematic relationships among Trichoderma isolates than those of the ITS sequence. Based on the results of morphological and molecular characteristics. We propose the two Trichoderma sp. Korean types as the new species

• International Journal of Fuzzy Logic and Intelligent Systems
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• 제7권4호
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• pp.256-261
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• 2007

Electroencephalographic(EEG) is used to record activities of human brain in the area of psychology for many years. As technology developed, neural basis of functional areas of emotion processing is revealed gradually. So we measure fundamental areas of human brain that controls emotion of human by using EEG. Hands gestures such as shaking and head gesture such as nodding are often used as human body languages for communication with each other, and their recognition is important that it is a useful communication medium between human and computers. Research methods about gesture recognition are used of computer vision. Many researchers study Emotion Recognition method which uses one of EEG signals and Gestures in the existing research. In this paper, we use together EEG signals and Gestures for Emotion Recognition of human. And we select the driver emotion as a specific target. The experimental result shows that using of both EEG signals and gestures gets high recognition rates better than using EEG signals or gestures. Both EEG signals and gestures use Interactive Feature Selection(IFS) for the feature selection whose method is based on the reinforcement learning.