• 제목/요약/키워드: DNA Structure

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Genetic diversity and population structure in five Inner Mongolia cashmere goat populations using whole-genome genotyping

  • Tao Zhang;Zhiying Wang;Yaming Li;Bohan Zhou;Yifan Liu;Jinquan Li;Ruijun Wang;Qi Lv;Chun Li;Yanjun Zhang;Rui Su
    • Animal Bioscience
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    • 제37권7호
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    • pp.1168-1176
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    • 2024
  • Objective: As a charismatic species, cashmere goats have rich genetic resources. In the Inner Mongolia Autonomous Region, there are three cashmere goat varieties named and approved by the state. These goats are renowned for their high cashmere production and superior cashmere quality. Therefore, it is vitally important to protect their genetic resources as they will serve as breeding material for developing new varieties in the future. Methods: Three breeds including Inner Mongolia cashmere goats (IMCG), Hanshan White cashmere goats (HS), and Ujimqin white cashmere goats (WZMQ) were studied. IMCG were of three types: Aerbas (AEBS), Erlangshan (ELS), and Alashan (ALS). Nine DNA samples were collected for each population, and they were genomically re-sequenced to obtain high-depth data. The genetic diversity parameters of each population were estimated to determine selection intensity. Principal component analysis, phylogenetic tree construction and genetic differentiation parameter estimation were performed to determine genetic relationships among populations. Results: Samples from the 45 individuals from the five goat populations were sequenced, and 30,601,671 raw single nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained. Then, variant calling was conducted using the reference genome, and 17,214,526 SNPs were retained after quality control. Individual sequencing depth of individuals ranged from 21.13× to 46.18×, with an average of 28.5×. In the AEBS, locus polymorphism (79.28) and expected heterozygosity (0.2554) proportions were the lowest, and the homologous consistency ratio (0.1021) and average inbreeding coefficient (0.1348) were the highest, indicating that this population had strong selection intensity. Conversely, ALS and WZMQ selection intensity was relatively low. Genetic distance between HS and the other four populations was relatively high, and genetic exchange existed among the other four populations. Conclusion: The Inner Mongolia cashmere goat (AEBS type) population has a relatively high selection intensity and a low genetic diversity. The IMCG (ALS type) and WZMQ populations had relatively low selection intensity and high genetic diversity. The genetic distance between HS and the other four populations was relatively high, with a moderate degree of differentiation. Overall, these genetic variations provide a solid foundation for resource identification of Inner Mongolia Autonomous Region cashmere goats in the future.

두개봉합 발육 연구를 위한 형질변환 쥐의 개발 : 어퍼트 신드롬 (Generation of a transgenic mouse model to study cranial suture development; Apert syndrome)

  • 이기준;;백형선;박영철;박광균;나현덕
    • 대한치과교정학회지
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    • 제33권6호
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    • pp.485-497
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    • 2003
  • 악안면 구조의 형태와 기능은 대개 유전자 정보에 의해 결정된다. 분자생물학의 발달로 인해 정상 성장과 형태 형성에 중요한 유전자에 대한 정보가 밝혀지고 있고 이는 현대 두개안면 생물학의 근간이 되고 있다. 밝혀진 사실들 중 주목할만한 것은 섬유아세포 성장인자2 (FGFR2)에 서 의 특이한 돌연변이 가 어 퍼트 증후군 (Apert syndrome) 의 발생과 관련이 있다는 것이다. 어퍼트 증후군은 두개 관상봉합의 조기 유합과 사지의 기형으로 특징지워진다. 그 중 특히 두개골 유합증의 병인과 형성기전을 연구하기 위해 본 연구에서 유전자 변환기법을 시도하여 어퍼트 증후군의 유발인자로 알려진 FGFR2에 서 의 단일 아미노산 치 환 돌연변이를 재연한 인위 유전자구조물을 제작하고 이를 미 세주입법으로 쥐의수정란에 삽입하여 형질변환 쥐를 제작하였다. 본 연구에서는 전체 조직이 아닌 골조직에서 특이하게 활성화되는 전사촉진자(promoter, 제 I형 교원질 유전자의 전사촉진자)를 이용하여 골조직에서만 돌연변이 유전자의 발현을 재현함으로써 이 시도가 쥐에서 두개골유합증을 유발하는지 검증하고자 하였다. 초기 표현형 분석을 통해 어퍼트 환자에서 기대되는 두개골 유합증을 확인하였다. 또한 본 연구에서 삽입된 변환유전자가 원활히 돌연변이 단백질을 생산하고 기능의 증가를 보임을 확인하였다. 이러한 동물 모델을 이용함으로써 이제 정상적 혹은 비정상적 두개골 및 봉합 발육에서의 FGFR2의 역할을 연구하는 것이 가능하리라 사료된다

인간 중간엽 줄기세포로부터 골아세포로의 분화시 관찰되는 유전자 발현 분석 (Gene Expression Profile Associated with the Differentiation of Osteoblasts from Human Mesenchymal Stem Cells)

  • 김여경;김희남;이일권;박경수;양덕환;조상희;이제중;정익주;김순학;김형준
    • 생명과학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.231-239
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    • 2006
  • 인체의 골수내에 존재하는 중간엽 줄기세포는 성장인자나 환경적 요인에 의해 지방세포, 골아세포, 연골모세포 및 연골세포 등으로 분화됨이 알려져 있다. 본 연구에서는 정상 인체의 골수으로 얻어진 중간엽 줄기세포로부터 골아세포의 분화 가능성을 알아보고 이에 관여하는 유전자의 발현을 조사하였다. 정상 골수의 중간엽 줄기세포를 골유도성 자극보조제로서 $\beta$-glycerol phosphate, L-ascorbic acid 및 dexamethasone을 첨가하여 골아세포로의 분화를 유도한 세포와 골유도성 자극보조제를 첨가하지 않은 세포를 배양하여 일정 간격으로 cDNA microarray를 이용하여 각각의 단계에서 발현되는 유전자를 검사하고 이로 인해 얻어진 유전자의 발현량을 분석하기 위해 real time quantitative RT-PCR 을 시행하였다. 골유도성 자극보조제를 첨가한 군에서 첨가하지 않은 군에 비하여 정상적인 골아세포로의 성장이 유도되었고, 분화과정에서 36개의 유전자의 발현이 증가되었고, 59개의 유전자의 발현이 억제되었다. 주로 골 생성 과정과 연관이 있다고 알려진 osteoprotegerin, LRP5 및 metallothionein 2A 등의 유전자들이 분화과정에서 발현 증가되어 나타났고, 줄기세포로부터 분화될 수 있는 조직들 중 근육, 지방, 연골, 혈관 및 신경 조직과 연관된 유전자들은 분화 후기에 감소하거나 혹은 전분화 과정 동안 발현이 억제되었다. 본 연구에서는 골아세포의 분화와 연관된 유전자 발현을 확인함으로써 특정 조건하에서 중간엽 줄기세포로부터 골아세포로의 분화가 가능함을 확인할 수 있었고, 이 과정에 관련된 특정 유전자의 발현 양상을 밝힐 수 있었다.

탄저병균에 대하여 길항작용을 보이는 Burkholderia cepacia EB215로부터 분리한 Pyrrolnitrin의 항균활성 (In vivo Antifungal Activity of Pyrrolnitrin Isolated from Burkholderia capacia EB215 with Antagonistic Activity Towards Colletotrichum Species)

  • 박지현;최경자;이선우;장경수;최용호;정영륜;조광연;김진철
    • 한국균학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.31-38
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    • 2004
  • 오이 뿌리조직으로부터 분리한 식물내생세균 EB215균은 탄저병균인 Colletotrichum species에 대하여 강한 항균활성을 보였다. 이 균은 생리 생화학적 특성과 Biolog 실험 및 16S rDNA 유전자 서열에 의해 Burkholderia cepacia로 동정되었다. 이 균의 항균물질 생산을 위한 최적배지는 nutrient 액체(NB) 배지로 그리고 배양기간은 3일로 결정되었다. B. cepacia EB215 균주의 NB 배양체로부터 원심분리, n-hexane 분획, silica gel 컬럼, preparative TLC 및 in vitro 생물검정 등을 통하여 한 개의 항균물질을 분리하였다. 이 물질은 질량분석과 핵자기공명 분석을 통하여 pyrrolnitrin으로 동정되었다. Pyrrolnitrin은 고추 탄저병(Colletotrichum coccodes), 오이 탄저병(Colletotrichum orbiculare), 벼 도열병(Magnaporthe grisea), 벼 잎집무늬마름병(Corticium sasaki) 등의 4가지 식물병에는 $11.1\;{\mu}g/ml$ 낮은 농도에서도 90% 이상의 높은 방제활성을 보였다. 그리고 또한 토마토 잿빛곰팡이병(Botrytis cinerea)과 밀 붉은녹병(Puccinia recondita)에 대해서는 $33.3\;{\mu}g/ml$ 이상의 농도에서 90% 이상의 방제활성 보였다. 하지만 Phytophthora infestans에 의한 토마토 역병에 대해서는 전혀 항균활성이 없었다. 앞으로 B. cepacia EB215균을 이용한 미생물살균제 개발에 대하 연구를 진행할 예정이다.

스포츠영재의 판별에 관한 고찰 (The review on the identification of the gifted child in the sports)

  • 신승윤
    • 영재교육연구
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    • 제11권1호
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    • pp.81-98
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    • 2001
  • 본 연구의 목적은 스포츠영재의 판별과 관련된 다양한 연구된 결과들을 고찰하여 스포츠영재를 판별하고, 육성할 수 있는 현실적 방안과 장기적으로 연구되어야 할 과제를 제시하는 것이다. 스포츠영재의 발굴과 육성에 관한 연구는 주로 구 동독과 구 소련 등의 공산권 국가들에서 이루어졌다. 이들의 보고서와 그 모델에 대한 평가논문 등이 본 과제의 주요 분석 대상들이었다. 이들 자료에 대한 분석을 근거로 다음과 같은 스포츠영재 선발방안을 제시하고자 한다. -선발시기와 관련하여서는, 1차선발과 2차선발의 2단계로 나누어 선발함이 타당하겠다. 1차선발은, 일반학교에서 교내스포츠영재집단을 형성하여 자기 잠재력의 검정과정을 거치게 함을 목적으로 하고, 2차선발은 드디어 특수목적학교로의 진학을 위한 선발검사로서 기능하도록 한다. -선발방법은 초기에는 잠재력중심으로 평가가 이루어져야 하며 성장과정에 따라 전문 종목의 특성을 고려하여야 한다. 그리고 선발의 구성요소로는 체력적 요소, 성장발육상태, 심리적 요소, 환경적 요소 등을 포괄적으로 고려하여야 한다. -육성체제는 초등학교 시기에는 학교내 스포츠영재집단 운영체제가 합당하고, 중학교부터는 특수목적학교를 운영하되 초, 중, 고의 인적 구성은 피라미드형이 되도록 하여야 한다. -스포츠영재의 교육과정은, 어린 나이일 때에는 기초적인 체력육성에 치중하고, 고학년이 되면서 점차 전문화되어 가도록 하여야 한다. -스포츠영재의 판별 및 육성과 관련하여 지속적인 연구가 요구되는 바, 다중지능(multiple intelligences : MI)적 접근으로 신체-운동감각적 지능(bodily-kinesthetic intelligence)의 구체화와 검사도구의 개발이 요구되며. 한편으로는 DNA분석을 통한 보다 엄밀한 유전적 소인을 판별할 수 있는 방안을 강구하여야 할 것이다.

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1970년대 KBS 텔레비전 교양 피디의 직무와 직업 정체성: 방송 전문성 형성과 신기술, 그리고 '제작 정신' (The Professional Identity and Work of Culture and Education Program PD's of KBS-TV in the 1970's: Formation of Broadcasting Speciality, New Technologies, and 'Production Spirits')

  • 백미숙
    • 한국언론정보학보
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    • 제60권
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    • pp.125-149
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    • 2012
  • 이 연구는 제작현장의 경험을 중심으로 1970년대 KBS 교양 피디의 직무 내용과 직업정체성 형성 과정을 탐색했다. 1970년대 텔레비전 피디는 경제적으로나 사회문화적으로 선망받는 직업은 아니었다. 오랫동안 편성과 영화의 하부로 남아있던 교양은 흔히 정책 계몽 프로그램의 정치적 수요, 그리고 새로운 기술 도입으로 70년대 중반부터 활성화된 것으로 서술되어 왔다. 그러나 이 연구는 모든 변화의 흐름에서 실천적 주체는 교양 피디임을 주장하고 있다. 교양 피디들은 영화 피디들의 필름 다큐멘터리 제작을 보조하며 스스로를 전문가로 훈련했고, 필름으로부터 마그네틱테이프 레코더 시대로의 전환 과정에서 교양을 특화된 전문 영역으로 독립시켜 제작의 주체로 등장했다. 척박한 제작환경에서 '잔뼈가 굵어가며' 키워왔던 "프로그램을 만드는 DNA와 정신"은 교양 피디들이 직무 전문성을 키우고 자기 정체성을 확인할 수 있었던 가장 큰 힘이었다. 그러나 70년대 교양 피디들은 압도적 국가의 헤게모니 안에서 기술과 제작의 '전문성'을 공급하는 도구적 위치를 벗어나기 어려웠다. 당대 한국 사회의 전 영역이 그러했듯이 피디집단 역시 체제가 부여한 역할을 수행할 수밖에 없었고, 프로그램을 더 잘 만들기 위한 노력과 경쟁이 유일한 자율적 실천이었다. 이러한 조건에서 KBS 교양 피디들은 공무원으로부터의 구별짓기와 상업방송과의 구별짓기라는 두 가지 전략으로 전문 방송인으로서 직업 정체성을 형성했다. 그러나 전문 직업인으로서의 윤리적 실천 규범은 개인의 도덕성 문제에 머물렀고, 방송의 공공적 책무는 상업방송과 대비한 소극적인 정당화에 그치고 있었다.

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P. thunbergiana 잎으로부터 SK-HEP-1세포에 대한 apoptosis를 유도하는 광과민성물질의 분리 및 구조동정 (Isolation and Identification of a Photosensitizer from Pueraria thunbergiana Leaves that Induces Apoptosis in SK-HEP-1 Cells)

  • 이준영;김미경;하준영;김용균;홍창오;김소영;김충환;김근기
    • 생명과학회지
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    • 제24권3호
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    • pp.242-251
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    • 2014
  • 국내에서 자생하는 P. thunbergiana 잎의 메탄올 추출물로부터 사람의 간암세포주, SK-HEP-1에 apoptosis를 유도하는 광과민성물질을 찾기 위해 연구를 시작하였다. Apoptosis를 유도하는 광과민성물질을 순수분리하기 위해 column chromatography법과 TLC법을 이용하였으며, 순수분리한 물질의 구조동정을 위하여 1D-NMR과 2D-NMR 및 FAB-MS분석을 실시하였다. P. thunbergiana 잎으로부터 크로마토그래피법을 이용해 순수분리한 M4-3 화합물의 흡광도를 측정한 결과 410 nm에서 최대 흡수를 보였고, 668, 502, 533, 607 nm에서 흡수 peak가 나타나는 녹색의 물질로 chlorophyll a, b와는 다른 물질이었다. FAB-MS 분석결과와 NMR 분석결과, 분자량 622의 132-hydroxy pheophorbide a methyl ester($C_{36}H_{28}N_2O_6$) 화합물로 porphyrin 환으로부터 Mg이온이 떨어져나간 pheophorbide a유도체화합물로 동정되었다. M4-3화합물을 SK-HEP-1세포에 대한 세포독성을 조사한 결과, 0.04 ${\mu}M$ 농도로 처리한 곳에서는 40% 세포증식 억제효과가 나타났고, 0.08 ${\mu}M$ 농도로 처리한 곳에서는 80% 세포증식 억제효과가 나타나 농도의존적이었다. 그리고 M4-3화합물을 동일한 농도로 처리하고, 광의 조사 유무에 따른 활성차이를 조사한 결과, 광을 조사한 곳에서만 세포독성이 나타났기 때문에 M4-3화합물은 광과민성물질이라는 것을 알 수 있었다. M4-3화합물을 처리하고 세포의 형태학적 변화를 관찰한 결과, 핵이 응축되었고, 소낭이 형성되었으며, DNA 단편화가 일어나는 등 apoptosis의 대표적인 현상들이 일어났기 때문에 M4-3화합물의 세포사멸은 광역학활성에 의한 apoptosis유도로 확인하였다.

국화 SSR-enriched library에서 SSR 반복염기의 분포 및 빈도 (Distribution and Frequency of SSR Motifs in the Chrysanthemum SSR-enriched Library through 454 Pyrosequencing Technology)

  • ;라상복;이기안;이명철;박하승;김동찬;이철휘;최현구;전낙범;최병준;정지윤;이규민;박용진
    • 한국국제농업개발학회지
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    • 제23권5호
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    • pp.546-551
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    • 2011
  • 국화과(Compositae)는 현화식물 중 세계에서 가장 넓게 분포하고, 쌍자엽식물 중 가장 진화된 식물분류군이며, 우리나라에는 약 300여종이 존재하는 것으로 알려져 있다. 구절초, 감국, 쑥, 쑥갓, 개미취, 참취, 곰취 등 국화과 식물들은 예로부터 민간에서 약용 및 식용 소재로써 다양하게 사용되어왔다. 본 연구는 국화 및 국화근연종 유용유전자원 선발을 통하여 육종 소재를 확대하고, 중간모본 및 신품종 육성기반을 구축하고자 DNA 마커시스템의 개발을 위해 수행되었다. 1. 화단국인 Smileball(Dendranthema grandiflorum) 품종을 사용하여 SSR-enriched library를 작성하였고, GS FLX 분석을 통해 18.83Mbp의 염기서열 결과를 얻었으며, read의 평균 길이는 280.06bp로 나타났다. 2. 단순반복염기서열(SSR) 부위를 포함하는 26,780개 clones 중 di-nucleotide motifs가 16,375개(61.5%)로 우세하였고, tri-nucleotide motifs(6,616개, 24.8%), tetra-nucleotide motifs(1,674개, 6.3%), penta-nucleotide motifs(1,283개, 4.8%), hexa-nucleotide motifs(693개, 2.6%) 순으로 나타났다. 3. 얻어진 di-nucleotide motifs들 중에서는, AC/CA class가 93.5%로 대부분이었고, tri-nucleotide motifs에서는 AAC class가 50.5%, tetra-nucleotide motifs는 ACGT class가 43.6%이고, penta-nucleotide motif에서는 AACGT class 27.2%이며, hexa-nucleotide motif에서는 ACGATG class 21.8%였다. 4. 얻어진 염기서열 결과를 토대로 다양한 motif를 갖는 100개의 SSR 마커를 제작하였고, 차후 이를 활용하여 국화 유전자원의 다형성 및 유전자형 분석을 통해 분자유전학적 다양성 및 집단의 구조분석이 가능하고, 국화의 분자육종기반 구축을 위한 유용한 도구가 될 것 이다.

가잠의 전염성 연화병 및 농핵병 바이러스 증식에 관한 연구 (Multiplication of Infectious Flacherie and Densonucleosis Viruses in the Silkworm, Bombyx mori)

  • 김근영;강석권
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.1-31
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    • 1984
  • 가잠에 있어서 피해가 많은 전염성 연화병(Flacherie Virus; FV)과 농핵병 바이러스(Densonucleosis virus; DNV)의 증식에 관한 연구를 행하기 위하여 서당밀도 구배 초원심분리법에 의한 양바이러스의 정제 및 전자현미경에 의한 관찰, 바이러스 감염잠의 중장과 체액에서의 핵산과 단백질의 변동 및 감염중장 피막세포의 전자현미경에 의한 병리조직학적 관찰 등, 일연의 조사를 통하여 다음과 같은 연구결과를 얻었다. 1. 서당밀도구배에 의한 초원심분리법을 이용하여 FV 및 DNV를 분획한 결과, base line이 낮고 좌우상칭의 단일 peak를 나타내는 전형적인 바이러스 분획을 얻었으며, 또한 이들 바이러스의 negative 염색에 의한 전자현미경 관찰에서 FV는 27nm, DNV는 21nm의 균일한 구형입자임이 확인되었다. 2. 두 바이러스 감염잠의 체중은 바이러스 접종 6일 후부터, 중장중은 바이러스 접종 3일 후부터 건전잠에 비해 뚜렷한 감소를 나타냈다. 3. DNA의 양적 변화는 FV 및 DNV 감염잠에서 공히 중장에서는 전기간을 통해 건전잠에서 보다 높았고, 체액에서는 바이러스 접종 초ㆍ중기에는 큰 변화가 없고 바이러스 접종 7일 이후에는 건전잠에서 보다 훨씬 낮았다. 4. RNA의 양적 변화는 FV 및 DNV 감염잠에서 다같이 바이러스 접종 초기에 중장에서는 건전잠에 비해 높았고, 체액에서는 건전잠에 비해 매우 낮았으나, 바이러스 접종 말기에는 중장 및 체액의 경우 공히 건전잠에서 보다 현저히 낮았으며 그 정도는 DNV 감염잠에서 더 심했다. 5. FV 및 DNV 감염잠에서 중장과 체액의 단백질은 바이러스 접종 중기까지는 건전잠에 비해 큰 변화가 없었으나, 접종 말기에서는 건전잠에서 보다 월등히 낮았다. 6. 바이러스 접종 8일 후의 FV 및 DNV 감염잠 중장 RNA 전기영동상은 건전잠의 중장 RNA인 26S, 17S, 5S 및 4S의 4종 band와 동일했다. 7. FV 및 DNV 감염잠의 중장 단백질 전기영동상은 바이러스 접종 1일과 5일 후에는 건전잠의 것과 큰 차이가 없고, 접종 8일 후에는 건전잠에 존재하는 이동도가 낮은 L band가 양 바이러스 감염잠에서는 공히 소실되는 반면, 건전잠에서 볼 수 없는 이동도가 중간인 M band가 새로이 나타났으며 비교적 이동도가 높은 건전잠의 N band는 양 바이러스 감염잠에서는 2개로 분리되었다. 8. 체액단백질의 전기영동상은 FV 및 DNV감염잠 공히 건전잠의 것과 유사하나, 바이러스 접종 8일 후에는 양적인 감소를 나타내어 건전잠의 약 40%에 지나지 않았다. 9. FV 감염중장조직을 pyronin-methyl green 2종 염색을 하여 광학현미경으로 관찰한 결과, 바이러스 접종 8일 후의 중장원동세포내에서 A형 및 B형 봉입체가 형성되었음을 확인하였다. 10. FV감염 중장조직세포의 전자현미경 관찰에서는 바이러스 접종 5일 후에 배상세포의 'cytoplasmic wall'이 비대해지고 그 내부에 virus-specific vesicle이 형성되었으며, 바이러스 접종 8일 후에는 virus-specific vesicle, 바이러스 입자, linear structure, tubular structure 및 전자밀도가 높은 matrix 등의 바이러스 감염에 대한 특이적인 구조물이 배상세포의 세포질에서 관찰되었으며, microvilli내에서 바이러스 입자의 존재도 확정되었다. 특히 virus-specific vesicle 주위에서는 전자밀도가 높은 구형의 바이러스 입자 유사체가 관찰되었는데, 이것은 virus-specific vesicle 주위에서 바이러스 조립이 일어나는 것을 추정된다. 한편 원통세포 내에서 봉입체 관찰되고, 변형소구화된 배상세포가 중장강으로 탈락되는 것이 관찰되었다. 11. DNV감염 중장조직을 acridine orange 염색을 하여 형광현미경으로 관찰한 결과, DNV접종 5일 후에 본 바이러스 증식 장소인 원동세포핵의 비대가 뚜렷이 관찰되었다. 12. 전자현미경에 의해 DNV감염 중장조직세포를 관찰한 결과, 바이러스 접종 5일 후에 원동세포 핵내의 인이 소형 과립으로 붕괴되어 산재되었고, 접종 8일후에는 전자밀도가 높은 virogenic stroma가 출현하였으며, 감염 말기로 추정되는 핵내의 전자밀도가 전자보다 낮고 더욱 확대되어 핵의 대부분을 차지하는 virogenic stroma도 관찰되었다. 또한 이들 virogenic stroma내에서 바이러스 입자유사체가 관찰되는 것으로 보아 이 virogenic stroma는 바이러스 전구물질의 합성 및 바이러스 조립장소임을 시사하고 있다.

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Evidence of genome duplication revealed by sequence analysis of multi-loci expressed sequence tagesimple sequence repeat bands in Panax ginseng Meyer

  • Kim, Nam-Hoon;Choi, Hong-Il;Kim, Kyung Hee;Jang, Woojong;Yang, Tae-Jin
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제38권2호
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    • pp.130-135
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    • 2014
  • Background: Panax ginseng, the most famous medicinal herb, has a highly duplicated genome structure. However, the genome duplication of P. ginseng has not been characterized at the sequence level. Multiple band patterns have been consistently observed during the development of DNA markers using unique sequences in P. ginseng. Methods: We compared the sequences of multiple bands derived from unique expressed sequence tagsimple sequence repeat (EST-SSR) markers to investigate the sequence level genome duplication. Results: Reamplification and sequencing of the individual bands revealed that, for each marker, two bands around the expected size were genuine amplicons derived from two paralogous loci. In each case, one of the two bands was polymorphic, showing different allelic forms among nine ginseng cultivars, whereas the other band was usually monomorphic. Sequences derived from the two loci showed a high similarity, including the same primer-binding site, but each locus could be distinguished based on SSR number variations and additional single nucleotide polymorphisms (SNPs) or InDels. A locus-specific marker designed from the SNP site between the paralogous loci produced a single band that also showed clear polymorphism among ginseng cultivars. Conclusion: Our data imply that the recent genome duplication has resulted in two highly similar paralogous regions in the ginseng genome. The two paralogous sequences could be differentiated by large SSR number variations and one or two additional SNPs or InDels in every 100 bp of genic region, which can serve as a reliable identifier for each locus.