• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제22권3호
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• pp.137-141
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• 2002

본 연구는 분열형 효모 Schizosaccharomyces pombe에서 여러 가지 DNA 절제회복 및 유전자 발현에 관여하는 SNF2/SW12유전자의 기능을 연구하기 위하여 이에 관련되는 유전자를 분리하고 그 특성을 연구하였다. SNF2 motif 의 conserved sequence를 primer로 하여 중합효소 연쇄반응(PCR) 방법으로 480 bp 크기의 DNA fragment를 분리하여, 이를 probe로 하여 효모에서 hrp2＋ 유전자를 분리하였다. 분리한 hrp2＋ 유전자의 sequence homology를 비교한 결과 3개의 SNF2 motif를 포함하고 있었다. hrp2＋유전자의 전사체 크기는 4.7 kb임을 Northern hybridization으로 확인하였다. hrp2＋유전자의 전사 개시 부위를 알기 위하여 primer extension분석을 한 결과, 첫 번째 ATG에서 약47 base pair 위쪽에 위치함을 확인하였다. 또한 특성 연구를 위하여 Northern hybridization으로 hrp2＋ 유전자의 UV와 MMS에 대한 유도성을 조사한 결과 자외선에 대해서만 유전자의 발현이 유도되었다. 이 결과 분리한 hrp2＋는 UV-inducible 유전자임을 확인하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권2호
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• pp.79-84
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• 2002

Suppression subtractive hybridization (SSH)를 통해 상처에 의해 발현이 유도되는 cDNA들을 분리하였고, 그 중 하나인 gmwi33은 $\beta$-amyrin synthase 유전자들과 높은 유사성을 보였다. gmwi33의 전장 cDNA인 GmAMS1은 2416 bp 길이에 739개 아미노산으로 구성된 긴 open reading frame(ORF)를 포함하고 있었다. GmAMS1 단백질은 감초의 $\beta$-amyrin synthase인 GgbAS와 89%, 완두의 OSCPSY와 86%의 유사성을 보였다. 암조건 하에 5일간 기른 콩나물에서, GmAMS1는 빛을 쪼여주었을 때 가장 강하게 발현되었고 methyl jasmonate 처리와 저온처리 시에도 발현이 유도된 반면, UV-B나 elicitor를 처리하였을 때는 발현이 유도되지 않았다. 이러한 GmAMS1의 발현양상은 사포닌의 활성산소 제거기능과 밀접한 연관이 있을 것으로 추측된다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제6권2호
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• pp.89-96
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• 2002

성장을 멈추고 있는 원시난포(primordial follicle)에서 난포발달이 개시되어 1차난포(primary follicle)로 발달하는 조절기전은 잘 알려져 있지 않다. 이 초기 난포발달 과정에 관여하는 유전자를 알아내기 위해 suppression subtractive hybridization(SSH)을 사용하였다. 생후 1일과 5일째의 생쥐 난소로부터 얻은 cDNA로 forward와 reverse subtraction을 수행하여 각각 day1과 day5-subtracted cDNA library를 얻었다. 이를 cloning한 결과, 357개 clone의 염기 서열을 BLAST와 RIKEN을 이용해 분석하여 27개의 clone은 novel gene으로 330개의 clone은 데이터 베이스와 일치함을 알았다. 이 중에 기능이 알려진 유전자는 day1에서는 42종, day5에서는 47종이 각각 차이 나게 발현하고 있는 것으로 나타났다. Day1-subtracted cDNA library에서는 GDF8, lats2, septin2, wee1등 4개 유전자를, day5-subtracted cDNA library에서는 HSP84, laminin2, MATER, MTi7, PTP 및 wrn등 6개 유전자를 선택하여 LCM-RT-PCR방법으로 실제로 원시난포와 1차난포에서 차이 나게 발현되고 있는 것을 확인하였다. 본 연구에서 얻은 유전자 발현 양상의 결과는 앞으로 생쥐뿐만 아니라 사람 난소에서 primordial-primary follicle transition에 관여하는 기전을 연구하는데 중요한 정보를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.132-137
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• 1999

본 연구는 느타리버섯 갈반병 병원균인 pseudomonas tolaasii의 진단을 위한 분자 marker를 개발하기 위해 수행되었다. 세균의 반복염기서열과 펙틴 분해효소 유전자로부터 제작된 여러개의 primer들을 이용해 식용버섯으로부터 분리된 Pseudomonas종들로부터 DNA 다형성을 유도한 바펙틴 분해 효소로부터 제작된 PEU1 primer는 다른 Pseudomonas종들로부터 P. tolaasii를 구분시키는 다형성 밴드를 생성하였다. P. tolaasii 6균주에 공통적으로 나타나는 1.0kb와 0.4kb의 두 가지 밴드를 pGEM-T에 클로닝하고 이들을 각기 pPTOP1과 pPTOP2로 명명하고 probe로 이용하였다. 0.4kb 크기의 pPTOP2의 삽입 DNA는 P. tolaasii 6균주와 hybridization이 이루어진 반면 다른 Pseudomonas종과는 반응하지 않았다. 0.4kb크기의 pPTOP2의 삽입 DNA를 probe로 이용해 dot blot hybridization한 결과 P. tolaasii는 $1.5{\times}10^3\;cfu$까지 검출이 가능함을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제31권2호
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• pp.141-147
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• 1993

백색 부후균인 plaurotus ostreatus 의 4가지의 균주로부터 각각 10.2 kb 와 7.2 kb (NFFA 2), 두 종류의 10.2 kb (NFFA 4001) 11.2 kb (NFFA 4501), 10.2kb 와 11.2 kb(KFCC 11635) 크기의 미토콘드리아 플라스미드들을 분리해 내었다. NFFA 2 의 변종인 NFFA 2m1 과 NFFA 2m2 에서는 이들 플라스미드가 관찰되지 않았다. 분별 원심분리에 의해 얻은 미토콘드리아에서 핵산을 추출하여 agarose gel 에서 전기영동시키면 플라스미드가 관찰되지 않았으나 proteinase K 를 처리하고 핵산을 추출하여 전기영동한 결과 이들 플라스미드가 관찰되었는에, 이는 플라스미드상에 단백질인 결합되어 있음을 시사한다. Proteinase K 를 처리한 플라스미드 DNA 와 exonuclease 를 반응시킨 결과, 이들 플라스미드들은 5'말단에 단백질이 결합된 성형 이중가닥 DNA의 구조를 가진 것을 확인하였다. 각 플라스미드들의 상호관계를 조사하기 위하여 Southern hybridization 을 수행한 결과 최소 3가지 종류의 플라스미드들로 분류할 수 있었다. 이중 한 그룹 (group I) 은 모든 P. ostreatus 균주들에서 공통적으로 발견되었다. Pleurotus 속의 5가지 다른 종(P. cornucopiae, P. florida, P. pulmonarius, P. sajor-cuja, P. spodoleucus) 의 균주들로부터 미토콘드리아 플라스미드들을 분리하였다. 이들은 한균주당 1-4 개 까지의 플라스미드를 가지며, 플라스미드의 크기는 7.2 kb-14kb 범위에 있었다. P. ostreatus 의 NFFA 2 의 10.2 kb(group I) 플라스미드와 hybridization 을 수행한 결과 P. cornucopiae ASI 2011을 제외한 다른 모든 균주들이 유사한 염기서열의 플라스미드를 갖고 있음을 알았다.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제34권12호
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• pp.1056-1064
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• 2007

생체분자 컴퓨팅은 DNA와 같은 생체 분자를 이용하여 정보를 표현하고 처리하는 새로운 컴퓨팅 패러다임이다. 작은 부피에 존재하는 무수히 많은 분자와 화학 반응에 내재된 대규모 병렬성은 새로운 개념의 고성능 계산 기법에 영감을 주었고 이를 바탕으로 다양한 계산 모델 및 문제 해결을 위한 분자알고리즘이 개발되었다. 한편 생체 분자를 이용한 정보처리라는 특징은 생물학 문제에 적용될 수 있는 가능성을 시사한다. 유전자 발현 패턴과 같은 생화학적 분자 정보의 분석을 위한 도구로서의 가능성을 가지고 있는 것이다. 이러한 맥락에서 DNA 컴퓨팅 기반의 생체분자 퍼셉트론 모델이 제안되었고 그 실험적 구현 결과가 제시된 바 있다. 생체분자 퍼셉트론의 핵심인 가중치 표현 및 가중치-합 연산은 입력 분자와 가중치를 표현하는 프로브 분자간의 경쟁적 혼성화 반응에 기반하고 있다. 그러나 그 혼성화 반응에서 열역학적 대칭성을 가정하고 있기 때문에 사용하는 프로브에 따라 가중치 표현의 오차가 있을 수 있다. 본 논문에서는 비대칭적인 열역학적 특성을 고려하여 일반화된 혼성화 반응 모델을 제시하고, 이를 바탕으로 신뢰성 있는 생체 분자 퍼셉트론의 구현을 위한 가중치 코딩 방법을 제안한다. 그리고 본 논문에서 제시한 가중치 표현 방법의 정확성을 이전 모델과 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 비교하고 한계 오차를 만족하기 위한 조건을 제시한다.

• 한국균학회지
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• 제30권1호
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• pp.66-72
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• 2002

Phytophthora capsici 집단의 유전적 특성 분석용 DNA marker를 선발하고자 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119 균주의 genomic DNA library를 임의로 cloning 시킨 후 southern blot 분석을 실시하여 선발된 clone들의 특성을 조사하였다. Probe로 사용하기 위해 선발된 clone 내에 삽입된 DNA 단편들은 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119의 genomic DNA와 특이적으로 강하게 반응했다. 조사된 probe 중 PC9은 HindIII로 처리된 국내 P. capsici 균주들의 genomic DNA와 Southern 분석시 많은 밴드를 형성하였으며, 분리포장 단위별 균주들 간에는 물론 동일 포장 분리균주들 간에도 그 차이를 나타냈다. 그 밴드 양상을 기초로 집괴분석을 실시한 결과, 각 균주의 유전적 다양성이 잘 나타났다. Prove PC22는 다른 Phytophthora속과 Pythium속 균주들의 genomic DNA들과의 Southern hybridization에서는 반응을 나타내지 않았지만 특이적으로 P. capsici 균주들과는 다수의 밴드를 형성하였다. 이들 P. capsici 종특이적 DNA probe들은 추후 국내 및 전세계에 분포하는 P. capsici 집단의 유전적 다양성 분석 및 종동정에 유용한 marker로서 활용될 수 있을 것이다.

• 미생물학회지
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• 제38권3호
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• pp.186-191
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• 2002

장내바이러스(enterovirus),로타바이러스(rotavirus),그리고 아데노바이러스(adenovirus)등 물을 통해 전파되는 환경바이러스의 신속한 검출 및 1 차적인 분류를 위해 올리고뉴클레오티드 DNA chip을 이용한 분석 시스템의 유용성에 대하여 연구하였다. BGM 세포배양실험에서 바이러스성 세포병변효과(cytopathic effect) 양성으로 판정된 세포단층으로부터 접종배양 3 일 후 세포내 모든 RNA를 분리하여 중합효소연쇄반응과 DNA chip으로 검출여부 및 유전형을 비교 분석한 결과 세포배양에서 양성으로 판정된 10개의 시료 중 3개가 바이러스 음성으로, 7개가 바이러스 양성으로 나타났다. 중합효소연쇄반응과 DNA chip에 의해 양성으로 나타난 7개 시료의 유전형은 두 방법에 의해 모두 장내바이러스로 동정되어 DNA chip에 의한 1차 동정의 유용성도 증명하였다. 세포배양 후 전기영동분석 없이 일차적인 동정과정까지 불과 3∼4 시간 이내에 수행해낼 수 있는 DNA chip분석은 특이성, 신속성, 및 경제성을 고루 갖추어 환경바이러스 검출방법론의 새로운 영역을 구성할 것으로 사료된다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제18권1호
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• pp.41-48
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• 2009

The large bumblebee, Bombus terrestris, indigenous to Europe and used extensively for high-value crop pollination, has been artificially introduced in several parts of the world. Here we show the interspecific hybridization between bumblebee species, B. terrestris and B. ignitus, under laboratory conditions. The mating and oviposition percentages of the interspecific hybridization of a B. terrestris queen with a B. ignitus male were higher than those of the intraspecific mating of B. ignitus. Furthermore, the competitive copulation experiment indicated that the mating of B. ignitus males with B. terrestris queens was 1.8-fold more frequent than with B. ignitus queens. The interspecific hybridization of a B. ignitus queen with a B. terrestris male produced either B. ignitus workers or the B. ignitus male phenotype, and the hybridization of a B. terrestris queen with a B. ignitus male produced B. terrestris males. Genetic tests using a portion of the mitochondrial COI gene for the parent and hybrid phenotypes indicated that mitochondrial DNA in the interspecific hybridization was maternally inherited. Our results indicated that interspecific hybridization occurred between B. ignitus and B. terrestris, which suggests that the hybridization will have a negative impact of competition and genetic pollution of native bumblebees.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제23권5호
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• pp.536-543
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• 1995

Multicopy integration vector is a very useful vector system in that they can be integrated into chromosomal DNA in several copies and stably maintained under non-selective conditions. To develop a multicopy integration vector system in the yeast Yarrowia lipolytica, P-type ribosomal DNA was cloned from Y lipolytica. A HindIII-BglII fragment of the cloned rDNA and a promoterless URA3 gene were inserted into pGEM1, generating multicopy integration vectors, pMIYL-1 and pMIYL-2. The rDNA fragment is for targeted homologous recombination between the vector and the chromosomal DNA of Y. lipolytica, and the promoterless URA3 gene is a defective selection marker for inducing multicopy integration. pMIYL-1 and pMIYL-2 have an unique restriction enzyme site, KpnI, and two unique restriction enzyme sites, KpnI and EcoRI, repectively, which can be used for targeting of the vectors into the rDNA of Y. lipolytica chromosomal DNA. After transformation of the vectors into Y. lipolytica, copy number and stability were analyzed by Southern hybridization. The vectors were found to be present in less than 5 copies per cell and were stably maintained during growth in non-selective media.