• 제목/요약/키워드: DMRT

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Identification and molecular characterization of doublesex and mab-3-related transcription factor(dmrt) in brackish water flea, Diaphanosoma celebensis, exposed to bisphenol analogs

  • Cho, Hayoung;Jeon, Min Jeong;Lee, Young-Mi
    • 환경생물
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    • 제39권2호
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    • pp.160-168
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    • 2021
  • Doublesex and mab-3 related transcription factor(dmrt) play crucial roles in sex determination and sex differentiation in vertebrates and invertebrates. Although dmrt genes have been identified in vertebrates, little is known about aquatic invertebrates. In this study, two dmrt genes, namely, Dc_dmrt93B and Dc_dmrt99B, were identified from brackish water flea, Diaphanosoma celebensis. Transcriptional changes were observed in the dmrt genes when the flea was exposed to bisphenol(BP), an endocrine disruptor. Sequence and phylogenetic analyses showed that both dmrt genes contained two conserved domains, namely, DM and DMA, closely clustered with those of Daphnia spp. Additionally, a significant increase in the Dc_dmrt99B mRNA expression level was observed upon exposure to intermediate concentrations of BP (bisphenol A>bisphenol S=bisphenol F, p<0.05), while the expression of Dc_dmrt93B mRNA was slightly modulated. These findings imply that the two dmrt genes may be involved in sex differentiation of D. celebensis. Furthermore, it was found that the ability of BP to modulate dmrt genes could affect development and reproduction. This study provides a basis for understanding the function of the dmrt genes and the molecular mode of action of BP in small crustaceans.

Testosterone 처리에 의한 넙치, Paralichthys olivaceus 난소에서 doublesex-and mab-3-related transcription factor-1 (DMRT-1) mRNA의 발현 유도 (Induced Expression of Doublesex-and mab-3-related Transcription Factor-1 (DMRT-1) mRNA by Testosterone in the Olive Flounder, Paralichthys olivaceus ovary)

  • 조필규;안광욱;김나나;최용기;조성환;민병화;임한규;최철영
    • 한국양식학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.199-202
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    • 2007
  • 본 연구에서는 넙치(Paralichthys olivaceus) 정소로부터 DMRT-1 partial cDNA를 분리하였다. 넙치 DMRT-1은 317개의 염기로 구성되어 있으며, Atlantic halibut, 감성돔 및 무지개 송어와 각각 94%, 85%, 82%의 높은 상동성을 보였다. RT-PCR을 이용하여 DMRT-1 mRNA 발현은 난소보다 정소에서 높게 나타난 것을 관찰할 수 있었다. 또한, 암컷 넙치에 웅성호르몬인 testosterone 처리시 처리 농도에 따라 난소에서 DMRT-1 mRNA 발현이 증가함을 볼 수 있었다. 따라서, DMRT-1은 수컷에서 특이적으로 발현되는 유전자임을 알 수 있으며, 본 연구의 결과는 넙치의 성 전환 및 유도에 대한 기초자료를 제공할 것이다.

Molecular Cloning and Expression of DMRT Gene in Protogynous Wrasse, Halichoeres tenuispinis

  • Jeong, Hyung-Bok;Park, Ji-Gweon;Park, Jin-Young;Jin, Young-Jun;Yang, Myung-Cheon;Hyun, Kyung-Man;Kim, Gi-Ok;Kim, Se-Jae
    • 한국발생생물학회:학술대회논문집
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    • 한국발생생물학회 2003년도 제3회 국제심포지움 및 학술대회
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    • pp.64-64
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    • 2003
  • The sex differentiation of fishes occurs under the control of genetic and various environmental factors. DM-domain containing genes are novel zinc finger transcription factors and play key roles in sex determination. In order to isolate the wrasse DMRT (wDMRT) cDNA from the protogynous wrasse (Halichoeres tenuispinnis), the wrasse testis cDNA library was screened using the $^{32}$ P-labeled PCR products, which were amplified with the degenerate primers from conserved DM-domain regions of several DMRT genes. Among a few positives obtained through screening, the full length wDMRT cDNA of 2.9kb size encoding a predicted 300 amino acid residues was isolated. The sequence analysis exhibited 60%, 43% sequence identity with rainbow trout and tilapia DMRT1, respectively. RT-PCR assay showed that wDMRT was expressed specifically in male testis. Also, wDMRT gene was strongly expressed in May during reproductive season, when the reproductivity of wrasse is most active. This results suggested that wDMRT gene function in testis differentiation The conserved DM-domain regions were amplified using PCR from DMRT genes of several species among Labridae, and their sequences were determined. The sequence of DM-domain region of Halichoeres. tenuispinis was identical to those of Pseudolabrus japonicus, Pteragogus flagellifera, and showed 94% identity with that of Halichoeres poecioptrerus.

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Assessment of Phytochemicals, Quality Attributes, and Antioxidant Activities in Commercial Tomato Cultivars

  • Bhandari, Shiva Ram;Chae, Young;Lee, Jun Gu
    • 원예과학기술지
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    • 제34권5호
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    • pp.677-691
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    • 2016
  • To assess South Korean commercial tomato cultivars, regular and cherry tomato cultivars were grown in the greenhouse and evaluated for color attributes, titratable acidity, pH, total soluble solids, carotenoids (lycopene and ${\beta}$-carotene), total phenols, flavonoids, vitamin C, and antioxidant activity. Significant differences (p < 0.05 using Duncan's multiple range test (DMRT)) were observed in the levels of most phytochemicals, quality parameters, and antioxidant activity among the twenty South Korean tomato cultivars tested. Lycopene and ${\beta}$-carotene contents varied significantly (p < 0.05 using DMRT), from $0.95mg{\cdot}100g^{-1}$ to $5.12mg{\cdot}100g^{-1}$ and $0.65mg{\cdot}100g^{-1}$ to $3.56mg{\cdot}100g^{-1}$ of fresh weight, respectively. ${\beta}$-carotene contents exhibited the highest genetic variation (59.2%), followed by naringenin (52.8%) and other phytochemicals. Most of the cherry tomato cultivars had statistically higher levels (p < 0.05 using DMRT) of carotenoids, phenols, flavonoids, vitamin C, and antioxidant activity compared to the regular tomato varieties, suggesting their higher nutritional value. Lycopene content was highest in the cultivars YoYo, Jicored, Titi-Chal, TY-Endorphin, and Rubyking. Cultivars Rubyking, TY-Endorphin, and Titi-Chal also showed relatively higher antioxidant activities in three assays: 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH), 2,2'-azino-bis (3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS), and ferric ion reducing antioxidant power (FRAP) assays. All the antioxidants, except luteolin, were positively correlated with antioxidant activities; the highest correlation was observed between total phenol and antioxidant activities, followed by the correlation between rutin and vitamin C. Cultivars identified to have superior nutritional status would be useful in tomato breeding programs to further improve quality and health benefits of tomatoes for the fresh and processed markets.

Statistical Treatment on Amylose and Protein Contents in Rice Variety Germplasm Based on the Data Obtained from Analysis of Near-Infrared Reflectance Spectroscopy (NIRS)

  • Oh, Sejong;Chae, Byungsoo;Lee, Myung Chul;Choi, Yu Mi;Lee, Sukyeung;Rauf, Muhammad;Hyun, Do Yoon
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2018년도 춘계학술발표회
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    • pp.31-31
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    • 2018
  • The purpose of this study was to statistically analyze amylose and protein content of rice variety resources collected from China (1,542), Japan (1,409), Korea (413), and India (287). The statistical analysis was conducted using ANOVA and DMRT based on the data obtained from NIRS analysis. The average amylose contents were 18.85% in Japanese, 19.99% in Korean, 20.27% in Chinese, and 25.46% in Indian resources. The average protein contents were 7.23% in Korean, 7.73% in Japanese, 8.01% in Chinese, and 8.17% in Indian resources. The amylose and protein content using ANOVA showed significant differences at the level of 0.01. The F-test for amylose content was 158.34, and for protein content was 53.95 compared to critical value 3.78. The amylose and protein content using DMRT (p<0.01) showed significant difference between countries. The value of statistical treatment was divided into three groups such as $China^a$, $Korea^a$, $Japan^b$, $India^c$ in amylose and $China^a$, $India^a$, $Japan^b$, $Korea^c$ in protein. Japanese resources had the lowest level of amylose contents, whereas, the lowest level of protein content was found in Korean resources compared to other origins. Indian resources showed the highest level of amylose and protein contents. It is recommended that these results could be helpful to future breeding experiments.

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NIRS 분석 Data에 의한 국내외 육성품종 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 성분에 대한 통계분석 (Statistical Treatment on Amylose and Protein Contents in Rice Variety Germplasm Based on the Data Obtained from Analysis of Near-Infrared Reflectance Spectroscopy (NIRS))

  • 오세종;채병수;이명철;최유미;이수경;고호철;;현도윤
    • 한국자원식물학회지
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    • 제31권5호
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    • pp.498-514
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    • 2018
  • 본 연구는 선행연구에서 개발된 근적외선 분광분석(NIRS) 예측모델을 활용하여 측정된 국내외 육성품종 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량 자료를 통계처리 하여 자원의 지리적 특성과 함량에 대한 정확한 정보를 제공하기 위해 실시하였다. 정규분포분석 결과 육성품종 벼 자원의 단백질 평균은 8.0%였고, 찰벼 아밀로스 평균은 8.8%였고, 메벼 아밀로스 평균은 22.7%였다. 전체자원의 95%를 차지하는 자원들의 함량범위는 단백질의 경우 5.4-10.6%, 찰벼 아밀로스는 5.9-11.5%, 메벼 아밀로스는 16.9-28.5%였다. 자원의 다양성지수는 단백질의 경우 0.59, 찰벼 아밀로스는 0.81, 메벼 아밀로스는 0.64였다. ANOVA, DMRT 처리 자원 수는 중국 자원의 경우 1,542, 일본은 1,409, 한국은 413, 인도는 287자원이었다. 국가별 아밀로스 평균함량은 일본 자원의 경우 18.85%, 한국 자원은 19.99%, 중국 자원은 20.27%, 인도 자원은 25.46%였다. 단백질 평균함량은 한국 자원의 경우 7.23%, 일본 자원은 7.73%, 중국 자원은 8.01%, 인도 자원은 8.17%였다. ANOVA 분석결과 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량은 국가별 차이가 있었고 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. DMRT 분석결과 국가별 아밀로스 함량은 일본, 중국과 한국, 인도의 세 집단으로 나눌 수 있었으며 각 집단 간 아밀로스 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 단백질 함량의 경우 한국, 일본, 인도와 중국의 세 집단으로 나눌수 있었으며, 각 집단 간 단백질 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 일본 자원은 가장 낮은 아밀로스 평균함량을 나타냈고, 한국 자원은 가장 낮은 단백질 평균함량을 나타냈다. 이에 비해 인도 자원은 가장 높은 아밀로스와 단백질 평균함량을 나타냈다. 이러한 지리적 분포에 따른 육성품종 벼 자원 간 함량 차이는 각 지역별 자원 선호도와 육종 방향이 반영된 결과라고 할 수 있다.

근적외선분광분석에 의한 동아시아 지역 재래종 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량 변이분석 (Statistical Analysis of Amylose and Protein Content in Landrace Rice Germplasm Collected from East Asian Countries Based on Near-Infrared Reflectance Spectroscopy (NIRS))

  • 오세종;최유미;윤혜명;이수경;유은애;이명철;;채병수
    • 한국작물학회지
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    • 제64권2호
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    • pp.70-88
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    • 2019
  • 본 연구는 선행연구에서 개발된 근적외선 분광분석(NIRS) 예측모델을 활용하여 측정된 국내외 재래종 메벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량 자료를 통계처리 하여 자원의 지리적 특성과 성분 함량에 대한 정확한 정보를 제공하기 위해 실시하였다. 1. 정규분포분석 결과 메벼 유전자원의 아밀로스 평균은 22.0%였고, 단백질 평균은 8.2%였으며 전체 자원의 95%를 차지하는 자원들의 함량범위는 아밀로스의 경우 15.0-28.9%, 단백질은 5.4-10.9%였다. 자원의 다양성지수는 아밀로스의 경우 0.81, 단백질은 0.50이었다. 2. ANOVA, DMRT에 사용된 자원 수는 한국 자원의 경우 1,032, 북한은 994, 일본은 800, 중국은 528자원이었다. 국가별 아밀로스 평균함량은 중국 자원의 경우 23.34%, 한국 자원은 21.55%, 일본 자원은 21.45%, 북한 자원은 20.48%였다. 단백질 평균함량은 중국 자원의 경우 9.02%, 일본 자원은 8.06%, 북한 자원은 8.04%, 한국 자원은 7.99%였다. ANOVA 결과 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량은 국가별 차이가 있었고 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 3. DMRT 결과 국가별 아밀로스 함량은 한국과 일본, 북한, 중국의 세 집단으로 나눌 수 있었으며 각 집단 간 아밀로스 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 단백질 함량의 경우 한국, 일본, 북한과 중국의 두 집단으로 나눌 수 있었으며 각 집단 간 단백질 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 북한 자원은 가장 낮은 아밀로스 평균함량을 나타냈고, 한국 자원은 가장 낮은 단백질 평균함량을 나타냈다. 이에 비해 중국 자원은 가장 높은 아밀로스와 단백질 평균함량을 나타냈다. 이러한 지리적 분포에 따른 벼 자원 간 함량차이는 각 지역별 자원 선호도와 품종 특성이 반영된 결과라고 할 수 있다.

근적외선분광분석에 의한 육성계통 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 성분함량에 관한 통계분석 (Statistical Analysis of Amylose and Protein Content in Breeding Line Rice Germplasm Collected from East Asian Countries Based on Near-infrared reflectance spectroscopy)

  • 오세종;최유미;윤혜명;;이명철;신명재;유은애;현도윤;채병수
    • 한국육종학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.298-317
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    • 2019
  • 본 연구는 선행연구에서 개발된 근적외선 분광분석(NIRS) 예측 모델을 활용하여 측정된 국내외 육성계통 메벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량 자료를 통계처리 하여 자원의 지리적 특성과 성분 함량에 대한 정확한 정보를 제공하기 위해 실시하였다. 정규분포분석 결과 메벼 유전자원의 아밀로스 평균은 23.6%였고, 단백질 평균은 7.9%였으며 전체 자원의 95%를 차지하는 자원들의 함량범위는 아밀로스가 15.7-31.5%, 단백질이 5.3-10.5%였다. 자원의 다양성지수는 아밀로스가 0.83, 단백질은 0.54였다. ANOVA, DMRT에 사용된 자원 수는 한국 자원이 2,386, 중국은 2,136, 일본은 1,219, 필리핀은 1,213자원이었다. 국가별 아밀로스 평균 함량은 한국 자원이 22.1%, 중국 자원은 24.5%, 일본 자원은 21.5%, 필리핀 자원은 25.2%였다. 단백질 평균함량은 한국 자원이 7.6%, 중국 자원은 7.8%, 일본 자원은 7.4%, 필리핀 자원은 8.2%였다. ANOVA 결과 벼 유전자원의 아밀로스 및 단백질 함량은 국가별 차이가 있었고 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. DMRT 결과 국가별 아밀로스 함량은 한국, 중국, 일본, 필리핀의 네 집단으로 나눌 수 있었으며 각 집단 간 아밀로스 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 단백질 함량은 한국, 중국, 일본, 필리핀의 네 집단으로 나눌 수 있었으며 각 집단간 단백질 함량차이는 1% 유의수준에서 차이가 인정되었다. 일본 자원은 가장 낮은 아밀로스와 단백질 평균함량을 나타냈고, 필리핀 자원은 가장 높은 아밀로스와 단백질 평균함량을 나타냈다. 이러한 지리적 분포에 따른 벼 자원 간 함량차이는 각 지역별 자원 선호도와 계통 특성이 반영된 결과라고 할 수 있다.