• 환경생물
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• 제24권2호
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• pp.172-178
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• 2006

골재채취가 수층의 세균군집구조에 미치는 영향을 알아보기 위해 낙동강 중류, 골재채취가 이루어 지지 않은 수역인 구미대교와 장기간에 걸쳐 연속적으로 골재채취가 행해지는 지역인 성주군 소학리 (성주대교 인근)에서 $\alpha\;\beta\;\gamma-subclass$ proteobacteria, Cytophaga-Flavobacterium (CF) group 세균군과 황산염화원세균을 FISH법으로 정량분석하였다. 아울러 수온, pH, EC, 엽록소-$\alpha$ 양 등의 이화학적인 환경요인도 측정하였다. DAPI로 염색된 세균수로 측정한 총세균수의 경우, 두 정점간의 괄목할 만한 양적인 차이는 없었으나 그 시간차에 따른 변동이 골재채취 수역에서 더욱 심했다. 또한 높은 엽록소-$\alpha$ 양을 나타낸 골재채취 수역에서 검출한 CF group 세균군과 황산염환원세균이 총세균수에서 차지하는 비율이 비골재채취 수역에 비해 높았다. 이같은 결과는 저니질이 수층으로 재유입되었기 때문으로 판단된다. 그러나 본 연구에서 검출한 세균군이 총세균수에서 차지하는 비율을 합하면 그 비율은 골재채취 수역보다 비골재채취 수역에서 더 높았다. FISH법에 의한 세균의 검출가능성이 해당세균의 물질대사능과 연관이 있으므로 골재채취 수역에서의 낮은 세균 검출율은 골재채취가 세균의 물질순환에서의 역기능을 초래하고 이는 또한 연차적으로 그들의 먹이연쇄에 부정적인 영향을 미칠 가능성을 시사하는 것이다.

• 환경생물
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• 제24권3호
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• pp.221-229
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• 2006

초음파가 식물플랑크톤에 미치는 영향을 조사할 목적으로, 이화학적 그리고 생물학적으로 유사한 두 군데의 부영양화 연못에서 2003년 8월 18일부터 9월 30일까지 약 4일 간격으로 시료를 채취하여 실험을 실시하였다. 실험기간 동안 출현한 식물플랑크톤 군집은 규조류(Bacillariophyceae)가 거의 대부분을 차지하였으며, 남세균(Cyanophyceae)은 상대적으로 적은 비중을 차지하였다. 분자생물학적 기법중의 하나인 DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)를 이용하여 식물플랑크톤 군집 구조를 비교분석하였다. 16S rDNA의 DGGE profile 분석에 의하여 처리구 연못에서는 Oscillatoria acuminata를 비롯하여 CFB (Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides) group bacterium 등이 나타나는 것으로 확인되었으며, 초음파가 정지된 시기에 특이적으로 Pseudanabaena sp.가 나타나는 것을 확인하였다. 대조구 연못에서는 Synechococcus sp.와 Aphanizomenon flos-aquae가 출현하는 것을 확인하였다. 18S rDNA의 DGGE profile분석결과 처리구 연못에서는 Chlamydomonas rein. hardtii가 우점하는 것으로 확인되었으며, 초음파 처리에 크게 반응하지 않는 것으로 판단된다. 대조구 연못에서는 처리구 연못에서 나타난 C. reinhardtii를 포함하여 Pteromonas protracta가 출현하였다. 결과적으로 초음파는 진핵성 식물플랑크톤 보다는 원핵성 식물플랑크톤의 다양성에 더 큰 영향을 주는 것으로 판단되며, 일부 남세균(Pseudanabaena sp.)의 생장에 저해를 주는 것으로 판단된다.

• Journal of Microbiology
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• 제37권1호
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• pp.10-13
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• 1999

The bacterial abundance, proportion of respiring bacteria, and bacterial community of southern Lake Baikal were analyzed at 1 m and 400m depths during winter. The total bacterial numbers were 5.1${\times}$105 cells ml-1 at 1 m and 2.5${\times}$105 cells ml-1 at 400 m depth, which are about half and quarter of the numbers of other lakes. The proportion of respiring bacteria was as low as 2.5% at 1 m and 1.4% at 400 m depth. Considering the amount of organic carbon which need to be degraded and low proportion of respiring bacteria, the bacteria could be assumed to have high activities. The EUB/DAPI ratios were 77 and 89% at 1 m and 400 m depths, respectively. Of the bacterial community, the other group was dominant at both depths, and gamma group of protebacteria followed next. But the beta group of proteobacteria and Cytophaga-Flavobacterium groups occupied very small proportions.

• Journal of Microbiology
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• 제42권4호
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• pp.278-284
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• 2004

Changes in the soil bacterial community of a coniferous forest were analyzed to assess microbial responses to wildfire. Soil samples were collected from three different depths in lightly and severely burned areas, as well as a nearby unburned control area. Direct bacterial counts ranged from $3.3­22.6\times10^8\;cells/(g{\cdot}soil).$ In surface soil, direct bacterial counts of unburned soil exhibited a great degree of fluctuation. Those in lightly burned soil changed less, but no significant variation was observed in the severely burned soil. The fluctuations of direct bacterial count were less in the middle and deep soil lay­ers. The structure of the bacterial community was analyzed via the fluorescent in situ hybridization method. The number of bacteria detected with the eubacteria-targeted probe out of the direct bacterial count varied from $30.3\;to\;84.7\%,$ and these ratios were generally higher in the burned soils than in the unburned control soils. In the surface unburned soil, the ratios of $\alpha,\;\beta\;and\;gamma-proteobacteria,$ Cytoph­aga-Flavobacterium group, and other eubacteria groups to total eubacteria were 9.9, 10.6, 15.5, 9.0, and $55.0\%,$ respectively, and these ratios were relatively stable. The ratios of $\alpha,\;\beta\;and\;gamma-proteobacteria,$ and Cytophaga-Flavobacterium group to total eubacteria increased immediately after the wildfire, and the other eubacterial proportions decreased in the surface and middle layer soils. By way of contrast, the composition of the 5 groups of eubacteria in the subsurface soil exhibited no significant fluctuations dur­ing the entire period. The total bacterial population and bacterial community structure disturbed by wildfire soon began to recover, and original levels seemed to be restored 3 months after the wildfire.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.242-247
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• 1999

소양호에서 fluorescent in situ hybridization 방법을 이용하여 세균군집의 계절과 수심에 따른 변화를 조사하였다. 이 방법에 사용된 oligonucleotide probe는 EUB338, ALF1b, BET42a, GAM42a 와 CF probe 였다. 조사기간중 Proteobacteria $\alpha$-group 은 0.7~32.9% 이었으며 $\beta$-group은 1.0~25.8%, $\gamma$-group은 2.4~37.1%, Cytophaga-Flavobacterium group은 4.7~23.6%의 분포를 나타내었다. 계절별로 살펴보면 규조류가 우점하는 봄펄에는 $\gamma$-group 이, 유기물의 농도가 낮고 수온이 높은 여름철에는 $\alpha$-group 이 우점하였으며, 남조류가 우점하는 가을철에 총세균수에 대한 Eubacterial group 의 비율이 크게 감소하여 특정 group의 우점현상은 나타나지 않았다. 이처럼 소양호는 계절과 수심에 따라 군집구조가 변화하였으며, 특히 세균의 군집구조는 식물플랑크톤의 천이와 밀접한 관계를 보이는 것으로 나타났다.

• Journal of Microbiology
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• 제43권1호
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• pp.1-10
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• 2005

We isolated and cultured bacteria inhabiting solar saltern ponds in Taean-Gun, Chungnam Province, Korea. All of the isolated 64 strains were found to be moderately halophilic bacteria, growing in a salt range of 2-20 %, with an optimal concentration of 5% salt. Bacterial diversity among the isolated halophiles was evaluated via RFLP analyses of PCR-amplified 16S rDNAs, followed by phylogenetic analysis of the partial 16S rDNA sequences. The combination of restriction enzyme digestions with HaeIII, CfoI, MspI and RsaI generated 54 distinct patterns. A neighbor-joining tree of the partial 16S rDNA sequences resulted in the division of the 64 strains into 2 major groups, 45 strains of ${\gamma}-Proteobacteria$ (70.3%) and 19 strains of Firmicutes (29.7%). The ${\alpha}-Proteobacteria$ and Cytophaga-Flavobacterium-Bacterioides groups, which were repeatedly found to exist in thalassohaline environments, were not represented in our isolates. The ${\gamma}-Proteobacteria$ group consisted of several subgroups of the Vibrionaceae (37.5%), Pseudoalteromonadaceae (10.9%), Halomonadaceae (7.8%), Alteromonadaceae (7.8%), and Idiomarinaceae (6.3%). Members of Salinivibrio costicola (29.7%) were the most predominant species among all of the isolates, followed by Halobacillus treperi (12.5%). Additionally, three new species candidates were found, based on similarities of the 16S rDNA sequences to those of previously published species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권10호
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• pp.1640-1645
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• 2006

We studied the diversity of the halophilic archaea and bacteria in crystallizer ponds of a Korean solar saltern by analyzing 16S rRNA gene libraries. Although diverse halophilic archaeal lineages were detected, the majority (56%) were affiliated with the uncultured and cultured Halorubrum group. Halophilic archaea that have been frequently observed in solar saltern environments previously, such as Halogeometricum, Halococcus, Haloarcula, and Haloferax, were not detected in our samples. The majority of clones (53%) belonged to the Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides and ${\alpha}-,\;{\gamma}-,\;and\;{\delta}-Proteobacteria$ groups, with 47% of the clones being affiliated with ${\gamma}-Proteobacteria$. We also identified new ${\delta}-Proteobacteria$-related bacteria that have not been observed in hypersaline environments previously. Our data show that the diversity of the halophilic archaea and bacteria in our Korean saltern differs from that of solar salterns found in other geographic locations. We also showed by quantitative real-time PCR analysis that bacteria can form a significant component of the microbial community in solar salterns.

• 미생물학회지
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• 제38권1호
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• pp.31-37
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• 2002

경북 경산시 에 위치한 남매지 에서 세균군집 의 구조를 fluorescent in situ hybridization(FISH) 방법을 이용하여 분석하였고 아울러 세균군집크기에 영향을 주는 환경요인을 측정하여 그 상관성을 파악하고자 하였다. 담수계에 우점하는 것으로 알려진 proteobacteria($\alpha$.$\beta$.$\gamma$-subclasses)와 글Cytophaga-Flavobacterium (CF) group에 속하는 진정세균군의 연중변화를 정점별로 측정하였다. 총세균수에 대한 각 세균군집 비율은 정점간의 큰 차이 없이 $\alpha$-subclass가 4.0~29.2%,$\beta$-subclass가 1.7~25.8%, $\gamma$-subclass가 1.8~12.8%를, 그리고 CF group은 4.9~36.3%의 군집 비율을 나타냈다. 온도,SS, pH, DOC,질산염, 조류 현존량 등 환경요인과 세균군집 간의 상관관계를 분석한 결과, 총세균수는 수온, DOC,55, eubacteria는 DOC, 녹조류 현존량, $\gamma$-subclass 세균군은 DOC, CF group세 균은 녹조류 현존량과 양의 상관성을 나타낸 반면 $\beta$-subclass는 남세균 . 총 조류 현존량과 음의 상관성을 나타냈다.

• 미생물학회지
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• 제43권1호
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• pp.14-18
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• 2007

바이칼호에 서식하는 있는2속(genus Baikalospongia와 Lubomirskia)(5.13)의 해면 내에 서식하고 있는 세균군집 구조를 조사하기 위하여 fluorescent in situ hybridization (FISH) 방법을 적용하였다. Baikalospongia와 Lubomirskia 속에 속하는 해면에 서식하는 총세균수는 각각 $7.2{\times}10^{7}-4.2{\times}10^{8}\;cells/ml$과 $1.2{\times}10^{8}-1.6{\times}10^{8}\;cells/ml$였다. 인근 호숫물의 총세균수는 $2.3{\times}7.7{\times}10^{5}\;cells/ml$ 범위로 해면에 서식하는 총세균수가 약 $10^{3}-10^{4}$배 더 높았다. 총세균수에 대한 세균군집 구조의 비율은 ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-Proteobacteria\;group$과 Cytophaga-Flavobacterium group외 다른 세균군이 genus Baikalospongia는 42.0-60.3%, Lubomirskia에서는 40.7-51.9%로, 호수물에서는 22.6-46.3%와 같이 나타났다. 이는 일반 담수에서 특정 군집이 우점하는 경향과는 다른 것으로써, 바이칼의 호숫물과 해면에 있는 세균들은 독특한 군집구조를 이루고 있음을 확인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권12호
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• pp.1656-1664
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• 2009

Bioaugmentation of bioreactors focuses on the removal of numerous organics, with little attention typically paid to the maintenance of high and stable nitrite accumulation in partial nitrification. In this study, a bioaugmented membrane bioreactor (MBR) inoculated with enriched ammonia-oxidizing bacteria (AOB) was developed, and the effects of dissolved oxygen (DO) and temperature on the stability of partial nitrification and microbial community structure, in particular on the nitrifying community, were evaluated. The results showed that DO and temperature played the most important roles in the stability of partial nitrification in the bioaugmented MBR. The optimal operation conditions were found at 2-3 mgDO/l and $30^{\circ}C$, achieving 95% ammonia oxidization efficiency and nitrite ratio ($NO_2^-/{NO_x}^-$) of 0.95. High DO (5-6 mg/l) and low temperature ($20^{\circ}C$) had negative impacts on nitrite accumulation, leading to nitrite ratio drop to 0.6. However, the nitrite ratio achieved in the bioaugmented MBR was higher than that in most previous literatures. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and fluorescence in situ hybridization (FISH) were used to provide an insight into the microbial community. It showed that Nitrosomonas-like species as the only detected AOB remained predominant in the bioaugmented MBR all the time, and coexisted with numerous heterotrophic bacteria. The heterotrophic bacteria responsible for mineralizing soluble microbial products (SMP) produced by nitrifiers belonged to the Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides (CFB) group, and $\alpha$-, $\beta$-, and $\gamma$- Proteobacteria. The fraction of AOB ranging from 77% to 54% was much higher than that of nitrite-oxidizing bacteria (0.4-0.9%), which might be the primary cause for the high and stable nitrite accumulation in the bioaugmented MBR.