• 제목/요약/키워드: Cytochrome b Gene

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Animal species identification by co-amplification of hypervariable region 1 (HV1) and cytochrome b in mitochondrial DNA

  • Lim, Si Keun;Park, Ki Won
    • 분석과학
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    • 제18권3호
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    • pp.257-262
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    • 2005
  • 미토콘드리아 DNA(mtDNA) 상의 조절부위(control region)에는 HV1과 HV2와 같은 과변이부위(hypervariable region)가 있으며, 이 부위에서 사람마다 차이가 나는 많은 SNPs(single nucleotide polymorphism)을 발견할 수 있다. mtDNA 염기서열 분석은 개인식별 및 백골화된 시신등의 신원확인에 유용하게 사용되어왔다. mtDNA상의 cytochrome b(cytb) 유전자는 분자계통학(molecular phylogenetics) 분야에 널리 이용되고 있으며, 법과학 분야에서의 동물 종식별은 다양한 사건 현장 증거물의 인수식별 뿐 아니라 불법 유통되고 있는 각종 동물성 건강식품, 의약품의 원료 규명 및 보호 종의 밀렵 증명 등에 유용하게 적용될 수 있다. 본 연구에서는 광범위한 동물의 cytochrome b 유전자를 증폭할 수 있는 primer sets (H14724/L15149)와 사람에 특이적인 HV1 부위 primer set (H15997/L16236)를 이용한 동시 증폭을 통해 먼저 사람과 동물을 구별하였고, cytb 증폭산물의 직접 DNA 염기서열 분석을 통해 종식별을 수행하였다. H14724/L15149 primer pair는 닭과 오리를 제외하고 사람, 소, 돼지, 개, 고양이, 생쥐, 쥐의 cytb를 증폭할 수 있었으며, H14841/L15149 primer pair는 닭과 오리도 증폭할 수 있었다. 효모, 곤충 및 세균은 모두 증폭산물이 생산되지 않았으며, H15997/L16236의 경우 사람의 HV1만이 선택적으로 증폭되었다. 또한 실제 사건의 예에서와 같이 본 연구가 혈흔의 종식별에 매우 유용함을 보여주었다.

묵납자루 Acheilognathus signifer와 납자루 A. lanceolatus 사이의 자연 잡종 출현 (Occurrence of a Natural Hybrid between Acheilognathus signifer and A. lanceolatus (Pisces: Cyprinidae))

  • 김형수;윤승운;김현태;박종영
    • 한국어류학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.199-204
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    • 2015
  • 묵납자루 Acheilognathus signifer와 납자루 A. lanceolatus간 잡종으로 추정되는 개체를 한강 수계의 김화남대천에서 채집하였다. 잡종의 기원을 확인하기 위하여 형태적 특징과 미토콘드리아 cytochrome b gene (cyt b)와 recombination-activating gene 1 (RAG-1)를 분석하였다. 외부 형태를 분석한 결과 잡종 개체는 등지느러미와 뒷지느러미 반문, 뒷지느러미 색깔, 몸의 체색 등은 두 부모종의 중간적 형질을 보였다. 미토콘드리아 cyt b 분석 결과 잡종 개체는 묵납자루와 염기서열이 99.9% 일치하여 묵납자루가 모계임이 밝혀졌다. 또한 RAG-1 분석 결과 double peak가 나타났는데 이는 잡종 개체임을 강력하게 시사하였다.

넙치의 원산지 판별을 위한 ND-4유전자의 다양성 분석 (Polymorphism Analysis of the ND-4 Gene for the Origin Determination of Olive Flounder, Paralichthys olivaceus.)

  • 송인선;진덕희;최석정;이석근
    • 생명과학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.627-635
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    • 2004
  • 주문진 근해의 동해산 넙치, 통영과 거제의 양식산 넙치, 그리고 북한 해역의 동해산 넙치를 이용하여 넙치 ND-4와 cytochrome b유전자의 다양성을 관찰하기 위하여 DGES와 DNA 염기서열 검색을 병행하였는데, 각각의 다른 지역에서 얻은 넙치들은 ND-4-2와 ND-4-3 영역에서 특징적인 DNA 다양성이 있었으나 넙치의 cytochrome b유전자에서는 지역간의 차이를 보이는 유전자 변이가 발견되지 않았다. 따라서 본 연구에서 넙치의 지역별 차이를 구별하는 원산지 판별에는 사용된 DGES와 DNA 염기서열 검색 방법이 효과적이었으며, 넙치의 유전자에서는 개체간의 변이가 ND-4-2와 ND-4-3 영역에서 구별되는 유전자 다양성이 관찰되었으므로, 넙치의 원산지 판정을 위한 유전자 검사에는 ND-4-2와 ND-4-3영역의 검색이 필요하다.

Genetic Distinctness of Sorex caecutiens hallamontanus (Soricomorpha: Mammalia) from Jeju Island in Korea: Cytochrome Oxidase I and Cytochrome b Sequence Analyses

  • Koh, Hung-Sun;Jang, Kyung-Hee;In, Seong-Teak;Han, Eui-Dong;Jo, Jae-Eun;Ham, Eui-Jeong;Jeong, Seon-Ki;Lee, Jong-Hyek;Kim, Kwang-Seon;Kweon, Gu-Hee
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제28권3호
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    • pp.215-219
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    • 2012
  • To examine genetic divergences of two endemic Sorex caecutiens subspecies from Korea (S. c. hallamontanus in Korean Jeju Island and S. c. annexus in the mainland Korean Peninsula), we obtained partial cytochrome oxidase I (COI) sequences (429 bp) and complete cytochrome b sequences (1,140 bp) from the two Korean subspecies, and we compared these sequences to the corresponding sequences of S. caecutiens, obtained from GenBank. We found that Jeju S. c. hallamontanus is one of three clades within S. caecutiens, with an average Jukes-Cantor distance of 1.57% in the COI sequences and the distance of 2.07% and 11 fixed site differences in the cytochrome b sequences, indicating that Jeju S. c. hallamontanus is one endemic subspecies with concordant genetic distinctness, although further analyses with nuclear DNA sequences are necessary to confirm these findings. However, S. c. annexus from the mainland Korean Peninsula was not divergent from S. c. macropygmaeus from northeastern China and adjacent Russia, indicating that S. c. annexus from the mainland Korean Peninsula is another endemic subspecies with only morphological differences, although it is necessary to reexamine the subspecies status of S. c. annexus.

Induction and Inhibition of CYP1A Gene Expression and Steroidogenesis in Olive Flounder Paralichthys olivaceus Exposed to Tributyltin and Benzo[a]pyrene

  • Jung Jee-Hyun;Yim Un-Hyuk;Jeon Joong-Kyun;Lee Ji-Seon;Kim Dae-Jung;Han Chang-Hee;Shim Won-Joon
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제9권2호
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    • pp.64-69
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    • 2006
  • Cytochrome P450 (CYP1A) gene expression in the liver and sex steroid levels in plasma were investigated in olive flounder (Paralichthys olivaceus) exposed to tributyltin (TBT) and benzo[a]pyrene (BaP). We constructed a cDNA library and cloned a 230-base sequence encoding partial CYP1A DNA. The CYP1A gene expression level was estimated using northern blotting. Hepatic CYP1A mRNA levels in fish injected with BaP at 10 mg/kg body weight (b.w.) increased for 48 h after injection. However, fish injected with both BaP and TBT at 10 mg/kg b.w. showed no significant changes in CYP1A mRNA level after 48 h. Plasma concentrations of testosterone and $17{\beta}$-estradiol were not significantly different in males and females injected with BaP and TBT. We suggest that TBT-induced suppression of BaP bioactivity should be interpreted with caution in biomonitoring field studies.

Genetic Diversity of Thread-sail Filefish Stephanolepis cirrhifer Populations in Korean Coastal Waters Inferred from Mitochondrial DNA Sequence Analysis

  • Yoon, Moon-Geun;Jung, Ju-Yeon;Nam, Yoon-Kwon;Kim, Dong-Soo
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제14권1호
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    • pp.16-21
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    • 2011
  • The genetic diversity and population genetic structure of thread-sail filefish, Stephanolepis cirrhifer (Temminck & Schlegel), were examined with a nucleotide sequence analysis of a 495bp fragment of the 5'-end of the cytochrome b gene in 113 fish collected from five populations from the south and east coasts of the Korean Peninsula. Seventeen variable nucleotide sites and 16 haplotypes were defined. The observed haplotypes had a shallow haplotype genealogy and no geographical association. Most of the populations had high haplotype diversity and low nucleotide diversity, and significant negative values for Fu's $F_S$, suggesting rapid, recent population growth from an ancestral population and sudden population expansion. The estimated pairwise fixation indices ($F_{ST}$) indicate that substantial gene flow occurs among these populations. Thread-sail filefish in the South Sea of Korea and East Sea Korean populations forms a single panmictic population. Thus, thread-sail filefish in these areas should be treated as one management unit.

Effects of pH on Purification of GFPuv/Cytochrome c-552 Fusion Protein

  • 이상온;홍을재;최정우;홍억기
    • 한국생물공학회:학술대회논문집
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    • 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XII)
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    • pp.539-542
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    • 2003
  • SDS-PAGE 결과 elution pH에 따라 분리되는 band pattern은 비슷하게 2band의 양상을 보이지만, FI값을 비교하여 보았을 때 다른 pH보다 8.0에서 가장 높은 수준을 보였으므로 GFPuv/cytochrome c-552 fusion Protein의 분리 ${\cdot}$ 정제에 가장 적합한 pH를 8.0으로 정하였다.

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