• 한국어류학회지
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• 제35권1호
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• pp.57-63
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• 2023

본 연구에서는 2018년 2~3월 제주도 남부해역에서 Bathylagidae에 속하는 Lipolagus ochotensis 자어 4개체(체장 13.4~21.3 mm)를 봉고네트로 채집하였다. L. ochotensis 자어는 몸이 길게 신장되었으며, 체고는 낮고, 눈이 돌출되며, 몸의 후반부에 흑색소포가 나 있고, 등지느러미가 몸 중앙에 위치하는 특징을 가진다. 미토콘드리아 DNA COI의 염기서열 625 bp를 분석한 결과, L. ochotensis 성어와 97.6%로 매우 가깝게 나타났다. 국내 처음 보고되는 본 종의 새로운 과명으로 "심해빙어과", 속명으로 "검은빙어속", 국명으로 "검은뺨빙어"를 각각 제안한다.

• 한국어류학회지
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• 제36권1호
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• pp.101-106
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• 2024

2020년 5월 제주도 남동부 해역에서 봉고네트로 성대과 자어 1개체(전장 5.14 mm)가 채집되었다. 본종은 mtDNA COI 염기서열 분석을 통해 우리나라에서 처음 보고되는 달재속 1 미기록종, Lepidotrigla longifaciata로 확인되었다. 본종의 전기자어의 형태적 특징은 긴 주둥이, 큰 입, 부채 모양의 큰 가슴지느러미를 가지며, 흑색소포는 복강과 목덜미에만 관찰되었다. 우리나라에서 처음 발견된 본종의 신국명으로 '긴머리 달재'를 제안한다.

• 한국어류학회지
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• 제36권2호
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• pp.188-192
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• 2024

동갈돔과에 속하는 Apogon erythrius 1개체(표준체장 44.3 mm)가 2009년 10월 제주도 사계 연안 통발에서 처음으로 채집되었다. 본 종은 등지느러미 앞(predorsal)의 비늘수가 5~6개, 새파수 7~9개이며, 제2등지느러미 극조를 눕혔을 때 제2 등지느러미 기저의 중간을 지나지 않는 점, 비늘의 말단이 진한 분홍색을 띠는 점 등의 특징을 갖는다. 형태 기반의 종 동정을 확인하기 위해 분자 동정을 한 결과, 채집된 개체는 기존에 보고된 Apogon erythrinus의 염기서열과 잘 일치하였다. 몸 크기에 비해 눈이 커서 이 종의 국명을 "큰눈얼게비늘"로 제안한다.

• 한국어류학회지
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• 제36권2호
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• pp.193-198
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• 2024

2023년 9월과 10월에 제주특별자치도 서귀포시 위미항에서 처음으로 동갈돔과에 속하는 1미기록종인 Ostorhinchus fleurieu (54.25 mm, 55.64 mm SL) 표본 2점이 채집되었다. O. fleurieu는 동속의 O. aureus와 매우 유사하지만, 새파수 (O. fleurieu는 19~23 vs O. aureus는 22~27), 꼬리자루 줄무늬의 형태(O. fleurieu는 가장자리가 불분명한 술통형 vs O. aureus는 가장자리가 뚜렷한 모래시계형) 등에서 잘 구분된다. 또한, 동갈돔과 2개체의 COI 염기서열 560 bp는 NCBI에 등록된 O. fleurieu의 염기서열(MT076481)과 100% 일치하였다. O. fleurieu의 새로운 국명으로 "꽃동갈돔"을 제안한다.

• 한국환경과학회지
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• 제33권1호
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• pp.87-95
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• 2024

The giant jellyfish, Nemopilema nomurai, is an endemic species found in Northeast Asian waters and their population structures, such as size and genetics, and their environmental characteristics were investigated. N. nomurai was obtained from the Yellow and Northern East China Seas during the summers of 2006, 2007, and 2009. In the northern Yellow Sea, small-sized jellyfish were found to be dominant and towards the southern seas, the size of the jellyfish increased. In the northern East China Sea, only one mode of jellyfish was found in May, and the number of modes increased up-to five in July. However, at the center of the Yellow Sea, one or two modes were found in July, 2007. Thus, different jellyfish populations were present in the northern East China Sea and the Yellow Sea. However, based on first appearance and a cohort analysis using the bell diameter, the jellyfish population in the northern Yellow Sea might be recognized as a distinct group that differed from those found in the northern East China Sea. Furthermore, mitochondrial DNA sequences (cytochrome c oxidase subunit I) of N. nomurai were, determined and compared with genetic structures obtained from jellyfish in the Yellow Sea. The genetic diversity of N. nomurai was highest in the regions around the northern East China Sea and at the center of the Yellow Sea and was the lowest around the northern Yellow Sea. Thus, N. nomurai populations in the Yellow Sea and northern East China Sea might be different concerning their seeding places.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제26권12호
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• pp.752-761
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• 2023

Genetic diversity serves as the basis for selecting and genetically enhancing any culturable species in aquaculture. Here, two different strains of wild (River Ravi and River Kabul) and six captive-bred strains of Labeo rohita from various provinces were se- lected, and genetic diversity among them was evaluated using three different microsatellite markers, i.e., Lr-28, Lr-29, and Lr-37, and one mitochondrial CO1 (Cytochrome c oxidase subunit 1) gene. Different strains of L. rohita were collected, and part of their caudal fin was cut and preserved in ethanol for DNA extraction and determination of genetic diversity among them. Results in- dicated that selected markers were polymorphic with polymorphic information content (PIC) content values above 0.5 with the highest in Lr-28 followed by Lr-29 and then Lr-37. The observed heterozygosity (Ho) of all strains was higher (Avg: 0.731) but less than the expected heterozygosity (He). Moreover, TMs and WRs showed the highest He, while TKs showed the lowest, He. Over- all, inbreeding coefficient (FIS) values observed for all strains with selected markers were positive. The DNA barcoding with the CO1 gene revealed genetic variation among various strains, as demonstrated by the clades in the phylogenetic tree separating the strains into two distinct clusters that then divided into sub-clusters. In conclusion, TMs showed the highest heterozygosity as compared to other strains. Overall results provide the baseline data for the initiation of the genetic improvement program.

• 한국균학회지
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• 제51권3호
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• pp.179-190
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• 2023

Grapevine downy mildew, caused by Plasmopara viticola, significantly damages vineyards and is one of the most devastating diseases affecting cultivated grapes worldwide. In this study, we characterized the phenotypic and molecular traits of 11 P. viticola isolates from four grape-growing regions in South Korea. Additionally, we investigated the diversity of pathogenicity among these isolates and conducted an assay to evaluate the response of grape cultivars to P. viticola infection. Lemon-shaped sporangia were identified in the collected isolates, which released zoospores into the suspension at room temperature. Within a few hours of inoculation, the zoospores developed germ tubes. We tested 11 P. viticola isolates for pathogenicity in 845 grape cultivars to screen for grape host resistance to downy mildew infection. Among the tested isolates, JN-9 showed the highest virulence. Grape cultivars displayed varying phenotypic reactions to P. viticola infection: approximately 7% were highly susceptible, 41% were susceptible, 20% were moderately susceptible, 8% were resistant, and 24% exhibited extreme resistance. Phylogenetic analysis based on four genomic regions (internal transcribed spacer 1 [ITS1], actin, beta-tubulin, and cytochrome c oxidase II) revealed a close evolutionary relationship among all the Korean isolates, forming a single monophyletic lineage. Notably, these isolates showed greater similarity to European isolates than to American isolates. This comprehensive study contributes to a deeper understanding of the identity and behavior of P. viticola, which is crucial for developing effective resistance strategies against this pathogen in grape cultivars cultivated in South Korea.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권2호
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• pp.171-191
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• 2024

Identification of Helicotylenchus species is very challenging due to phenotypic plasticity and existence of cryptic species complexes. Recently, the use of rDNA barcodes has proven to be useful for identification of Helicotylenchus. Molecular markers are a quick diagnostic tool and are crucial for discriminating related species and resolving cryptic species complexes within this speciose genus. However, DNA barcoding is not an error-free approach. The public databases appear to be marred by incorrect sequences, arising from sequencing errors, mislabeling, and misidentifications. Herein, we provide a comprehensive analysis of the newly obtained, and published DNA sequences of Helicotylenchus, revealing the potential faults in the available DNA barcodes. A total of 97 sequences (25 nearly full-length 18S-rRNA, 12 partial 28S-rRNA, 16 partial internal transcribed spacer [ITS]-rRNA, and 44 partial cytochrome c oxidase subunit I [COI] gene sequences) were newly obtained in the present study. Phylogenetic relationships between species are given as inferred from the analyses of 103 sequences of 18S-rRNA, 469 sequences of 28S-rRNA, 183 sequences of ITS-rRNA, and 63 sequences of COI. Remarks on suggested corrections of published accessions in GenBank database are given. Additionally, COI gene sequences of H. dihystera, H. asiaticus and the contentious H. microlobus are provided herein for the first time. Similar to rDNA gene analyses, the COI sequences support the genetic distinctness and validity of H. microlobus. DNA barcodes from type material are needed for resolving the taxonomic status of the unresolved taxonomic groups within the genus.

• 한국어류학회지
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• 제35권4호
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• pp.244-252
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• 2023

본 연구는 한국산 병어 및 덕대의 분류학적 위치를 명확히 하기 위해 한국, 중국 및 일본산 병어속(Pampus) 어류의 형태 및 분자 특징을 비교하였다. 한국산 병어는 후두부의 파상 무늬가 가슴지느러미 너머로 뻗어 있고, 새개부 아래쪽 가장자리 홈이 없고, 척추골수가 34개인 점에서 Pampus punctatissimus로 동정되었다. 한국산 덕대는 후두부의 파상 무늬가 가슴지느러미 앞끝까지 도달하지 못하고, 새개부 아래쪽 가장자리 홈이 아래턱 배쪽까지 뻗어 있고, 척추골수가 38~42개인 점에서 Pampus argenteus로 동정되었다. 또한 한국산 병어는 일본산 P. punctatissimus와 평균 0.1% 차이를 보였고, 한국산 덕대는 중국산 P. argenteus와 평균 0.3% 차이를 보였다. 본 연구 결과는 한국산 병어를 P. punctatissimus로, 한국산 덕대를 P. argenteus로 사용하는 것이 타당함을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1331-1339
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• 2017

미토콘드리아 게놈에 존재하는 시토크롬C 산화효소 서브유닛 I (cytochrome C oxidase subunit I, COI) 유전자의 DNA 염기서열을 기반으로 하는 종 판별은 수산물 자원의 지속적인 개발과 어류 다양성 보존을 위해 폭넓게 적용되고 있다. 본 연구에서는 한국에서 소비되는 옥돔과 가짜 옥돔으로 둔갑하는 옥두어의 종 판별을 위한 분석법을 개발하였다. 옥돔과 옥두어, 두 종의 종 판별과 검증을 위해 미토콘드리아 게놈의 DNA 염기서열 차이를 이용하여 real-time PCR법에 의해 분석하였다. 미토콘드리아 DNA 서열의 생물정복학적 분석에서 옥돔과 형태학적 옥돔 유사종인 옥두어, 두 종 사이에 COI 유전자 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 종 판별을 하기 위해 COI 유전자 내에서 일부 변화된 서열에서 종 특이적 프라이머를 디자인하였다. 10 개체의 옥돔과 옥두어에서 게놈 DNA을 추출하여 옥돔과 옥두어의 종 특이적 프라이머를 이용하여 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었다. 이러한 real-time PCR 시스템을 이용한 genomic DNA 기반의 분자 기술은 동물 조직의 분류학적 분류를 위한 신뢰할 수 있는 방법을 제공한다. 옥돔판별을 위해, 옥돔 DNA에서 옥돔 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($21.85{\pm}3.599$)과 옥두어 DNA에서 옥돔 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.49{\pm}1.183$) 차이를 나타내었다. 그리고 옥두어판별을 위해, 옥두어 DNA에서 옥두어 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($22.49{\pm}0.908$)과 옥돔 DNA에서 옥두어 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.93{\pm}0.479$)을 통해 옥돔과 옥두어의 각 종 특이 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성 측정은 통계적으로 유의한 차이를 보여 주었다. 제안된 방법은 10개의 상용 샘플로 검증이 되었다. 따라서, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 종 판별이 가능하였다.