• 농약과학회지
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• 제2권2호
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• pp.16-21
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• 1998

비스 방향족 ${\alpha},{\beta}$-불포화 케톤 유도체의 헤테로 방향족고리($R_{1}$) 치환체중 치환 phenyl backbone($R_{2}$)들의 구조변환에 따른 벼도열병균(Pyricularia oryzae)과 토마토역병균(Phytophthora irifestans)에 대한 in vivo에서의 항균활성 관계(SAR)를 3-D QSAR 방법인 비교분자장 분석(CoMFA)으로 해석하였다. 두 식물병원균에 대한 항균활성을 설명하는 CoMFA결과는 2-D QSAR에서 검토된 결과와 유사한 경향이었으며 입체효과(Es)와 전자효과(${\sigma}$)로 설명할 수 있었다. 즉, 벼도열병균은 aryl group에 bulky한 치환기(Es>0)가 도입되어야 하며 ${\beta}$탄소원자의 양하전이 증가할수록 강한 항균활성을 나타낼것으로 기대되었다. 반면, 토마토역병균의 경우에는 aryl group에 체적이 작은 치환기가 도입될수록, 그리고 ${\beta}$ 탄소원자의 양하전이 감소할수록 강한 항균활성을 나타낼 것으로 기대 되었다. 또한, 입체효과와 전자효과를 등 고도로 나타낸 CoMFA결과가 기존의 2-D QSAR보다 항균활성에 미치는 화합물의 구조적 요인을 보다 구체적으로 제시할 수 있었다.

• 농약과학회지
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• 제7권2호
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• pp.108-116
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• 2003

새로운 quinclorac계 제초성 화합물을 탐색하기 위하여 기질 화합물로 3-phenyl-5-(3,7-dichloro-8-quinolinyl)-1,2,4-oxadiazole 유도체들의 벼 (Ory)와 논피(Ech) 줄기 및 뿌리에 대한 생장 저해활성에 관한 비교 분자장 분석 (CoMFA)과 분자 홀로그램 구조-활성관계 (HQSAR) 를 분석하였다. 두 초종의 부위 별 생장 저해 활성에 대한 PLS 계산에 따른 교차 확인된 예측성$(q^2)$과 Pearson 상관계수$(r^2)$를 비교한 바, HQSAR 모델이 CoMFA 모델보다 양호한 결과를 나타내었다. 논피에 대한 선택성 조건은 입체적으로 큰 치환기로서 phenyl 고리상에 양하전을 생성하는 전자 끌게가 도입되어야 할 것으로 판단되었으며 2,6-dichloro, U5 및 2,4,6-trichloro-치환제, U6(${\Delta}pI_{50}$=CoMFA: 1.18 및 HQSAR: 1.82) 등은 두 초종에 대하여 선택성과 고활성이 예측되는 화합물이었다.

• 통합자연과학논문집
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• 제10권4호
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• pp.209-215
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• 2017

CXC chemokine receptor 2 (CXCR2) is a prominent chemokine receptor on neutrophils. CXCR2 antagonist may reduce the neutrophil chemotaxis and alter the inflammatory response because the neutrophilic inflammation in the lung diseases is found to be largely regulated through CXCR2 receptor. Hence, in the present study, Topomer based Comparative Molecular Field Analysis (Topomer CoMFA) was performed on a series of CXCR2 antagonist named pyrimidine-5-carbonitrile-6-alkyl derivatives. The best Topomer COMFA model was obtained with significant cross-validated correlation coefficient ($q^2$ = 0.487) and non cross-validated correlation coefficients ($r^2$ = 0.980). The model was evaluated with six external test compounds and its $r^2{_{pred}}$ was found to be 0.616. The steric and electrostatic contribution map show that presence of bulkier and electropositive group around cyclopropyl ring may contribute more for improving the biological activities of these compounds. The generated Topomer CoMFA model could be helpful for future design of novel and structurally related CXCR2 antagonists.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제30권1호
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• pp.13-19
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• 2006

생물학적 자극통제 수단으로 활용하기 위한 돼지 웅성 페르몬성 분자를 탐색하고자 일련의 냄새 분자로서 2-(cyclo-hexyloxy) tetrahydrofurane 유도체들의 정량적인 구조와 수용체인 porcine odorant binding protein (pOBP)간의 결합 친화력 상수$(p(Od)_{50})$에 대한 비교 분자장 분석(CoMFA)을 실행하였다. 가장 양호한 CoMFA 모델 AIV $(r^2_{cv}.(q^2)=0.886$ 및 $r^2_{ncv}.=0.984$)은 기질 분자 내 입체 중심(chiral center)의 절대 배열이 $C_1(R),C_2(S)$인 분자를 atom based fit 방법으로 배열하였을 경우의 standard field와 indicator field가 조합된 CoMFA장의 조건에서 유도되었다. 이 CoMFA 모델은 입체장 40.8% 정전기장 14.6%및 소수성장 44.6%가 결합 친화력 상수에 영향을 미치는 요소임을 나타내었다. 등고도의 분석 결과로부터 효과적인 결합 친화력 냄새 분자를 수식하는 데 몇 가지 가치 있는 정보를 얻을 수 있었다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제51권1호
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• pp.38-43
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• 2008

시들음병균(Fusarium oxysporum)의 살균활성에 관한 N-phenylbenzenesulfonamide 유도체들의 3차원적인 정량적 구조-활성관계(3D-QSARs)들을 비교 분자장 분석(CoMFA)과 비교분자 유사성 지수분석(CoMSIA) 방법으로 각각 검토하였다. 전반적으로 CoMFA 모델들이 CoMSIA 모델들 보다 좋은 통계값을 나타내었다. 그리고 최적의 CoMFA 2 모델($r^2\;_{cv.}=0.523$ 및 $r^2\;_{ncv.}=0.956$)의 정보에 따라 살균활성은 주로 정전기장에 의존적이었다. 또한 최적의 CoMFA 2 모델에 의한 등고도 분석결과로부터 N-phenyl 고리상 R4-치환기의 입체성과 양전하를 선호하는 성질이 시들음병균의 살균활성에 기여할 것으로 예상되었다.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2
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• pp.356.2-356.2
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• 2002

The structure of 1-phenyl-2-substituted thiourea derivatives have been studied and optimized for their cytotoxic activity. The three dimensional quantitative structure activity relationship (3D-QSAR) was investigated using comparative molecular field analysis (CoMFA). The result suggested that electrostatic and steric factors of 2-alkylureido-1-phenyl propanol derivatives were correlated well with cytotoxic activity. (omitted)

• 농약과학회지
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• 제8권3호
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• pp.162-167
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• 2004

십자화과 식물을 가해하는 세계적으로 중요한 해충의 하나인 배추좀나방(diamondback moth, Plutella xylostella)을 방제를 하기위하여 개발된 새로운 형태의 thiophosphoryl pyrazole계 살충제 KH502 유도체들의 구조와 살충활성을 CoMFA 방법으로 조사한 결과 효소의 결합부위에서 가장 중요한 역할을 하는 작용기는 trifluoro-methyl group과 thiophosphoryl group으로 밝혀졌다. 이와 같은 3D-QSAR 분석결과는 새로운 배추좀나방 방제용 살충제를 설계하는데 유용한 정보로 이용할 수 있을 것이다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제51권2호
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• pp.119-123
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• 2008

3-치환된 5,5'-diphenylimidazolidine-2,4-dione 유도체(1-22)들의 fatty acid amide hydrolase (FAAH) 저해활성에 관한 3차원적인 정량적 구조와 활성과의 관계(3D-QSARs)를 비교 분자장 분석(CoMFA)과 비교분자 유사성 지수분석(CoMFA) 방법으로 각각 검토하였다. CoMFA A1 모델과 CoMSIA 2F 모델 모두 상관성과 예측성이 양호하였다. 두 모델의 정보에 의한 등고도에 따라 설계된 X=I, Y=$N_2{^+}$-치환체(P1: $Pred.pI_{50}$=6.55)는 FAAH에 대하여 가장 높은 저해활성을 나타내었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제29권3호
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• pp.647-655
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• 2008

Microsomal prostaglandin E2 synthase (mPGES-1) is a potent target for pain and inflammation. Various QSAR (quantitative structure activity relationship) analyses used to understand the factors affecting inhibitory potency for a series of MK886 analogues. We derived four QSAR models utilizing various quantum mechanical (QM) descriptors. These QM models indicate that steric, electrostatic and hydrophobic interaction can be important factors. Common pharmacophore hypotheses (CPHs) also have studied. The QSAR model derived by best-fitted CPHs considering hydrophobic, negative group and ring effect gave a reasonable result (q2 = 0.77, r2 = 0.97 and Rtestset = 0.90). The pharmacophore-derived molecular alignment subsequently used for 3D-QSAR. The CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis) and CoMSIA (Comparative Molecular Similarity Indices Analysis) techniques employed on same series of mPGES-1 inhibitors which gives a statistically reasonable result (CoMFA; q2 = 0.90, r2 = 0.99. CoMSIA; q2 = 0.93, r2 = 1.00). All modeling results (QM-based QSAR, pharmacophore modeling and 3D-QSAR) imply steric, electrostatic and hydrophobic contribution to the inhibitory activity. CoMFA and CoMSIA models suggest the introduction of bulky group around ring B may enhance the inhibitory activity.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권10호
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• pp.1001-1008
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• 2004

Three-dimensional quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) studies on 59 cinnamaldehyde analogues as Farnesyl Protein Transferase (FPTase) inhibitors were investigated using comparative molecular field analysis (CoMFA) with the PLS region-focusing method. Forty-nine training set inhibitors were used for CoMFA with two different grid spacings, $2{\AA}\;and\;1{\AA}$ Ten compounds, which were not used in model generation, were used to validate the CoMFA models. After the PLS analysis, the best predictive CoMFA model showed that the cross-validated value $(r^2_{cv})$ and the non-cross validated conventional value$(r^2_{ncv})$ are 0.557 and 0.950, respectively. From the CoMFA contour maps, the steric and electrostatic properties of cinnamaldehyde analogues can be identified and verified.