Nam, Soo Hyun;Hong, Young Bin;Hyun, Young Se;Nam, Da Eun;Kwak, Geon;Hwang, Sun Hee;Choi, Byung-Ok;Chung, Ki Wha
Molecules and Cells
/
제39권5호
/
pp.382-388
/
2016
Inherited peripheral neuropathies (IPN), which are a group of clinically and genetically heterogeneous peripheral nerve disorders including Charcot-Marie-Tooth disease (CMT), exhibit progressive degeneration of muscles in the extremities and loss of sensory function. Over 70 genes have been reported as genetic causatives and the number is still growing. We prepared a targeted gene panel for IPN diagnosis based on next generation sequencing (NGS). The gene panel was designed to detect mutations in 73 genes reported to be genetic causes of IPN or related peripheral neuropathies, and to detect duplication of the chromosome 17p12 region, the major genetic cause of CMT1A. We applied the gene panel to 115 samples from 63 non-CMT1A families, and isolated 15 pathogenic or likelypathogenic mutations in eight genes from 25 patients (17 families). Of them, eight mutations were unreported variants. Of particular interest, this study revealed several very rare mutations in the SPTLC2, DCTN1, and MARS genes. In addition, the effectiveness of the detection of CMT1A was confirmed by comparing five 17p12-nonduplicated controls and 15 CMT1A cases. In conclusion, we developed a gene panel for one step genetic diagnosis of IPN. It seems that its time- and cost-effectiveness are superior to previous tiered-genetic diagnosis algorithms, and it could be applied as a genetic diagnostic system for inherited peripheral neuropathies.
A simulation study was conducted to evaluate the effect of reciprocal cross on the detection and characterization of Mendelian QTL in $F_2$ QTL swine populations. Data were simulated under two different mating designs. In the one-way cross design, six $F_0$ grand sires of one breed and 30 $F_0$ grand dams of another breed generated 10 $F_1$ offspring per dam. Sixteen $F_1$ sires and 64 $F_1$ dams were randomly chosen to produce a total of 640 $F_2$ offspring. In the reciprocal design, three $F_0$ grand sires of A breed and 15 $F_0$ grand dams of B breed were mated to generate 10 $F_1$ offspring per dam. Eight $F_1$ sires and 32 $F_1$ dams were randomly chosen to produce 10 $F_2$ offspring per $F_1$ dam, for a total of 320 $F_2$ offspring. Another mating set comprised three $F_0$ grand sires of B breed and 15 $F_0$ grand dams of A breed to produce the same number of $F_1$ and $F_2$ offspring. A chromosome of 100 cM was simulated with large, medium or small QTL with fixed, similar, or different allele frequencies in parental breeds. Tests between Mendelian models allowed QTL to be characterized as fixed (LC QTL), or segregating at similar (HS QTL) or different (CB QTL) frequencies in parental breeds. When alternate breed alleles segregated in parental breeds, a greater proportion of QTL were classified as CB QTL and estimates of QTL effects for the CB QTL were more unbiased and precise in the reciprocal cross than in the one-way cross. This result suggests that reciprocal cross design allows better characterization of Mendelian QTL in terms of allele frequencies in parental breeds.
Background: Down's syndrome, or trisomy 21, is the commonest congenital chromosome anomaly. With improvement in medical care, these patients increasingly reach adulthood in spite of their physical maldevelopment and mental retardation. And, the number of those who required general anesthesia for dental treatment is increasing. Methods: We reviewed the 26 cases of 22 patients with Down's syndrome who underwent outpatient general anesthesia for dental treatment at the clinic for the disabled in Seoul National University Dental Hospital. Results: The mean age was 22 years. They all had severe mental retardation and some had congenital heart anomaly, epilepsy, hypothyroidism, acute leukemia, autism, cleft palate, and chronic renal failure. For anesthesia induction, 4 cases was needed physical restriction, but others showed good or moderate cooperation. Drugs used for anesthesia induction was thiopental (17 cases) and sevoflurane (9 cases). All patients received nasotracheal intubation and 3 cases needed difficult airway management. Mean total anesthetic time was $166{\pm}60$ min and staying time at PACU was $92{\pm}48$ min. There was no death or long term hospitalization because of severe complications. Conclusion: If general anesthesia is needed, pertinent diagnostic tests and workup about anomaly, and appropriate anesthetic planning are essential for safety.
This study was performed to determine the developmental potentials of nuclear transfer (NT) embryos using life-span extended cells transfected with a foreign gene as donor cells. A life-span extended bovine embryonic fibroblast cell line was transfected with an expression vector in which the human type II collagen (BOMAR) and ear fibroblasts were used as a donor cell. Cytogenetic analysis was performed to analyze the chromosomal abnormality of donor cells. The fusion rate of 1.8 kV/cm for $15{\mu}sec$ given twice was significantly higher than that of other groups (p<0.05) and the embryos lysed were significantly higher after 1.8 kV/cm for $20{\mu}sec$ given once compared to other groups (p<0.01). The blastocyst development in the ear cell group was statistically significant compared to both BOMAR groups (p<0.01). Both BOMAR groups cultured more than 40 passages (>40 passages) had a lower number of chromosomes; however, fresh granulosa cell (GC) and BOMAR groups cultured less than 20 passages had normal chromosome numbers. Both >40 passages BOMAR groups had numerous obscure debris in metaphase spreads. The transfected foreign gene was expressed in all BOMAR groups, but not in the GC group. Based on these results, the lower developmental potential of NT embryos using life-span extended donor cells transfected with a foreign gene might be a cause of chromosomal abnormality in donor cells.
Ji, Jiuxiu;Zhou, Lisheng;Guo, Yuanmei;Huang, Lusheng;Ma, Junwu
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
제30권8호
/
pp.1066-1073
/
2017
Objective: Growth-related traits are important economic traits in the swine industry. However, the genetic mechanism of growth-related traits is little known. The aim of this study was to screen the candidate genes and molecular markers associated with body dimension and body weight traits in pigs. Methods: A genome-wide association study (GWAS) on body dimension and body weight traits was performed in a White $Duroc{\times}Erhualian$$F_2$ intercross by the illumina PorcineSNP60K Beadchip. A mixed linear model was used to assess the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) and the phenotypes. Results: In total, 611 and 79 SNPs were identified significantly associated with body dimension traits and body weight respectively. All SNPs but 62 were located into 23 genomic regions (quantitative trait loci, QTLs) on 14 autosomal and X chromosomes in Sus scrofa Build 10.2 assembly. Out of the 23 QTLs with the suggestive significance level ($5{\times}10^{-4}$), three QTLs exceeded the genome-wide significance threshold ($1.15{\times}10^{-6}$). Except the one on Sus scrofa chromosome (SSC) 7 which was reported previously all the QTLs are novel. In addition, we identified 5 promising candidate genes, including cell division cycle 7 for abdominal circumference, pleiomorphic adenoma gene 1 and neuropeptides B/W receptor 1 for both body weight and cannon bone circumference on SSC4, phosphoenolpyruvate carboxykinase 1, and bone morphogenetic protein 7 for hip circumference on SSC17. Conclusion: The results have not only demonstrated a number of potential genes/loci associated with the growth-related traits in pigs, but also laid a foundation for studying the genes' role and further identifying causative variants underlying these loci.
Park, GiRim;Jang, Hyun A;Jo, Sung-Hwan;Park, Younghoon;Oh, Sang-Keun;Nam, Moon
농업과학연구
/
제45권3호
/
pp.385-400
/
2018
Marker-assisted backcrossing (MABC) is useful for selecting offspring with a highly recovered genetic background for a recurrent parent at early generation unlike rice and other field crops. Molecular marker sets applicable to practical MABC are scarce in vegetable crops including tomatoes. In this study, we used the National Center for Biotechnology Information- short read archive (NCBI-SRA) database that provided the whole genome sequences of 234 tomato accessions and selected 27,680 tag-single nucleotide polymorphisms (tag-SNPs) that can identify haplotypes in the tomato genome. From this SNP dataset, a total of 143 tag-SNPs that have a high polymorphism information content (PIC) value (> 0.3) and are physically evenly distributed on each chromosome were selected as a MABC marker set. This marker set was tested for its polymorphism in each pairwise cross combination constructed with 124 of the 234 tomato accessions, and a relatively high number of SNP markers polymorphic for the cross combination was observed. The reliability of the MABC SNP set was assessed by converting 18 SNPs into Luna probe-based high-resolution melting (HRM) markers and genotyping nine tomato accessions. The results show that the SNP information and HRM marker genotype matched in 98.6% of the experiment data points, indicating that our sequence analysis pipeline for SNP mining worked successfully. The tag-SNP set for the MABC developed in this study can be useful for not only a practical backcrossing program but also for cultivar identification and F1 seed purity test in tomatoes.
인간과 같은 2배체의 각 염색체는 부모로부터 물려받은 2벌의 복제로 이루어져 있다. 이들 각 복제에서 SNP(single nucleotide polymorphism) 서열 정보를 하플로타입이라 부른다. 인간의 하플로타입 지도를 완전히 찾는 것은 인간 지놈의 중요한 작업 중의 하나인데, 실험적인 방법으로 하플로타입을 직접 얻는 것은 시간이 많이 걸리고 비용이 많이 든다. 따라서 두 하플로타입 정보가 혼합된 지노타입의 샘플들로부터 하플로타입을 추론하는 것에 대하여 연구되어왔다. 이 논문에서는 지노타입들을 설명하는 최소 개수의 하플로타입들을 찾는 모델(최소 하플로타입 추론문제)에 근거하여, 유전자 알고리즘을 사용하여 하플로타입을 추론하는 새로운 접근 방법을 제시한다. 좋은 결과를 주는 것으로 알려진 HAPAR[1]와 이 논문에 제시한 알고리즘을 컴퓨터 실험에 의한 비교를 통하여, 입력이 클 때 이 논문의 알고리즘이 수행시간은 적게 걸리면서 정확성이 비슷함을 보인다. 또한 이 실험 결과를 최근에 제시된 방법인 PTG[2]와 비교한다.
한국 내에서 사육 공급하는 실험실용 흰쥐를 실험적으로 면역억제하여 Pneumocystis carinii (Pc)를 발현시키고, 이를 순수하게 모아서 전기영동을 이용한 핵형을 분석하였다. Field Inversion Gel Electrophoresis와 Contour Clamped Homogeneous Electric Field Electrophoresis를 사용하여 분리한 염색체 밴드는 Sprague Dawley(SD) 와 Fisher(F) 계 횐쥐 모두에서 15개 씩 이었다. 크기는 수D 횐쥐의 경우 270~684kb, 횐쥐에서 얻은 표본에서 273~713kb에 있었다. 이 중에서 SD 된쥐에서 얻은 것은 283kb의 염색체가, 횐쥐의 표본은 273 kb의 염색체가 특히 강하게 염색되어 두 개 이상의 같은 크기 분자가 중칩된 것으로 보인다. 그러므로 전체 염색체는 최소한 16개이며 각 염색체의 크기로 계산된 염색체 내 전체 유전자의 크기는 $7{\times}10^6{\;}bp$의 수준에 있다. F흰쥐에서 유래한 Pc는 전 염색체 분자가 공유하는 반복 염기서열을 가지며, 448kb 염색체가 rRNA의 유전자를 갖고 있었다. 그러나 SD횐쥐의 Pc표본에서는 어느 염색체 분자에서도 반복 염기서열과 rRNA유전자를 확인하지 못하였다. 두 개의 휜쥐 계통 군은 각각 2년간 같은 핵형의 Pc를 유지하였다. (이 연구는 한국과학재단 1990년도 일반과제 연구비 지원에 의하여 수행되었음)
운용과학의 군사 응용 분야 중 하나인 무장-표적 할당문제는 NP-complete 문제로 알려져 있어 주어진 시간내에 최적해를 구할 수 없으므로 휴리스틱 방법에 의해 빠른 시간 내에 우수한 해를 구하는 것이 더 의미가 있다. 본 연구에서는 보다 효율적으로 해를 도출할 수 있는 방법을 개발하기 위해 전형적인 문제를 재구성하여 단순화 시켰다. 이러한 문제 하에서 두가지 유전자 알고리즘인 표적번호 표현 방법과 순열 표현방법을 비교하였고, 구성적 휴리스틱, 향상적 휴리스틱들을 개발하여 비교하였다. 무장의 파괴확률 간에 이행성 규칙이 존재하는 경우를 대상으로 실험을 수행한 결과 구성적 휴리스틱의 해를 초기해로 하여 교환에 기초한 향상적 계산 시간이나 해의 질 측면에서 가장 우수한 해를 생성하였다. 그러나, 구성적 휴리스틱의 효율성은 무장 성능 간 이행성 규칙에 민감한 결과를 나타내었다.
Park, Min-Seon;Kim, Hong-Tae;Min, Byung-Re;Kimm, Ku-Chan;Nam, Myeong-Jin
BMB Reports
/
제33권2호
/
pp.184-187
/
2000
Prostaglandin $E_2$ ($PGE_2$) plays an important role in the regulation of various gastric functions, and the growth-inhibitory activities on tumor cells are studied in vitro and in vivo. Although the mechanisms have attracted many researchers in the past decade, the molecular mechanisms of cell cycle arrest, or induction of apoptosis by $PGE_2$, is unclear. We investigated the effects of $PGE_2$ on the growth of the human gastric carcinoma cell line SNU1 and genes that are regulated by $PGE_2$ and isolated them using differential display RT-PCR (DD RT-PCR). FACS analysis suggested that SNU1 cells were arrested at the G1 phase by $PGE_2$ treatment. This growth inhibitory effect was in a time- and dose-dependent manner. Treatment of SNU1 cells with $10\;{\mu}g/ml$$PGE_2$, followed by DD RT-PCR analysis, revealed differently expressed bands patterns from the control. Among the differently expressed clones, we found an unidentified cDNA clone (HGP-27) overexpressed in $PGE_2$-treated cells. The full-length cDNA of HGP-27 was isolated using RACE, which consisted of a 30-nt 5'-noncoding region, a 891-nt ORF encoding the 296 amino acid protein, and a 738-nt 3'-noncoding region including a poly(a) signal. This gene was localized on the short arm of chromosome number 11. Using the Motif Finder program, a myb-DNA binding repeat signature was detected on the ORF region. The COOH-terminal half was shown to have similarity with the $NH_3$-terminal domain of thioredoxin (Trx). This relation between HGP-27 and Trx implied a potential role for HGP-27 in modulating the DNA binding function of a transcription factor, myb.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.