• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
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• pp.73-73
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• 2018

Bacterial leaf blight(BLB), caused by X. oryzae pv. oryzae(Xoo), is one of the most destructive diseases of rice due to its high epidemic potential. Understanding BLB resistance at a genetic level is important to further improve the rice breeding that provides one of the best approaches to control BLB disease. In the present investigation, a collection of 192 accessions was used in the genome-wide association study (GWAS) for BLB resistance loci against four Korean races of Xoo that were represented by the prevailing BLB isolates under Xoo differential system. A total of 192 accessions of rice germplasm were selected on the basis of the bioassay using four isolated races of Xoo such as K1, K2, K3 and K3a. The selected accessions was used to prepare 384-plex genotyping by sequencing (GBS) libraries and Illumina HiSeq 2000 paired- end read was used for GBS sequencing. GWAS was conducted using T ASSEL 5.0. The T ASSEL program uses a mixed linear model (MLM). T he results of the bioassay using a selected set of 192 accessions showed that a large number of accessions (93.75%) were resistant to K1 race, while the least number of accessions (34.37%) resisted K3a race. For races K2 and K3, the resistant germplasm proportion remained between 66.67 to 70.83%. T he genotypic data produced SNP matrix for a total of 293,379 SNPs. After imputation the missing data was removed, which exhibited 34,724 SNPs for association analysis. GWAS results showed strong signals of association at a threshold of [-log10(P-value)] more than5 (K1 and K2) and more than4 (K3 and K3a) for nine of the 39 SNPs, which are plausible candidate loci of resistance genes. T hese SNP loci were positioned on rice chromosome 2, 9, and 11 for K1 and K2 races, whereas on chromosome 4, 6, 11, and 12 for K3 and K3a races. The significant loci detected have also been illustrated, NBS-LRR type disease resistance protein, SNARE domain containing protein, Histone deacetylase 19, NADP-dependent oxidoreductase, and other expressed and unknown proteins. Our results provide a better understanding of the distribution of genetic variation of BLB resistance to Korean pathogen races and breeding of resistant rice.

• 한국작물학회지
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• 제36권6호
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• pp.485-495
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• 1991

트리티케일 품존육성의 기초자료를 제공하기위해, 6배체 트리티케일인 신기호밀(TC)과 2배체 호밀 2개 품종 등을 교잡한 잡종 초기세대의 교잡친화성 및 세포유전학적 양상을 검토한 시험결과를 요약하면 다음과 같다 1 신기호밀 (TC)과 2배체 호밀의 교잡에서 교잡율은 조합에 따라 39.3～41.6%로, 평균 40.5%로 나타났다. 그러나 이들의 역교배에서는(2배체 호밀$\times$신기호밀) 교잡율이 극히 낮았다. 트리티케일/2배체 호밀의 F$_1$에 호밀을 화분친으로 교잡(F$_1$/P$_2$)했을 때는 평균 5.47%, TC를 화분친으로(F$_1$/P$_1$) 했을때는 평균 2.69%의 교잡율을 보였고, F$_2$는 0.38% 였다. 모든 단교배 F$_1$ 종자의 발아율은 80% 이상이었으며 F$_1$/P$_2$ 세대는 평균 65.9%, F$_1$/P$_1$은 59.5%, F$_2$는 40.8%로 세대별로 차이가 있었다. 트리티케일과 호밀의 F$_1$ 화분 임성은 평균18.7%로 나타났다. 트리티케일과 호밀의 F$_1$에서 1가 염색체 12.6, 2가 염색체 6.94, 3가 염색체 0.53개였다. 트리티케일/호밀(TC/R)에서는 F$_1$의 염색체수는 28개였고 F$_2$는 21～34, F$_1$/P$_1$은 33～38개의 분포를 보였고 F$_1$/P$_2$은 20～21개 염색체를 갖는 개체의 빈도가 높았다.

• 대한치과교정학회지
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• 제38권2호
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• pp.133-143
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• 2008

이 연구는 한국인 비증후군성 구순구개열자에서 구순구개열과 치아결손의 중요한 원인 중 하나로 의심되는 MSX1 유전자(locus chromosome 4p16)의 특성을 밝히기 위해 시행되었다. 1998년부터 2002년까지 부산대학교병원 치과교정과에 내원한 36명(남자:23, 여자:13)의 비증후군성 구순수 개열자를 대상으로 하였다. 모든 대상의 혈액을 채취하여 중합 효소연쇄반응(polymerase chain reaction)에 기초한 유전자 분석을 시행하여, MSX1 유전자를 증폭하고, 염기서열을 분석하였으며, 추론되는 단백질 생성물에 대해서도 연구하였다. 이미 밝혀진 Homo sapiens MSX1, accession number AF426432와 NP_002439를 참고로 하여 비교 분석한 결과 공통적인 단일 염기 다형성이 존재하였다. exon 1에서, 253번째 부위의 염기 "A"가 "G"로 치환되었고, 255번째 부위에서 염기 "G"가 삽입되었다. exon 2에서 11번째 부위에서 염기"C"가 "A"로 치환되었고, 351부위에서 염기"T" 또는 "G"가 삽입되었고 352부위에서 염기"T" 또는 "A"가 삽입되었다. 한국인 비증후군성 구순구개열자에서 다른 인종에서 발견된 돌연변이와는 다른 "Thr85A1a" missense 돌연변이가 발견되었다. 이는 한국인 비증후군성 구순구개열에서도 MSX1 유전자가 중요한 원인이 될 수 있고 한국인의 독특한 돌연변이가 존재한다는 가능성을 제시한 것이다. 그러나, 구개열 부위의 치아결손과 관련해서는 어떠한 유전자 특징도 관찰되지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.454-460
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• 2008

본 연구는 콩의 Glycine tomentella와 G. max 뱀콩의 종간교잡으로부터 얻은 $F_1$식물체의 검증을 위하여 형태적, 세포 유전학적, 그리고 분자유전학적 연구를 하였던 바 그 결과를 요약하면 다음과 같다. $F_1$ 식물체의 암술과 수술, 꽃 색깔, 그리고 생육습관 등의 형태적 특징들은 G. tomentella의 특징들을 따르거나 중간적 특성을 나타내었다. G. tomentella (2n=38) 와 G. max 뱀콩(2n=40)의 $F_1$식물체의 염색체수는 2n=39를 가지고 있었다. Esterase와 peroxidase의 동위효소 반응의 결과에서도 $F_1$ 식물체는 G. tomentella과 G. max 뱀콩의 중간적인 밴드유형을 나타내었다. RAPD 분석결과 62 primers들로부터 얻은 $F_1$ 식물체 밴드양상이 모두 G. tomentella와 G. max 뱀콩 양친으로부터 물려받은 것들로 판명되었다. 형태적, 세포학적 그리고 분자유전학적 결과들을 종합하여 볼 때, 본 연구의 G. max와 G. tomentella의 종간교잡으로부터 얻은 $F_1$ 식물체는 진정 $F_1$ 교배체로 판명되었다. $F_1$ 식물체의 임성회복을 위한 연구와 RAPD 분석에서 나타난 모계유전양상(OPA02, OPA09)과 부계유전양상(OPD05)을 보인 결과에 대한 지속적인 연구를 위한 노력이 요구된다.

• 식물분류학회지
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• 제34권4호
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• pp.335-358
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• 2004

미나리아재비속(Ranunculus)의 털개구리미나리(R. cantonienesis)의 분자계통학적 유연관계를 조사하고 잡종화 가설을 추정하기 위하여, 군외군을 포함한 8분류군의 25개 DNA재료를 대상으로 핵 DNA와 엽록체 DNA의 염기서열을 분석하였다. 털개구리미나리와 근연종에 대하여 maximum parsimony와 maximum likelihood방법으로 분석한 핵 DNA의 ITS 계통수와 psbA-trnH, rps16, trnL 유전자 구간의 염기서열을 조합한 엽록체 DNA 계통수에서, 털개구리미나리는 젓가락나물과 가장 가깝고, 개구리미나리, 왜젓가락나물 순으로 유연관계를 나타내었다. 이러한 분자계통학적 유연관계는 털개구리미나리가 왜젓가락나물과 가장 가깝다는 기존의 외부형태학적 보고와 일치하지 않았다. 염기서열 분석에서 털개구리미나라는 조사된 분류군 중 유일하게 다형성을 나타냄으로서, 염색체수와 핵형에 의하여 보고된 털개구리미나라의 다형성을 지지하였다. 털개구리미나리는 ITS 에서 젓가락나물과 왜젓가락나물의 표지 유전자를 공유하고, 엽록체 DNA에서 왜젓가락나물의 표지 유전자를 공유하였다. 이 결과는 염색체수와 핵형에 의하여 제시되었던 털개구리미나리가 젓가락나물과 왜젓가락나물의 잡종화에 의하여 종분화되었다는 가설을 지지하였으며, 왜젓가락나물이 모계이며, 젓가락나물이 부계로 추정된다.

• 한국동물학회지
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• 제12권3호
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• pp.85-93
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• 1969

5-AU에 의해 同時分裂促進된 사람의 胎兒 賢臟細胞를 材料로 steroid 에 의한 染色體 異常率 時間經過에 따른 染色體異常率, DNA 合成樣相을 調査한 結果는 다음과 같다. 1. 5-AU 處理區에서 細胞當 染色體 異常率은 0.131로 對照區에 比해 3倍 이상이나 된다. 또한 5-AU + progesterone 과 5-AU + testosterone 處理區에서는 細胞當 染色體異常率이 각각 0.340과 0.452이다. 2. 5-AU 處理區에서 異常染色體를 지니는 細胞는 0.8%로 時間變化에 무관하게 전체 其間에 걸쳐 존재한다. 5-AU + progesterone과 5-AU + testosterone 處理區에서는 2.2%, 4.3%의 異常染色體數가 觀察되고, 時間이 지남에 따라 增加한다. 또한 染色體 異常率은 5-AU + progesterone 處理區에서는 12時間과 18時間에 가장 높았고, 5-AU + testosterone 處理區에서는 時間變化에 따라 감소하고 5-AU 處理區에서는 유의한 차이가 없다. 3. 5-AU 는 標識分裂像의 出現頻度와 標識强度를 增加시키는데, 이는 5-AU에 의해 S-stage의 細胞가 축적되는 결과로 생각된다. 그러나 steroid는 標識分裂像의 出現頻度를 감소시키고 DNA 合成時期를 지연시키고 있다. 또한 性染色體의 DNA 合成樣相이 細胞週期의 각 段階에 따라 다르며, 이는 5-AU와 steroid의 二重處理로 DNA 合成時期를 不規則하게 만든 때문이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제65권4호
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• pp.720-734
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• 2023

In Korea, Korea Proven Bulls (KPN) program has been well-developed. Breeding and evaluation of cows are also an essential factor to increase earnings and genetic gain. This study aimed to evaluate the accuracy of cow breeding value by using three methods (pedigree index [PI], pedigree-based best linear unbiased prediction [PBLUP], and genomic-BLUP [GBLUP]). The reference population (n = 16,971) was used to estimate breeding values for 481 females as a test population. The accuracy of GBLUP was 0.63, 0.66, 0.62 and 0.63 for carcass weight (CWT), eye muscle area (EMA), back-fat thickness (BFT), and marbling score (MS), respectively. As for the PBLUP method, accuracy of prediction was 0.43 for CWT, 0.45 for EMA, 0.43 for MS, and 0.44 for BFT. Accuracy of PI method was the lowest (0.28 to 0.29 for carcass traits). The increase by approximate 20% in accuracy of GBLUP method than other methods could be because genomic information may explain Mendelian sampling error that pedigree information cannot detect. Bias can cause reducing accuracy of estimated breeding value (EBV) for selected animals. Regression coefficient between true breeding value (TBV) and GBLUP EBV, PBLUP EBV, and PI EBV were 0.78, 0.625, and 0.35, respectively for CWT. This showed that genomic EBV (GEBV) is less biased than PBLUP and PI EBV in this study. In addition, number of effective chromosome segments (M_e) statistic that indicates the independent loci is one of the important factors affecting the accuracy of BLUP. The correlation between M_e and the accuracy of GBLUP is related to the genetic relationship between reference and test population. The correlations between M_e and accuracy were -0.74 in CWT, -0.75 in EMA, -0.73 in MS, and -0.75 in BF, which were strongly negative. These results proved that the estimation of genetic ability using genomic data is the most effective, and the smaller the M_e, the higher the accuracy of EBV.

• 한국식물학회:학술대회논문집
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• 한국식물학회 1995년도 제9회 식물생명공학 심포지움 식물육종과 분자생물학의 만남 The 9th Plant Biotechnology Symposium -Breeding and Molecular Biology-
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• pp.57-86
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• 1995

Molecular mapping of plant genomes has progressed rapidly since Bostein et al.(1980) introduced the idea of constructing linkage maps of human genome based on restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers. In recent years, the development of protein and DNA markers has stimulated interest for the new approaches to plant improvement. While classical maps based on morphological mutant markers have provided important insights into the plant genetics and cytology, the molecular maps based on molecular markers have a number of inherent advatages over classical genetic maps for the applications in genetic studies and/or breeding schemes. Isozymes and DNA markers are numerous, discrete, non-deleterious, codominant, and almost entirely free of environmental and epistatic interactions. For these reasons, they are widely used in constructing detailed linkage maps in a number of plant species. Plant breeders improve crops by selecting plants with desirable phenotypes. However a plant's phenotyes is often under genetic control, positioning at different "quantitative trait loci" (QTLs) together with environmental effects. Molecular maps provide a possible way to determine the effect of the individual gene that combines to produce a quantitative trait because the segregation of a large number of markers can be followed in a single genetic cross. Using market-assisted selection, plants that contain several favorable genes for the trait and do not contain unfavourable segments can be obtained during early breeding processes. Providing molecular maps are available, valuable data relevant to the taxonomic relationships and chromosome evolution can be accumulated by comparative mapping and also the structural relationships between linkage map and physical map can be identified by cDNA sequencing. After constructing high density maps, it will be possible to clone genes, whose products are unknown, such as semidwarf and disease resistance genes. However, much attention has to be paid to level-up the basic knowledge of genetics, physiology, biochemistry, plant pathology, entomology, microbiology, and so on. It must also be kept in mind that scientists in various fields will have to make another take off by intensive cooperation together for early integration and utilization of these newly emerging high-techs in practical breeding. breeding.

• 한국어류학회지
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• 제8권2호
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• pp.10-15
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• 1996

동자개, Pseudobagrus fulvidraco의 염색체수는 2n=52(1~9번 중부염색체 : 상대길이 2.89~6.22, 완비 1.09~1.58 ; 10~22번 차중부염색체: 상대길이 2.88~5.88, 완비 1.80~3.65; 23~26번 단부염색체 : 상대길이 2.63~3.30, 완비 9.01~10.67)였으며 fundamental number는 104이였다. 이형의 성염색체는 발견되지 않았다. 적혁구를 대상으로한 간 측정, 계측 항목에서 암 수간 유의한 차이는 없었으며(p<0.05), 적혈구 세포와 핵의 크기는 각각 $11.03{\times}9.67{\mu}m$와 $4.18{\times}3.66{\mu}m$이였다. 암 수에서 적혈구 수는 $6{\sim}7{\times}105/ml$이였다. 아가미 조직에서 인 계수시 1개 혹은 2개의 인형성부위가 나타나 2배체의 특성을 나타내었다.

• 한국가금학회지
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• 제35권2호
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• pp.163-169
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• 2008

본 연구는 한국재래닭의 1번 염색체내 존재하는 17개의 MS(microsatellite) marker를 이용하여 경제형질과 관련하여 유의적인 연관성을 가진 지역을 탐색하기 위하여 실시하였다. 1번 염색체내 경제형질과의 유의적인 연관성을 가진 지역을 탐색하기 위하여 분석된 17개의 MS marker를 대상으로 각 marker별 대립 유전자의 최다 출현 빈도를 지닌 두 개의 대립 유전자를 선발하였다. 선발된 각각의 대립 유전자는 각 경제형질별 성적을 바탕으로 고능력 집단과 저능력 집단으로 나누었으며, 두 집단간의 Chi-squire 검정을 통해 경제형질과의 연관성을 확인하였다. 분석된 결과에 따르면 난중의 경우 94 cM에 위치한 MCW0106, 1개의 지역에서 유의적인 연관성이 탐색되었다. 시산일령의 경우, 3개의 지역(ADL0234, UMA 1.125, ADL0101)에서 유의적인 연관성이 탐색되었고, 체중의 경우 6개의 지역(UMA1.117, ADL0020, UMA1.019, LAMP1, ADL0101, ADL0238)에서 유의적인 연관성이 탐색되었으며, 마지막으로 산란수의 경우 2개의 지역(ADL0101, ADL0238)에서 유의적인 연관성을 확인하였다. ADL0101는 시산일령, 체중 그리고 산란수에서의 유의적인 연관성이 확인되었으며, 산란수에서는 두개의 대립 유전자(174, 178) 모두에서 유의적인 연관성이 탐색되었음을 확인하였다.