• 제목/요약/키워드: Cell grouping

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Refining prognostic stratification of human papillomavirus-related oropharyngeal squamous cell carcinoma: different prognosis between T1 and T2

  • Lee, Sumin;Lee, Sang-wook;Park, Sunmin;Yoon, Sang Min;Park, Jin-hong;Song, Si Yeol;Ahn, Seung Do;Kim, Jong Hoon;Choi, Eun Kyung;Kim, Su Ssan;Jung, Jinhong;Kim, Young Seok
    • Radiation Oncology Journal
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    • 제35권3호
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    • pp.233-240
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    • 2017
  • Purpose: To validate the 8th edition of the American Joint Committee on Cancer/Union for International Cancer Control (AJCC/UICC) TNM staging system for human papillomavirus (HPV)-related oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC) and investigate whether a modified classification better reflects the prognosis. Materials and Methods: Medical records of patients diagnosed with non-metastatic HPV-related OPSCC between 2010 and 2016 at a single institution were retrospectively reviewed. HPV status was determined by immunohistochemical analysis of p16 and/or HPV DNA polymerase chain reaction (PCR). We reclassified TNM stage T0-1 and N0-1 as group A, T2-3 or N2 as B, and T4 or N3 as C. Survival analysis according to 8th AJCC/UICC TNM staging and the modified classification was performed. Results: Of 383 OPSCC patients, 211 were positive for HPV DNA PCR or p16. After exclusion, 184 patients were included in this analysis. Median age was 56 years (range, 31 to 81 years). Most primary tumors were in the palatine tonsil (148 tumors, 80%). The eighth AJCC/UICC TNM classification could not differentiate between stage I and II (p = 0.470) or II and III (p = 0.209). Applying modified grouping, the 3-year overall survival rate of group A was significantly higher than that of group B and C (98% vs. 91%, p = 0.039 and 98% vs. 78%, p < 0.001, respectively). Differentiation between group B and C was marginally significant (p = 0.053). Conclusion: The 8th AJCC/UICC TNM staging system did not clearly distinguish the prognosis of stage II from that of other stages. Including the T2N0-1 group in stage II may improve prognostic stratification.

Production of Retinol-binding Protein by Caprine Conceptus during the Time Period of Maternal Recognition of Pregnancy

  • Liu, K.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제16권7호
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    • pp.962-967
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    • 2003
  • The purpose of the study were to characterize the proteins secreted by elongating caprine conceptus, to identify a group of low molecular weight proteins as retinol-binding protein (RBP), to identify RBP cell-specific localization in conceptus tissue, and to demonstrate that the conceptuses secreted continuously RBP during the time period maternal recognition of pregnancy. Caprine conceptuses were removed from the uterus between days 16 and 22 of pregnancy, the time period maternal recognition of pregnancy. Isolated conceptuses were cultured in a modified minimum essential medium in the presence of radiolabeled amino acids. Proteins synthesized and secreted into medium were analyzed by fluorography of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis and fluorography. At least five proteins showed consistently a grouping of spots with characteristic location on two-dimensional gels. A major low molecular weight protein consisted of two major isoforms (pI 5.3-6.0) of similar molecular mass (21 kDa) was identified as RBP by using antiserum against RBP. Presence of RBP in conceptus culture medium and uterine flushings between days 16 and 22 of pregnancy were determined by immunoprecipitation and Western blotting using anti-RBP serum. In immunocytochemical study, strong immunostaining for RBP was localized in trophectoderm and endoderm of conceptus. These results clearly demonstrated that the caprine conceptus was active in protein synthesis as early as day 16 of pregnancy. Secretion of RBP by caprine conceptuses (days 16-22) coincident with the rapid transformation of the conceptus from a spherical blastocyst to a filamentous structure. Production of RBP by the elongating conceptuses may be indicative of an important role for conceptus RBP in the transport, availability and metabolism of retinol during maternal recognition of pregnancy.

Association between RASSF1A Promoter Hypermethylation and Oncogenic HPV Infection Status in Invasive Cervical Cancer: a Meta-analysis

  • Li, Jin-Yun;Huang, Tao;Zhang, Cheng;Jiang, Dan-Jie;Hong, Qing-Xiao;Ji, Hui-Hui;Ye, Meng;Duan, Shi-Wei
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권14호
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    • pp.5749-5754
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    • 2015
  • Cervical carcinoma is the main cause of cancer-related mortality in women and is correlated with more than 15 risk cofactors, including infection of cervical cells with high-risk types of HPV (hrHPV). Indeed, both aberrant methylation of the RASSF1A promoter and hrHPV infection are often observed in cervical carcinomas. The purpose of our meta-analysis was to evaluate the role of RASSF1A promoter methylation and hrHPV infection in cervical cancer. Our meta-analysis involved 895 cervical cancer patients and 454 control patients from 15 studies. Our results suggested that RASSF1A promoter hypermethylation increased the risk of cervical cancer (OR=9.77, 95%CI=[3.06, 31.26], P=0.0001, $I^2=78%$). By grouping cases according to cancer subtypes, we found that HPV infection was higher in cervical squamous cell carcinomas (SCCs) than in cervical adenocarcinomas/adenosquamous cancers (ACs/ASCs) (OR=4.00, 95%CI=[1.41, 11.30], P=0.009, $I^2=55%$). Interestingly, HPV infection tended to occur in cervical cancers with relatively low levels of RASSF1A promoter methylation (OR=0.59, 95%CI=[0.36, 0.99], P=0.05, I2=0%). Our study provides evidence of a possible interaction between HPV infection and RASSF1A promoter methylation in the development of cervical cancers.

Expression Pattern and Prognostic Significance of Claudin 1, 4 and 7 in Pancreatic Cancer

  • Alikanoglu, Arsenal Sezgin;Gunduz, Seyda;Demirpence, Ozlem;Suren, Dinc;Gunduz, Umut Riza;Sezer, Cem;Yildiz, Mustafa;Yildirim, Mustafa
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권10호
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    • pp.4387-4392
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    • 2015
  • Background: Tight junctions (TJs) organise paracellular permeability and they have an important role in epithelial and endothelial cell polarity and permanence of barrier function. It has been demonstrated that the Claudin family constitutes an important component of them. In this study, we assessed expression patterns of of Claudin1, 4 and 7 and whether they have any relation with prognosis in patients with pancreatic cancer. Materials and Methods: Expression patterns of Claudin 1,4 and 7 were examined by immunohistochemistry in 25 patients with a histopathological diagnosis of pancreatic cancer using a semiquantitative scoring of the extent and intensity of staining. After grouping the staining scores as low (final score 0-2) and high (final score 3-9) the relation between expression of Claudin 1,4 and 7 and survival was evaluated. Results: There was no significant relation between expression of Claudin 1,4 and 7 and gender and stage. No statistically significant relation was found between Claudin 1 and 4 expression and survival whereas a statistically significant relation was found between decrease in Claudin 7 expression and decrease in survival. Conclusions: Claudins have important functions other than their popular function known as adhesion. Supporting this hypothesis, we found a statistically significant relationship between increased Claudin 7 expression and increased survival time, and this suggests that Claudin 7 may exert different tumorigenic effects in pancreatic cancer other than its well-known adhesion effect.

인구분포셀 연접공간 집단화를 통한 기반시설부담구역 검토 사례연구 (Spatial Aggregation of Contiguous Population Distribution Grid Cells Based on Stepwise Cell Grouping Scenarios)

  • 최내영
    • 대한공간정보학회지
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    • 제18권4호
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    • pp.51-60
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    • 2010
  • 지난 2008년도에 기존의 기반시설부담금제가 국토계획법 상 기반시설부담구역제도로 개정되면서 2009년도 이후 전국적으로 다수 지자체들이 본 제도를 도입, 시행하고 있으며 이러한 새 제도를 통해 난개발 방지를 위한 선계획의 마련과 기반시설 설치비용 확보를 위한 유용한 제도적 기반을 가지게 되었다. 이러한 맥락에서 본 연구는 기반 시설설치계획과 기반시설부담비용 산정과정에 앞서 필요한 기반시설부담구역 지정에 대해 시행령에서 명시한 인구증가율 기준을 근거로 인구격자의 수직수평방향 사출형 셀 집단화 방법을 통해 구역지정 대안을 검토해 보고 이를 실제 기반시설부담구역 지정이 필요한 것으로 판단되는 화성시 수영리 개발제한구역 일원 대상지에 적용해 봄으로써 상기 방법론의 기술적 적용가능성을 확인함과 동시에 실무적 차원의 구역결정 제언을 시도해 보았다는 데 연구의 의의가 있다.

진화연산과 적응적 ${\alpha}$-cut 기반 평가를 이용한 유전자 발현 데이타의 퍼지 클러스터 분석 (Fuzzy Cluster Analysis of Gene Expression Profiles Using Evolutionary Computation and Adaptive ${\alpha}$-cut based Evaluation)

  • 박한샘;조성배
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제33권8호
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    • pp.681-691
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    • 2006
  • 유전자 데이타의 클러스터링은 방대한 유전자 정보를 발현 정도에 따라 비슷한 그룹으로 나누어 분석하는 방법으로 유전자의 기능을 분석하는데 사용되어 왔다. 클러스터링의 한 종류인 퍼지 클러스터링은 하나의 샘플이 소속정도에 따라 여러 그룹에 동시에 소속되도록 나누는 방법으로, 하나의 유전자 데이타는 여러가지 유전 정보를 가칠 수 있기 때문에 유전자 발현 데이타의 분석에 보다 적절한 방법이다. 그러나 보통 클러스터링 방법은 초기 값에 민감하고, 지역해에 빠질 수 있는 단점을 갖는다. 이런 단점을 해결하기 위해 본 논문에서는 진화 연산을 이용한 퍼지 클러스터링 방법을 제안한다. 이때, 적합도 평가를 위해서 모든 데이타에 대해 동일한 기준을 적용하는 베이지안 검증방법의 단점을 개선하여, 데이타의 특성 을 고려하여 결정된 적용적 ${\alpha}$-cut 기반 평가방법을 사용한다. SRBCT 데이타와 효모 세포주기 데이타를 이용해 실험을 하고 결과를 분석하여 제안하는 방법의 유용성을 확인하였다.

IMT-2000을 위한 Wideband CDMA시스템에서의 Interference Canceller (Interference Canceller Wideband CDMA Systems for IMT-2000)

  • 윤헌영;김낙명;문두영
    • 한국통신학회논문지
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    • 제25권8B호
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    • pp.1371-1382
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    • 2000
  • IMT-2000시스템은 멀티미디어 서비스를 지원하기 위해 전세계적으로 공통적으로 적용할 수 있는 차세대 이동 통신 시스템이다 이러한 IMT-2000시스템 역시 다중 접속 환경에서의 간섭신호에 의한 영향을 피할 수 없게 된다 즉 다중 접속 환경에서 한 가입자의 신호는 같은 셀 내 또는 인접 셀의 다른 가입자에게 간섭신호로 작용하게 되는 것이다 특히 IMT-2000시스템에서는 각 가입자의 데이터 전송 속도가 모두 다를수 있기 때문에 송출 전력 또한 달라질 수 있다 따라서 IMT-2000시스템에서의 간섭제어는 CDMA digital cellular 시스템에서 간섭 제어보다 어렵다 본 논문에서는 IMT-2000 시스템에서 속도에 의해 나뉘는 여러개의 클래스간에 미치는 간섭신호를 성능이 우수 한 것으로 제거할 수 있는 트래픽 구분에 의한 병렬형 간섭제거를 제시하였다 지금까지 복잡도대비 성능이 우수 한 것으로 알려진 partial PIC 와 제안된 간섭제거기와의 성능을 시뮬레이션을 통해 최적치 수렴특성을분석하였고 그결과 본논문에서 제안한 트래픽 구분에 의한 PIC가 여러 가지 적용된 다른 상황에서 우수한 결과를 보임을 알수 있었다.

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Expression Analysis of Galectin-1 from Fat in Berkshire Pigs

  • Jung, Won Yong;Cho, Eun Seok;Kwon, Eun Jung;Park, Da Hye;Chung, Ki Hwa;Kim, Chul Wook
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제21권2호
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    • pp.167-176
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    • 2008
  • Galectins are a group of animal lectins consisting of galectin-type carbohydrate recognition domains (CRD) with relatively minor domains. The biological properties of galectins include the regulation of inflammation, intercellular adhesion, cell differentiation and cell death. The diverse kinds of galectin suggest variety in their biological roles. Galectin-1 is released during adipocyte differentiation and is associated with fat which is one of the important factors for meat quality. To verify expression level, a 0.5 kb clone of galectin-1 was obtained from cDNA prepared from back fat tissue of a Sancheong Berkshire pig with good quality meat, and the galectin-1 gene identified. The deduced amino acid sequence of the galectin-1 gene was compared with those obtained from other species. By using RT-PCR and Real time-PCR, an attempt was made to determine the expression level of galectin-1 and to compare with various tissues (tenderloin and back fat) taken from pigs in different groups. Grouping of pigs was based on growth-stage (weighing 60, 80, and 110 kg) and the sub-speciation (Yorkshire and Sancheong Berkshire pigs). We attempted to determine influences of pig species, growth stages and tissue variations on the expression level of the galectin-l gene and it was revealed that the expression pattern of the galectin-1 gene was significantly different (p<0.01 or p<0.05). Galectin-1 genes were expressed more highly in the back fat tissues of pigs weighing 110 kg than in those weighing 60 kg or 80 kg. However, the lowest expression was seen in the tenderloin tissues of pigs weighing 110 kg. Sancheong Berkshire pigs showed higher expression of the galectin-1 gene compared to Yorkshire pigs. Accordingly, it is considered that the expression pattern of the galectin-1 gene influences the growth of back fat tissues and the pig speciation relationship. Previous studies suggested that different expression of galectin-1 genes represents variety among the breeds and is closely related to fat tissue growth, conjugation and catabolism. Further, this study suggests that the expression of galectin-1 at a specific growth stage and tissue contributes significantly to the overall meat quality of Sancheong Berkshire pigs.

옵티컬 플로우와 가중치 경계 블렌딩을 이용한 전경 및 배경 이미지의 합성 (Composition of Foreground and Background Images using Optical Flow and Weighted Border Blending)

  • ;최정주
    • 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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    • 제20권3호
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    • pp.1-8
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    • 2014
  • 스마트폰의 전면 및 후면 카메라를 이용하여 동시에 획득한 전경 이미지와 배경 이미지에서, 전경 이미지의 일부분인 전경 물체를 추출하여 배경 이미지에 합성하는 방법을 제시한다. 최근의 고사양 스마트폰은 대개 두 개의 카메라를 가지고 있고, 사진을 촬영하는 과정에서 미리보기 화면을 제공한다. 전면 카메라로부터 전경 이미지를 획득하는 과정에서 미리보기 화면의 비디오에 대한 옵티컬 플로우를 이용하여 전경 물체를 추출한다. 추출된 전경 물체와 배경 화면을 단순히 합성한 후, 전경 물체와 배경화면의 경계에서 가중치 경계 블렌딩을 이용하여 시각적으로 부드러운 경계를 갖는 합성을 수행한다. 화소 수준의 조밀한 옵티컬 플로우의 계산은 고사양의 스마트폰에서도 상당히 느리기 때문에, 전경 물체 추출을 위한 마스크의 계산을 저해상도에서 수행하여 계산시간을 크게 절약할 수 있다. 실험적 결과에 의하면 제안하는 방법은 더 적은 계산 시간을 사용하며, 널리 사용되는 Poisson 이미지 합성 방법에 비하여 시각적으로 더 우수한 결과를 얻을 수 있다. 제안하는 방법은 Poisson 이미지 합성 방법에서 자주 관찰되는 색 번짐 결점을 가중치 경계 블렌딩을 이용하여 제한적인 수준에서 극복할 수 있다.

고압전자현미경을 이용한 소뇌 평행섬유-조롱박세포간 신경연접의 3차원 재구성 (3-Dimensional Reconstruction of Parallel fiber-Purkinje Cell Synapses Using High-Voltage Electron Microscopy)

  • 이계주;권희석;강지선;유임주
    • Applied Microscopy
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    • 제35권1호
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    • pp.31-39
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    • 2005
  • 신경연접은 신경세포 사이의 신호전달을 위해 형성되는 미세구조로 다양한 생리적, 병리적 상태에 반응하여 형태적, 기능적 변화를 보인다. 현재까지 투과전자현미경을 이용한 신경연접 미세구조의 2차원적 연구들이 많은 유용한 정보를 제공하여 왔으나 신경연접 구성요소들을 보다 정확하게 분석하고 전신경연접부위와 후신경연접부위의 정확한 연결관계를 이해하기 위해서는 신경연접의 3차원 재구성이 요구된다. 고압전자현미경은 고해상도와 시료투과력의 증가로 인해 두꺼운 절편의 관찰이 가능하며 이를 통해 미세구조의 3차원적 특성을 규명하는 것이 용이하므로, 신경연접의 3차원 재구성에 고압전자현미경을 응용하는 것은 많은 수의 연속절편 제작과 오랜 기간의 영상처리가 요구되는 기존의 재구성 방법의 난점들을 극복할 수 있을 것으로 생각된다. 이에 본 연구에서는 고압전자현미경을 이용하여 흰쥐 소뇌 평행섬유와 조롱박세포 간 신경연접의 3차원 재구성을 시도하였다. 3차원 재구성에 앞서 염색방법과 절편 두께의 조절을 통해 고압전자현미경 하에서 신경연접의 적절한 관찰조건을 확립하고자 하였다. 관찰 결과, 절편의 두께가 증가하면 신경연접의 막, 소포와 같은 미세구조들의 겹침 현상이 나타나기 때문에 용이한 3차원 재구성을 위해서는 250 nm 두께의 절편을 제작하는 것이 적합한 것으로 판단되었다. 또한 절편제작 이전의 en bloc 염색 반응시간을 증가시키는 것이 절편제작 후 염색시간을 조절하는 것에 비해 contrast 증가에 더 효과적이었다. 이상의 결과로부터, 고압전자현미경을 이용하여 일련의 두꺼운 연속 절편을 촬영하고 3차원 재구성 프로그램을 이용하여 이미지들을 정렬하였으며 각각의 이미지에서 신경연접 막의 윤곽선을 그린 후 모든 윤곽선을 쌓아 올려 최종적으로 3차원 신경연접을 재구성하였다. 본 연구를 통하여 신경연접의 3차원 재구성에 있어 고압전자현미경의 적용 가능성을 검증하였고 관찰 조건을 확립하였다. 또한 고압전자현미경을 이용한 신경연접의 재구성은 많은 수의 연속절편 제작이 요구되는 기존의 방법에 비해 효율적이며 신경연접 연결형태에 관한 대규모의 정량 분석에 유용할 것으로 생각된다. 본 연구가 향후 고압전자현미경을 이용한 신경연접의 가소성 연구에 유용한 방법적 정보를 제공하기를 기대한다.