One Important problem in a cancer microarray study is to identify a set of genes from which a molecular prognostic indicator can be developed. In parallel with this problem is to validate the chosen set of genes. We develop in this note a K-fold cross validation procedure by combining a 'pre-validation' technique and a bootstrap resampling procedure in the Cox regression . The pre-validation technique predicts the microarray predictor of a case without having seen the true class level of the case. It was suggested by Tibshirani and Efron (2002) to avoid the possible over-fitting in the regression in which a microarray based predictor is employed. The bootstrap resampling procedure for the Cox regression was proposed by Sauerbrei and Schumacher (1992) as a means of overcoming the instability of a stepwise selection procedure. We apply this K-fold cross validation to the microarray data of 92 gastric cancers of which the experiment was conducted at Cancer Metastasis Research Center, Yonsei University. We also share some of our experience on the 'false positive' result due to the information leak.
Ethanol extract from Salvia miltiorrhiza (SME) was tested for breast cancer chemoprevention and metastasis by measuring the activites of cytochrome P45O 1A1, aromatase, ornithine decarboxylase (ODC), and matrix metalloproteinase (MMP)-9. SME significantly inhibited cytochrome P45O 1A1-mediated ethoxyresorufin O-deethylase (EROD) activity in a dose-dependent manner in a concentration range of 100${\sim}$l,200 ${\mu}g/ml$ (p<0.01). Microsomal aromatase (estrogen synthase) activity was suppressed 54.9%${\sim}$77.5% by the SME at concentration of 600${\sim}$l,200 ${\mu}g/ml$. ODC activity induced by 12-O-tet-radecanoylphorbol-13-acetate (TPA) was significantly reduced by the SME 900 and 1,200 ${\mu}g/ml$ (p<0.05) in MCF-7 breast cancer cells. In addition, SME (900 and 1,200 ${\mu}g/ml$) markedly inhibited MMP-9 activity, a key role in cancer metastasis. Therefore, SME is worth further investigation with respect to breast cancer chemoprevention or therapy.
Lymph node metastasis (LNM) in papillary thyroid cancer (PTC) has been shown to be associated with increased risk of locoregional recurrence, poor prognosis and decreased survival, especially in older patients. Hence, there is a need for a reliable biomarker for the prediction of LNM in this cancer. MicroRNAs (miRNAs) are small noncoding RNAs that regulate gene translation or degradation and play key roles in numerous cellular functions including cell-cycle regulation, differentiation, apoptosis, invasion and migration. Various studies have demonstrated deregulation of miRNA levels in many diseases including cancers. While a large number of miRNAs have been identified from PTCs using various means, association of miRNAs with LNM in such cases is still controversial. Furthermore, studies linking most of the identified miRNAs to the mechanism of LNM have not been well documented. The aim of this review is to update readers on the current knowledge of miRNAs in relation to LNM in PTC.
Background: To investigate factors associated with overall survival in patients with newly diagnosed metastatic nasopharyngeal carcinoma. Materials and Methods: Two hundred and two consecutive patients with pathologically confirmed nasopharyngeal carcinoma with distant metastasis at diagnosis seen between December 2007 and May 2011 were reviewed. Patient, tumor and treatment factors were analyzed for their significance regarding overall survival. Results: The median follow-up time was 22 months. At the time of this report, 116 patients had died. For 112 patients, cause of death was nasopharyngeal carcinoma. The 1, 2, 3, and 4-year overall survival rates were 75.6%, 50.2%, 39.2%, and 28.2%, respectively. Cox regression multivariate analysis showed that T-stage (p=0.045), N-stage (p=0.014), metastasis number (p<0.001) and radiotherapy for nasopharynx and neck (p<0.001) were significant factors for overall survival. Conclusions: Early T-stage and N-stage, solitary metastasis in a single organ were good prognostic factors for patients with newly diagnosed metastatic nasopharyngeal carcinoma. Radiotherapy should be strongly recommended in systemic treatment.
Background/Objective: The survival and recurrence pattern of the patients with primary cancer of the external auditory canal was evaluated. Materials & Methods: Seventeen patients with primary cancer of the external auditory canal from 2002 to 2013 was analyzed retrospectively. Overall survival, recurrence free survival, local recurrence free survival and distant metastasis free survival was calculated by Kaplan-Meyer's method. Results: Five year overall survival rate, 5 year recurrence free survival rate, 5 year local recurrence free survival rate and 5 year distant metastasis free survival rate were 49.3% 54.9%, 64.7% and 69.6% respectively. The recurrence pattern is different to the pathologic type, squamous cell carcinoma or adenoid cystic carcinoma. The patients with squamous cell carcinoma showed local recurrence and the patients with adenoid cystic carcinoma showed distant metastasis mainly. Conclusion: Primary cancer of external auditory canal showed different clinical course depend on the pathologic diagnosis.
Kim, Ki-Yeol;Ki, Dong-Hyuk;Chung, Hyun-Cheol;Rha, Sun-Young
Genomics & Informatics
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제6권3호
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pp.136-141
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2008
A large number of studies have been performed to identify biomarkers that will allow efficient detection and determination of the precise status of a patient’s disease. The use of microarrays to assess biomarker status is expected to improve prediction accuracies, because a whole-genome approach is used. Despite their potential, however, patient samples can differ with respect to biomarker status when analyzed on different platforms, making it more difficult to make accurate predictions, because bias may exist between any two different experimental conditions. Because of this difficulty in experimental standardization of microarray data, it is currently difficult to utilize microarray-based gene sets in the clinic. To address this problem, we propose a method that predicts disease status using gene expression data that are transformed by their ranks, a concept that is easily applied to two datasets that are obtained using different experimental platforms. NCI and colon cancer datasets, which were assessed using both Affymetrix and cDNA microarray platforms, were used for method validation. Our results demonstrate that the proposed method is able to achieve good predictive performance for datasets that are obtained under different experimental conditions.
Objective: To investigate the effects of endostar, a recombined humanized endostatin, plus cisplatin on the growth, lymphangiogenesis and lymphatic metastasis of the Lewis lung carcinoma (LLC) in mice. Methods: A tumor model were established in C57BL/6 mice by intravenious transplantation of LLC cells. Then the mice were randomized to receive administration with NS, endostar, cisplatin, or endostar plus cisplatin. After the mice were sacrificed, tumor multiplicity, tumor size and lymph node metastasis were assessed. Then the expression of vascular endothelial growth factor-c (VEGF-C) and podoplanin were determined by immunohistochemical staining. Results: Endostar plus cisplatin significantly suppressed tumor growth. lymphatic metastasis and prolonged survival time of the mice without obvious toxicity. The inhibition of lymphatic metastasis was associated with decreased microlymphatic vessel density (MLVD) and expression of VEGF-C. Conclusions: Endostar combined with cisplatin was more effective to suppress tumor growth and lymphatic metastasis than either agent alone. Thus this may provide a rational alternative for lung carcinoma treatment.
Purpose: In the UICC staging system, stage IV contains not only those patients with distant metastasis but also patients with far advanced T and N status but without distant metastasis. We investigated the prognostic factors of stage IV gastric carcinoma patients without distant metastasis after curative resection. Materials and Methods: 190 stage IV gastric carcinoma patients without distant metastasis were reviewed after curative resection. Results: Male sex, distal third location, Borrmann type III, IV and histologically undifferentiated type were common. 5 year survival rate of the 190 patients was $22.2\%$. Depth of invasion and lymph node metastasis did not influence survival. The lymph node ratio (positive lymph node / retrieved lymph node) and combined resection affected survival by univariate and multivariate analysis. Conclusion: Combined resection and positive lymph node ratio were the independent prognostic factors in the patients with stage IV gastric carcinoma who underwent curative resection.
Lee, Da Woon;Ryu, Hyeong Rae;Kim, Jun Hyuk;Choi, Hwan Jun;Ahn, Hyein
대한두개안면성형외과학회지
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제22권1호
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pp.66-70
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2021
Isolated head and neck metastasis of renal cell carcinoma (RCC) is relatively rare and metastasis to the temple area is very rare. Here, we present the case of a 51-year-old man who was diagnosed with RCC 2 years earlier and had a contralateral metastatic temple area lesion. The patient who was diagnosed with renal cell cancer and underwent a nephrectomy 2 years ago was referred to the plastic surgery department for a temple mass on the contralateral side. In the operative field, the mass was located in the temporalis muscle with a red-to-purple protruding shape. Biopsy of the mass revealed a metastatic RCC lesion. Computed tomography imaging showed a lobulated, contoured enhancing lesion. Positron emission tomography/computed tomography imaging showed high-fluorodeoxyglucose uptake in the right temporalis muscle. The patient underwent wide excision of the metastatic RCC including the temporalis muscle at the plastic surgery department. Skeletal muscle metastasis of head and neck lesions is extremely rare in RCC. Isolated contralateral temporalis muscle metastasis in RCC has not been previously reported in the literature. If a patient has a history of malignant cancer, plastic surgeons should always consider metastatic lesions of head and neck tumors. Because of its high metastatic ability and poor prognosis, it is very important to keep this case in mind.
이시성 반대쪽 액와 림프절 전이는 유방암에서 드물게 발생하며, 현재 원격 전이로 분류되어 있다. 그러나 최근 연구들은 이것이 국소 질환으로 간주될 수 있기 때문에 적극적으로 완치를 위한 치료를 할 것을 제안했다. 이에 저자들은 유방암을 진단받은 지 22개월 후에 반대쪽 액와 림프절 전이가 확인된 67세 여성의 증례를 영상 소견과 함께 보고하고자 한다. 환자는 액와 림프절 절제 수술 후 보조 항암화학요법 및 방사선치료를 받았다. 수술 6개월 후 추적검사에서 종양 재발이나 전이의 증거는 없었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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