• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.170-179
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• 2017

차는 세계적으로 인기있는 음료로 불발효차(녹차), 반발효차(우롱차), 완전발효차(홍차)와 흑차(미생물발효차 or 후발효차)를 포함하고 구분된다. 미생물발효차는 차나무(Camellia sinensis)의 잎을 미생물 발효과정을 통해 제조된다. 삼국시대부터 전해 내려온 청태전은 한국 남해안지역에서 제조되며 돈차 또는 떡차로 불리는 독창적인 한국의 미생물발효차이다. 본 연구에서는 청태전에 우점하는 미생물군집구조 분석을 위해 16S rRNA 유전자를 이용하였다. 청태전에 우점하는 미생물은 ${\gamma}$-proteobacteria에 속하는 Pantoea sp.와 Klebsiella oxytoca가 우점하였다. 미생물 군집크기 분석을 통해 청태전의 미생물 군집크기가 다른 미생물발효차와 비교해 가장 큰 것을 확인하였다.

• 한국지능시스템학회논문지
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• 제14권5호
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• pp.545-550
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• 2004

생태학, 환경공학, 임상진단 등 생물학 분야에서 미생물의 다양성 연구의 중요성이 대두되고 그 연구가 점증하고 있다. 특히 16S rRNA를 분자지표로한 DNA 염기서열 분석방법이 널리 사용되고 있다. 본 논문에서는 16S rRNA의 염기서열 분석과정을 각 단계별로 자동화하고, 생물학자들의 결과 판단이나 사용상의 편의를 도모하기 위하여 웹기반의 미생물 다양성 분석 어플리케이션을 개발하였다. 이를 위하여 단계별 자동화 및 인터페이스 개발에 적합한 폴더-프로세스-필터 모델을 고안하고 적용하였다. 제공되는 생물정보분석도구는 서열입력, 서열방향교정, 다중서열정렬 및 가시화, 서열동정 등의 분석이 있으며, 각 결과는 계통분류도구와 호환 가능하도록 하였다. 또한 신생아의 장내 세균총에 대한 분석을 수행하여 개발된 도구의 유용성을 확인하였다. 개발된 웹 어플리케이션은 리눅스 시스템 상에서 Perl 과 CGI를 이용하였으며, http://home.pusan.ac.kr/～genome/tools/rat.htm으로 접속하여 사용할 수 있다.

• 한국해양학회지
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• 제28권4호
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• pp.323-331
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• 1993

만경·동진강 하구와 과부영양의 연못에서 식물플랑크톤이 요소의 분해시 갖고 있 는 적응 기작을 연구하기 위해, 요소 분해에 있어서 요소 농도의 의존성, 빚의 영향, 그리고 암모늄 이온 농도의 증가에 의한 억제 효과서 연구하였다. 하구에서 크기 구배 의 실험 결과는 박테리아가 요소 분해에 있어서 작은 (14%) 역할을 함을 나타냈다. 그 러나 과부영양의 연못에서는 박테리아에 의한 요소 분해의 역할이 증가하는 것으로 보 였다. 자연산 식물플랑크톤 군집에 의한 요소의 분해는 넓은 범위의 농도(7.7 mM까 지)에 있어서 monophasic 또는 biphasic kinetics를 나타냈다. 요소의 분해 속도는 높은 암모륨 이온이 존재시와 빚이 없는 상태에서 감소하였다. 이러한 연구 결과들은 식물플랑크톤에 의한 요소분해의 적응에 대한 이해가 현장에서 요소 분해의 시공간적 변이와 질소 순환에서 요소의 중요성을 이해할 때 도움이 될 것으로 제시하였다.

• 한국유기농업학회지
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• 제23권4호
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• pp.767-779
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• 2015

본 연구에서는 신규 개간지 유기농경지에서 가축분퇴비와 녹비작물을 2년간 연용하였을 때 유기물에 의한 밭 토양미생물 군집에 미치는 영향을 평가하고자 수행하였다. 가축분 퇴비와 녹비를 연용한 처리구는 화학비료와 무비 처리구에 비해 유기물 함량이 증가하였다. 세균과 사상균 개체수는 유기물을 연용 할수록 유기물 처리구와 화학비료 그리고 무비 처리구간의 유의적인 차이를 나타내었다. 또한 가축분 퇴비와 녹비 연용으로 토양 미생물체량은 모든 처리구가 증가하였으며 NPK와 무비구에 비해 퇴비, 녹비 처리구에서 높게 나타났다. 유기물 연용에 의한 토양미생물 군집의 기능적 다양성 분석에서 가축분 퇴비, 녹비 처리구가 화학비료나 무비구에 비해 기질 이용도가 유의적으로 증가하였으며 유기물 처리구가 화학비료나 무비구에 비해 높은 종 다양성을 나타냈다. 그리고 주성분 분석에서 제2주성분에 의해 유기물 처리구와 그렇지 않은 화학비료, 무비구로 분리되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권11호
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• pp.1557-1562
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• 2017

Objective: This study was conducted to investigate the effects of weaning times on the growth performance, rumen fermentation and microbial communities of yellow cattle calves. Methods: Eighteen calves were assigned to a conventional management group that was normally weaned (NW, n = 3) or to early weaned (EW) group where calves were weaned when the feed intake of solid feed (starter) reached 500 g ($EW_{500}$, n = 5), 750 g ($EW_{750}$, n = 5), or 1,000 g ($EW_{1,000}$, n = 5). Results: Compared with NW, the EW treatments increased average daily gain (p<0.05). The calves in $EW_{750}$ had a higher (p<0.05) starter intake than those in $EW_{1,000}$ from wk 9 to the end of the trial. The concentrations of total volatile fatty acids in $EW_{750}$ were greater than in NW and $EW_{1,000}$ (p<0.05). The EW treatments decreased the percentage of acetate (p<0.05). The endogenous enzyme activities of the rumen were increased by EW (p<0.05). EW had no effect on the number of total bacteria (p>0.05), but changes in bacterial composition were found. Conclusion: From the present study, it is inferred that EW is beneficial for rumen fermentation, and weaning when the feed intake of the starter reached 750 g showed much better results.

• 미생물학회지
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• 제44권1호
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• pp.29-36
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• 2008

질소는 하수처리과정에서 제거되어야 하는 주요 오염물질 중의 하나이며, 세균 군집을 이용한 고도처리 시스템에서 생물학적 질소제거는 중요한 기술이다. 질산화반응은 생물학적 질소제거 시스템의 첫 단계로 미생물에 의해 진행된다. 암모니아는 암모니아산화세균에 의해 아질산염으로 산화되며, 그 후에 아질산염은 아질산염 산화세균에 의해 질산염으로 산화된다. 실험실 규모의 생물학적 질소제거 시스템인 변형된 eBAF 시스템, Nutrient removal laboratory 시스템과 반추기법을 적용한 rSBR 시스템의 질산화반응조 시료에서 16S rRNA 유전자를 이용한 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 방법으로 아질산염 산화세균군집을 분석하였다. 제한효소로 형성된 단편의 클러스터분석에서 Nitrobacter 군집은 각각의 폐수처리 시스템에 따라 군집의 차이가 있음이 나타났다. 그러나 Nitrospira 군집의 클러스터분석에서는 액체와 담체의 서식지 환경 차이에 의해 군집이 구분되었다.

• Ocean and Polar Research
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• 제27권2호
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• pp.205-214
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• 2005

From ancient Antarctic glacier ice, we extracted total genomic DNA that was suitable for prokaryotic 16S rDNA gene cloning and sequencing, and bacterial artificial chromosome (BAC) library and end-sequencing. The ice samples were from the Dry Valley region. Age dating by $^{40}Ar/^{39}Ar$ analysis on the volcanic ashes deposited in situ indicated the ice samples are minimum 100,000-300,000 yr (sample DLE) and 8 million years (sample EME) old. Further assay proved the ice survived freeze-thaw cycles or other re-working processes. EME, which was from a small lobe of the basal Taylor glacier, is the oldest known ice on Earth. Microorganisms, preserved frozen in glacier ice and isolated from the rest of the world over a geological time scale, can provide valuable data or insight for the diversity, distribution, survival strategy, and evolutionary relationships to the extant relatives. From the 16S gene cloning study, we detected no PCR amplicons with Archaea-specific primers, however we found many phylotypes belonging to Bacteria divisions, such as Actinobacteria, Acidobacteria, Proteobacteria $({\alpha},\;{\beta},\;and\;{\gamma})$, Firmicutes, and Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroid$. BAC cloning and sequencing revealed protein codings highly identical to phenylacetic acid degradation protein paaA, chromosome segregation ATPases, or cold shock protein B of present day bacteria. Throughput sequencing of the BAC clones is underway. Viable and culturable cells were recovered from the DLE sample, and characterized by their 16S rDNA sequences. Further investigation on the survivorship and functional genes from the past should help unveil the evolution of life on Earth, or elsewhere, if any.

• 한국물환경학회지
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• 제23권6호
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• pp.920-926
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• 2007

The upflow Biobead$^{(R)}$ process, one of biological aerated filters (BAF), which was used commercially, invented for removal of organic materials and nitrification. This process was modified to enhance the ability of denitrification through the induction of pre-anoxic tank. In this research, we investigated the effects of hydraulic retention time (HRT) and backwashing period in aerobic tank. The characteristics of nitrifying bacteria, which are composed of ammonia-oxidizing bacteria (AOB) and nitrite-oxidizing bacteria (NOB), also investigated using fluorescence in situ hybridization (FISH). Even though the HRT was shortened, the efficiency of nitrification was not decreased when the organic loading rate and ammonium-nitrogen loading rate were $2.10kg/m^3/day$ and $0.25kg/m^3/day$, respectively. And then the distribution ratios of AOB and NOB showed the similar patterns. However, when the backwashing period was lengthened from 12 hours to 24 hours in aerobic 1 tank, the nitrification efficiency was decreased to 63.9% from 89.2%. The results of FISH explained that this decrease of nitrification efficiency was caused by the decrease of distribution ratio of AOB in aerobic 1 tank. The nitrification efficiencies of aerobic 1 and aerobic 2 tank were increased when the backwashing period was lengthened because of relative high distribution ratios of nitrifying bacteria.

• 생명과학회지
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• 제16권1호
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• pp.148-155
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• 2006

창원시 주요하천의 미생물군집의 다양성을 quinone profile 방법을 이용하여 분석하였다. 그리고 온도, pH, 용존산소(DO), 용존탄소(DOC)와 화학적 산소 요구량(BOD)등 물리화학적 성상도 조사하였다. Ubiquinone UQ-8, UQ-9, UQ-10은 모든 조사 하천에서 관찰되었다. UQ-8은 가을의 남천하류, 토월천, 가음정천을 제외한 모든 하천에서 주요 퀴논 분자종이었으며, 겨울철에는 하남천, 토월천, 가음정천과 남산천을 제외한 하천에서 역시 주요 퀴논 분자종임이 확인되었다. DOC가 높을수록 가을철에는 plastoquinone(PQ-9)의 농도가 높았으며, 겨울에는 total quinone의 농도가 높았다. 상관분석 결과 BOD도 하천의 PQ농도를 좌우하는 주요 요인으로 확인되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권5호
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• pp.753-760
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• 2007

The diversity of Paenibacillus species was assessed in the rhizospheres of four cultivars of sorghum sown in Cerrado soil amended with two levels of nitrogen fertilizer(12 and 120 kg/ha). Two cultivars(IS 5322-C and IS 6320) demanded the higher amount of nitrogen to grow, whereas the other two(FBS 8701-9 and IPA 1011) did not. Using the DNA extracted from the rhizospheres, a Paenibacillus-specific PCR system based on the RNA polymerase gene(rpoB) was chosen for the molecular analyses. The resulting PCR products were separated into community fingerprints by DGGE and the results showed a clear distinction between cultivars. In addition, clone libraries were generated from the rpoB fragments of two cultivars(IPA 1011 and IS 5322-C) using both fertilization conditions, and 318 selected clones were sequenced. Analyzed sequences were grouped into 14 Paenibacillus species. A greater diversity of Paenibacillus species was observed in cultivar IPA 1011 compared with cultivar IS 5322-C. Moreover, statistical analyses of the sequences showed that the bacterial diversity was more influenced by cultivar type than nitrogen fertilization, corroborating the DGGE results. Thus, the sorghum cultivar type was the overriding determinative factor that influenced the community structures of the Paenibacillus communities in the habitats investigated.