• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.448-452
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• 2018

제주도 성산리 앞 바다 속 해면체로부터 분리한 Bacillus safensis KCTC 12796BP의 유전체를 분석하였다. 그 결과 3,935,874 bp의 환형 염색체와 36,690 bp의 plasmid 염기 서열을 확인하였다. 염색체는 G + C 함량이 41.4%로 75개의 위유 전자를 포함한 3,980개의 코딩 서열을, plasmid는 G + C 함량이 37.3%로 36개의 코딩 서열을 포함하고 있었다. 염색체 코딩 서열 중에는 81개의 tRNA 유전자, 24개 rRNA 유전자와 1개의 tmRNA 유전자가 있었다. 또한 포자 생성에 필요한 30개의 유전자, 포자피를 지령하는 16개의 유전자, 그리고 발아에 필요한 20개의 유전자도 발견되었다. 이외에 협막 다당체 생합성에 필요한 유전자와 편모 생합성 및 주화성에 필요한 유전자, 그리고 염 내성에 필요한 glycine-choline betaine 수송체에 관한 유전자도 존재하였다. 무엇보다도 항알러지활성을 보이는 이차대사산물 seongsanamide의 생합성을 지령하는 비리보좀성 펩타이드 합성효소 유전자를 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제28권1호
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• pp.19-26
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• 1990

To examine the effects of sequence variations near the transcriptional start site on the rate of formation of the open complexes at bacteriophage $\lambda P_{R}$ promoter, two mutant promoters were created by site-specific mutagenesis using synthetic oligonucleotides. Mutant I coatains changes at positions -3 and -4 from TT to CC, thus having a 6-bp long G/C stretch between -10 region and transciptional start site (+1). Mutant II has changes at positions -5 and -6 from GG to AA, thereby having a 9-bp long A/T stretch between positions -11 and -3. Selective filter binding assays were performed to measure the rate of formation of the open complexes between the wild-type or two mutant $P_{R}$ promoters on 664 bp fragments and E. coli RNA polymerase at two temperatures. At 37.deg.C, the wild-type and two mutants showed similar rates for the formation of open complex. The second order rate constant $k_{a}$ and $\tau _{int}$, as determined from the .tau.-plot analysis, were $(6.0\pm0.4)\times10^{6}M^{-1}sec^{-1}$ and $11\pm5$sec, respectively. At 18.deg.C, however, the wild-type and two mutant promoters showed differences in the kinetic parameters. k for the wild-type promoter was (2.2$\pm$0.1)\times 10^{6}M^{-1}sec^{-1}$ and $\tau _{int}$ was 76$\pm$sec. Mutant I and II exhibited differences mainly in the rate of isomerization ($\tau_{int,I}=91\pm$10 sec, int,II=34$\pm$ sec), whereas the second order rate constant $k_{a}$ was similar to the wild type value. This result implies that at $18^{\circ}C$, the isomerization rate is determined by both protein conformational change and DNA melting, which are separable kinetically according to the 3-step mechanism of Roe et al.(1984,1985), and that the base changes affected mainly the rate of DNA melting as predicted.lting as predicted.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권4호
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• pp.1719-1723
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• 2014

Background: The current study was aimed to elucidate the association of thymidylate synthase (TYMS) 5'-UTR 28bp tandem repeat and cytosolic serine hydroxymethyltransferase (cSHMT) C1420T polymorphisms with acute leukemia in South Indian subjects. A total of 812 subjects [523 healthy controls, 148 acute lymphoblastic leukemia (ALL) cases and 141 acute myeloid leukemia (AML) cases] were screened for TYMS 5'-UTR 28bp tandem repeat and cSHMT C1420T using PCR-AFLP and PCR-with confronting two-pair primers (CTPP) approaches. TYMS 5'-UTR 2R allele frequencies of controls, ALL and AML cases were 35.3%, 28.0% and 30.1% respectively. This polymorphism conferred protection against ALL (OR: 0.71, 95%CI: 0.53-0.96) while showing no statistically significant association with AML (OR: 0.79, 95%CI: 0.58, 1.07). The cSHMT variant allele (T-) frequencies of ALL and AML cases (6.42% and 5.68% respectively) were significantly lower compared to controls (58.3%). This polymorphism conferred protection against ALL (OR: 0.049, 95%CI: 0.029-0.081) and AML (OR: 0.043, 95%CI: 0.025-0.074). The TYMS 5'-UTR 2R2R genotype was associated with a lower total leukocyte count, smaller percentage of blasts, and more adequate platelet count compared to 2R3R and 3R3R genotypes in ALL cases. No such genotype-dependent differences were observed in AML cases. ALL cases carrying the cSHMT C1420T polymorphism showed higher disease free survival compared to those with the wild genotype. To conclude, the TYMS 5'-UTR 28bp tandem repeat reduces risk for ALL while cSHMT C1420T reduces risk for both ALL and AML. Both also influence disease progression in ALL.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권9호
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• pp.1469-1476
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• 2007

Jeot-gal is a traditional Korean fermented seafood and has long been used for seasoning. We isolated 188 strains from shrimp, anchovy, and yellow corvina Jeot-gal, and screened sixteen strains that showed strong fibrinolytic activities on a fibrin plate. Among those strains, the strain that had the largest halo zone was chosen and identified as Bacillus licheniformis by using 16S rDNA sequencing and an API CHB kit. The fibrinolytic activity of Bacillus licheniformis was characterized and designated as bpKJ-31. The active component of bpKJ-31 was identified as a 37 kDa protein, designated bacillopeptidase F, by internal peptide mapping and N-terminal sequencing. The optimum activity of bpKJ-31 was shown at pH 9 and $40^{\circ}C$, with a chromogenic substrate for plasmin. It had high degrading activity for the $B{\beta}$-chain and $A{\alpha}$-chain of fibrin(ogen), and also acted on thrombin, but not skim milk and casein. The amidolytic activity of bpKJ-31 was inhibited by 1 mM phenylmethanesulfonyl fluoride, but 1 mM EDTA did not affect the enzyme activity, indicating that bpKJ-31 is an alkaline serine protease, like a plasmin. The bpKJ-31 showed approximately 14.3% higher fibrinolytic activity than the plasmin. These features of bpKJ-31 make it attractive as a health-promoting biomaterial.

• 한국패류학회지
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• 제25권1호
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• pp.41-49
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• 2009

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) marker and sequence analyses of the internal transcribed spacer (ITS) region of ribosomal DNA were used to assess phylogenetic relationships of four Korean oyster species. The average number of species-specific markers identified from five universal rice primers (URPs) by RAPD-PCR was 1.8 for Crassostrea gigas, 3.2 for C. nippona, 3.6 for C. ariakensis, and 4.6 for Ostrea denselamellosa. The length of the ITS (ITS1-5.8S-ITS2) region ranged from 1,001 to 1,206 bp (ITS1, 426-518 bp; 5.8S, 157 bp; and ITS2, 418-536 bp), while the GC content ranged from 55.5-61.1% (ITS1, 56.8-61.8%; 5.8S, 56-57.3%; and ITS2, 54.1-62.2%). A phylogenetic analysis of the oysters based on our RAPD, ITS1, and ITS2 sequence data revealed a close relationship between C. gigas and C. nippona and a distant relationship between the genera Crassostrea and Ostrea. Our results indicated that RAPD and ITS sequence analysis was a useful tool for the elucidation of phylogenetic relationships and for the selection of species-specific markers in Korean oysters.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제23권2호
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• pp.89-96
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• 1998

뇌하수체 분비호르몬인 FSH의 방사선방어 효능을 조사하고자 생후 3주된 미성숙 생쥐에 $\gamma$ 선을 전신조사하거나(R), 전신조사 후 FSH 5 IU를 복강주사(RF)하였다. 대조군은 동량의 식염수를 복강주사하거나(C) 혹은 FSH를 복강주사(F)하였다. 0시간, 6시간, 12시간 1일, 2일, 4일, 그리고 8일 후에 각 군별로 5마리씩 경추파열로 도살한 후 난소를 채취하였다. 난소는 neutral buffered formalin에 고정한 후 통상적인 표본조직을 만들었다. HE 염색을 기본으로 면역조직화학염색을 비교하였으며 전체 DNA를 추출하여 agarose gel 전기영동을 실시하여 DNA fragmentation의 정도를 알아보았다. 방사선 조사군인 R군과 RF군에 있어서 6시간에서 12시간에 apoptosis를 반영하는 면역조직화학적 염색률이 높게 나타났으며, 8일 경과시 분열세포의 존재비를 반영하는 염색률이 높게 나타났다. 또한 DNA fragmentation의 정도를 보면, 모든 실험군에서 185bp의 DNA ladder가 시간에 따라 증가하는 경향을 보였다. 370bp의 DNA는 R군의 경우 6시간에 나타났으며 1일 이후 감소하였다. RF군의 경우 12시간에 나타나 1일 이후 감소하였다. F군에서는 370bp가 보이지 않았다. 본 실험의 결과, 강소형성 난포가 피폭되는 경우 4일 이후 8일에 이르러 난소내에서 완전히 소멸되고, 8일에 새로운 원시난포가 성장하는 것이 확인되었다 FSH는 방사선에 피폭된 난포의 퇴화를 지연 혹은 억제시키는 방사선방어 효과가 있었으며, 방사선에 의한 난포의 퇴화는 과립세포의 apoptosis를 매개로 하여 일어남을 알 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제20권3호
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• pp.234-239
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• 1992

Virus 이병(罹病) 느타리버섯 (Pleurotus spp.)으로부터 이중나선(二重螺腺) ribo 핵산(核酸 )(ds RNA)을 분리(分離)하였다. Ds RNA 는 8100 base pairs(bp)의 큰 band 와 2170, 2120, 1980 및 1840 bp의 4개 작은 band로 이루어졌다. Ds RNA 분석법(分析法)으로 느타리버섯의 Virus 이병여부(罹病與否)를 조사(調査)한 결과(結果) 균사생장(菌絲生長)이 부진(不振)하고 세균성(細菌性) 갈색(褐色) 부패병(腐敗病) 등(等)에 이병(罹病)되고 이상자실체(異常子實體)를 형성(形成)하는 느타리버섯으로부터 Virus 이병(罹病)을 확인(確因)하였으나 건전(健全)버섯으로부터는 ds RNA를 분리(分離)하지 못하였다. 이 병(病)은 해외(海外)로부터 전래(傳來)한 것으로 보인다. Ds RNA 는 저농도염류액(底濃度鹽類液) (0.1XSSC)에서 RNase A 에 용해(鎔解)되었으며 $85^{\circ}C$ 에서 특성변화(特性變化)가 발생(發生)하였다.

• 원예과학기술지
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• 제35권3호
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• pp.344-360
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• 2017

Zoysia 속 잔디는 학교운동장 및 공원, 골프장, 스포츠경기장과 같이 다양한 장소에 식재되고 있는 중요한 잔디이다. 해안가에서 자생하는 Zoysia 속 들잔디와 갯잔디는 외부 형태적 특성이 유사하여 외부 형태적 분류 뿐 만 아니라 분자생물학적 분류도 필요하다. 본 연구에서는 nrDNA-ITS(Internal Transcribed Spacer)의 DNA 바코드 분석을 통해서 자생하는 들잔디와 갯잔디의 분자생물학적 신속한 분류체계를 확립하고자 하였다. 이를 위해 난지형 잔디인 Zoysia 속 들잔디(Z. japonica) 및 갯잔디(Z. sinica)와 한지형 대표 잔디인 크리핑 벤트그라스(A. stolonifera) 및 켄터키 블루그라스(P. pratensis)의 nrDNA-ITS 염기서열을 확보하였다. 확보된 들잔디및 갯잔디, 크리핑 벤트그라스, 켄터키 블루그라스의 ITS 염기서열 전체 구간은 각 686bp와 687bp, 683bp, 681bp으로 확인되었으며, nrDNA-ITS 내부 염기서열구간 분석 결과, ITS1의 크기는 248-249bp, ITS2는 270̵-274bp, 5.8S rDNA는 163-164bp의 차이로, 각 4종의 잔디가 ITS 염기서열을 이용하여 식별되었다. 특히, 들잔디와 갯잔디 nrDNA-ITS 염기서열은 19 염기(2.8%) 차이를 나타냈으며, ITS1과 ITS2의 G + C 함량은 55.4-63.3% 임을 확인하였다. 이러한 들잔디와 갯잔디의 ITS 염기서열 차이를 바탕으로 CAPS 마커로 전환하여 대조구 및 수집된 자생 Zoysia 속 잔디 영양체 62개체를 분석한 결과, 외부형태학적 분류법으로 들잔디 개체, 갯잔디 개체로 동정되었지만, ITSCAPS 마커를 이용한 분자생물학적 분류법으로 들잔디 36개체와 갯잔디 22개체 뿐만 아니라 들잔디와 갯잔디간의 자연교배종 4개체도 식별하였다. 이상의 결과에서 들잔디와 갯잔디는 ITS 염기서열 및 ITS 기반 CAPS를 통하여 식별할 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제14권3호
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• pp.178-182
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• 2006

둥굴레 유전자원의 유연관계를 위한 기초 자료를 얻고자 둥굴레속 식물 수집종 10종에서 18S ribosomal RNA를 암호화하는 18S rDNA 영역의 염기서열을 결정하고 그 특성을 분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 둥굴레속 10종의 18S rDNA 영역 전체의 길이는 $913{\sim}914bp$로 비슷하였으나, 총 8개 지점에서 염기의 치환 및 결실에 의한 변이가 발생하였다. 전위는 $T{\rightarrow}C$전위가 4개 지점에서 발생하였고, $A{\rightarrow}G$ 전위가 1개 지점에서 발생하였으며, 전좌는 $C{\rightarrow}A$ 전좌가 1개 지점에서 발생하여 전위가 전좌보다 5배 만큼 발생하였다. 결실은 2개 지점에서 발생하였다. 18S rDNA의 염기의 조성은 adenine $23.09{\sim}23.33%$, guanine $23.33{\sim}23.52%$, thymine $25.60{\sim}25.85%$, cytosine $27.38{\sim}27.79%$로 pyrimidine계가 purine계보다 많았다. 18S rDNA의 A + T 함량은 $48.80{\sim}49.18%$로 평균 48.99%였고, G+C 함량은 $50.82{\sim}51.20%$로 평균51.01%였다. 다중 정렬에 의해 염기서열을 비교한 결과 $99.7{\sim}100%$ 일치하여 종간에 차이가 적었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권9호
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• pp.4353-4356
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• 2012

Background: Tobacco consumption is one of the leading causes of oral submucous fibrosis, oral cancer and even premature death. The present study was designed to compare the biochemical parameters and non-enzymatic antioxidant status and the lipid peroxidation products in pan masala tobacco users as compared with age-matched non-user controls. Methods: Pan masala and tobacco users of age $33.2{\pm}9.94$ years and age-matched controls ($31.2{\pm}4.73$ years) were enrolled for the study. Plasma levels of vitamin E, vitamin C, albumin, bilirubin, uric acid, glucose, urea, creatinine, aspartate amino transferase (AST), alanine amino transferase (ALT) were measured by standard methods. Serum malondialdehyde (MDA) levels were estimated as a measure of lipid peroxidation. Results: In the pan masala tobacco users, as compared to the controls, the level of vitamin C ($68.5{\pm}5.9$ vs $97.9{\pm}9.03{\mu}mol/L$, $p{\leq}0.05$) vitamin E ($18.4{\pm}5.3$ vs $97.9{\pm}9.03{\mu}mol/L$, $p{\leq}0.001$), albumin ($37.5{\pm}7.01$ vs $44.3{\pm}9.99g/L$, $p{\leq}0.001$), and malondialdehyde ($10.8{\pm}1.29$ vs $1.72{\pm}1.15nmol/ml$, $p{\leq}0.001$) were found to be significantly altered. Malondialdehyde was significantly correlated with vitamin E (r=1.00, p<0.001) and vitamin C (r=1.00, p<0.001) in pan masala tobacco users. Serum levels of AST ($31.0{\pm}16.77$ IU) and ALT ($36.7{\pm}31.3$ IU) in the pan masala tobacco users were significantly raised as compared to the controls (AST, $25.2{\pm}9.51$ IU, p=0.038; ALT, $26.2{\pm}17.9$ IU, p=0.038). Conclusion: These findings suggest that pan masala tobacco users are in a state of oxidative stress promoting cellular damage. Non-enzymatic antioxidants are depleted in pan masala tobacco users with subsequent alteration in the biochemical parameters. Supplementation of antioxidants may prevent oxidative damage in pan masala tobacco users.