• 제목/요약/키워드: BLAST Analysis

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사례분석을 통한 지하철 테러에 대한 대책 (Counter Measures of the Subway Terrorism through Case Analysis)

  • 권정훈;김태환;최종균
    • 시큐리티연구
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    • 제18호
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    • pp.1-20
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    • 2009
  • 도시적 토지이용공간의 절대부족 등 도시의 제반문제들을 해결하기 위해 세계 각국뿐만 아니라 우리나라에서도 지속적으로 지하공간의 이용범위를 확대하고 있는 실정이다. 그러나 지하공간의 활용은 수많은 잠재력과 동시에 문제점들을 내포하고 있는 동전의 양면성을 지니고 있다. 특히, 9 11 테러 이후 발생되는 뉴테러리즘은 대중교통수단이나 다중이용시설 등에 대한 이른바, 'soft target'으로 변화되는 추세를 보이고 있다. 그 결과, 대표적인 예로 2003년 대구지하철 화재사고, 2005년 영국 런던지하철 연쇄폭탄테러사건 등 부정적 결과를 낳게 되었다. 이렇게 지하공간에 대한 안전사고 우려에도 불구하고 지하공간의 활용은 불가피한 선택이 될 수밖에 없으며 빠른 속도로 늘어나고 있는 실정이다. 그러나 우리나라는 아직까지 지하공간의 종합적인 테러대응책은 크게 미흡하여 보완대책마련이 시급한 실정이다. 따라서 본 연구는 테러관련 사건 중 국내 외의 지하철에서 발생된 피해사례를 통해 효율적인 대책을 제시하는데 그 목적이 있다. 테러발생으로 인해 피해를 최소화하기 위한 테러대응책을 요약하면 다음과 같다. 첫째, 테러발생으로 인한 화재나 유독가스로부터 지하공간 이용자들의 인명구조를 위한 방호 장비가 확보되어야 하고 둘째, 테러발생 시 신속한 행동을 통해 피해를 최소화하기 위한 현장대응 관리와 체계적인 교육훈련이 확립되어야 하며 셋째, 테러발생 시 불특정다수가 신속히 대피할 수 있는 지하공간의 대피로가 마련되어져야 하고 넷째, 체계적 전방위적인 대응을 위해 유관기관간의 네트워크망 형성이 필요하다. 마지막으로 사후수습을 위해서 사고피해자 및 유가족들에 대한 정부당국의 신속하고 전문적 서비스를 통한 피해대책이 마련되어져야 할 것이다.

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Isolation of Circadian-associated Genes in Brassica rapa by Comparative Genomics with Arabidopsis thaliana

  • Kim, Jin A;Yang, Tae-Jin;Kim, Jung Sun;Park, Jee Young;Kwon, Soo-Jin;Lim, Myung-Ho;Jin, Mina;Lee, Sang Choon;Lee, Soo In;Choi, Beom-Soon;Um, Sang-Hee;Kim, Ho-Il;Chun, Changhoo;Park, Beom-Seok
    • Molecules and Cells
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    • 제23권2호
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    • pp.145-153
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    • 2007
  • Elucidation of the roles of circadian associated factors requires a better understanding of the molecular mechanisms of circadian rhythms, control of flowering time through photoperiodic pathways, and photosensory signal transduction. In Arabidopsis, the APRR1 quintet, APRRs 1, 3, 5, 7, and 9, are known as central oscillator genes. Other plants may share the molecular mechanism underlying the circadian rhythm. To identify and characterize these circadian response genes in Brassica crops whose genome was triplicated after divergence from Arabidopsis, we identified B. rapa BAC clones containing these genes by BLAST analysis of B. rapa BAC end sequences against the five corresponding Arabidopsis regions. Subsequent fingerprinting, Southern hybridization, and PCR allowed identification of five BAC clones, one for each of the five circadian-related genes. By draft shotgun sequencing of the BAC clones, we identified the complete gene sequences and cloned the five expressed B. rapa circadian-associated gene members, BrPRRs 1, 3, 5, 7, and 9. Phylogenetic analysis revealed that each BrPRR was orthologous to the corresponding APRR at the sequence level. Northern hybridization revealed that the five genes were transcribed at distinct points in the 24 hour period, and Southern hybridization revealed that they are present in 2, 1, 2, 2, and 1 copies, respectively in the B. rapa genome, which was triplicated and then diploidized during the last 15 million years.

잿빛만가닥버섯(Lyophyllum decastes)의 ITS 영역염기서열 및 RAPD에 의한 계통학적 유연관계 분석 (Phylogenetic relationships of Lyophyllum decastes on the based of ITS region sequences and RAPD)

  • 우성미;박용환;유영복;신평균;장갑열;진용주;성재모
    • 한국버섯학회지
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    • 제7권3호
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    • pp.98-104
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    • 2009
  • 인공재배된 만가닥버섯(Hypsizygus mamoreus)과 잿빛 만가닥버섯(Lyophyllum decastes)을 ITS $I{\cdot}IV$ 부위의 염기서열에 의해 종속간 유연관계 및 RAPD 다형성을 분석하였다. ITS $I{\cdot}IV$영역부위 종속간 유연관계에서 Group1 (SPA 100, 101, 102)은 만가닥버섯에 속하였으며, Group2 (11균주) 잿빛만가닥버섯의 대조 분리군 11균주는 동일한 종으로 동정되었다. ITS결과 14개 균주 시 4개 그룹으로 분류되었으며, Cluster I과 Cluster II는 58%의 유사도를 Cluster III과 Cluster IV는 41%의 유사성을 보였다. 또한 인공 재배한 잿빛만가닥버섯의 종 다양성을 분석하기위해 RAPD를 수행한 결과 가장 수량이 양호하며 우량계통인 SPA 202는 잿빛만가닥버섯인 Lyophyllum decastes SPA 203과 그룹화 되었으며 75%의 유사성을 보여주었고, Lyophyllum decastes 공시균주인 SPA 103과 SPA 104의 유사성은 65%로 나타났다.

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Molecular Cloning of the cDNA of Heat Shock Protein 88 Gene from the Entomopathogenic Fungus, Paecilomyces tenuipes Jocheon-1

  • Liu, Ya-Qi;Park, Nam Sook;Kim, Yong Gyun;Kim, Keun Ki;Park, Hyun Chul;Son, Hong Joo;Hong, Chang Ho;Lee, Sang Mong
    • International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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    • 제28권2호
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    • pp.71-84
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    • 2014
  • The full-length heat shock protein 88 (HSP88) complementary DNA (cDNA) of Paecilomyces tenuipes Jocheon-1 was obtained by screening the Paecilomyces tenuipes (P. tenuipes) Jocheon-1 Uni-Zap cDNA library and performing 5' RACE polymerase chain reaction (PCR). The P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 cDNA contained an open reading frame (ORF) of 2,139-basepair encoding 713 amino acid residues. The deduced amino acid sequence of the P. tenuipe s Jocheon-1 HSP88 cDNA showed 77% identity to Nectria haematococca HSP88 and 45-76% identity to other fungal homologous HSP88s. Phylogenetic analysis and BLAST program analysis confirmed that the deduced amino acid sequences of the P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 gene belonged to the ascomycetes group within the fungal clade. The P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 also contained the conserved ATPase domain at the N-terminal region. The cDNA encoding P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 was expressed as an 88 kilodalton (kDa) polypeptide in baculovirus-infected insect Sf9 cells. Under higher temperature conditions for the growth of the entomopathogenic fungus, mRNA expression of P. tenuipes Jocheon-1 HSP88 was quantified by real time PCR (qPCR). The results showed that heat shock stress induced a higher level of mRNA expression compared to normal growth conditions.

Surface characteristics of a novel hydroxyapatite-coated dental implant

  • Jung, Ui-Won;Hwang, Ji-Wan;Choi, Da-Yae;Hu, Kyung-Seok;Kwon, Mi-Kyung;Choi, Seong-Ho;Kim, Hee-Jin
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제42권2호
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    • pp.59-63
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    • 2012
  • Purpose: This study evaluated the surface characteristics and bond strength produced using a novel technique for coating hydroxyapatite (HA) onto titanium implants. Methods: HA was coated on the titanium implant surface using a super-high-speed (SHS) blasting method with highly purified HA. The coating was performed at a low temperature, unlike conventional HA coating methods. Coating thickness was measured. The novel HA-coated disc was fabricated. X-ray diffraction analysis was performed directly on the disc to evaluate crystallinity. Four novel HA-coated discs and four resorbable blast medium (RBM) discs were prepared. Their surface roughnesses and areas were measured. Five puretitanium, RBM-treated, and novel HA-coated discs were prepared. Contact angle was measured. Two-way analysis of variance and the post-hoc Scheffe's test were used to analyze differences between the groups, with those with a probability of P<0.05 considered to be statistically significant. To evaluate exfoliation of the coating layer, 7 sites on the mandibles from 7 mongrel dogs were used. Other sites were used for another research project. In total, seven novel HA-coated implants were placed 2 months after extraction of premolars according to the manufacturer's instructions. The dogs were sacrificed 8 weeks after implant surgery. Implants were removed using a ratchet driver. The surface of the retrieved implants was evaluated microscopically. Results: A uniform HA coating layer was formed on the titanium implants with no deformation of the RBM titanium surface microtexture when an SHS blasting method was used. Conclusions: These HA-coated implants exhibited increased roughness, crystallinity, and wettability when compared with RBM implants.

벤처확인유형을 중심으로 한 벤처기업의 성장 분석 (An Analysis of Venture Firms' Growth in Korea: Focusing on the Differences between 'Venture Certification Types')

  • 김기완
    • KDI Journal of Economic Policy
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    • 제35권1호
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    • pp.63-101
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    • 2013
  • 우리나라의 '벤처기업'은 법적 용어로서 벤처캐피털 투자기업('벤처투자기업')뿐만 아니라 연구개발기업과 정책자금 지원기업('기술평가 보증 대출 기업')들을 포괄한다는 특징을 지닌다. 본 논문은 벤처확인유형에 따른 우리나라 벤처기업의 성장에서의 차이를 분석하였다. 실증분석을 위해서 중소기업청의 1998~2010년 벤처확인기업 명단을 '한국기업데이터'(KED) 재무 데이터와 연계하여 사용하였다. 실증분석 결과, 벤처투자기업은 기업공개 확률이나 최초 벤처확인 이후 3년 및 5년이 경과한 시점에서의 매출 고용 성장률 모두에서 기술평가 보증 대출 기업에 비해 우수한 것으로 나타났으며, 2003년 이후 신규 인증된 연구개발기업 역시 기술평가 보증 대출 기업에 비해 우수한 성장성을 보이고 있다. 이 결과는 '벤처기업'이라는 단일한 명칭에도 불구하고 이들 기업군은 상이한 속성을 지닌 기업들로 구성되어 있으며, 기업 성장 면에서 정책적 선별이 시장에 의한 선별에 상응하는 효과를 도출하지 못하고 있다는 점을 시사하고 있다. 이를 감안할 때 벤처지원정책은 벤처확인유형별로 상이한 기업군의 지원수요를 적극적으로 고려할 필요가 있으며, 명목상의 벤처기업 수 증가보다는 벤처캐피털 시장의 활성화에 정책의 초점을 맞추는 것이 바람직하다.

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대규모 GMO 포장에서 비타민 A 강화 벼의 농업특성 검정 (Characteristics of agronomy to vitamin A strengthening rice at large scale GMO field)

  • 이현숙;류태훈;정희영;박순기;박규환;손재근;김경민
    • 한국육종학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.56-60
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    • 2010
  • 본 연구는 대규모 GMO 격리포장에서 비타민 A 영양성분이 강화된 황금벼의 안정성 평가에 대한 가이드라인 및 프로토콜의 개발하고자 수행하였다. GM 작물의 상업화는 환경과 인간건강에 대한 영향을 포함하여 GM 작물에 대한 신뢰성을 구축하기 위해서도 GM 작물을 상업화하기 이전에 보다 체계적인 과학적인 검증자료가 제공되어야 한다. 경북대학교 농업생명과학대학 GMO 실습격리포장에서 총 사용면적 $4,700m^2$에서 비타민 A 강화벼(황금벼)와 모품종인 '낙동'에 대해 농업적인 특성과 병 발생양상을 조사하였다. 일반적으로 포장에서 형질전환체 작물의 수장, 수수 등은 '낙동'과는 차이가 났다. 황금벼와 '낙동'의 간장, 미립특성은 '낙동'과 유사하지만, 수량은 등숙율과 1,000립중의 감소에 기인된 것으로 조사되었다. 잎도열병과 잎집무늬마름병의 병방제가의 차이는 났지만 유의성은 나지 않는 것으로 나타났다. 이 실험결과는 GM 작물에 대한 환경과 인간과의 그 밖의 위해성에 대한 농업적인 특성, 병 발생양상을 일차적으로 안정성 평가를 위한 체계적인 프로토콜로 도출할 수 있을 것이다.

친환경 지반안정재를 약액주입재로 사용하여 보강한 노후 저수지의 보강효과 분석 (Analysis of the Reinforcement Effect of Aging Reservoir Reinforced by Environmental Soil Stabilizer as Chemical Grouting Material)

  • 김세민;서세관;조대성
    • 한국지반신소재학회논문집
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    • 제20권2호
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    • pp.1-11
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    • 2021
  • 본 연구에서는 산업부산물인 고로슬래그와 순환유동층 보일러의 연소재를 주재료로 사용하여 시멘트와 유사한 경화반응을 유도하도록 개발된 친환경 지반안정재를 약액주입재로 사용하기 위한 실내시험과 시험시공에 관련된 연구가 진행되었다. 이를 위해 실내시험에서는 규산소다 및 실리카졸을 A액, 친환경 지반안정재(또는 OPC)를 B액으로 사용하여 시편을 제작하고, 실내시험을 실시하여 공학적·환경적 성능을 분석하였다. 그리고 실제 노후저수지에 시험시공을 실시하고, 현장에서의 투수시험, 전기비저항탐사를 실시하여 적용성을 분석하였다. 실내시험 결과, 친환경 지반안정재를 B액으로 사용한 약액주입재의 호모겔 압축강도는 보통 포틀랜드 시멘트와 비교하여 약 2.88~3.23배 큰 값을 나타내었다. 또한 대부분의 중금속 용출량이 보통 포틀랜드 시멘트와 비교하여 적고, 어독성 시험에서의 생존율도 100%로 나타났다. 따라서 실내시험 결과를 토대로 판단할 때 OPC에 비해 강도적, 환경적으로도 우수한 것으로 분석되었다. 노후 저수지에서의 시험시공 결과에서는 친환경 지반안정재를 약액주입재의 B액으로 사용하여 보강한 경우, 저수지 내부에서의 투수계수는 1/50 수준까지 감소하였다. 그리고 전기비저항 탐사결과 노후 저수지 내부의 전기비저항은 시간이 경과함에 따라 증가하여 포화대는 사라졌으며, 전반적으로 보강되는 것으로 분석되었다.

컬럼 비교를 통한 Ferimzone Z 및 E 입체 이성질체의 물질 분리 및 HPLC-MS/MS를 활용한 현미 중 미량잔류분석법 개발 (Column Comparison for the Separation of Ferimzone Z and E Stereoisomers and Development of Trace Residue Analysis Method in Brown Rice Using HPLC-MS/MS)

  • 정문주;김소희;은혜란;이예진;김수민;백재운;이윤희;신용호
    • 한국환경농학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.203-210
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    • 2023
  • Ferimzone Z is a fungicide for effectively controlling rice blast. Under light irradiation conditions, it undergoes a rapid conversion to its E-stereoisomer. Given the importance of isomers in risk assessments of residues in crops, an analytical method was developed for individual isomer quantification. A comparative analysis performed using two columns in HPLC-MS/MS demonstrated that the isomers were successfully separated using the Cadenza column. For the brown rice sample preparation, 5 g of the homogenized sample was saturated with 7 mL of water. The sample was then extracted with a 10 mL mixed solvent of acetonitrile and ethyl acetate (1:1, v/v) that contained 0.1% formic acid, and it was subsequently partitioned with magnesium sulfate and sodium chloride. The upper layer was purified using dSPE containing C18 and PSA sorbents. The established method was subjected to method validation, and it showed recovery rates of 90.6-98.8% (RSD ≤ 3.9%) at concentrations of 0.01, 0.1, 2 mg/kg, with a soft matrix effect (%ME) ranging from -3.1% to +6.5%. This method can be employed in monitoring studies of brown rice to determine the conversion ratio from the Z isomers to the E isomers.

Analysis of whole genome sequencing and virulence factors of Vibrio vulnificus 1908-10 isolated from sea water at Gadeok island coast

  • Hee-kyung Oh;Nameun Kim;Do-Hyung Kim;Hye-Young Shin;Eun-Woo Lee;Sung-Hwan Eom;Young-Mog Kim
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권9호
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    • pp.558-568
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    • 2023
  • Vibrio vulnificus is an aquatic bacterium causing septicemia and wound infection in humans. To understand this pathogen at the genomic level, it was performed whole genome sequencing of a cefoxitin-resistant strain, V. vulnificus 1908-10 possessing virulence-related genes (vvhA, viuB, and vcgC) isolated from Gadeok island coastal seawater in South Korea. The genome of V. vulnificus 1908-10 consisted of two circular contigs and no plasmid. The total genome size was estimated to be 5,018,425 bp with a guanine-cytosine (GC) content of 46.9%. We found 119 tRNA and 34 rRNA genes respectively in the genome, along with 4,352 predicted protein sequences. Virulence factor (VF) analysis further revealed that V. vulnificus 1908-10 possess various virulence genes in classes of adherence, antiphagocytosis, chemotaxis and motility, iron uptake, quorum sensing, secretion system, and toxin. In the comparison of the presence/absence of virulence genes, V. vulnificus 1908-10 had fur, hlyU, luxS, ompU, pilA, pilF, rtxA, rtxC, and vvhA. Of the 30 V. vulnificus comparative strains, 80% of the C-genotype strains have all of these genes, whereas 40% of the E-genotype strains have all of them. In particular, pilA were identified in 80% of the C-type strains and 40% of the E-type strains, showing more difference than other genes. Therefore, V. vulnificus 1908-10 had similar VF characteristics to those of type C strains. Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin (MARTX) toxin of V. vulnificus 1908-10 contained 8 A-type repeats (GXXGXXXXXG), 25 B.1-type repeats (TXVGXGXX), 18 B2-type repeats (GGXGXDXXX), and 7 C-type repeats (GGXGXDXXX). The National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) showed that the RtxA protein of V. vulnificus 1908-10 had the effector domain in the order of cross-liking domain (ACD)-C58_PaToxP-like domain- α/β hydrolase-C58_PaToxP-like domain.