• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.61-64
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• 1999

토양으로부터 유기인계 살충제인 phosphamidon을 분해하는 세균들을 분리하고 Biolog system을 이용하여 동정하였다. 그람양성 세균들은 모두 Bacillus 속에 속하는 종들이었으며 그람음성 세균들은 토양에서 우점하지 않는 세균들이 많았다. 이들중 phosphamidon 함유배지에서 생장률이 높은 균주들을 선택하여 phophamidon 분해능을 조사한 결과 Capnocytophaga gingivalis 로 동정된 YD-17 균주가 가장 높은 생분해능을 나타내어 1000ppm의 phosphamidon 이 배양 21일 후 94%의 잔류량을 보였으며 이는 대조구에 비해 제거율이 52% 증가된 결과였다. 이 때 균주의 생장을 단백질량으로 측정하였는데 분해균주들이 고농도의 phosphamidon에 의해 저해되지 않고 지속적인 생장을 하여 phosphamidon을 탄소원으로 이용하는 생분해가 일어난 것을 확인할 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제34권2호
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• pp.101-108
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• 2006

Phytophthora sp.의 균사성장을 특이적으로 저해하는 토양 미생물인 YNB54 균주의 정확한 분류적 위치를 밝히기 위해 Biolog GN2, API 20E와 같은 상업적 생화학 kit, 16S rDNA, DAN-DNA hybridization, GC함량, MIDI 등의 분석을 수행하였다. 다양한 생화학적 kit를 사용한 동정 결과는 이 균주가 다른 어떤 종보다 Enterobacter cloacae와 E. cancerogenus에 보다 더 가까움을 보여주었다. 또한 DAN-DNA hybridization, GC함량, MIDI 분석의 결과들 역시 다른 속 (Citerobacter, Klebsiella, Leclercia)보다 Enterobacter 속에 더 유사함을 암시해 주었다. 그러나 16S rDNA분석에서 이 균주는 Citrobacter freundii(99.4%)와 동일 그룹으로 구분되었지만 Enterobacter, Leclecia, Klebsiella 속 등과도 98%이상의 상동성을 보여주는 polyphyletic 특성을 보였다. 결론적으로 YNB54의 분류 동정을 위한 우리의 조사들은 이 균주가 유전적으로 다양하고 지금까지 아는 것보다 분류학적으로 더 복잡함을 암시해줌에도 불구하고 Enterobacter속임이 가장 유력하다는 것을 보여 주었다.

• 한국토양비료학회지
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• 제40권4호
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• pp.234-241
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• 2007

여러가지의 선발된 미생물로 구성된 미생물비료는 토양 개량과 식물 생장 촉진을 위해서 여러 유기물과 결합하여 이용되기도 한다. 미생물 비료를 미생물 비료 단독으로 그리고 도시 가로수 부산물 퇴비, 가금류 분뇨 부산물, 레드클로버와 귀리의 피복작물 등의 유기물과 같이 토양에 처리하여 토양의 화학적 또는 생물학적 특성에 미치는 효과를 측정하였다. 액체상의 미생물 비료를 2년동안 3회 처리하였다. 미생물 비료 단독으로는 pH, K, 유기물 함량에 영향을 미치지 않았지만, 미생물비료의 처리는 2년 가을 모두 가금류 분뇨 부산물을 처리한 토양의 인산 함량을 증가시켰고, 첫해 가을에 퇴비를 처리한 토양의 칼슘함량을 증가시켰으며, 레드클로버를 처리한 토양의 Ca, Mg, 그리고 양이온교환용량을 감소시켰다. 미생물 비료는 레드클로버가 처리된 토양에서 첫 해 7월에 탈수소효소 활성을 증가시켰다. 미생물 비료는 유기물이 처리되지 않은 토양이나 퇴비가 처리된 토양에서 FDA의 가수분해도를 가끔 증가시켰다. 가금류 분뇨 부산물과 레드 클로버가 처리된 토양의 FDA 가수분해도와 가금류 분뇨 부산물이 처리된 토양의 탈수소효소활성은 미생물 비료의 처리로 감소하였다. 한편, 미생물 비료의 처리는 BIOLOG에 의한 토양 미생물 군락의 생리생태적 다양성에는 영향을 미치지 못했다. 따라서 토양의 미생물학적 특성에 미치는 미생물비료의 효과는 같이 투여되는 유기물의 종류에 따라 다양하다고 할 수 있으며, 탈수소효소의 활성은 레드클로버가 처리된 토양에서, 그리고 FDA 가수분해도는 퇴비와 귀리가 처리된 토양에서 가끔 증가했다.

• 생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.349-355
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• 2009

돈 도축 식품폐수를 처리하는 생물막 시스템인 RABC (rotating activated Bacillus contactor) 공정의 생물막과 점감식으로 운영되는 포기조의 동일한 시료를 대상으로 Biolog GN2 plate를 이용한 호기/혐기 대사지문 분석으로 다음과 같은 결과를 얻었다. 첫째 대응표본 상관관계 분석과 pairs t-test를 통하여 매일 측정값보다 일별변화량이 전반적인 군집구조의 유사성을 나타내는 것으로 판단되었다. 둘째 생물막이 포기조 시료들에 비해 높은 탄소원 이용도를 보여(p<0.01) 생물막의 높은 유기물 제거 능력을 알 수 있었고 포기조 시료사이는 이용된 탄소원의 상관관계가 높았고(78%) 활성정도도 비슷하였다(p=0.287). 셋째 활발하게 이용된 탄소원의 종류는 시료별로 차이를 보여 활성을 보이는 군집이 각 처리단계 별로 변화하는 것으로 판단되었다. 마지막으로 같은 시료라도 호기/혐기 조건에 따라 대사지문에 차이를 보여 미호기성 및 혐기성 군집구성원에 의한 활성 차이를 확인하였다. 향후 대사지문(metabolic fingerprinting)을 통한 활성군집 비교에 일별변화량과 혐기조건 분석을 병행하면 더욱 풍부한 분석이 가능할 것이다.

• 생명과학회지
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• 제19권6호
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• pp.787-792
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• 2009

제주도 양식장 배출수 퇴적층에서 단백질 분해 효소를 생산하는 세균을 분리하였으며, 각각 SK-2, 및 SK-125라고 명명하였다. 분리균주 SK-2의 16S rDNA의 염기서열 분석 결과 Baeillus lieheniformis와 Baeillus subtillis의 염기서열과 99%의 상동성을 보였으며, BIOLOG를 이용한 생화학적 분석에서도 Bacillus family와 유사한 특성을 보여 최종적으로 분리균주 SK-2를 Baeillus sp. SK-2으로 명명하였다. 또한 분리균주 SK-125의 16S rDNA의 염기서열 분석 결과 Pseudoal teromonas haloplanktis의 염기서열과 99% 의 상동성을 보였으며, BIOLOG를 이용한 생화학적 분석에서도 Pseudoalteromonas family와 유사한 특성을 보여 최종적으로 분리균주 SK-125를 Pseudoalteromonas sp. SK-125라고 명명하였다. Baeillus sp. SK-2와 Pseudoalteromonas sp. SK-125균주의 온도별 실험에서는 $40^{\circ}C$에서 가장 높은 생육도를 보였으며, 효소활성은 Bacillus sp. SK-2와 Pseudoalteromonas sp. SK-125 두 균주 모두 $30^{\circ}C$에서 가장 높은 활성을 보였다.

• 한국환경농학회지
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• 제38권4호
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• pp.219-224
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• 2019

BACKGROUND: Soil bacteria play important roles in organic matter decomposition and nutrient cycling during the non-growing season. The purpose of this study was to investigate the effects of soil management and chemical properties on the utilization of carbon sources by soil bacteria in paddy fields. METHODS AND RESULTS: The Biolog EcoPlate was used for analyzing community-level carbon substrate utilization profiles of soil bacteria. Soils were collected from the following three types of areas: plain, interface and mountain areas, which were tested to investigate the topology effect. The results of canonical correspondence analysis and Kendall rank correlation analysis showed that soil C/N ratio and NH₄⁺ influenced utilization of carbon sources by bacteria. The utilization of carbohydrates and complex carbon sources were positively correlated with NH₄⁺ concentration. Cultivated paddy fields were compared with adjacent abandoned fields to investigate the impact of cultivation cessation. The level of utilization of putrescine was lower in abandoned fields than in cultivated fields. Monoculture fields were compared with double cropping fields cultivated with barley to investigate the impact of winter crop cultivation. Cropping system altered bacterial use of carbon sources, as reflected by the enhanced utilization of 2-hydroxy benzoic acid under monoculture conditions. CONCLUSION: These results show that soil use intensity and topological characteristics have a minimal impact on soil bacterial functioning in relation to carbon substrate utilization. Moreover, soil chemical properties were found to be important factors determining the physiological profile of the soil bacterial community in paddy fields.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.97.1-97
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• 2003

An antagonistic bacterium, KJ1R5,, to Phytophthora capsici was obtained from root interior of a healthy pepper plant. To identify the bacterial antagonist, 16S rDNA sequence analysis, Biolog system, fatty acid methyl-esters (FAMEs), and physiological and biochemical characterization were conducted. The determined 165 rDNA sequence of KJ1R5, showed higher similarities to those of a group consisting of several Chryseobacterium strains with 95.2, 95.2, and 95,1％ similarity to C. defluvii, Chryseobacterium sp. FR2, and C. scophthalmum, respectively, In addition, Halounella gailinarum, Bergeyella zoohelcum, and Riemerella anatipestifer are another group for KJ1R5, with 94.1, 89.7, and 87.2％ similarities, respectively When identification of the antagonistic bacterium, KJ1R5, was conducted using BIOLOG system, the strain KJ1R5, was identified as Flavobacterium tirrenicum (similarity； 0.75％). Fatty acid profiles of the strain KJ1R5, were composed mainly of iso-17：0 w9c and iso-15：0 and identified as Chryseobacterium balustinum (similarity 0.524％). KJ1R5, was Gram-negative, regular short rods ranging from 0.8 $\mu\textrm{m}$ to 1.0 $\mu\textrm{m}$ and had no flagella. Phenotypic characterization of the antagonistic bacterium indicated that KJ1R5, were included in the genus Chreseobacterium, which belongs to the family Flavobacteriaceae. The strain was distinguished from these six existing species. These results indicated that strain might be placed as a new species in the genus Chryseobacterium.

• KSBB Journal
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• 제23권3호
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• pp.251-256
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• 2008

이 연구의 목적은 자연 천연한 청국장에서 분비되는 혈전용해효소를 생산하는 Bacillus Iicheniformis HK-12의 혈전용해활성과 특성을 조사하기 위하여 실시한 것이다. 먼저 균주 HK-12의 생리생화학적 특성에 대하여 조사하였다. BIOLOG GP2 MicroPlate system과 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 균주를 동정하였고, 그 결과 Bacillus licheniformis로 확인되었고, B. licheniformis HK-12로 명명하였으며, 이 균주는 GenBank에 [Eu288193]로 등재하였다. 16S rRNA 염기서열 분석에 근거하여, B. licheniformis HK-12의 계통수를 작성하였다. B. licheniformis HK-12의 배양기간동안 세균의 생장, 혈전용해활성, pH의 변화를 모니터링하였다. 36시간배양 후, 배양의 최대 혈전용해활성은 대조군으로서 플라스민과 비교하여 약 2.25배로 나타났다. 혈전용해활성과 관련하여, B. licheniformis HK-12의 생장에서 최적 pH와 온도는 각각 초기 pH 7.0과 40$^{\circ}C$로 나타났다.

• BMB Reports
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• 제38권1호
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• pp.104-110
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• 2005

We extended the measurable time scale of DNA dynamics to microsecond using $[Ru(phen)_2(dppz)]^{2+}$ (phen = 1,10-phenanthroline, dppz = dipyrido[3,2-a:2',3'-c]phenazine) (RuPD), which displays a mean lifetime near 500 ns. To evaluate the usefulness of this luminophore (RuPD) for probing nucleic acid dynamics, its intensity and anisotropy decays when intercalated into supercoiled and linear pBluescript (pBS) II SK(+) phagemids were examined using frequency-domain fluorometry with a blue light-emitting diode (LED) as the modulated light source. The mean lifetime for the supercoiled phagemids (< $\tau$ > = 489.7 ns) was somewhat shorter than that for the linear phagemids (< $\tau$ > = 506.4 ns), suggesting a more efficient shielding from water by the linear phagemids. The anisotropy decay data also showed somewhat shorter slow rotational correlation times for supercoiled phagemids (997.2 ns) than for the linear phagemids (1175.6 ns). The slow and fast rotational correlation times appear to be consistent with the bending and torsional motions of the phagemids, respectively. These results indicate that RuPD can have applications in studies of both bending and torsional dynamics of nucleic acids.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제8권6호
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• pp.606-612
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• 1998

A microbial flocculant-producing gram-positive bacterium, strain TE11, was isolated from soil samples, and was identified as Bacillus subtilis by using the Midi system, the Biolog system, 16S rDNA sequence analysis, and some physiological and morphological characteristics. The maximum flocculant capsular biopolymer of TE11 strain (BCP, 4.9mg/ml) was obtained when it was grown in GA broth medium containing 3% glutamic acid, 2% glycerol, 0.5% citric acid, 0.5% $NH_4$Cl, 0.05% $MgSO_4.7H_2O,\; 0.05%\;K_2HPO_4\;,\; and\; 0.004%\; FeC1_3. 6H_2O,\; pH 7.2,\; at\; 30^{\circ}C$ for 70 h with shaking. When glycerol was used as an additional carbon source in the GA medium, TE11 produced only flocculant BCP without any by-product. The flocculant (BCP) was found to aggregate suspended kaolin and activated charcoal powder without cations, and its flocculating activity was significantly enhanced by the addition of bivalent cations such as $Ca^{2＋}.Zn^{2},\; and\; Mn^{2＋}$. The flocculation activity by addition of $Ca^{2+}$ was high in an acidic pH 4.0. In the case of $Zn^{2＋}$, high flocculating activity remained without significant loss in the broad range of pH 4.0 to 9.0.